genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  92  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28448698--28448745	11	4.3	12	72	17	50	60	0	4	35	1.16
28448729--28448775	17	2.8	17	83	0	58	61	0	0	38	0.96
28454940--28454968	11	2.5	12	94	5	51	27	10	10	51	1.68
28462102--28462132	6	5.2	6	100	0	62	16	16	0	67	1.23
28462104--28462168	6	10.7	6	83	9	51	7	20	0	72	1.09
28474661--28475139	230	2.1	223	80	7	536	37	10	12	39	1.77
28475348--28475402	20	2.7	20	75	13	58	60	1	1	36	1.18
28476160--28476214	20	2.7	21	75	11	60	56	0	0	43	0.99
28476210--28476266	16	3.9	15	72	19	50	43	1	1	52	1.21
28476304--28476350	6	7.8	6	83	7	60	53	0	0	46	1.00
28476278--28476356	26	2.9	26	77	15	79	53	1	0	45	1.08
28487192--28487375	52	3.3	53	74	18	169	41	4	3	50	1.40
28487265--28487381	62	1.9	59	83	11	148	41	4	5	49	1.44
28487491--28487538	26	2.0	22	84	15	60	39	6	14	39	1.71
28492399--28492463	32	2.0	32	91	5	105	27	7	12	52	1.66
28494332--28494368	18	2.1	18	89	0	56	10	0	16	72	1.10
28494394--28494477	41	2.0	42	88	6	127	33	11	2	52	1.51
28505878--28505923	19	2.4	21	82	17	64	63	6	0	30	1.20
28507315--28507345	10	3.1	10	95	0	53	32	29	0	38	1.57
28510273--28510300	10	2.8	10	100	0	56	78	0	0	21	0.75
28513239--28513269	8	3.9	8	100	0	62	77	9	0	12	0.99
28514268--28514419	78	2.0	77	96	1	277	30	17	13	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28535503--28535650	40	3.7	40	76	1	145	33	14	32	19	1.92
28535505--28535652	80	1.9	80	82	2	190	33	14	31	20	1.93
28543166--28543316	71	2.1	72	91	2	243	30	29	16	23	1.96
28543236--28543457	103	2.2	103	93	1	374	31	31	18	18	1.95
28543329--28543379	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
28543785--28543848	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
28543792--28543848	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
28550716--28550866	71	2.1	72	91	2	243	30	29	16	23	1.96
28550786--28551008	104	2.2	103	92	2	367	31	31	18	17	1.95
28551337--28551400	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
28551344--28551400	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
28559813--28559895	28	3.0	28	83	10	91	16	22	21	38	1.93
28559827--28559896	28	2.6	27	88	2	95	17	20	25	37	1.94
28566029--28566078	24	2.1	24	85	7	66	20	6	8	66	1.40
28567776--28567810	16	2.1	17	89	5	54	37	0	51	11	1.38
28577645--28577679	16	2.1	17	89	5	54	37	0	51	11	1.38
28602442--28602466	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
28614779--28614831	20	2.7	20	88	2	81	54	7	3	33	1.46
28615069--28615114	23	2.0	23	82	0	56	34	6	6	52	1.53
28615287--28615401	57	2.0	56	84	1	149	40	14	24	20	1.90
28617614--28617643	10	2.9	10	95	5	51	70	3	0	26	1.03
28629526--28629595	30	2.3	30	87	0	104	21	34	27	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28631997--28632039	22	2.0	22	90	0	68	37	2	2	58	1.24
28636997--28637229	41	5.6	40	80	8	277	36	24	18	21	1.95
28636996--28637232	84	2.8	84	94	0	420	35	24	17	21	1.95
28639228--28639302	16	4.4	19	64	26	51	38	6	20	34	1.78
28639201--28639302	50	2.0	50	100	0	204	36	7	21	34	1.83
28639715--28639787	27	2.7	27	84	0	101	38	20	19	21	1.94
28642910--28643418	206	2.5	205	85	3	686	32	12	15	40	1.84
28643438--28643480	11	3.9	11	84	0	59	48	9	6	34	1.62
28647895--28647999	53	2.0	53	84	0	138	32	13	9	44	1.76
28652766--28652799	7	5.1	7	96	3	54	44	0	8	47	1.34
28661828--28661902	38	2.0	38	89	0	114	34	16	10	38	1.83
28662367--28662528	86	1.9	86	81	7	195	37	19	15	28	1.92
28663928--28664053	26	4.8	26	80	1	130	29	34	12	23	1.92
28663929--28664053	52	2.4	52	80	5	146	29	34	12	24	1.91
28666172--28666203	17	1.9	17	93	6	57	43	18	12	25	1.85
28668581--28668653	24	3.0	24	80	8	76	36	21	24	16	1.94
28668592--28668662	24	2.9	24	85	6	90	36	21	25	16	1.94
28668704--28668769	26	2.5	26	83	7	80	36	24	24	15	1.93
28673804--28673986	41	4.5	41	87	2	156	21	27	20	30	1.98
28673839--28674000	41	4.0	41	90	1	236	22	27	20	29	1.99
28683099--28683132	15	2.3	15	100	0	68	58	5	0	35	1.22
28684381--28684427	24	2.0	24	86	0	67	80	2	17	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28684382--28684435	24	2.2	24	83	0	63	83	3	12	0	0.78
28684414--28684438	11	2.3	11	100	0	50	92	8	0	0	0.40
28691454--28691490	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
28691539--28691599	30	2.0	31	87	3	88	19	45	0	34	1.51
28691704--28691764	30	2.0	31	87	3	88	19	34	0	45	1.51
28691859--28691898	20	1.9	21	85	10	55	22	22	0	55	1.44
28700856--28700910	24	2.3	24	87	0	74	47	10	5	36	1.62
28700868--28700919	24	2.2	24	82	0	59	50	7	5	36	1.55
28705043--28705082	20	2.0	20	90	0	62	30	10	10	50	1.69
28705028--28705094	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
28705618--28705841	111	2.0	113	94	1	398	39	15	12	33	1.84
28708363--28708391	14	2.0	15	93	6	51	48	17	6	27	1.72
28710453--28710572	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
28712030--28712377	47	7.4	47	89	3	504	33	9	29	27	1.89
28712228--28712349	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
28723878--28724062	79	2.3	81	83	9	229	24	22	27	25	2.00
28723879--28724062	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	25	2.00
28723931--28724095	79	2.1	79	84	6	210	26	21	26	25	1.99
28754312--28754458	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
28754358--28754538	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
28754355--28754538	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
28759142--28759242	34	3.0	34	68	5	105	26	11	27	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28759128--28759259	68	1.9	68	89	3	203	26	11	27	34	1.91
28759365--28759466	17	6.0	17	74	0	78	23	10	23	42	1.85
28759359--28759441	34	2.4	34	79	0	94	22	9	24	43	1.83
28763137--28763320	50	3.7	50	82	2	217	20	29	20	29	1.98
28763287--28763352	32	2.1	32	94	0	114	27	28	18	25	1.98
28769039--28769090	25	2.1	25	89	3	79	40	7	11	40	1.70
28769825--28770122	50	5.9	50	79	5	269	23	27	19	28	1.99
28785198--28785222	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
28787397--28787467	35	2.0	35	100	0	142	40	14	8	36	1.76
28795819--28795864	7	6.6	7	94	0	83	32	0	54	13	1.39
28796460--28796531	37	2.0	37	84	13	96	8	15	4	72	1.24
28796997--28797026	15	1.9	16	93	6	53	33	3	0	63	1.11
28797050--28797297	131	1.9	134	88	5	380	37	4	4	53	1.41
28797248--28797281	12	2.7	13	90	4	52	35	0	0	64	0.94
28797249--28797286	13	3.0	13	88	3	51	39	0	2	57	1.12
28797076--28797346	131	2.1	129	81	11	304	38	5	4	51	1.45
28801073--28801125	26	2.0	26	100	0	106	45	0	16	37	1.48
28801549--28801597	21	2.3	21	82	0	62	18	16	16	48	1.81
28801523--28801623	42	2.4	42	81	3	114	13	22	16	46	1.83
28801564--28801679	42	2.8	42	77	5	99	13	22	16	47	1.82
28803388--28803585	50	3.8	50	80	6	191	27	20	28	24	1.99
28803883--28803920	17	2.2	17	100	0	76	36	23	10	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28803890--28803937	17	2.9	16	84	9	53	43	16	8	31	1.78
28805555--28805688	50	2.6	51	86	4	191	29	24	16	29	1.96
28805619--28805756	68	2.0	68	95	0	249	28	26	15	28	1.96
28805561--28805807	119	2.1	117	78	6	266	29	25	15	29	1.96
28812985--28813231	49	4.9	50	81	6	241	22	26	22	28	1.99
28822082--28822122	19	2.2	19	100	0	82	36	4	14	43	1.67
28823078--28823203	46	2.7	47	79	10	150	42	7	3	46	1.49
28823078--28823202	45	2.7	45	81	6	160	42	8	3	46	1.49
28827377--28827401	13	1.9	13	100	0	50	12	24	32	32	1.91
28829078--28829111	18	1.9	18	88	5	52	47	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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