genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  63  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18815896--18815953	30	1.9	31	86	10	84	37	3	0	58	1.15
18820021--18820146	45	2.8	45	76	1	126	30	22	15	31	1.94
18836250--18836289	17	2.3	18	91	4	64	55	2	7	35	1.42
18837505--18837538	4	8.2	4	87	6	50	20	0	0	79	0.73
18837505--18837538	17	2.0	17	94	0	59	20	0	0	79	0.73
18862141--18862191	27	1.9	26	84	4	66	56	3	1	37	1.29
18863194--18863235	16	2.6	16	78	10	50	33	0	2	64	1.07
18863178--18863232	25	2.2	25	80	0	65	30	0	1	67	1.01
18864328--18864352	9	2.8	9	100	0	50	20	8	12	60	1.57
18889637--18889714	38	2.1	38	92	0	129	29	7	19	43	1.78
18890310--18890368	30	1.9	31	89	3	93	32	15	28	23	1.95
18905269--18905415	74	2.0	76	90	2	235	33	12	7	46	1.70
18906986--18907130	18	8.3	18	70	4	100	37	20	15	26	1.93
18907020--18907123	35	3.0	35	82	0	118	36	21	17	25	1.94
18917838--18917878	18	2.2	19	91	4	66	60	0	0	39	0.96
18919403--18919444	16	2.6	16	84	0	66	38	4	30	26	1.77
18919424--18919517	44	2.1	45	88	5	138	34	4	25	36	1.76
18919424--18919528	44	2.5	40	76	20	108	33	3	25	37	1.74
18920713--18920749	19	1.9	19	94	0	65	72	2	0	24	0.97
18937735--18937768	17	1.9	17	88	5	50	32	0	20	47	1.51
18938104--18938154	26	2.0	26	92	0	84	58	9	0	31	1.30
18943919--18943980	21	2.9	21	73	4	61	59	1	4	33	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18949751--18949792	21	2.0	21	86	9	59	45	2	0	52	1.13
18977335--18977443	50	2.1	51	83	12	136	23	18	22	34	1.96
18985031--18985080	20	2.5	20	80	6	57	34	8	0	58	1.28
18988083--18988156	33	2.2	33	82	17	91	74	4	6	14	1.18
18989338--18989455	21	5.5	21	70	9	76	39	17	17	24	1.91
18990009--18990078	35	2.0	35	100	0	140	37	14	11	37	1.82
18996349--18996682	44	7.7	43	68	13	157	28	21	19	30	1.98
18997205--18997422	88	2.5	89	83	3	271	22	23	24	28	2.00
19000496--19000530	17	2.1	17	94	0	61	37	20	20	22	1.95
19010468--19010525	17	3.5	17	76	19	52	48	1	22	27	1.60
19010473--19010535	28	2.2	29	81	13	78	49	3	22	25	1.65
19010463--19010527	17	4.0	15	74	21	51	47	1	23	27	1.60
19013861--19013888	12	2.3	12	100	0	56	28	7	0	64	1.20
19015601--19015626	8	3.2	8	100	0	52	34	0	23	42	1.54
19026390--19026520	39	3.4	39	78	4	147	23	37	22	16	1.93
19036936--19036966	16	1.9	16	93	0	53	35	0	25	38	1.56
19040050--19040107	22	2.6	22	83	0	62	48	8	18	24	1.76
19043187--19043242	22	2.5	23	80	8	62	55	12	10	21	1.67
19043859--19043981	63	2.0	63	83	4	160	26	29	21	22	1.99
19048448--19048479	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
19048640--19048811	43	4.0	43	79	11	183	33	27	16	22	1.95
19048640--19048796	85	1.9	84	85	6	219	31	28	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19054874--19055024	47	3.2	48	83	5	184	37	20	13	29	1.90
19055079--19055117	20	2.0	20	90	5	62	38	17	0	43	1.50
19059193--19059231	3	13.3	3	94	5	71	33	0	30	35	1.58
19061052--19061083	12	2.6	13	85	14	50	37	0	6	56	1.25
19070996--19071057	31	1.9	33	90	6	101	43	0	0	56	0.99
19070998--19071065	31	2.3	31	85	7	88	44	0	0	55	0.99
19071262--19071293	16	2.1	15	94	5	55	37	0	9	53	1.34
19071515--19071600	33	2.6	31	81	13	102	26	6	18	47	1.74
19071612--19071660	20	2.5	20	79	0	62	44	4	2	48	1.33
19074106--19074131	13	2.0	13	100	0	52	23	30	0	46	1.53
19074938--19074985	22	2.2	22	81	7	53	39	6	2	52	1.39
19082259--19082474	69	3.1	69	82	12	275	29	6	2	62	1.32
19098275--19098453	50	3.7	49	80	10	161	21	32	18	26	1.97
19102734--19102773	21	1.9	21	89	0	62	17	10	45	27	1.80
19107102--19107260	56	2.9	54	87	3	228	25	26	15	32	1.96
19108684--19108737	20	2.8	19	75	16	58	48	0	1	50	1.11
19110253--19110296	15	3.1	14	81	9	54	25	2	0	72	0.96
19111433--19111475	3	14.7	3	90	4	70	32	2	34	30	1.71
19117255--19117284	15	1.9	16	93	6	53	26	13	0	60	1.34
19120563--19120605	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
19123212--19123285	31	2.5	30	82	10	82	47	16	2	33	1.61
19124737--19124802	26	2.5	26	80	0	78	34	9	19	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19124947--19125100	82	1.9	82	94	5	276	47	2	5	44	1.39
19131128--19131484	22	16.2	22	83	1	446	28	9	19	42	1.82
19131125--19131475	44	8.0	44	90	1	551	29	9	18	42	1.82
19133266--19133585	160	2.0	160	92	0	532	44	10	13	32	1.77
19133902--19133940	7	5.4	7	87	6	60	43	38	0	17	1.50
19133904--19133940	15	2.5	15	86	4	58	45	37	0	16	1.47
19135514--19135555	13	3.1	14	83	10	52	73	4	0	21	1.01
19137641--19137841	62	3.2	59	74	18	165	53	4	2	39	1.37
19137777--19137825	23	2.3	21	79	10	55	59	0	2	38	1.09
19137700--19137844	68	2.1	72	80	7	165	54	4	2	38	1.34
19139324--19139354	14	2.2	14	94	0	53	32	25	3	38	1.72
19139664--19139692	6	4.8	6	100	0	58	68	0	13	17	1.20
19144541--19144645	5	21.0	5	100	0	210	60	0	0	40	0.97
19155563--19155615	26	2.0	26	96	0	97	56	22	3	16	1.56
19155828--19155960	48	2.8	48	89	0	212	46	16	10	26	1.79
19156283--19156389	44	2.6	41	84	10	130	34	25	7	32	1.84
19157445--19157493	22	2.2	21	82	10	62	32	0	2	65	1.04
19157470--19157562	33	3.0	32	80	13	90	38	0	3	58	1.15
19163400--19163435	18	2.1	16	90	10	54	33	5	0	61	1.19
19163392--19163452	28	2.2	28	80	11	72	39	4	1	54	1.32
19179538--19179657	62	1.9	62	86	3	170	20	37	3	39	1.69
19179663--19179745	25	3.3	25	86	3	123	12	42	22	22	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19181269--19181366	4	25.0	4	70	13	53	45	3	3	47	1.33
19181269--19181361	19	4.6	19	68	19	62	45	3	3	48	1.34
19181272--19181676	59	6.8	59	92	1	596	43	5	3	46	1.44
19187154--19187290	66	2.1	66	83	2	168	43	16	24	16	1.86
19187580--19187776	85	2.3	86	88	4	292	28	26	17	27	1.97
19187578--19187776	43	4.7	43	84	1	238	29	26	17	27	1.97
19189365--19189398	17	2.0	17	88	0	50	47	2	29	20	1.65
19193367--19193414	24	2.1	24	92	7	82	43	4	4	47	1.41
19195041--19195103	31	2.0	31	96	0	117	58	9	7	23	1.56
19199774--19199818	24	2.0	22	86	8	63	60	0	0	40	0.97
19199769--19199812	16	2.9	16	80	6	56	63	0	0	36	0.95
19200473--19200526	10	5.4	10	78	8	56	68	0	3	27	1.06
19200473--19200559	29	3.0	28	80	11	79	60	1	4	33	1.24
19200742--19200829	39	2.3	39	77	13	92	27	5	5	61	1.41
19200849--19200898	9	5.4	9	76	21	50	30	2	2	66	1.14
19200865--19200898	17	2.0	17	88	0	50	29	2	2	64	1.22
19207601--19207683	28	2.9	27	83	8	94	25	8	13	53	1.67
19207607--19207667	27	2.2	27	83	11	79	22	8	14	54	1.67
19208343--19208391	21	2.3	21	86	6	64	63	6	0	30	1.19
19208671--19208803	40	3.3	40	78	8	128	31	18	22	27	1.97
19208671--19208778	39	2.7	39	80	8	119	31	16	25	26	1.97
19209213--19209270	14	4.2	14	77	16	50	18	1	25	53	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19209219--19209257	21	1.9	20	85	15	53	20	2	28	48	1.62
19209285--19209337	28	1.9	27	84	3	70	22	0	30	47	1.52
19210077--19210164	43	2.0	44	93	2	151	48	12	19	19	1.80
19211148--19211185	9	4.2	9	86	0	58	39	18	2	39	1.65
19214757--19214811	28	2.0	28	92	0	92	29	23	23	23	1.99
19214916--19214995	26	3.1	26	85	0	115	40	23	20	16	1.91
19215384--19215456	19	3.8	19	96	0	137	36	9	16	36	1.81
19215664--19215708	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
19215931--19215966	16	2.3	16	90	4	56	30	2	0	66	1.06
19220961--19220993	14	2.3	15	89	5	50	24	12	33	30	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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