genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  7  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2320528--2320578	18	2.8	18	76	5	50	64	7	27	0	1.21
2320907--2320950	23	1.9	24	90	9	74	54	0	20	25	1.45
2323836--2323912	5	15.6	5	75	21	65	38	0	3	57	1.17
2323864--2323912	19	2.5	19	90	9	73	42	0	0	57	0.99
2325244--2325375	25	5.5	24	87	6	180	15	21	22	39	1.92
2325244--2325375	49	2.8	48	86	7	180	15	21	22	39	1.92
2326185--2326218	17	2.0	17	88	0	50	35	11	17	35	1.87
2332512--2332563	22	2.4	20	79	17	59	71	9	9	9	1.32
2347881--2347973	18	5.2	18	88	0	141	27	21	16	34	1.95
2353749--2353779	15	2.0	16	93	6	55	38	25	25	9	1.86
2358910--2358963	28	1.9	28	84	0	72	33	27	22	16	1.95
2359079--2359131	26	2.0	26	88	0	79	32	20	28	18	1.97
2359175--2359329	32	4.8	32	79	0	139	37	18	20	23	1.94
2359175--2359332	64	2.5	64	79	0	181	37	18	20	23	1.94
2359344--2359414	27	2.7	25	83	12	81	35	19	22	22	1.96
2359494--2359560	24	2.8	24	80	8	73	44	22	8	23	1.81
2359707--2359912	27	7.7	27	72	6	141	26	18	18	35	1.94
2372618--2372716	44	2.3	44	84	6	123	48	3	8	40	1.48
2374197--2374240	23	2.0	22	82	13	54	31	0	6	61	1.22
2378080--2378182	36	2.9	35	79	9	104	52	8	3	34	1.51
2378141--2378184	21	2.1	21	82	0	52	54	4	0	40	1.21
2379862--2380056	42	4.7	42	79	9	197	22	18	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2379862--2380060	82	2.4	81	86	1	281	22	18	26	32	1.97
2380240--2380420	72	2.5	73	90	4	285	30	18	17	34	1.94
2380554--2380659	54	1.9	55	84	5	144	38	18	15	27	1.91
2380482--2380726	127	1.9	126	80	4	280	37	21	15	26	1.93
2380608--2380781	72	2.4	74	85	2	255	33	22	15	28	1.95
2380608--2380988	207	1.9	202	85	3	530	34	21	14	28	1.93
2380802--2381065	72	3.6	72	83	6	307	33	19	14	32	1.92
2384948--2385100	36	4.0	36	77	15	171	28	18	15	37	1.91
2384984--2385133	46	3.5	45	71	20	149	28	20	12	38	1.89
2384921--2385133	82	2.6	82	93	2	349	29	19	14	37	1.91
2390069--2390119	23	2.2	23	96	0	93	23	21	27	27	1.99
2396642--2396707	28	2.4	27	77	7	78	33	24	21	21	1.97
2396862--2396926	22	3.0	22	76	13	62	47	16	16	18	1.83
2396918--2397056	32	4.4	32	78	0	145	41	19	17	21	1.91
2397244--2397300	24	2.4	24	80	11	71	49	21	8	21	1.76
2397378--2397583	27	7.6	27	76	4	164	26	20	16	35	1.94
2397330--2397583	81	3.1	79	79	6	251	26	20	17	35	1.95
2399137--2399226	45	2.0	45	97	0	171	33	41	4	21	1.73
2407433--2407515	5	16.8	5	97	1	123	45	0	13	40	1.43
2409604--2409735	66	2.0	65	97	1	246	40	18	12	28	1.87
2413027--2413227	42	4.8	42	88	3	280	30	18	20	29	1.97
2414407--2414906	44	10.6	44	64	13	190	26	24	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2414304--2414929	143	4.4	143	90	0	986	27	23	20	28	1.99
2414796--2414905	45	2.5	44	78	1	121	25	28	20	26	1.99
2418545--2418606	6	10.0	6	83	13	81	1	17	0	80	0.79
2428769--2428910	60	2.3	61	77	9	146	38	4	14	42	1.68
2437756--2437812	30	1.9	30	85	0	78	40	5	7	47	1.53
2440718--2440804	30	2.9	30	76	13	88	51	0	9	39	1.34
2444424--2444463	20	2.0	20	90	0	62	25	12	10	52	1.70
2445214--2445300	43	2.0	43	97	0	165	33	27	17	21	1.96
2447068--2447118	27	1.9	27	84	4	68	58	1	1	37	1.20
2452806--2452937	70	1.9	67	83	7	167	45	9	11	33	1.73
2456171--2456196	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
2460172--2460217	24	2.0	23	83	12	58	47	6	6	39	1.55
2461885--2461909	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2461926--2461966	22	2.0	21	85	9	57	31	12	0	56	1.36
2467245--2467290	24	2.0	23	83	12	58	47	6	6	39	1.55
2470060--2470263	46	4.5	46	93	1	342	27	22	15	33	1.95
2472473--2472515	18	2.5	17	80	3	50	30	4	2	62	1.28
2474071--2474103	17	1.9	17	93	0	57	33	0	9	57	1.30
2475507--2475558	24	2.2	24	82	0	59	51	9	5	32	1.58
2477653--2477686	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
2480487--2480527	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2489870--2490028	31	5.3	31	78	5	164	31	8	15	44	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2489866--2489984	61	2.0	59	88	3	175	31	7	15	46	1.73
2500622--2500688	18	3.7	18	82	7	82	26	8	23	40	1.84
2500622--2500688	27	2.5	27	92	0	107	26	8	23	40	1.84
2500622--2500681	9	6.7	9	86	0	84	25	10	26	38	1.87
2507552--2507583	12	2.6	13	85	14	50	37	0	6	56	1.25
2509809--2509905	3	32.3	3	77	8	90	29	7	2	60	1.35
2510041--2510109	34	2.0	34	85	5	93	34	5	1	57	1.31
2510206--2510240	13	2.6	13	90	4	52	17	2	0	80	0.84
2521707--2521806	3	33.3	3	78	7	96	30	7	2	61	1.34
2521942--2522010	34	2.0	34	85	5	93	34	5	1	57	1.31
2531732--2531757	12	2.2	12	100	0	52	53	15	7	23	1.67
2532224--2532267	22	2.0	22	100	0	88	45	18	0	36	1.49
2539040--2539082	20	2.2	20	86	0	59	44	4	2	48	1.36
2541920--2542337	221	1.9	216	90	2	665	34	16	16	32	1.92
2541920--2542320	110	3.7	110	91	1	621	34	17	16	31	1.92
2542379--2542417	20	2.0	20	85	10	53	61	2	10	25	1.41
2542445--2542544	39	2.5	39	72	18	98	71	7	5	17	1.27
2542613--2542672	30	2.0	30	83	6	77	60	1	3	35	1.23
2543668--2543695	14	2.0	14	100	0	56	7	50	28	14	1.69
2545767--2545804	19	2.0	19	85	10	51	10	42	0	47	1.38
2546058--2546341	154	1.8	154	96	0	532	47	11	7	33	1.68
2550230--2550574	41	8.4	41	92	0	555	28	20	28	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2565878--2565918	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2575019--2575075	28	2.0	28	86	6	80	45	12	10	31	1.76
2576744--2576841	47	2.1	47	100	0	196	37	10	6	45	1.63
2577232--2577274	20	2.1	21	91	4	70	27	4	0	67	1.10
2580507--2580594	44	2.0	44	88	0	131	39	10	12	37	1.77
2581901--2582029	64	2.0	64	98	0	249	46	12	19	21	1.82
2583281--2583318	20	1.9	20	100	0	76	71	5	0	23	1.07
2583286--2583353	28	2.4	28	78	9	68	70	2	0	26	1.01
2591261--2591313	19	2.8	19	88	5	72	26	1	0	71	0.96
2591257--2591313	20	2.9	20	79	10	64	26	3	0	70	1.03
2593736--2593795	30	2.0	30	81	9	70	26	30	30	13	1.94
2594032--2594067	18	2.0	18	100	0	72	33	16	5	44	1.71
2606513--2606550	18	2.1	18	100	0	76	63	0	10	26	1.27
2609820--2609857	12	3.2	12	81	7	51	60	0	2	36	1.11
2610196--2610253	19	3.1	18	80	11	64	36	0	1	62	1.06
2610207--2610248	20	2.2	20	91	4	68	30	0	2	66	1.04
2616081--2616329	50	4.8	50	83	4	266	20	29	23	25	1.99
2616080--2616329	100	2.4	104	86	6	339	21	29	23	25	1.99
2616424--2616468	13	3.5	13	96	0	81	57	11	0	31	1.33
2617936--2617985	18	2.7	18	84	9	57	36	2	2	60	1.20
2618766--2618815	26	1.9	26	84	8	66	62	2	2	34	1.18
2625850--2625907	29	2.0	29	86	0	80	43	5	12	39	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2634068--2634109	15	2.8	16	78	10	52	21	21	26	30	1.98
2635503--2635567	27	2.4	27	79	5	78	29	0	9	61	1.27
2635503--2635575	27	2.7	27	76	4	76	30	0	8	61	1.25
2635711--2635776	29	2.3	30	86	5	91	43	0	1	54	1.09
2637955--2638028	30	2.4	30	86	6	96	16	48	0	35	1.46
2653759--2653784	11	2.4	11	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2669566--2669602	12	3.1	12	100	0	74	16	24	8	51	1.71
2676296--2676325	9	3.4	9	95	4	53	23	0	0	76	0.78
2676468--2676527	21	2.9	20	81	13	77	45	1	15	38	1.56
2682171--2682211	20	2.0	20	95	0	73	31	4	19	43	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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