genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  8  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2689908--2689948	5	8.0	5	89	10	57	19	4	0	75	0.98
2689913--2689941	14	2.1	14	100	0	58	20	0	0	79	0.74
2695402--2695426	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
2700667--2700702	6	5.7	6	96	3	54	16	0	5	77	0.94
2701521--2701569	17	2.9	17	77	17	50	34	0	2	63	1.06
2701538--2701579	22	1.9	22	85	0	57	30	0	7	61	1.22
2716208--2716258	11	4.5	11	86	11	59	78	0	21	0	0.75
2716208--2716237	12	2.6	12	94	5	53	73	0	26	0	0.84
2716208--2716258	12	4.3	12	85	9	52	78	0	21	0	0.75
2717845--2717942	45	2.2	45	88	0	142	19	31	16	32	1.94
2718652--2718740	42	2.1	42	85	0	115	19	25	19	35	1.95
2718662--2718789	42	3.0	43	85	2	161	20	19	19	40	1.92
2718669--2718819	42	3.6	42	78	6	146	21	17	21	39	1.92
2728695--2728730	5	7.0	5	87	6	54	25	0	0	75	0.81
2730783--2730807	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2735511--2735547	19	1.9	19	89	10	58	29	0	13	56	1.37
2743665--2743705	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2750196--2750245	20	2.8	16	82	17	55	46	0	30	24	1.53
2752560--2752610	19	2.6	21	81	15	63	35	0	5	58	1.22
2752568--2752609	18	2.2	20	87	8	61	35	0	4	59	1.19
2754533--2754571	18	2.2	18	86	4	53	35	0	5	58	1.20
2755511--2755561	25	2.0	25	84	3	66	45	0	3	50	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2756302--2756340	16	2.4	17	83	12	55	71	2	0	25	0.98
2758389--2758845	222	2.1	222	87	2	659	26	19	18	35	1.95
2758879--2759148	72	3.8	72	93	1	443	29	17	19	33	1.95
2762484--2762533	15	3.3	15	75	5	55	42	8	22	28	1.81
2762700--2762736	19	2.0	19	89	5	58	40	2	5	51	1.39
2763065--2763097	16	2.1	16	100	0	66	36	12	12	39	1.80
2765453--2765521	18	3.9	18	75	12	56	42	0	0	57	0.98
2765473--2765513	14	2.9	15	82	10	50	36	0	0	63	0.95
2765483--2765563	32	2.6	30	81	16	94	43	1	0	55	1.07
2767027--2767075	15	3.3	15	79	0	62	42	8	22	26	1.81
2767601--2767634	16	2.1	17	94	5	61	35	14	11	38	1.83
2768402--2768458	28	2.0	28	86	6	80	45	12	10	31	1.76
2770121--2770218	47	2.1	47	100	0	196	37	10	6	45	1.63
2770608--2770650	20	2.1	21	91	4	70	27	4	0	67	1.10
2773907--2773994	44	2.0	44	88	0	131	39	10	12	37	1.77
2775302--2775430	64	2.0	64	98	0	249	46	12	19	21	1.82
2776683--2776720	20	1.9	20	100	0	76	71	5	0	23	1.07
2776688--2776755	28	2.4	28	78	9	68	70	2	0	26	1.01
2797325--2797496	93	1.8	93	92	2	292	27	30	21	20	1.98
2797318--2797492	46	3.8	46	78	6	210	28	29	21	21	1.98
2797368--2797511	46	3.1	45	71	15	123	29	29	20	20	1.98
2800410--2800467	29	2.0	30	86	3	82	32	31	22	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2801204--2801290	44	2.0	44	90	0	138	39	10	12	37	1.78
2803099--2803139	14	2.7	15	88	7	57	65	2	4	26	1.25
2811818--2811872	26	2.1	26	83	12	69	65	1	0	32	1.03
2822848--2822902	27	2.0	27	100	0	110	49	7	10	32	1.65
2823024--2823061	19	2.1	19	85	14	53	36	0	2	60	1.11
2823685--2823751	33	2.0	33	97	0	125	44	14	8	31	1.76
2826425--2826462	19	2.0	19	85	10	51	10	42	0	47	1.38
2826715--2826998	154	1.8	154	96	0	532	47	11	7	33	1.68
2830891--2831235	41	8.4	41	92	0	555	28	20	28	22	1.98
2844987--2845036	20	2.8	16	82	17	55	46	0	30	24	1.53
2847347--2847397	19	2.6	21	81	15	63	35	0	5	58	1.22
2847355--2847396	18	2.2	20	87	8	61	35	0	4	59	1.19
2849218--2849409	98	2.0	98	92	1	323	37	25	9	27	1.87
2849722--2849754	13	2.5	13	90	9	50	72	6	3	18	1.18
2852748--2852772	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2855168--2855624	222	2.1	222	87	2	659	26	19	18	35	1.95
2855658--2855855	72	2.8	72	90	1	299	29	18	19	33	1.95
2859194--2859243	15	3.3	15	75	5	55	42	8	22	28	1.81
2859411--2859447	19	2.0	19	89	5	58	40	2	5	51	1.39
2859776--2859808	16	2.1	16	100	0	66	36	12	12	39	1.80
2862181--2862239	19	3.1	19	78	4	64	38	0	0	61	0.96
2862202--2862282	32	2.6	30	81	16	94	43	1	0	55	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2862186--2862252	13	5.1	14	68	14	52	40	0	0	59	0.97
2866117--2866319	72	2.8	72	84	1	273	28	17	19	34	1.95
2875027--2875076	20	2.8	16	82	17	55	46	0	30	24	1.53
2877390--2877440	19	2.6	21	81	15	63	35	0	5	58	1.22
2877398--2877439	18	2.2	20	87	8	61	35	0	4	59	1.19
2878834--2878888	26	2.1	26	81	18	62	63	1	0	34	1.05
2879362--2879400	18	2.2	18	86	4	53	35	0	5	58	1.20
2880340--2880390	25	2.0	25	84	3	66	45	0	3	50	1.20
2883216--2883672	222	2.1	222	87	2	659	27	19	18	34	1.95
2883706--2883903	72	2.8	72	92	1	308	29	17	19	33	1.95
2886860--2886906	19	2.4	21	79	17	64	44	0	6	48	1.28
2887218--2887242	12	2.1	12	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2887469--2887531	27	2.3	27	86	0	90	14	15	42	26	1.86
2888180--2888225	18	2.6	18	82	0	56	21	6	36	34	1.80
2888739--2888797	31	2.0	31	86	6	86	32	3	15	49	1.61
2888992--2889050	29	2.0	30	87	9	86	49	15	6	28	1.70
2889667--2889709	19	2.3	18	84	8	50	37	0	0	62	0.95
2889655--2889721	13	5.1	14	68	14	52	38	0	1	59	1.06
2891586--2891616	15	2.1	14	94	5	53	41	12	0	45	1.42
2898711--2898907	72	2.7	71	85	4	261	30	19	16	32	1.94
2905304--2905341	19	2.0	19	85	10	51	10	42	0	47	1.38
2905393--2905428	9	3.9	9	89	7	54	25	0	13	61	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2905393--2905428	19	1.9	18	88	5	54	25	0	13	61	1.33
2906459--2906888	222	1.9	222	93	0	736	27	19	18	34	1.95
2906916--2907119	72	2.8	71	90	2	309	29	18	17	34	1.94
2910341--2910797	222	2.1	222	84	2	605	27	18	18	35	1.95
2910440--2910877	222	2.0	222	78	6	458	29	17	18	34	1.93
2910977--2911181	72	2.8	72	84	5	272	29	18	17	34	1.94
2913013--2913038	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
2915318--2915343	9	2.9	9	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2915998--2916556	113	4.9	112	79	6	534	27	24	18	29	1.98
2916667--2916753	40	2.2	40	80	2	93	19	26	21	32	1.97
2917479--2917503	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2927731--2927787	21	2.8	21	86	7	73	56	7	0	36	1.27
2935075--2935121	24	2.0	24	83	8	60	51	0	2	46	1.13
2935091--2935165	32	2.4	31	82	14	91	56	1	1	41	1.16
2935125--2935169	19	2.4	19	81	11	56	62	0	0	37	0.96
2937292--2937328	18	2.0	19	89	5	58	54	5	0	40	1.24
2937292--2937331	19	2.1	19	86	9	55	52	5	0	42	1.23
2941216--2941685	222	2.1	222	84	3	615	36	18	17	28	1.93
2943937--2943977	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
2949090--2949114	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2950037--2950580	113	4.8	112	79	5	511	30	18	23	27	1.98
2951249--2951274	9	2.9	9	100	0	52	23	0	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2967727--2967987	50	5.5	50	71	19	207	31	21	18	28	1.97
2967777--2968035	44	5.6	43	69	18	146	32	20	19	27	1.97
2967724--2968089	94	3.9	94	87	2	502	32	20	19	27	1.97
2970222--2970434	106	2.0	106	87	1	302	30	15	13	39	1.87
2977307--2977510	72	2.8	72	80	2	248	29	20	17	32	1.95
2991845--2991907	32	2.0	31	81	6	74	41	4	7	46	1.54
2996027--2996080	27	2.0	27	100	0	108	25	18	37	18	1.94
2996873--2997813	193	4.9	193	93	0	1488	35	15	19	29	1.93
2999088--2999119	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
3010015--3010059	6	7.5	6	92	0	72	0	51	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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