genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  90  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27728487--27728565	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
27738957--27739229	140	2.0	140	84	0	357	25	26	25	23	2.00
27745940--27745998	30	2.0	30	100	0	118	28	33	20	16	1.95
27746241--27746273	13	2.5	13	90	9	50	51	24	3	21	1.62
27748440--27748464	13	1.9	13	100	0	50	28	8	8	56	1.57
27749569--27749765	98	2.0	98	93	0	340	38	24	9	27	1.87
27749810--27750132	103	3.1	102	64	24	253	36	15	14	33	1.88
27749709--27750159	205	2.2	205	94	0	787	36	17	13	32	1.89
27750607--27750653	20	2.3	20	81	0	58	55	0	6	38	1.26
27752031--27752370	44	7.8	44	71	11	222	27	21	20	30	1.98
27752034--27752439	217	1.9	217	84	5	543	27	22	19	30	1.98
27752374--27752945	132	4.3	132	93	0	959	27	23	19	29	1.98
27757663--27757690	11	2.5	11	100	0	56	60	10	0	28	1.30
27758330--27758649	102	3.1	103	66	20	290	37	16	14	32	1.89
27758227--27758678	205	2.2	204	94	2	793	36	17	13	32	1.88
27759133--27759179	20	2.3	20	81	0	58	55	0	6	38	1.26
27759018--27759196	58	3.2	55	71	16	147	50	4	10	35	1.56
27759018--27759239	110	2.0	114	83	6	281	50	6	9	33	1.59
27763805--27763859	13	4.2	13	85	0	65	54	10	3	30	1.52
27765131--27765176	20	2.3	20	96	0	83	45	21	23	8	1.80
27774643--27774668	7	3.7	7	100	0	52	11	11	15	61	1.57
27779220--27779296	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27779236--27779275	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
27779224--27779290	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
27779259--27779298	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
27780340--27780397	20	2.8	20	75	17	57	43	5	1	50	1.35
27781849--27781882	11	3.1	11	82	0	50	20	32	2	44	1.67
27781849--27781898	22	2.3	22	89	6	75	24	32	2	42	1.66
27781860--27781959	51	2.0	51	84	7	132	26	27	2	45	1.65
27787546--27787601	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
27791527--27792285	29	25.9	29	90	7	1189	37	10	0	52	1.38
27792376--27792410	17	2.1	17	88	0	52	14	48	5	31	1.67
27792317--27792472	79	2.0	79	92	0	258	18	48	5	27	1.71
27794532--27794571	17	2.4	17	91	0	62	25	22	5	47	1.71
27798065--27798108	17	2.6	17	96	0	79	22	27	0	50	1.50
27799587--27799676	21	4.1	22	81	7	67	56	16	25	1	1.47
27799602--27799676	21	3.5	22	85	3	91	54	17	26	1	1.51
27803108--27803296	50	3.7	50	78	8	209	23	16	28	31	1.96
27803116--27803305	105	1.8	103	86	4	256	23	16	28	31	1.96
27813751--27813819	30	2.3	30	80	7	77	23	8	21	46	1.79
27813513--27813826	172	1.8	174	84	4	429	27	16	20	35	1.94
27817164--27817238	23	3.3	23	88	7	125	32	25	20	22	1.98
27834661--27834715	23	2.6	21	77	13	60	29	0	16	54	1.42
27837845--27837980	50	2.7	50	82	0	164	27	22	30	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27838241--27838283	20	2.2	20	87	8	61	53	2	30	13	1.53
27842453--27842495	21	2.0	21	100	0	86	23	9	23	44	1.82
27843626--27843770	40	3.7	40	93	2	231	25	28	22	23	1.99
27853797--27853838	21	2.0	21	95	0	75	35	23	16	23	1.95
27858611--27858800	50	3.7	50	83	4	209	25	22	30	22	1.99
27867712--27867837	43	2.9	43	89	4	200	30	13	19	36	1.90
27868807--27868905	49	2.0	49	98	0	189	37	0	30	32	1.58
27892571--27892603	16	2.1	16	100	0	66	39	6	36	18	1.75
27893783--27893823	9	4.7	9	79	14	50	80	7	12	0	0.90
27893782--27893828	12	3.6	13	81	18	62	80	6	12	0	0.88
27901562--27901588	11	2.5	11	100	0	54	74	0	0	25	0.83
27911909--27912104	50	3.8	50	81	4	185	23	29	20	26	1.99
27911964--27912104	56	2.7	50	87	6	183	21	29	21	26	1.99
27917760--27918000	50	4.8	50	82	0	223	23	26	21	28	1.99
27918771--27918849	35	2.3	35	88	0	122	24	25	18	31	1.98
27918793--27918917	35	3.6	35	75	8	101	25	20	21	32	1.98
27921179--27921236	26	2.2	26	87	6	82	56	6	8	27	1.55
27935148--27935179	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
27935369--27935553	51	3.7	50	80	7	214	30	26	17	24	1.97
27935368--27935551	101	1.8	101	89	5	291	31	25	17	25	1.97
27939182--27939215	12	3.0	11	91	4	50	38	17	2	41	1.65
27943714--27943830	62	1.9	59	86	5	162	50	2	3	43	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27943813--27943871	20	2.9	21	82	5	75	49	3	1	45	1.28
27944303--27944327	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
27947101--27947134	6	5.3	6	96	3	50	70	0	14	14	1.17
27947485--27947547	31	2.0	31	90	0	99	30	14	34	20	1.92
27948398--27948468	28	2.6	27	72	16	74	30	25	18	25	1.98
27948520--27948611	29	3.2	28	76	14	98	22	23	16	36	1.94
27948480--27948613	57	2.4	57	80	1	144	28	23	14	33	1.94
27948517--27948601	28	3.0	29	77	16	95	23	23	17	35	1.95
27952470--27952533	21	3.0	21	100	0	128	23	37	14	25	1.92
27960119--27960165	16	3.1	16	77	22	57	48	4	0	46	1.21
27960123--27960168	24	1.9	24	86	8	67	50	2	0	47	1.13
27960491--27960528	16	2.4	16	90	0	58	39	2	31	26	1.70
27960777--27961217	102	4.2	102	83	11	580	51	4	1	42	1.30
27960739--27961013	119	2.3	120	95	0	498	52	3	1	42	1.28
27960971--27961115	26	5.6	26	69	24	85	52	3	0	43	1.23
27960959--27961132	26	6.7	26	70	23	84	51	3	0	44	1.22
27961100--27961521	119	3.5	120	95	0	749	52	4	1	42	1.28
27961321--27961473	18	8.9	18	65	20	67	54	1	0	43	1.13
27961404--27961450	12	3.8	12	78	10	58	55	0	0	44	0.99
27961339--27961443	37	2.9	36	74	21	94	51	1	0	45	1.18
27960797--27961453	323	2.0	318	91	5	963	51	3	1	42	1.28
27969820--27969988	88	1.9	88	87	1	250	39	20	6	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27970017--27970068	17	2.8	19	82	5	63	53	3	5	36	1.43
27970046--27970153	57	1.9	56	83	5	137	60	3	5	30	1.37
27970324--27970461	48	2.9	48	76	14	117	35	2	0	61	1.13
27970372--27970465	9	10.2	9	72	13	57	31	1	0	67	0.98
27970348--27970450	49	2.1	49	82	12	122	34	0	0	63	1.08
27983629--27983671	13	3.3	13	80	0	50	34	0	2	62	1.08
27986085--27986113	8	3.8	8	95	4	51	93	0	6	0	0.36
27986085--27986116	17	1.9	16	93	6	55	90	0	9	0	0.45
27990081--27990133	20	2.7	20	87	0	88	18	28	1	50	1.57
28000004--28000179	27	6.6	27	78	11	164	28	30	14	26	1.95
28008146--28008323	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
28008167--28008322	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
28016042--28016119	39	2.0	39	100	0	156	43	7	20	28	1.79
28019167--28019207	21	2.0	21	85	0	55	24	2	7	65	1.30
28019802--28020071	93	2.9	91	86	3	371	45	5	11	37	1.63
28020211--28020251	21	2.0	21	100	0	82	29	21	14	34	1.93
28021661--28021816	6	26.0	6	100	0	312	50	16	0	33	1.46
28028619--28028685	32	2.1	32	97	0	125	32	14	16	35	1.90
28044446--28044668	104	2.2	103	92	2	367	17	18	31	31	1.95
28044588--28044737	71	2.1	70	88	3	221	24	16	28	30	1.96
28044696--28044747	27	1.9	27	92	0	86	15	23	32	28	1.95
28048517--28048578	30	2.1	30	87	6	90	46	9	11	32	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28063556--28063590	4	8.8	4	93	0	52	77	5	0	17	0.96
28063671--28063789	3	40.7	3	68	12	61	61	5	4	29	1.36
28063888--28063916	8	3.8	8	90	9	51	86	0	0	13	0.58
28065497--28065598	51	2.0	51	82	0	123	28	21	16	33	1.95
28065688--28067305	51	32.9	51	75	11	1099	29	23	17	30	1.97
28065410--28066187	194	4.0	194	80	5	832	28	22	18	29	1.98
28066111--28067272	97	11.9	97	76	10	501	29	23	16	30	1.96
28066084--28067305	194	6.2	193	77	7	1013	28	23	17	30	1.97
28067633--28067709	24	3.2	24	96	0	136	32	25	9	32	1.87
28068627--28068755	46	2.8	46	87	1	186	13	23	21	41	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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