genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7260115--7260170	21	2.8	20	79	17	62	55	1	0	42	1.10
7261623--7261717	6	15.0	6	80	10	55	68	8	2	21	1.27
7261639--7261697	6	9.8	6	92	0	100	67	13	0	18	1.22
7261626--7261697	18	3.9	18	92	3	108	68	11	0	20	1.20
7261737--7261776	9	4.4	9	96	0	71	27	10	27	35	1.89
7262377--7262432	28	2.0	28	96	0	103	19	25	10	44	1.83
7267961--7268014	14	3.7	15	78	11	67	18	38	0	42	1.50
7267948--7268019	30	2.4	30	95	2	128	25	37	0	37	1.56
7267952--7268001	16	3.2	16	77	11	68	24	38	0	38	1.56
7268008--7268056	23	2.2	22	82	10	55	20	48	2	28	1.60
7273740--7274049	33	8.7	33	71	19	191	20	19	27	31	1.97
7273765--7274046	75	3.8	75	95	0	501	20	18	28	32	1.97
7273800--7274011	42	5.5	41	71	19	195	21	17	27	33	1.96
7276115--7276152	19	2.0	19	89	0	58	34	5	26	34	1.79
7278249--7278289	10	4.2	10	84	6	57	26	2	2	68	1.15
7281851--7281961	40	2.8	40	88	4	161	27	22	24	25	2.00
7282090--7282417	45	7.3	44	75	11	276	23	22	23	30	1.99
7282101--7282418	89	3.6	89	85	3	415	22	23	23	30	1.99
7282101--7282405	44	6.9	43	75	11	242	22	23	24	29	1.99
7282368--7283113	88	8.5	88	91	0	1177	23	21	25	28	1.99
7285115--7285152	14	2.8	13	88	11	58	7	0	5	86	0.69
7285105--7285151	19	2.4	20	89	3	69	8	0	6	85	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7285108--7285149	12	3.4	12	81	12	50	7	0	7	85	0.73
7288783--7289022	127	1.9	126	80	9	283	34	12	16	36	1.86
7289317--7289365	13	3.7	13	78	5	53	65	6	0	28	1.16
7291138--7291221	40	2.1	40	93	0	141	29	19	25	26	1.98
7292328--7292637	33	8.7	33	71	19	191	20	19	27	31	1.97
7292353--7292634	75	3.8	75	95	0	501	20	18	28	32	1.97
7292388--7292599	42	5.5	41	71	19	195	21	17	27	33	1.96
7294701--7294738	19	2.0	19	89	0	58	34	5	26	34	1.79
7296837--7296877	10	4.2	10	84	6	57	26	2	2	68	1.15
7296977--7297014	19	2.0	20	84	5	51	26	2	2	68	1.16
7301706--7301737	12	2.8	12	95	4	57	25	0	6	68	1.12
7302085--7302121	9	4.1	9	86	13	58	45	10	10	32	1.74
7303104--7303133	13	2.3	13	94	0	51	33	20	16	30	1.94
7303146--7303171	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
7305966--7306046	25	3.2	25	91	0	126	16	22	22	39	1.92
7305966--7306098	50	2.8	48	80	10	139	16	23	20	39	1.92
7306012--7306092	22	3.5	22	77	11	83	14	27	19	38	1.91
7315522--7315610	44	2.0	44	97	0	169	42	12	15	29	1.84
7318712--7319266	44	12.6	44	81	3	571	32	15	19	32	1.93
7318723--7319233	177	2.9	177	85	1	700	33	14	20	31	1.93
7320015--7320074	13	4.7	13	74	17	63	46	1	1	50	1.21
7321850--7321902	28	2.0	26	85	7	70	33	13	1	50	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7325921--7325946	6	4.3	6	100	0	52	15	15	0	69	1.20
7327674--7327710	16	2.3	16	90	0	56	27	13	2	56	1.50
7331383--7331473	44	2.1	44	97	0	173	57	13	15	14	1.66
7346253--7346302	18	2.7	18	84	6	55	46	2	2	50	1.24
7346810--7346942	61	2.2	60	86	1	176	38	6	15	39	1.72
7348960--7349007	19	2.6	18	83	9	60	25	4	0	70	1.04
7369916--7369969	28	2.0	27	85	10	74	29	20	1	48	1.60
7380130--7380276	77	1.9	77	83	2	188	24	28	13	33	1.93
7381227--7381287	30	2.1	29	87	3	86	32	8	4	54	1.52
7381227--7381287	29	2.1	30	84	9	81	32	8	4	54	1.52
7384409--7384483	28	2.8	27	78	6	89	48	5	0	46	1.25
7384530--7384630	27	3.7	27	80	5	107	28	27	26	16	1.97
7384764--7384802	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
7389731--7390185	159	2.8	160	71	14	391	30	13	7	48	1.70
7390443--7390472	16	1.9	15	93	6	51	26	3	0	70	1.03
7390997--7391180	36	5.0	36	75	12	144	0	33	0	66	0.92
7391079--7391171	4	22.8	4	76	16	84	0	30	0	69	0.88
7391013--7391155	48	2.9	48	76	9	128	0	31	0	68	0.90
7391016--7391180	74	2.2	74	87	7	230	0	32	0	67	0.91
7391216--7391282	27	2.5	27	90	4	100	14	23	29	31	1.95
7391748--7391803	28	2.1	28	83	6	71	33	3	14	48	1.61
7406998--7407157	43	3.7	43	77	8	148	29	24	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7422007--7422058	24	2.2	24	82	0	59	53	1	5	38	1.36
7422301--7422644	178	1.9	177	90	0	544	36	12	10	41	1.77
7424458--7424729	9	30.0	9	74	12	209	35	1	16	46	1.55
7424458--7424729	27	10.3	27	77	12	235	35	1	16	46	1.55
7424844--7424877	17	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
7424901--7424935	9	3.9	9	84	0	52	37	0	14	48	1.44
7424899--7424943	18	2.5	18	96	0	81	40	0	11	48	1.39
7425567--7425604	13	2.9	13	77	14	51	50	31	0	18	1.47
7427604--7427656	7	7.6	7	86	0	61	39	37	0	22	1.54
7427610--7427656	21	2.2	21	96	0	85	38	38	0	23	1.55
7427833--7427875	15	2.9	16	76	20	56	39	39	0	20	1.53
7427955--7427987	14	2.4	14	89	0	57	51	27	0	21	1.48
7427927--7428019	39	2.4	40	85	5	136	49	22	1	26	1.57
7433327--7433354	14	2.0	14	100	0	56	21	14	14	50	1.78
7434331--7434365	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
7461696--7461887	63	3.0	62	92	1	303	35	13	16	33	1.88
7467527--7467873	116	3.0	114	89	2	527	25	26	21	26	1.99
7467773--7468008	72	3.3	72	83	2	303	25	25	21	27	1.99
7467920--7468130	114	1.9	114	92	0	359	26	27	21	25	1.99
7467660--7468257	258	2.3	259	88	2	851	25	25	21	27	1.99
7468031--7468347	73	4.4	73	89	1	449	24	24	23	27	2.00
7468031--7468347	145	2.2	145	87	1	456	24	24	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7469132--7469228	45	2.2	46	82	15	116	54	5	4	36	1.42
7469148--7469223	21	3.4	21	72	22	59	53	6	2	36	1.41
7469346--7469376	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
7469401--7469447	6	7.5	6	83	9	58	76	6	2	14	1.08
7470647--7470682	18	2.1	18	90	10	58	22	0	5	72	1.05
7471689--7471735	25	1.9	24	83	12	60	42	6	4	46	1.48
7475916--7475944	15	1.9	15	100	0	58	62	0	6	31	1.22
7475969--7476014	16	2.7	17	78	18	51	78	4	2	15	1.01
7479144--7479219	9	7.9	9	77	11	71	61	0	2	35	1.10
7479144--7479219	10	7.9	10	71	8	59	61	0	2	35	1.10
7479151--7479219	20	3.6	18	79	11	66	60	0	2	36	1.11
7479539--7479582	9	4.6	10	77	11	56	63	0	4	31	1.14
7479539--7479582	19	2.3	19	84	7	63	63	0	4	31	1.14
7480173--7480291	48	2.4	50	81	4	134	24	32	1	41	1.65
7480479--7480523	19	2.4	20	75	14	51	40	8	0	51	1.33
7481440--7481473	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
7486201--7486245	20	2.2	21	77	18	51	20	4	6	68	1.29
7491173--7491512	114	3.0	113	82	1	410	25	22	25	26	2.00
7491446--7491614	88	1.9	88	85	2	232	18	23	30	27	1.97
7491598--7491779	73	2.5	72	85	3	231	24	24	25	25	2.00
7492027--7492110	38	2.2	37	85	2	105	20	1	39	39	1.60
7492086--7492137	15	3.5	15	76	7	52	21	0	38	40	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7492086--7492151	14	4.5	14	74	11	53	21	0	37	40	1.53
7492786--7492833	21	2.3	21	85	7	62	77	4	6	12	1.11
7494910--7495050	39	3.7	36	80	11	140	43	12	2	41	1.53
7494957--7495047	18	4.9	18	79	15	105	45	12	1	41	1.48
7495642--7496194	9	63.8	9	65	21	179	48	17	1	31	1.58
7495642--7495824	25	7.4	25	71	16	116	47	19	2	30	1.61
7495668--7495937	34	8.0	34	67	18	154	47	19	2	31	1.62
7495682--7495859	68	2.6	68	90	1	261	44	20	2	32	1.64
7495716--7495806	43	2.1	43	83	4	112	46	19	2	31	1.62
7495648--7496190	16	32.9	16	67	23	140	48	17	1	31	1.57

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