genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7495773--7495860	41	2.1	41	89	4	133	43	21	2	32	1.65
7495836--7496035	76	2.6	78	85	7	275	51	16	1	31	1.52
7496003--7496074	21	3.4	21	98	0	135	48	12	0	38	1.41
7496067--7496205	25	5.6	25	77	8	92	48	20	2	28	1.61
7501643--7501710	21	3.2	21	78	0	73	41	17	36	4	1.70
7502058--7502369	42	7.4	42	83	5	269	26	18	20	34	1.95
7502077--7502369	85	3.5	85	88	3	414	26	19	20	33	1.96
7502058--7502369	127	2.4	124	85	5	376	26	18	20	34	1.95
7505101--7505157	18	3.3	18	80	7	66	22	10	45	21	1.82
7508500--7508546	18	2.6	18	87	12	78	21	6	19	53	1.67
7512683--7512726	18	2.4	19	88	7	65	13	15	31	38	1.87
7514102--7514127	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
7514196--7514523	113	2.9	113	90	3	529	25	22	25	26	2.00
7514770--7514800	15	2.1	15	93	0	53	19	0	45	35	1.51
7515073--7515113	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
7515712--7515872	71	2.3	70	82	4	189	53	13	9	24	1.68
7515959--7516187	114	2.0	114	100	0	458	47	13	13	25	1.80
7516073--7516424	146	2.4	147	96	0	661	43	14	16	24	1.86
7515825--7516330	260	1.9	261	96	0	942	45	14	15	24	1.83
7516996--7517027	14	2.2	15	94	5	57	31	0	31	37	1.58
7517050--7517126	14	5.6	14	76	6	68	23	0	40	36	1.55
7517062--7517115	26	2.1	26	85	0	72	24	0	44	31	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7517061--7517126	21	3.2	20	77	16	64	22	0	43	33	1.54
7517278--7517440	87	1.8	89	87	6	242	26	3	26	42	1.72
7517194--7517440	83	3.0	82	82	11	272	29	2	24	43	1.68
7517489--7517542	21	2.6	21	72	21	51	50	1	5	42	1.36
7517537--7517576	9	4.4	9	87	9	55	62	0	7	30	1.23
7517537--7517577	19	2.2	19	91	4	66	63	0	7	29	1.21
7517563--7517615	10	5.2	10	80	15	56	79	0	1	18	0.83
7517564--7517605	21	2.0	21	90	4	66	78	0	0	21	0.75
7517572--7517615	21	2.2	20	84	8	54	81	0	2	15	0.78
7517610--7517708	47	2.1	48	86	1	137	45	10	1	43	1.44
7520333--7520358	13	2.0	13	100	0	52	30	15	0	53	1.42
7521153--7521279	50	2.5	50	98	0	245	31	8	30	29	1.87
7522672--7522985	43	7.3	43	79	3	339	23	16	28	32	1.96
7522672--7522987	85	3.7	85	85	3	368	23	16	27	32	1.95
7522672--7522985	128	2.4	128	81	4	364	23	16	28	32	1.96
7523073--7523138	22	3.0	22	95	0	114	48	27	15	9	1.74
7527986--7528021	16	2.2	16	90	0	54	19	25	22	33	1.97
7528176--7528223	25	1.9	25	86	0	69	20	35	20	22	1.96
7528207--7528282	25	3.0	27	73	13	70	17	22	22	38	1.93
7529704--7529895	50	3.9	49	80	3	208	26	19	30	23	1.98
7529703--7529890	100	1.9	99	83	5	245	27	19	29	23	1.98
7533774--7533858	31	2.8	31	76	1	91	36	10	11	41	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7542247--7542289	12	3.3	12	81	12	50	55	0	4	39	1.20
7542525--7542565	21	2.0	21	85	9	57	53	0	2	43	1.13
7542697--7542784	39	2.3	39	84	7	108	39	1	5	53	1.32
7542857--7542886	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
7543071--7543175	53	2.0	53	86	0	147	33	17	9	40	1.82
7548866--7549067	45	4.5	45	96	1	363	33	16	23	26	1.95
7553331--7553375	20	2.2	21	81	18	60	20	4	4	71	1.21
7555163--7555220	24	2.4	24	85	0	71	46	15	8	29	1.75
7556939--7556976	20	1.9	20	88	0	58	60	5	0	34	1.19
7556938--7556982	20	2.3	19	81	11	54	57	4	2	35	1.31
7557310--7557389	39	2.1	39	90	0	124	18	27	13	40	1.89
7559101--7559142	18	2.3	18	84	8	50	40	0	0	59	0.97
7559286--7559327	14	2.8	16	78	14	52	38	23	11	26	1.90
7568493--7568520	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
7570024--7570071	23	2.1	23	96	0	87	33	8	18	39	1.81
7575008--7575047	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
7575031--7575070	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
7575016--7575082	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
7575010--7575086	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
7575063--7575147	32	2.6	31	76	9	89	25	10	18	44	1.82
7575166--7575196	10	3.1	10	100	0	62	51	0	0	48	1.00
7577639--7577690	25	2.1	25	89	7	79	40	9	25	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7578192--7578242	25	2.0	26	88	3	77	27	5	13	52	1.63
7578246--7578408	61	2.7	62	81	3	170	32	8	15	43	1.77
7578296--7578435	31	4.6	30	72	8	95	32	9	13	45	1.75
7579715--7579795	23	3.5	22	75	6	63	39	28	14	17	1.89
7581169--7581228	29	2.1	28	87	3	84	50	23	8	18	1.74
7594731--7594770	20	2.0	20	90	0	62	32	22	17	27	1.96
7601091--7601195	8	13.8	8	68	12	60	25	14	0	60	1.35
7601311--7601340	14	2.1	15	93	6	53	26	6	0	66	1.16
7601575--7601652	3	25.3	3	83	5	93	35	2	2	58	1.25
7615467--7615775	44	7.0	44	81	5	302	33	18	20	28	1.96
7615457--7615775	88	3.6	88	84	2	365	33	18	19	28	1.95
7615655--7615792	44	3.1	44	84	0	141	36	17	20	25	1.94
7615457--7615792	177	1.9	176	79	4	372	33	17	19	28	1.95
7618772--7618809	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
7619724--7619767	3	14.7	3	80	0	52	38	0	4	56	1.20
7619722--7619764	12	3.6	12	93	0	68	39	0	6	53	1.28
7622576--7622732	23	6.8	22	69	20	83	46	20	11	21	1.82
7622574--7622732	46	3.5	46	92	0	264	47	20	11	21	1.81
7624462--7624512	27	1.9	26	84	4	66	17	49	7	25	1.74
7630347--7630386	18	2.2	18	95	0	71	20	20	20	40	1.92
7634395--7634419	8	3.1	8	100	0	50	64	0	24	12	1.27
7641392--7641421	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7642314--7642345	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
7647371--7647402	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
7648956--7649014	29	2.0	29	100	0	118	37	10	23	28	1.88
7657293--7657345	27	2.0	27	100	0	106	30	22	5	41	1.77
7664163--7664187	13	1.9	13	100	0	50	40	0	12	48	1.40
7667218--7667268	26	2.0	26	88	0	75	37	21	21	19	1.95
7667283--7667330	25	1.9	25	82	0	60	25	18	37	18	1.94
7667308--7667347	18	2.2	18	86	0	53	27	22	35	15	1.94
7667523--7667615	44	2.1	44	86	4	125	30	17	33	19	1.95
7668926--7668950	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
7675054--7675113	30	2.0	29	90	3	93	31	3	25	40	1.72
7688724--7688758	17	2.0	18	88	5	54	42	2	0	54	1.15
7689048--7689112	33	2.0	31	83	16	80	21	7	9	61	1.51
7692741--7692765	11	2.3	11	100	0	50	32	8	24	36	1.84
7694176--7694383	46	4.6	46	91	1	332	31	17	23	27	1.97
7695148--7695215	28	2.5	27	88	6	102	52	8	0	38	1.33
7695158--7695215	28	2.1	28	96	3	109	48	10	0	41	1.37
7695536--7695570	6	5.8	6	89	0	52	2	31	31	34	1.73
7699336--7699386	13	3.9	13	77	10	59	60	1	0	37	1.08
7700334--7700451	38	3.2	38	93	4	213	39	2	0	56	1.19
7700337--7700456	36	3.3	36	94	4	199	39	3	0	56	1.22
7700630--7700715	22	3.7	21	76	19	82	55	10	1	32	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7700622--7700837	41	5.1	43	73	19	161	55	11	0	32	1.42
7700597--7700725	49	2.6	49	87	2	204	53	11	0	34	1.43
7700674--7700838	19	8.2	19	73	21	115	55	12	0	31	1.42
7700770--7700836	22	3.2	22	83	8	86	58	10	1	29	1.41
7700674--7700872	102	1.9	100	85	8	267	54	13	1	30	1.46
7701662--7701754	27	3.4	27	85	2	116	22	22	32	22	1.98
7701813--7701866	22	2.4	23	84	12	76	64	1	31	1	1.14
7701813--7701873	24	2.7	22	77	7	61	63	1	31	3	1.20
7703021--7703062	16	2.7	15	85	7	57	57	2	2	38	1.25
7703099--7703181	39	2.2	38	93	2	139	39	1	3	55	1.25

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