genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  73  of  216  ( 25871 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22134935--22134973	17	2.4	16	87	8	53	43	5	0	51	1.24
22134939--22134978	17	2.3	18	83	12	57	47	5	0	47	1.24
22135058--22135109	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
22134934--22135225	120	2.4	120	91	5	459	41	2	5	50	1.40
22135007--22135190	59	3.1	59	65	21	148	41	2	7	49	1.42
22135187--22135228	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
22135178--22135219	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
22135162--22135475	154	2.0	156	95	1	560	46	5	3	44	1.42
22135328--22135362	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22135163--22135398	75	3.1	75	64	16	194	46	3	3	47	1.36
22142312--22142364	19	2.8	18	80	5	52	5	5	16	71	1.25
22142972--22143424	89	5.1	89	91	0	681	24	24	23	27	2.00
22143071--22143397	44	7.4	45	63	16	126	23	24	24	27	2.00
22157568--22157599	16	2.0	16	100	0	64	37	12	6	43	1.68
22162970--22163052	41	2.0	41	95	0	148	30	12	14	43	1.82
22167511--22167557	24	2.0	24	82	0	58	21	27	21	29	1.98
22168474--22168516	18	2.3	18	84	11	52	53	0	4	41	1.21
22176619--22176708	35	2.6	37	84	10	118	56	0	17	25	1.41
22176627--22176734	6	18.5	6	81	5	105	57	0	20	22	1.41
22176623--22176732	23	4.8	23	80	9	109	56	0	20	23	1.42
22176651--22176732	17	4.7	17	80	4	58	57	0	21	20	1.41
22178562--22178631	29	2.6	26	82	13	72	30	14	20	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22178705--22178782	34	2.3	34	88	4	122	29	20	20	29	1.98
22178705--22178804	34	2.9	32	80	12	110	28	20	22	30	1.98
22187575--22187668	42	2.2	42	84	0	125	18	17	15	48	1.81
22187601--22187709	42	2.6	42	82	5	123	17	19	16	46	1.84
22192879--22192938	31	1.9	31	89	0	93	38	13	11	36	1.81
22194529--22194638	42	2.6	43	82	2	141	25	15	26	32	1.95
22196689--22196738	21	2.4	21	79	0	55	32	2	30	36	1.69
22200970--22201025	24	2.4	23	80	11	60	64	16	7	12	1.48
22206912--22206966	28	2.0	28	81	0	65	56	1	3	38	1.28
22207219--22207254	18	1.9	19	88	5	56	63	2	2	30	1.22
22212061--22212090	16	1.9	15	93	6	51	50	0	0	50	1.00
22212517--22212553	13	2.8	14	84	12	51	43	0	5	51	1.24
22212729--22212812	35	2.4	37	80	8	102	50	1	5	42	1.34
22212839--22212918	25	3.2	24	76	16	74	72	2	22	2	1.09
22213580--22213626	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
22218668--22218759	4	22.5	4	72	16	64	72	2	21	3	1.09
22218714--22218767	21	2.6	21	75	16	58	72	0	25	1	0.95
22219276--22219322	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
22219475--22219602	41	3.2	40	73	11	122	28	14	21	35	1.93
22219478--22219581	37	2.7	40	79	7	115	26	15	23	34	1.94
22219757--22219796	20	2.0	20	90	0	62	42	7	17	32	1.77
22223592--22223629	17	2.2	19	86	13	55	42	10	2	44	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22230747--22231068	161	2.0	161	99	0	635	43	14	18	24	1.87
22234162--22234223	25	2.6	23	75	12	61	38	4	0	56	1.21
22235234--22235291	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
22236826--22236879	25	2.1	26	82	3	65	31	3	9	55	1.49
22242214--22242455	88	2.8	88	88	0	349	27	28	22	21	1.99
22242443--22242564	44	2.8	44	88	5	176	27	19	26	27	1.99
22242618--22242735	50	2.4	50	78	2	112	25	22	24	27	2.00
22243059--22243177	45	2.7	45	79	16	140	27	21	26	25	1.99
22243056--22243435	44	8.7	44	72	11	208	29	20	23	26	1.99
22242928--22243400	44	10.9	43	68	14	177	30	20	22	26	1.98
22242913--22243306	217	1.8	217	92	0	662	29	20	22	27	1.98
22243946--22244026	19	3.8	19	74	22	72	37	7	17	38	1.78
22243965--22244011	14	3.4	14	77	16	62	36	4	19	40	1.71
22243958--22244011	27	2.0	27	100	0	108	37	3	18	40	1.69
22243958--22243999	13	3.2	13	75	18	50	38	2	19	40	1.64
22247606--22247638	15	2.3	15	89	5	50	33	12	12	42	1.79
22251280--22251415	51	2.7	51	82	2	148	26	17	26	29	1.98
22251410--22251504	45	2.1	45	86	0	136	28	17	22	31	1.97
22256964--22257150	51	3.7	49	76	5	187	25	16	27	31	1.96
22262145--22262174	14	2.1	14	93	0	51	53	23	10	13	1.69
22268565--22268700	48	2.9	48	89	1	193	32	14	22	30	1.94
22268665--22268772	41	2.5	42	82	5	128	32	13	22	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22283755--22283802	25	1.9	25	83	8	62	18	6	10	64	1.45
22303877--22304149	51	5.4	51	93	1	451	30	24	13	31	1.93
22303877--22304149	101	2.7	102	94	1	469	30	24	13	31	1.93
22304223--22304255	17	1.9	17	88	11	50	45	21	0	33	1.52
22307551--22307590	12	3.2	13	80	19	50	5	0	12	82	0.82
22307822--22307860	19	2.1	19	85	9	53	41	12	7	38	1.72
22314087--22314303	117	1.9	113	87	3	317	24	19	23	32	1.98
22322745--22322807	24	2.7	23	73	7	63	46	1	1	50	1.20
22328498--22328531	17	1.9	18	88	5	52	23	14	0	61	1.33
22328829--22328898	24	3.0	24	77	8	72	32	5	2	58	1.36
22332893--22333030	69	2.0	69	95	0	249	26	15	22	34	1.95
22343892--22343943	24	2.2	24	96	0	95	30	11	28	28	1.92
22344444--22344635	44	4.5	44	70	15	157	29	21	20	28	1.98
22348468--22348497	14	2.1	14	100	0	60	66	13	0	20	1.24
22348601--22348632	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
22354320--22354365	23	2.1	22	84	8	58	65	0	34	0	0.93
22354543--22354592	21	2.4	21	86	6	66	34	10	22	34	1.87
22358438--22358504	33	2.0	33	94	0	116	31	1	4	62	1.24
22359057--22359104	21	2.3	21	88	0	69	14	33	22	29	1.94
22361926--22362270	51	6.8	50	81	4	354	29	25	15	29	1.95
22361927--22362270	102	3.4	102	86	2	451	29	25	15	29	1.95
22371130--22371227	49	2.0	50	85	2	135	43	8	17	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22378048--22378090	20	2.1	21	86	4	61	6	32	0	60	1.23
22378127--22378159	3	11.3	3	87	6	50	0	27	0	72	0.85
22378124--22378159	11	3.2	11	88	7	54	0	27	0	72	0.85
22378765--22378861	37	2.6	37	83	1	131	39	16	18	25	1.91
22390204--22390300	25	3.8	26	74	14	71	28	18	24	27	1.98
22391820--22391855	18	2.0	18	88	0	54	13	13	19	52	1.74
22400123--22400188	3	22.0	3	93	0	114	0	30	1	68	0.99
22416469--22416971	88	5.7	87	76	8	448	33	16	14	35	1.89
22416469--22416971	176	2.9	174	80	4	533	33	16	14	35	1.89
22427684--22427751	25	2.7	25	77	4	66	22	30	13	33	1.92
22434652--22434736	25	3.4	25	80	1	100	20	29	17	32	1.95
22435544--22435582	15	2.7	14	76	7	51	56	2	0	41	1.13
22438396--22438464	25	2.8	25	80	8	86	27	17	33	21	1.96
22444866--22444893	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22447296--22447330	17	2.0	18	88	5	54	68	5	14	11	1.37
22448190--22448258	3	22.7	3	94	2	120	2	30	0	66	1.06
22448907--22449040	28	4.8	28	73	13	96	38	8	23	29	1.85
22450051--22450107	13	4.3	13	78	17	55	19	3	3	73	1.12
22450065--22450106	17	2.5	17	88	0	57	19	2	2	76	1.01
22450070--22450136	31	2.2	29	82	12	73	23	2	2	70	1.15
22453321--22453345	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22455850--22455921	35	2.1	35	86	0	99	41	31	11	15	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22457218--22457256	20	2.0	20	100	0	78	28	0	20	51	1.48
22460206--22460256	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
22461551--22461590	18	2.2	19	86	4	55	57	2	5	35	1.34
22461992--22462249	102	2.6	100	84	5	317	29	18	20	30	1.97
22463191--22463396	90	2.3	91	90	2	326	34	21	18	24	1.96
22469488--22469571	44	1.9	43	88	7	125	46	0	1	52	1.08
22469557--22469592	18	1.9	19	94	5	65	25	2	0	72	0.98
22469558--22469597	18	2.1	18	86	9	53	27	2	2	67	1.16
22470159--22470208	19	2.6	19	93	0	82	20	48	10	22	1.79
22470371--22470470	44	2.4	41	84	11	139	11	16	21	52	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216