genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  61  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18005506--18005597	26	3.4	26	68	16	78	41	11	4	42	1.61
18005486--18005572	26	3.0	30	65	19	76	41	14	4	39	1.67
18005486--18005597	56	2.0	56	94	0	197	41	14	4	40	1.66
18009952--18010051	42	2.4	40	77	9	101	36	26	18	20	1.95
18010868--18011020	32	4.8	32	78	3	130	37	19	20	22	1.95
18011064--18011128	27	2.4	27	80	12	73	35	20	23	21	1.96
18011191--18011273	24	3.5	23	80	4	85	51	25	3	19	1.62
18011262--18011329	27	2.5	27	90	0	100	41	16	17	25	1.89
18011262--18011339	27	2.9	27	84	3	86	38	19	19	23	1.93
18011336--18011726	27	14.5	27	79	7	278	21	19	21	37	1.95
18011512--18011613	26	3.9	26	83	2	123	21	16	20	41	1.90
18018911--18018963	27	2.0	27	88	0	79	18	11	39	30	1.86
18028664--18028817	27	5.7	27	79	7	152	42	20	16	20	1.89
18028664--18028832	54	3.1	52	79	8	171	42	19	16	21	1.90
18029280--18029342	33	1.9	33	83	6	83	22	25	22	30	1.99
18031955--18032003	25	2.0	25	91	0	80	18	10	48	22	1.77
18033416--18033665	27	9.3	26	77	10	193	41	19	16	22	1.90
18033416--18033665	81	3.1	80	81	5	254	41	19	16	22	1.90
18033416--18033665	54	4.6	53	79	6	227	41	19	16	22	1.90
18040772--18040928	77	2.0	77	97	0	296	36	21	5	35	1.78
18040787--18040908	40	3.1	40	64	19	112	36	20	4	37	1.74
18056229--18056285	27	2.1	28	90	3	89	49	8	33	8	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18056813--18056862	20	2.5	21	83	6	59	52	0	24	24	1.48
18079083--18079144	20	3.1	20	85	0	88	8	29	19	43	1.79
18080759--18080844	32	2.7	33	82	7	115	31	6	15	46	1.72
18080839--18081021	48	3.9	48	83	7	241	30	18	21	29	1.97
18080839--18081046	92	2.3	92	84	8	282	30	18	21	29	1.97
18080881--18081073	42	4.4	42	80	12	190	29	17	23	29	1.97
18080974--18081097	42	2.9	42	81	11	137	27	20	25	26	1.99
18084351--18084408	24	2.4	25	76	2	64	34	12	10	43	1.76
18090397--18090495	9	11.0	9	70	18	55	37	3	1	58	1.20
18090392--18090440	23	2.1	24	81	14	66	40	2	0	57	1.10
18096736--18096768	6	5.5	6	100	0	66	15	0	66	18	1.25
18098529--18098560	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
18099157--18099200	18	2.6	17	82	10	54	77	2	6	13	1.07
18099867--18099911	16	3.0	15	82	17	58	31	0	0	68	0.89
18099867--18099924	21	2.6	22	78	15	57	34	0	0	65	0.93
18099867--18099911	14	3.0	16	84	12	60	31	0	0	68	0.89
18100254--18100286	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
18111022--18111055	17	2.0	17	100	0	68	29	17	11	41	1.85
18112811--18112843	17	2.1	17	88	11	52	51	0	6	42	1.26
18122365--18122486	58	2.1	59	95	3	221	32	7	10	49	1.65
18130367--18130429	20	3.2	20	88	0	90	20	23	3	52	1.61
18131928--18131953	12	2.2	12	100	0	52	42	34	0	23	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18143748--18143774	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
18146609--18146802	51	3.8	50	75	8	178	28	28	18	24	1.98
18154102--18154135	12	2.8	12	81	0	50	61	0	23	14	1.33
18155702--18155784	27	3.1	27	78	0	94	30	21	13	34	1.92
18157538--18157645	27	4.0	27	81	2	110	29	21	15	33	1.94
18159546--18160030	247	2.0	247	88	0	729	31	5	22	40	1.76
18162388--18162436	24	2.0	24	96	0	89	34	8	34	22	1.84
18164935--18164969	15	2.3	15	90	0	52	40	20	5	34	1.76
18186752--18186790	20	2.0	20	84	0	51	23	35	0	41	1.55
18190643--18190676	17	2.0	17	94	0	59	58	8	11	20	1.59
18218657--18218706	26	1.9	26	95	0	82	22	30	20	28	1.98
18221533--18221584	27	1.9	27	96	0	95	28	32	25	13	1.93
18221292--18221659	103	3.6	103	91	2	571	30	29	20	19	1.97
18228440--18228492	26	2.0	26	96	0	97	28	33	22	15	1.94
18228641--18228692	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
18228409--18228768	100	3.6	101	92	4	579	30	29	20	19	1.97
18231029--18231110	25	3.3	25	75	10	78	30	17	20	31	1.95
18231015--18231135	50	2.4	50	80	5	129	32	17	19	31	1.95
18231067--18231143	25	3.1	25	72	10	68	31	16	20	31	1.95
18231497--18231587	45	2.0	45	95	2	166	34	14	12	39	1.83
18233655--18233827	50	3.3	50	82	8	161	22	26	23	28	1.99
18234172--18234229	30	1.9	30	86	6	82	31	24	5	39	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18240312--18240549	50	4.6	50	84	6	291	21	28	22	26	1.99
18240311--18240547	100	2.3	104	86	7	333	21	28	22	26	1.99
18248259--18248330	25	2.9	25	75	4	74	26	19	23	30	1.98
18253137--18253215	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
18253334--18254041	47	14.9	47	95	2	1231	29	30	8	31	1.87
18253334--18254041	190	3.7	190	95	2	1244	29	30	8	31	1.87
18266871--18267539	47	14.1	47	94	2	1135	31	8	30	29	1.88
18277595--18277636	22	1.9	22	85	0	57	19	33	19	28	1.96
18284243--18284370	47	2.7	46	80	9	125	28	20	15	35	1.93
18286188--18286590	41	9.6	41	77	7	357	22	16	24	36	1.94
18286188--18286548	84	4.3	84	89	1	548	22	16	24	36	1.94
18293259--18293283	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
18296492--18296731	43	5.6	43	76	2	169	27	19	20	32	1.97
18297443--18297471	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
18299677--18300081	115	3.5	115	88	0	551	28	20	18	32	1.96
18312410--18312473	19	3.4	19	72	12	60	64	0	1	34	1.03
18312559--18312626	26	2.5	26	79	13	68	30	1	2	64	1.17
18312570--18312687	16	7.1	16	65	18	55	33	1	3	61	1.22
18317433--18317511	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
18317630--18317992	47	7.7	47	94	1	595	28	30	9	31	1.88
18320881--18321341	40	11.6	40	85	4	490	25	28	21	24	1.99
18323187--18323265	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18323382--18323789	47	8.7	47	95	1	680	28	30	8	31	1.87
18323382--18323789	139	2.9	140	93	2	678	28	30	8	31	1.87
18334817--18334888	37	1.9	36	83	10	92	22	18	16	43	1.88
18336447--18336539	45	2.1	44	90	9	145	37	25	3	33	1.72
18336521--18336576	16	3.5	16	83	9	78	30	25	7	37	1.82
18336747--18336816	20	3.6	18	76	14	59	52	4	4	38	1.41
18336837--18336887	18	2.7	19	80	14	61	60	3	0	35	1.15
18336829--18336881	21	2.5	21	87	6	72	66	3	0	30	1.10
18337023--18337051	6	5.0	6	95	4	51	48	0	0	51	1.00
18341924--18341986	33	1.9	33	87	6	92	30	20	23	25	1.99
18342285--18342482	96	2.1	95	86	0	270	39	19	18	23	1.92
18342285--18342484	32	6.3	32	84	2	233	39	19	18	23	1.92
18342490--18342543	26	2.1	26	92	0	90	35	25	22	16	1.95
18342650--18342719	11	6.0	11	69	12	50	50	22	4	22	1.67
18342657--18342775	24	5.0	24	85	2	132	43	20	6	29	1.77
18342792--18342909	54	2.2	54	87	3	166	25	21	18	34	1.96
18342793--18342919	27	4.7	26	84	6	146	24	21	19	34	1.96
18352299--18352356	29	2.0	30	82	3	73	25	27	15	31	1.96
18352342--18352538	30	6.7	30	72	9	111	22	25	12	39	1.89
18352431--18352540	29	3.8	28	82	7	121	23	28	12	35	1.92
18352520--18352588	29	2.4	29	87	4	95	26	26	11	36	1.90
18359849--18359941	27	3.4	27	64	14	73	35	1	5	58	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18359842--18359945	55	1.9	55	95	0	190	36	2	4	55	1.36
18375791--18375935	50	2.9	50	83	4	175	27	21	29	21	1.98
18383291--18383462	50	3.3	50	80	8	166	26	22	27	23	2.00
18383338--18383483	50	2.9	49	80	2	157	26	21	28	23	1.99
18386398--18386432	17	2.1	16	89	5	52	74	5	2	17	1.14
18386900--18386938	18	2.2	18	90	0	60	58	2	7	30	1.39
18387759--18387797	20	2.0	20	85	10	53	66	5	23	5	1.32
18388336--18389574	100	12.5	99	88	2	1627	23	19	24	32	1.97
18388540--18389569	50	20.8	49	71	7	677	23	19	24	33	1.97
18388348--18389574	296	4.1	297	89	2	1706	23	19	24	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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