genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  78  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23906038--23906086	20	2.4	21	90	6	75	42	8	6	42	1.59
23905989--23906111	57	2.1	58	83	8	153	39	9	8	42	1.68
23906078--23906144	17	3.8	16	76	18	62	41	8	14	34	1.78
23906785--23906821	19	1.9	19	88	0	56	70	2	2	24	1.14
23907011--23907053	12	3.7	12	84	12	54	4	9	2	83	0.87
23907033--23907086	27	2.0	26	85	3	72	0	25	0	74	0.83
23907039--23907105	20	3.5	20	76	15	63	1	28	0	70	0.96
23907570--23907639	30	2.3	30	80	4	79	45	4	18	31	1.69
23907700--23907726	8	3.4	8	100	0	54	22	0	0	77	0.76
23914229--23914285	30	1.9	30	92	0	96	35	17	15	31	1.92
23914229--23914306	30	2.6	30	85	2	93	38	15	16	29	1.90
23918576--23918628	26	2.1	25	82	10	63	43	1	22	32	1.64
23919644--23919844	41	4.9	41	86	1	242	30	19	25	23	1.98
23926724--23926748	13	1.9	13	100	0	50	16	16	0	68	1.22
23937678--23937738	29	2.1	30	81	3	70	37	14	8	39	1.76
23938188--23938219	14	2.3	14	94	0	55	84	0	12	3	0.74
23955806--23955838	12	2.8	12	90	0	57	45	6	18	30	1.73
23960343--23960372	6	5.0	6	91	0	51	36	13	33	16	1.88
23968934--23969158	40	5.7	40	82	6	233	25	28	21	25	1.99
23969090--23969167	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
23976792--23977015	40	5.7	40	82	7	233	25	28	20	25	1.99
23976792--23977016	79	2.8	78	80	6	247	25	28	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23976947--23977024	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
23981583--23981649	34	1.9	35	85	8	93	32	8	8	49	1.65
23982106--23982133	14	2.0	14	100	0	56	42	21	14	21	1.88
23990130--23990167	11	3.5	11	96	0	67	39	0	0	60	0.97
23998182--23998256	39	1.9	39	100	0	150	22	18	18	40	1.92
24000630--24000685	28	1.9	30	82	7	71	32	1	21	44	1.63
24001185--24001283	37	2.6	37	80	1	108	16	12	30	41	1.84
24001262--24001416	76	2.1	76	81	3	179	15	16	29	38	1.89
24001349--24001435	38	2.3	38	81	0	111	19	20	27	32	1.97
24001296--24001435	76	1.9	75	80	4	165	15	18	30	35	1.92
24001437--24001543	41	2.6	41	77	0	106	15	17	28	38	1.91
24008642--24008730	41	2.2	41	83	0	106	21	24	23	30	1.99
24008653--24008764	41	2.7	41	76	5	109	22	23	22	32	1.98
24014553--24014647	41	2.3	41	87	0	136	20	23	23	33	1.97
24014553--24014673	41	3.0	40	82	7	122	21	19	23	34	1.96
24023987--24024077	29	3.3	29	65	22	77	29	10	8	50	1.68
24023967--24024076	54	2.0	54	98	0	211	29	10	10	49	1.72
24051455--24051507	24	2.2	24	83	6	63	37	13	0	49	1.42
24056240--24056345	41	2.6	41	85	5	126	73	6	12	7	1.24
24056297--24056330	13	2.8	12	86	8	50	76	8	2	11	1.12
24056288--24056403	62	1.9	61	80	8	137	71	5	13	9	1.28
24057684--24057734	25	2.0	25	100	0	102	25	15	11	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24058570--24058852	44	6.2	44	74	12	221	33	18	21	26	1.96
24059004--24059167	50	3.3	50	76	3	177	35	25	15	23	1.94
24058977--24059702	100	7.2	99	78	5	687	34	23	19	23	1.96
24059028--24059711	50	13.6	50	69	6	256	34	22	18	23	1.96
24058984--24059734	201	3.7	201	82	3	868	34	23	18	23	1.96
24063525--24063704	43	4.2	42	83	4	188	26	22	21	29	1.99
24064125--24064193	21	3.3	21	87	0	93	1	42	21	34	1.62
24068162--24068671	47	10.7	47	94	2	860	32	8	30	29	1.87
24068183--24068671	96	5.1	96	95	2	855	32	8	30	29	1.87
24068162--24068671	143	3.6	141	94	2	860	32	8	30	29	1.87
24068790--24068867	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
24070083--24070512	40	10.8	40	92	1	610	23	20	28	26	1.99
24074087--24074176	45	2.2	40	76	18	94	32	11	28	27	1.91
24074080--24074583	47	10.7	47	95	1	881	32	8	29	29	1.86
24074702--24074780	37	2.1	37	88	0	113	24	20	30	25	1.98
24076371--24076621	9	29.8	9	73	12	167	31	3	19	46	1.65
24076360--24076668	25	12.2	25	77	6	225	31	2	18	47	1.63
24076482--24076579	16	6.0	16	79	11	101	31	2	18	47	1.60
24076482--24076596	41	2.8	40	89	5	160	31	1	18	48	1.58
24076711--24076765	24	2.2	26	83	6	69	21	1	18	58	1.49
24076939--24076971	15	2.2	15	94	0	57	54	3	3	39	1.31
24078179--24078232	24	2.2	24	90	6	83	35	1	42	20	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24078148--24078227	40	2.0	40	85	4	108	35	3	43	17	1.67
24078765--24078814	21	2.4	21	93	0	91	38	26	4	32	1.75
24078770--24078826	28	2.0	29	82	6	71	36	29	3	29	1.74
24079411--24080211	266	3.0	266	92	3	1368	28	19	19	32	1.96
24080185--24080425	113	2.1	113	83	5	288	29	22	21	26	1.99
24080260--24080574	113	2.8	114	84	2	377	29	20	23	27	1.98
24097246--24097369	66	1.9	66	88	3	187	29	19	25	25	1.99
24100188--24100225	16	2.5	15	87	12	51	39	0	2	57	1.12
24100236--24100352	60	1.9	61	85	1	164	39	4	14	41	1.65
24101581--24101619	18	2.2	18	86	13	55	28	0	0	71	0.86
24101810--24101855	21	2.2	20	85	11	58	39	4	4	52	1.41
24108463--24108605	71	2.0	71	100	0	286	29	11	15	44	1.81
24124847--24124896	21	2.4	21	80	6	57	32	14	28	26	1.94
24128919--24129124	40	5.1	40	86	0	286	32	15	29	22	1.95
24137382--24137436	26	2.1	26	93	0	92	30	23	10	34	1.89
24151601--24151753	38	4.0	38	83	0	135	40	24	16	18	1.90
24174282--24174328	22	2.1	22	84	0	58	48	25	8	17	1.74
24177434--24177513	25	3.2	24	76	11	81	22	23	18	35	1.96
24177457--24177528	25	2.8	26	76	12	69	25	22	20	31	1.98
24179481--24179510	15	2.0	15	93	0	51	56	0	6	36	1.26
24190542--24190876	174	1.9	174	80	4	390	40	11	15	32	1.82
24191390--24191414	9	2.8	9	100	0	50	36	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24192123--24192172	25	2.0	25	84	0	64	6	36	4	54	1.44
24195081--24195137	30	1.9	30	92	0	96	42	8	15	33	1.78
24196531--24196588	29	2.0	30	83	10	75	32	12	12	43	1.79
24205954--24205986	14	2.3	15	89	5	50	30	0	0	69	0.88
24206986--24207041	26	2.2	26	90	0	85	23	8	7	60	1.51
24209083--24209153	34	2.1	34	100	0	142	42	14	12	30	1.82
24210399--24210427	14	2.0	15	93	6	51	75	0	0	24	0.80
24210797--24211529	376	1.9	378	82	6	896	37	10	7	44	1.66
24212477--24212518	17	2.5	17	76	3	50	45	35	4	14	1.66
24213491--24213529	20	2.0	20	90	5	62	30	23	2	43	1.67
24213559--24213598	19	2.0	20	85	4	55	27	0	5	67	1.11
24218514--24218587	9	8.4	8	75	19	58	82	2	4	10	0.90
24218529--24218590	14	4.1	14	73	15	61	80	4	4	9	1.00
24218514--24218587	32	2.4	31	84	15	107	82	2	4	10	0.90
24218620--24218662	13	3.4	13	81	15	54	79	0	18	2	0.85
24218789--24218824	16	2.2	16	100	0	72	16	13	25	44	1.85
24220911--24221315	44	9.2	44	92	0	668	26	21	25	27	1.99
24221765--24221806	17	2.5	17	76	3	50	45	35	4	14	1.66
24222962--24223012	3	16.3	3	82	11	59	31	3	1	62	1.24
24239789--24239851	26	2.4	26	78	5	74	34	14	14	36	1.86
24242552--24242650	49	2.0	49	100	0	198	45	18	10	26	1.80
24243963--24244023	11	5.9	11	78	18	69	42	1	0	55	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24243923--24243988	31	2.1	31	88	5	98	33	1	0	65	1.02
24243932--24244023	40	2.2	41	90	7	143	39	2	0	58	1.10
24244012--24244068	23	2.4	23	88	2	78	40	0	3	56	1.17
24264377--24264498	42	2.9	42	79	9	131	22	13	28	34	1.93
24272045--24272089	21	2.3	19	80	7	54	31	0	17	51	1.46
24271541--24272453	457	2.0	459	95	1	1652	34	5	21	38	1.77
24279383--24279425	6	6.8	6	91	2	59	53	2	27	16	1.55
24279394--24279426	7	5.0	7	96	3	52	54	0	30	15	1.41
24286409--24286556	26	5.6	26	86	1	170	24	25	12	38	1.90
24286409--24286558	52	2.8	53	88	2	212	24	25	12	38	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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