genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17070428--17070520	35	2.6	35	87	1	123	17	13	30	38	1.89
17073879--17073915	12	3.1	12	88	0	56	45	0	2	51	1.15
17075374--17075706	102	3.3	101	89	0	495	31	28	20	20	1.97
17082921--17083114	33	5.8	33	72	17	166	30	27	23	18	1.97
17083033--17083146	27	4.0	27	77	13	93	30	30	21	17	1.96
17083005--17083139	60	2.2	60	93	0	225	32	29	20	17	1.95
17083061--17083248	102	1.8	102	89	0	295	33	28	19	19	1.96
17091696--17091751	23	2.4	23	81	0	67	23	14	12	50	1.77
17095540--17095726	50	3.7	50	89	0	266	22	31	20	25	1.98
17102247--17102311	26	2.5	26	84	0	94	43	13	12	30	1.81
17107356--17107406	26	2.0	26	84	0	66	54	11	5	27	1.59
17107761--17107792	16	1.9	17	93	6	57	40	0	6	53	1.26
17109446--17109487	21	2.0	21	85	0	57	52	0	2	45	1.13
17115181--17115216	13	2.8	13	95	0	63	27	33	33	5	1.80
17115770--17115992	90	2.5	90	83	1	268	29	26	12	31	1.93
17124381--17124414	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
17131982--17132185	25	8.1	25	73	11	121	35	17	16	30	1.92
17132030--17132179	51	3.0	49	76	8	142	37	16	14	31	1.89
17133712--17133762	9	6.6	8	81	18	56	25	0	5	68	1.12
17133711--17133768	22	2.6	23	86	13	86	25	0	5	68	1.10
17133797--17133852	25	2.2	26	87	9	80	35	1	3	58	1.26
17134302--17134328	7	3.9	7	100	0	54	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17134890--17134940	19	2.7	19	80	14	70	37	1	0	60	1.08
17137047--17137106	26	2.2	28	80	8	72	56	11	3	28	1.51
17137056--17137105	12	3.9	12	79	20	57	58	10	2	30	1.42
17137438--17137525	39	2.3	35	77	19	95	60	13	2	23	1.45
17137669--17137758	31	2.8	32	76	11	85	38	26	0	34	1.57
17138115--17139281	393	3.0	391	93	2	2000	31	16	13	38	1.88
17144957--17145052	47	2.0	47	97	0	183	32	29	10	28	1.90
17148774--17148821	4	12.0	4	90	0	69	43	25	6	25	1.77
17153943--17153976	15	2.3	15	89	0	50	61	20	17	0	1.34
17153991--17154029	20	2.0	20	84	0	51	43	20	33	2	1.65
17162760--17162818	30	2.0	30	83	9	77	45	10	8	35	1.68
17163912--17163987	37	2.1	37	100	0	152	18	22	15	43	1.88
17164634--17164660	7	3.9	7	100	0	54	85	14	0	0	0.61
17167205--17167466	131	2.0	131	99	0	515	40	20	15	22	1.90
17170917--17170955	18	2.2	18	95	0	69	71	15	7	5	1.26
17176601--17176987	51	7.6	51	81	6	344	28	14	25	31	1.95
17176597--17176986	102	3.9	101	85	5	459	28	14	25	30	1.95
17176601--17176980	153	2.5	149	80	6	390	28	14	25	30	1.95
17179288--17179422	68	2.0	68	86	1	189	49	5	4	40	1.47
17186064--17186118	24	2.3	24	79	14	60	60	3	1	34	1.25
17187780--17187842	3	21.0	3	100	0	126	66	0	33	0	0.92
17189337--17189405	31	2.3	31	85	7	88	26	8	20	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17198205--17198259	24	2.3	24	81	9	60	58	21	7	12	1.59
17198803--17198842	6	6.7	6	100	0	80	52	0	0	47	1.00
17204069--17204122	24	2.3	23	84	9	65	7	11	14	66	1.43
17210108--17210165	30	1.9	30	86	6	82	56	13	12	17	1.66
17211510--17211544	17	2.1	17	94	0	61	20	31	22	25	1.98
17212536--17212620	27	3.2	27	72	12	95	37	16	18	27	1.92
17212528--17212658	52	2.5	52	91	0	199	36	18	20	24	1.95
17212528--17212641	27	4.4	25	71	12	79	36	17	21	24	1.94
17212581--17212662	25	3.2	25	68	22	62	36	20	20	21	1.95
17212701--17212804	24	4.3	24	75	4	75	33	16	28	21	1.95
17220171--17220255	24	3.5	24	76	7	82	36	22	24	16	1.94
17221508--17221568	15	3.9	16	81	14	67	75	4	1	18	1.06
17221534--17221579	19	2.4	19	85	10	58	78	4	2	15	1.01
17223726--17224564	44	19.6	44	73	11	552	30	24	16	28	1.97
17224198--17224266	34	2.0	35	85	2	95	34	20	20	24	1.96
17224232--17224564	89	3.8	90	80	4	372	30	25	16	27	1.97
17224225--17224564	133	2.6	133	94	0	599	29	25	16	28	1.97
17225187--17225240	25	2.1	25	90	10	83	64	11	11	12	1.49
17230184--17230489	40	7.7	40	89	5	367	25	25	21	27	1.99
17242005--17242089	24	3.5	24	76	13	84	36	21	24	17	1.94
17243342--17243404	16	3.9	17	81	10	55	76	4	1	17	1.04
17243352--17243404	12	4.4	12	80	0	52	75	5	1	16	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17251714--17251781	25	2.8	25	86	2	93	23	23	22	30	1.99
17262418--17262444	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
17274814--17275393	44	13.5	44	72	12	316	29	18	22	30	1.97
17274814--17275363	84	6.4	83	71	14	332	29	18	22	29	1.97
17274814--17275100	128	2.3	127	90	2	443	28	17	21	31	1.97
17275157--17275445	128	2.3	128	88	0	434	28	19	22	29	1.98
17274739--17275446	343	2.1	344	91	1	1132	29	18	23	28	1.98
17277145--17277214	26	2.7	24	77	22	63	34	2	5	57	1.37
17278964--17279004	21	2.0	21	90	4	66	58	12	0	29	1.34
17278964--17279004	11	3.9	11	78	9	50	58	12	0	29	1.34
17285393--17285631	100	2.3	104	81	7	265	23	29	21	25	1.99
17285342--17285631	50	5.7	50	78	6	228	23	27	21	27	1.99
17290585--17290630	24	1.9	24	100	0	92	21	26	17	34	1.95
17292731--17292759	12	2.4	12	100	0	58	20	17	6	55	1.65
17292972--17293250	50	5.5	49	83	8	206	22	28	21	27	1.99
17293008--17293250	50	4.7	50	86	5	290	22	29	21	26	1.99
17294559--17295067	140	3.6	140	83	1	606	26	18	21	33	1.96
17297544--17297646	51	2.0	51	100	0	206	33	3	27	35	1.75
17298040--17298308	35	7.4	35	75	12	188	22	18	16	43	1.88
17298037--17298342	73	4.2	72	76	9	257	21	18	16	42	1.89
17298050--17298323	38	7.5	37	76	14	171	21	16	17	43	1.87
17298227--17298341	38	3.0	37	81	9	126	24	16	15	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17302304--17302331	12	2.3	12	100	0	56	71	0	21	7	1.09
17303216--17303270	9	5.9	9	89	4	65	21	34	3	40	1.71
17303216--17303262	10	4.9	10	92	2	62	23	34	2	40	1.67
17303226--17303270	10	4.8	9	86	5	54	24	35	2	37	1.68
17308552--17309018	232	2.0	232	94	0	819	27	25	16	30	1.97
17311445--17311487	20	2.2	20	100	0	86	25	4	13	55	1.58
17316546--17316576	15	2.1	15	100	0	62	51	12	6	29	1.65
17322741--17322828	45	2.0	45	81	0	104	45	11	19	23	1.83
17322892--17323020	69	1.9	69	81	0	159	35	16	26	21	1.94
17326138--17326208	25	2.8	26	75	12	76	77	2	4	15	1.04
17333132--17333326	43	4.5	43	88	3	257	31	24	17	26	1.97
17333441--17333523	31	2.7	30	79	3	94	42	18	9	30	1.82
17340126--17340160	17	2.1	17	100	0	70	34	22	17	25	1.96
17342784--17342818	19	1.9	17	88	11	52	40	2	5	51	1.40
17344757--17344805	24	2.0	24	84	7	64	42	2	6	48	1.39
17344773--17344813	20	2.1	19	86	4	55	41	0	9	48	1.36
17349149--17349216	35	1.9	35	82	5	84	27	30	13	27	1.94
17350451--17350498	25	1.9	25	86	0	69	37	4	25	33	1.75
17351554--17351763	102	2.1	102	95	0	375	35	23	5	36	1.77
17355262--17355325	30	2.1	30	100	0	128	28	6	31	34	1.82
17357329--17357410	30	2.7	30	100	0	164	28	6	14	51	1.66
17359113--17359142	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17361327--17361384	25	2.3	25	85	5	73	31	22	22	24	1.99
17362585--17362697	60	1.9	60	92	3	192	22	21	33	23	1.97
17371358--17371415	22	2.6	22	91	0	89	39	15	25	18	1.91
17371340--17371422	22	3.8	22	80	0	76	38	16	27	16	1.91
17375619--17375659	18	2.3	18	100	0	82	43	29	4	21	1.73
17380686--17380727	21	2.0	22	90	4	68	26	4	9	59	1.48
17388472--17388559	30	2.9	30	84	3	97	23	31	28	15	1.96
17389639--17389682	11	4.0	11	80	11	54	22	0	0	77	0.77
17393511--17393726	119	1.8	120	84	7	296	25	27	21	25	2.00
17393490--17393730	40	6.1	40	84	6	285	24	28	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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