genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  172  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54012347--54012391	23	2.0	23	82	8	56	40	31	6	22	1.80
54011245--54012821	785	2.0	779	93	2	2665	39	18	9	32	1.82
54013201--54013268	19	3.6	20	79	16	83	55	5	0	38	1.24
54013215--54013276	8	7.1	8	76	16	61	58	4	0	37	1.20
54013531--54013875	113	3.1	113	91	0	573	27	21	23	27	1.99
54013913--54014002	40	2.2	40	80	9	103	21	23	21	34	1.97
54024206--54024255	21	2.3	23	93	6	86	22	8	8	62	1.49
54027881--54027911	16	1.9	16	93	0	53	45	0	29	25	1.54
54027996--54028055	30	2.0	31	86	3	86	43	0	36	20	1.52
54038700--54038753	24	2.2	24	90	0	81	27	16	25	29	1.97
54045929--54045961	14	2.3	15	89	5	50	27	15	33	24	1.95
54046052--54046106	18	2.9	18	80	17	67	74	0	25	0	0.82
54046060--54046104	6	7.5	6	87	7	56	75	0	24	0	0.80
54046040--54046104	24	2.7	23	79	13	69	73	0	26	0	0.83
54046054--54046106	6	8.5	6	78	15	54	75	0	24	0	0.80
54046042--54046106	12	5.4	12	76	12	62	73	0	26	0	0.83
54047513--54048455	100	9.4	100	91	0	1377	32	21	19	26	1.97
54047509--54048473	50	19.3	50	80	1	1031	32	21	19	26	1.97
54048454--54048493	21	1.9	21	89	0	62	42	12	27	17	1.85
54048628--54048880	44	5.8	43	68	13	149	31	17	23	27	1.97
54048630--54048922	87	3.4	87	68	12	258	31	17	23	28	1.96
54048559--54048840	88	3.2	88	69	12	281	32	18	24	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54048559--54048923	175	2.1	175	97	0	685	31	17	23	26	1.97
54050617--54050652	12	3.0	12	91	0	54	33	5	2	58	1.36
54051852--54052099	82	3.1	81	91	3	376	50	11	7	30	1.66
54053134--54053327	41	4.7	41	78	7	169	20	23	23	32	1.97
54054348--54054407	27	2.2	28	82	8	72	46	5	6	41	1.52
54054838--54055096	116	2.2	116	80	4	263	27	16	19	36	1.93
54057808--54057934	42	2.8	43	70	16	105	41	3	6	48	1.47
54058098--54058241	9	16.9	9	76	10	133	44	23	2	29	1.65
54058099--54058229	25	5.2	25	84	1	127	44	23	2	29	1.66
54063696--54063762	21	3.2	21	82	0	71	35	19	41	2	1.67
54064210--54064485	43	6.4	42	82	9	297	26	23	20	29	1.99
54064207--54064466	89	3.0	87	85	9	343	26	23	20	30	1.98
54069220--54069247	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
54069759--54069783	5	5.0	5	100	0	50	0	80	0	20	0.72
54074241--54074289	22	2.3	20	82	6	53	53	2	2	42	1.24
54074376--54074422	17	3.0	16	76	14	53	57	0	0	42	0.98
54075354--54075389	16	2.3	16	90	4	56	44	0	2	52	1.15
54077131--54080379	434	7.6	433	82	5	3624	35	13	15	35	1.87
54081856--54081902	22	2.0	23	88	8	69	21	6	0	72	1.07
54082992--54083042	25	2.1	25	85	3	68	31	9	15	43	1.80
54087661--54087733	36	2.0	36	100	0	146	45	19	10	24	1.82
54089906--54090951	94	11.3	94	83	4	1165	33	18	21	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54090074--54090309	44	5.1	44	69	19	158	33	19	21	25	1.96
54090095--54090254	44	3.3	49	72	18	165	31	20	21	26	1.98
54089906--54091005	187	5.9	188	80	5	1184	34	18	21	26	1.96
54089906--54090950	281	3.8	281	81	4	1160	33	18	21	26	1.96
54090492--54090647	50	3.2	50	68	21	134	37	17	21	23	1.94
54090519--54090673	44	3.4	42	67	21	98	33	20	23	22	1.97
54090778--54091005	94	2.4	94	80	2	226	34	17	21	26	1.96
54091230--54091254	5	5.0	5	100	0	50	60	40	0	0	0.97
54091544--54091590	24	1.9	25	82	4	60	70	10	17	2	1.26
54091604--54091628	12	2.1	12	100	0	50	84	0	8	8	0.79
54095902--54095957	3	18.7	3	79	0	58	64	5	3	26	1.32
54097449--54097598	50	3.0	50	74	12	148	28	19	20	32	1.97
54097785--54098430	132	4.9	132	90	1	976	27	23	18	30	1.98
54098067--54098246	44	4.1	44	66	19	133	24	22	20	33	1.97
54097785--54098430	263	2.5	263	89	2	983	27	23	18	30	1.98
54098438--54098556	44	2.7	46	77	6	136	24	23	24	27	2.00
54098418--54098555	45	3.1	45	76	6	145	21	23	23	31	1.98
54099795--54099855	18	3.4	18	84	6	79	1	18	0	80	0.80
54099792--54099855	28	2.3	27	87	10	94	1	18	0	79	0.81
54099792--54099841	13	3.8	13	87	12	75	0	22	0	78	0.76
54099792--54099863	15	4.7	15	77	17	58	2	16	1	79	0.93
54099792--54099866	9	8.1	9	77	11	71	2	16	1	80	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54102566--54102617	19	2.7	20	82	5	63	46	11	17	25	1.81
54104529--54104576	16	2.9	17	81	9	64	75	2	2	20	1.02
54104757--54104836	3	26.7	3	81	0	88	62	3	3	30	1.30
54105581--54105622	21	2.0	22	85	4	59	71	7	9	11	1.31
54106038--54109467	435	7.9	433	85	2	4296	35	13	15	35	1.88
54106038--54109467	865	4.0	863	85	3	4372	35	13	15	35	1.88
54112323--54112367	22	2.0	23	95	4	83	48	6	0	44	1.29
54114578--54114616	13	3.0	13	88	0	51	61	0	2	35	1.10
54118600--54118633	18	1.9	18	88	5	52	55	2	2	38	1.30
54127405--54127449	21	2.2	21	84	7	58	68	6	2	22	1.24
54127426--54127478	27	2.0	27	82	14	65	66	3	1	28	1.20
54127891--54127936	22	2.1	22	87	0	65	32	0	0	67	0.91
54129680--54129753	37	2.0	38	86	7	107	56	1	4	37	1.27
54129722--54129768	17	2.6	18	78	18	53	65	0	4	29	1.11
54138650--54138695	21	2.2	21	84	7	58	36	0	6	56	1.25
54154431--54154469	17	2.3	17	86	8	53	35	2	0	61	1.10
54156102--54156136	18	2.0	17	94	5	61	51	0	0	48	1.00
54156220--54156256	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
54156130--54156317	61	3.1	61	69	11	179	47	6	3	41	1.48
54156340--54156376	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
54156082--54156376	59	4.9	58	68	16	210	48	4	3	44	1.39
54156082--54156377	120	2.5	120	95	2	524	47	4	3	44	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54156384--54156599	91	2.4	91	92	1	353	46	3	2	47	1.33
54156359--54156599	47	5.3	47	68	16	148	47	2	2	46	1.32
54156511--54156559	17	3.1	16	83	13	57	55	0	0	44	0.99
54156418--54156560	44	3.2	44	69	18	132	49	2	1	46	1.22
54156516--54156565	18	3.0	17	85	8	59	56	2	0	42	1.11
54156678--54156717	14	2.9	14	84	0	53	35	7	15	42	1.75
54156686--54156752	34	1.9	35	84	3	91	34	8	10	46	1.70
54156701--54156740	20	2.0	20	85	0	53	32	10	7	50	1.64
54156830--54156881	18	2.7	20	74	17	56	36	3	0	59	1.16
54164359--54164679	10	33.0	9	64	19	62	34	1	4	59	1.26
54164397--54164441	18	2.4	18	85	10	56	33	0	4	62	1.15
54164513--54164742	10	23.4	10	66	21	64	34	1	3	60	1.23
54164406--54164573	88	1.9	86	80	11	191	37	0	5	56	1.27
54164619--54164679	30	2.0	31	87	9	90	31	0	6	62	1.21
54164629--54164687	30	2.0	30	86	6	84	33	0	5	61	1.18
54167851--54167884	17	1.9	18	88	5	52	32	2	17	47	1.63
54171490--54171534	25	1.9	22	86	13	63	22	13	26	37	1.91
54173996--54174039	18	2.5	18	88	3	63	72	6	2	18	1.17
54185423--54185466	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
54185511--54185599	45	2.0	45	90	0	142	33	22	17	25	1.96
54185607--54185739	51	2.6	51	80	4	153	32	28	15	23	1.95
54197425--54197490	19	3.3	19	87	6	69	75	7	0	16	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54197432--54197489	19	2.9	19	92	5	89	74	6	0	18	1.04
54197433--54197505	13	5.4	14	72	9	53	72	5	2	19	1.16
54198361--54198449	46	2.0	45	93	2	151	40	21	23	14	1.90
54199103--54199170	35	1.9	35	90	0	109	51	8	14	25	1.71
54199737--54200495	88	8.6	88	87	0	975	27	26	24	21	1.99
54200255--54200390	44	3.1	43	72	8	139	25	23	28	22	1.99
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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