genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  189  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58988995--58989041	22	2.1	22	84	11	60	48	2	21	27	1.61
58995503--58995637	40	3.4	40	85	0	198	45	25	15	12	1.81
58999234--58999262	14	2.1	14	100	0	58	20	0	37	41	1.53
58999225--58999267	21	2.0	21	81	0	50	25	2	32	39	1.69
59001794--59001854	27	2.3	27	91	0	95	19	13	27	39	1.89
59001805--59001873	27	2.6	27	93	2	113	15	15	23	44	1.85
59001832--59001915	41	2.0	42	88	2	125	16	17	21	44	1.87
59001859--59001888	15	2.1	15	93	6	53	20	30	10	40	1.85
59001873--59002059	27	6.9	27	85	0	239	18	19	22	39	1.93
59001805--59001942	68	2.0	69	87	1	197	16	18	22	42	1.89
59001873--59002059	54	3.5	54	87	0	266	18	19	22	39	1.93
59001875--59002063	81	2.3	81	87	1	272	17	19	23	39	1.93
59006271--59006581	154	2.0	154	99	0	613	26	17	13	42	1.86
59008882--59008927	18	2.8	17	78	15	53	0	26	41	32	1.56
59008882--59008915	17	1.9	18	88	5	52	0	26	38	35	1.57
59010069--59010275	54	3.8	53	73	8	152	35	16	22	25	1.95
59010186--59010295	57	1.9	56	83	5	141	33	18	21	26	1.96
59029254--59029403	75	2.0	75	100	0	300	40	5	14	40	1.69
59031987--59032076	37	2.4	36	80	15	94	63	4	2	30	1.26
59032386--59032434	20	2.5	20	100	0	98	24	28	10	36	1.88
59032386--59032443	20	2.9	20	92	5	82	27	27	8	36	1.86
59032425--59032495	31	2.3	32	85	9	103	43	23	8	23	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59032844--59032899	29	1.9	29	85	0	76	33	14	7	44	1.72
59038448--59038487	18	2.1	18	86	9	53	25	0	10	65	1.24
59038487--59038517	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
59039927--59040003	31	2.5	31	78	4	75	37	15	10	36	1.82
59062599--59062663	30	2.2	30	91	0	103	36	20	3	40	1.68
59070095--59070141	16	2.8	16	78	18	51	63	0	2	34	1.06
59070815--59071464	45	14.4	45	88	0	877	30	17	23	28	1.97
59071567--59071676	44	2.5	44	87	0	148	30	22	22	24	1.99
59072222--59072269	21	2.4	20	93	6	80	35	12	14	37	1.84
59072799--59072857	32	1.9	31	86	6	84	35	11	6	45	1.67
59072797--59072865	30	2.2	31	82	5	86	33	11	5	49	1.63
59072995--59073038	22	2.0	22	90	4	70	34	9	2	54	1.44
59073088--59073115	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
59077206--59077256	26	2.0	26	92	0	84	25	21	17	35	1.95
59087828--59087974	58	2.5	58	83	4	197	15	27	31	24	1.96
59087830--59087961	29	4.6	29	90	1	185	15	28	31	24	1.96
59087953--59088068	60	1.9	59	84	5	153	21	21	33	23	1.97
59089075--59089108	17	1.9	18	88	5	52	2	5	32	58	1.37
59090865--59090898	16	2.1	16	88	0	50	55	0	0	44	0.99
59090876--59090925	24	2.0	25	85	11	68	58	0	0	42	0.98
59095767--59095793	10	2.7	10	100	0	54	22	0	37	40	1.54
59097207--59097321	38	3.0	38	80	0	131	34	16	14	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59097579--59097619	20	2.0	21	85	4	57	31	19	17	31	1.95
59102096--59102146	14	3.7	14	82	10	52	66	0	0	33	0.92
59102084--59102133	21	2.4	21	86	6	66	68	2	0	30	1.01
59102132--59102156	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
59103038--59103101	30	2.1	31	94	2	112	40	4	26	28	1.76
59103047--59103098	15	3.5	15	72	12	54	44	5	23	26	1.76
59103048--59103098	14	3.5	14	70	19	50	43	5	23	27	1.77
59103246--59103270	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
59121594--59122160	126	4.5	125	85	2	751	29	16	22	30	1.96
59121594--59122160	251	2.3	249	89	2	825	29	16	22	30	1.96
59124923--59124964	21	2.0	21	86	9	59	50	9	2	38	1.48
59125134--59125171	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
59126110--59126207	51	1.9	51	85	4	135	46	3	23	26	1.66
59126169--59126243	22	3.4	22	71	23	66	44	1	28	26	1.63
59126169--59126243	11	6.7	11	72	22	59	44	1	28	26	1.63
59127568--59127623	15	4.0	15	73	17	57	55	0	0	44	0.99
59127578--59127640	26	2.5	25	82	10	83	58	1	0	39	1.07
59127573--59127771	59	3.3	59	72	19	205	53	3	1	41	1.27
59127551--59127790	120	2.0	120	96	0	444	51	4	2	42	1.33
59138846--59138870	7	3.6	7	100	0	50	48	36	16	0	1.46
59140768--59140926	53	3.0	53	82	8	193	59	3	10	25	1.47
59142460--59142960	44	11.0	44	77	9	425	29	20	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59142616--59142958	178	1.9	179	86	4	492	30	21	16	30	1.96
59156538--59156589	19	2.7	20	85	11	65	40	7	21	30	1.81
59174729--59174764	10	3.7	10	88	3	56	75	0	0	25	0.81
59180824--59180862	9	4.3	9	84	12	53	76	0	23	0	0.78
59183275--59183366	48	1.9	48	88	0	139	44	6	23	25	1.77
59191575--59191729	46	3.6	45	76	19	177	37	12	21	28	1.90
59191611--59191751	36	3.6	36	75	20	149	36	14	19	29	1.91
59191575--59191748	82	2.1	82	93	0	303	36	13	20	29	1.91
59197511--59197836	46	7.6	45	81	14	395	34	14	22	28	1.94
59197547--59197701	36	4.0	36	79	15	175	36	14	20	29	1.92
59197511--59197819	82	3.7	82	90	4	440	34	15	21	29	1.94
59197511--59197819	128	2.4	127	79	8	385	34	15	21	29	1.94
59199062--59199101	21	1.9	21	89	0	62	40	15	25	20	1.90
59199750--59199778	13	2.1	14	93	6	51	55	13	0	31	1.39
59208395--59208612	93	2.3	92	81	3	247	23	19	14	41	1.89
59208657--59208761	38	2.7	39	85	1	149	18	25	19	37	1.94
59209547--59209834	42	6.8	42	83	4	240	26	21	20	31	1.98
59211675--59211776	13	7.5	13	73	16	73	30	9	20	39	1.85
59211966--59211994	11	2.7	11	94	5	51	27	24	10	37	1.88
59213255--59213614	84	4.3	84	91	1	603	30	20	19	30	1.97
59213259--59213614	170	2.1	168	94	1	613	30	20	18	30	1.97
59215331--59216142	112	7.3	112	93	0	1333	25	27	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59216076--59216182	40	2.7	39	85	5	126	19	28	18	32	1.96
59216720--59216766	15	3.1	15	73	11	51	46	8	0	44	1.33
59217525--59217556	16	1.9	17	93	6	57	40	9	0	50	1.35
59218569--59218599	14	2.2	14	100	0	62	19	6	16	58	1.59
59219589--59219619	12	2.5	13	94	5	55	54	3	0	41	1.16
59220379--59222057	94	17.9	94	84	2	1818	29	20	18	31	1.96
59220676--59220823	44	3.2	44	71	20	140	27	24	17	30	1.97
59220622--59220886	50	5.5	48	69	22	166	30	22	17	29	1.97
59221518--59221661	44	3.1	44	68	18	112	26	22	18	33	1.96
59227002--59227028	5	5.4	5	100	0	54	77	22	0	0	0.76
59228419--59228476	21	2.9	19	80	17	64	56	0	10	32	1.33
59228621--59228694	23	3.1	24	84	5	105	56	6	10	25	1.58
59229135--59229165	12	2.6	12	100	0	62	58	6	0	35	1.24
59230758--59230797	21	1.9	21	85	10	55	27	7	25	40	1.82
59237232--59237278	24	2.0	24	86	0	67	44	0	38	17	1.48
59248151--59248192	22	1.9	22	85	9	59	57	4	7	30	1.47
59248150--59248196	22	2.3	21	78	10	53	57	4	6	31	1.43
59252248--59252283	18	2.0	18	88	0	54	27	5	0	66	1.13
59258722--59258974	40	6.2	40	94	0	425	33	27	10	28	1.89
59263349--59263379	16	1.9	16	93	0	53	48	16	19	16	1.81
59280975--59281016	13	3.5	13	75	18	54	50	0	0	50	1.00
59280971--59281016	23	2.1	21	92	8	74	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59290253--59290280	5	5.6	5	100	0	56	21	0	39	39	1.54
59290941--59290980	21	1.9	21	85	10	55	27	10	17	45	1.80
59292880--59292924	22	2.1	22	87	4	65	33	2	2	62	1.20
59297319--59297373	28	2.0	28	92	0	92	32	21	7	38	1.81
59305622--59305697	37	2.1	37	100	0	134	39	10	10	39	1.74
59307670--59307721	21	2.4	21	81	9	61	48	0	3	48	1.20
59307671--59307719	19	2.6	19	84	9	64	48	0	4	46	1.20
59307688--59307734	23	2.1	21	84	7	58	57	0	4	38	1.18
59308686--59308730	22	2.0	22	100	0	90	46	4	17	31	1.68
59311716--59311762	3	16.0	3	95	4	87	68	0	31	0	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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