genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  51  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14831912--14832135	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
14832463--14832526	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
14832470--14832526	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
14842384--14842502	39	3.1	38	85	1	139	21	24	31	23	1.98
14842437--14842511	39	1.9	39	86	0	105	28	24	26	21	1.99
14845891--14846080	45	4.2	45	87	2	274	35	16	20	26	1.94
14845897--14846169	128	2.1	132	80	6	304	38	16	19	24	1.93
14855940--14856223	41	6.9	41	81	3	311	21	18	27	31	1.97
14855956--14856223	81	3.3	81	82	5	306	22	18	27	31	1.97
14856584--14856639	14	4.1	14	76	19	55	25	0	33	41	1.56
14857081--14857126	21	2.1	22	88	4	67	28	0	19	52	1.47
14858504--14858713	105	2.0	105	95	0	375	26	18	12	42	1.86
14860175--14860234	31	2.0	31	96	3	113	46	13	3	36	1.60
14860027--14860513	266	1.8	268	93	1	854	36	9	6	48	1.60
14860441--14860504	30	2.1	31	88	8	96	45	10	4	39	1.60
14860524--14860597	30	2.5	30	84	0	94	40	10	6	41	1.66
14861279--14861439	43	3.8	43	84	0	207	24	19	29	26	1.98
14863286--14863370	43	2.0	42	81	6	100	27	24	18	29	1.98
14866296--14866381	40	2.1	41	97	2	165	52	9	9	29	1.64
14867580--14867612	16	2.1	16	94	0	57	36	9	33	21	1.85
14867845--14867879	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
14867825--14868330	120	4.2	120	94	0	807	50	4	1	43	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14868083--14868119	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
14868175--14868215	13	3.2	12	80	12	55	58	0	0	41	0.98
14868208--14868261	18	3.1	17	84	7	56	51	5	0	42	1.25
14868298--14868358	26	2.3	26	100	0	122	55	3	0	40	1.16
14868308--14868359	16	3.7	15	69	30	51	53	1	0	44	1.11
14868177--14868462	145	2.0	147	95	2	515	53	4	0	41	1.26
14870336--14870374	19	2.1	19	100	0	78	38	15	20	25	1.92
14871405--14871441	19	1.9	19	94	0	65	37	21	29	10	1.88
14875309--14875346	15	2.6	15	83	4	51	47	31	0	21	1.51
14875302--14875351	21	2.3	21	80	10	57	48	28	0	24	1.52
14875686--14876166	40	12.1	40	75	8	428	28	22	20	29	1.98
14875699--14876021	120	2.7	120	90	0	495	28	23	19	27	1.99
14876075--14876166	41	2.3	40	86	1	130	22	20	25	31	1.98
14880829--14880941	54	2.0	56	88	5	167	50	13	3	32	1.58
14881242--14881309	20	3.5	19	86	11	86	41	0	5	52	1.25
14887092--14887116	13	1.9	13	100	0	50	40	20	8	32	1.81
14889447--14889494	6	8.0	6	97	0	87	47	0	35	16	1.47
14898397--14898431	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
14918304--14918362	22	2.7	21	74	10	55	62	3	0	33	1.12
14920831--14920890	30	2.0	31	96	3	113	26	18	6	48	1.72
14922220--14922284	30	2.2	30	97	0	121	32	0	30	36	1.58
14930710--14930750	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14936089--14936145	15	3.5	15	69	17	51	45	0	3	50	1.18
14936179--14936217	13	3.0	13	82	10	53	43	0	0	56	0.99
14936179--14936218	14	2.9	14	85	3	55	45	0	0	55	0.99
14948479--14948552	20	3.7	20	85	0	103	41	22	27	8	1.82
14948717--14948747	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
14950478--14950504	8	3.4	8	100	0	54	25	0	11	62	1.28
14953866--14953912	19	2.5	19	100	0	94	31	21	0	46	1.51
14957124--14957250	29	4.4	30	75	7	102	25	15	22	37	1.93
14959340--14959384	19	2.6	17	86	10	56	62	0	0	37	0.96
14959351--14959394	19	2.2	20	92	4	72	65	4	0	29	1.12
14960341--14960375	18	1.9	18	94	0	61	68	0	0	31	0.90
14964371--14964400	9	3.3	9	90	0	51	23	13	23	40	1.90
14964455--14964491	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
14964675--14964734	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
14965485--14965515	5	6.2	5	100	0	62	19	19	19	41	1.90
14966521--14966592	29	2.5	29	76	10	67	36	6	8	48	1.60
14967145--14967204	30	2.0	30	86	3	84	35	15	8	41	1.77
14971949--14971973	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
14973849--14973927	25	3.3	25	69	16	85	35	3	29	31	1.75
14973824--14973977	47	3.3	47	93	0	272	33	7	29	29	1.84
14983925--14984006	40	2.0	40	97	0	155	35	20	18	25	1.95
14990593--14990663	36	2.0	36	88	0	106	42	16	19	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14994315--14994374	23	2.6	22	82	7	66	41	8	8	41	1.65
15008295--15008423	20	6.4	20	72	3	107	37	18	29	14	1.91
15008318--15008423	40	2.7	39	87	0	149	38	18	28	14	1.90
15008293--15008407	60	1.9	60	83	0	149	37	17	31	13	1.89
15014738--15014831	46	2.0	46	93	0	161	31	27	3	37	1.73
15015857--15015894	19	2.1	18	85	14	51	52	10	0	36	1.36
15017986--15018034	24	2.0	24	88	0	71	22	22	8	46	1.77
15026226--15026269	20	2.2	20	87	0	61	52	18	18	11	1.74
15026255--15026349	40	2.4	40	84	7	122	34	13	29	22	1.92
15028593--15028638	21	2.2	21	92	0	74	21	17	39	21	1.93
15030441--15030501	30	2.0	30	96	0	113	45	16	14	22	1.84
15041611--15041642	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
15043646--15043727	42	2.0	42	83	9	105	30	23	14	31	1.94
15046520--15046551	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
15046779--15046969	51	3.8	51	77	10	212	30	27	17	24	1.97
15046777--15046961	101	1.8	102	88	5	286	31	27	17	23	1.97
15046769--15046961	102	1.9	102	87	5	275	30	27	18	23	1.97
15047188--15047218	16	1.9	16	93	0	53	38	9	6	45	1.63
15050587--15050613	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
15050722--15050751	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
15051547--15051603	19	2.7	22	76	15	66	40	17	7	35	1.77
15051537--15051594	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15052024--15052219	41	4.6	42	71	14	118	29	23	19	28	1.98
15052323--15052440	44	2.7	44	85	5	141	27	24	18	28	1.98
15052406--15052626	34	5.9	34	84	10	208	28	25	20	25	1.99
15052362--15052675	78	4.0	77	76	17	324	28	26	19	25	1.98
15052440--15052711	44	6.6	44	85	8	323	28	26	19	25	1.98
15052406--15052710	156	2.0	156	95	0	547	28	26	19	25	1.99
15053953--15053993	6	7.0	6	86	5	57	0	17	2	80	0.82
15058954--15059007	22	2.5	22	79	8	58	51	1	3	42	1.30
15059615--15059672	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
15074861--15074926	20	3.3	20	89	0	105	9	28	19	42	1.82
15074865--15075054	40	4.8	40	85	2	240	17	25	18	37	1.93
15076073--15076109	19	2.1	18	90	10	58	21	18	5	54	1.64
15076079--15076122	19	2.3	19	84	7	54	25	15	4	54	1.60
15082431--15082547	40	2.9	40	79	0	126	19	25	17	36	1.94
15093308--15093471	83	1.9	85	93	3	287	33	10	10	44	1.75
15096366--15096408	6	7.2	6	83	0	50	16	20	0	62	1.32
15096366--15096407	12	3.5	12	83	0	57	16	21	0	61	1.34
15105342--15105385	16	2.6	16	82	7	52	2	15	0	81	0.78
15108289--15108318	15	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
15110881--15110921	20	2.0	20	90	0	64	9	24	19	46	1.80
15111610--15111656	21	2.3	21	88	3	69	12	14	21	51	1.76
15114019--15114097	41	1.9	42	86	2	115	16	37	25	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15116084--15116136	27	2.0	27	96	0	97	28	33	26	11	1.91
15116543--15116606	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
15116550--15116606	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
15123467--15123518	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
15123479--15123628	70	2.1	71	92	1	248	30	30	16	23	1.96
15123548--15123769	103	2.2	103	93	1	374	31	31	18	18	1.95
15123641--15123691	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
15124098--15124161	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
15124105--15124161	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
15138745--15139078	171	2.0	171	95	0	596	39	8	35	16	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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