genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  64  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19222441--19222839	44	9.1	43	62	9	135	27	27	25	19	1.99
19222326--19222901	175	3.3	176	91	0	940	27	28	24	19	1.99
19222375--19222778	44	9.2	44	63	5	172	26	27	25	21	1.99
19222326--19222890	263	2.1	263	95	0	1004	27	27	24	20	1.99
19222326--19222901	88	6.6	88	92	0	940	27	28	24	19	1.99
19222989--19223666	44	15.6	44	68	12	251	30	20	22	26	1.98
19223035--19223316	84	3.3	84	71	8	262	29	20	22	27	1.98
19222988--19223339	173	2.0	172	85	0	479	30	20	20	27	1.98
19223118--19223631	217	2.4	218	84	4	723	30	20	22	25	1.98
19223030--19223405	173	2.2	172	83	4	472	29	20	22	26	1.99
19224178--19224231	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
19224178--19224254	38	1.9	40	87	10	113	36	7	16	38	1.78
19224439--19224483	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
19224706--19224735	13	2.4	13	94	5	53	30	0	0	70	0.88
19225174--19225239	24	2.8	22	77	18	62	15	7	6	71	1.29
19226054--19226209	27	5.8	27	86	3	226	20	21	19	39	1.93
19228815--19228927	42	2.6	42	78	9	104	31	22	23	23	1.98
19230089--19230151	24	2.6	24	84	0	90	38	33	11	17	1.85
19236624--19236715	19	4.8	19	94	0	166	38	9	15	36	1.80
19237473--19237528	25	2.2	24	78	9	67	32	7	3	57	1.43
19238198--19238392	98	2.0	98	93	0	336	27	10	25	36	1.89
19243976--19244013	8	4.8	8	87	12	60	89	10	0	0	0.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19243975--19244018	14	3.4	13	84	9	54	88	9	2	0	0.59
19245383--19245958	44	13.2	44	64	14	192	28	19	26	25	1.99
19245284--19246065	132	5.9	132	93	0	1309	28	20	25	25	1.99
19245283--19246080	393	2.0	393	92	1	1116	28	20	26	24	1.99
19246053--19246658	217	2.8	216	91	0	960	29	19	23	27	1.98
19246057--19246562	44	11.7	44	72	11	246	28	19	23	27	1.98
19246823--19246954	19	6.8	19	90	3	210	38	9	15	36	1.80
19246824--19246943	59	2.0	59	95	0	213	38	10	14	37	1.79
19247700--19247755	25	2.2	24	78	9	67	32	7	3	57	1.43
19248427--19248617	98	1.9	98	93	0	328	27	10	24	37	1.89
19252509--19252551	22	2.0	22	90	0	68	9	13	27	48	1.73
19252642--19252933	83	3.5	84	88	4	403	31	21	22	24	1.98
19252642--19252933	125	2.3	127	88	4	414	31	21	22	24	1.98
19252642--19252933	42	7.0	42	89	3	412	31	21	22	24	1.98
19253346--19253417	12	6.2	12	79	9	69	2	37	18	41	1.65
19253358--19253440	33	2.5	33	86	3	105	2	39	19	38	1.65
19253403--19253450	21	2.3	22	79	17	57	2	39	20	37	1.65
19258962--19259250	9	32.9	9	72	9	170	32	4	15	47	1.65
19259072--19259250	27	6.6	27	88	0	259	34	2	12	50	1.53
19259072--19259252	54	3.4	54	94	0	308	33	2	12	51	1.52
19260664--19260711	23	2.1	22	88	7	69	39	14	16	29	1.88
19265693--19265892	45	4.5	45	79	1	179	34	25	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19266749--19266870	59	2.0	60	93	1	210	41	26	10	21	1.85
19271412--19271609	45	4.4	45	79	4	168	34	26	15	24	1.94
19271535--19271628	45	2.1	45	83	0	116	32	22	13	30	1.93
19273513--19273574	25	2.5	25	94	0	106	30	22	22	24	1.99
19274713--19274760	23	2.1	23	96	0	87	22	14	12	50	1.77
19277205--19277265	12	5.3	12	75	11	65	73	1	18	6	1.12
19277217--19277321	6	17.0	6	69	9	68	71	2	19	6	1.21
19277217--19277270	24	2.3	24	90	3	83	75	1	16	5	1.07
19282548--19282579	16	2.0	16	93	0	55	28	6	3	62	1.34
19288879--19288951	25	2.9	25	82	13	89	35	23	17	23	1.95
19288822--19288945	66	1.9	66	86	3	178	40	26	14	18	1.89
19296494--19296564	35	2.0	35	86	0	97	26	19	12	40	1.88
19301557--19301675	50	2.4	50	88	2	168	35	24	13	26	1.93
19301561--19301644	25	3.4	25	71	12	73	34	25	14	26	1.94
19303512--19303575	25	2.6	24	85	7	83	35	23	17	23	1.95
19305821--19305863	20	2.2	20	91	8	70	25	9	11	53	1.67
19308771--19308869	50	2.0	50	93	0	171	15	30	16	38	1.89
19311710--19311862	43	3.6	43	75	9	125	30	24	15	29	1.95
19313938--19314004	21	3.2	21	71	12	57	32	16	29	20	1.95
19313939--19314122	41	4.5	41	85	0	242	35	15	26	22	1.94
19316954--19317024	28	2.5	28	93	2	115	36	4	38	21	1.73
19317984--19318046	28	2.2	28	82	0	81	36	3	38	22	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19319547--19319619	26	2.8	26	85	6	96	36	12	16	34	1.86
19323093--19323117	12	2.1	12	100	0	50	32	32	0	36	1.58
19327713--19327761	21	2.6	18	83	9	53	32	2	34	30	1.69
19337976--19338093	9	13.6	9	69	13	61	34	1	16	47	1.56
19337964--19338032	36	2.0	34	88	5	102	34	1	17	46	1.57
19337964--19338071	18	6.2	17	68	14	67	35	1	15	47	1.57
19337976--19338094	52	2.3	52	92	2	195	35	1	15	47	1.56
19340399--19340451	24	2.2	25	82	3	63	26	18	45	9	1.80
19349029--19349097	15	4.7	15	77	10	54	50	30	1	17	1.55
19349072--19349111	14	2.9	14	84	0	53	52	25	5	17	1.64
19349086--19349139	21	2.6	21	84	0	63	48	24	3	24	1.67
19349299--19349582	124	2.3	124	89	0	415	32	18	16	32	1.94
19349485--19349663	86	2.1	86	86	2	243	30	19	18	31	1.96
19349361--19349784	210	2.0	210	85	3	577	32	18	16	32	1.93
19349571--19349851	124	2.3	124	85	0	384	32	17	17	32	1.93
19349571--19349883	124	2.5	123	83	5	380	31	17	17	33	1.93
19353264--19353304	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
19358006--19358049	15	2.9	15	75	0	52	61	0	0	38	0.96
19358991--19359041	22	2.3	22	93	6	86	3	15	13	66	1.39
19359540--19359576	19	2.0	20	84	10	51	18	0	10	70	1.16
19359552--19359599	22	2.2	21	82	10	53	18	2	12	66	1.33
19359855--19359906	27	1.9	27	92	0	86	57	7	5	28	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19368104--19368469	47	7.7	47	94	1	599	32	8	30	28	1.87
19368151--19368229	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
19368104--19368469	143	2.6	141	92	2	599	32	8	30	28	1.87
19368588--19368666	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
19370329--19370354	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
19371306--19371482	85	2.1	85	79	8	189	27	12	11	48	1.77
19372421--19372456	18	1.9	19	94	5	65	75	5	2	16	1.12
19374833--19374859	13	2.1	13	100	0	54	70	7	0	22	1.12
19376644--19376716	33	2.2	33	85	0	92	15	10	34	39	1.82
19385627--19385865	50	4.7	50	80	6	223	28	20	28	22	1.99
19386067--19386094	12	2.3	12	100	0	56	57	7	17	17	1.62
19387557--19387621	10	7.1	10	70	24	54	46	0	1	52	1.10
19401543--19401701	55	2.9	55	81	9	189	24	28	14	32	1.94
19417353--19417416	19	3.3	19	76	4	74	65	6	3	25	1.31
19417607--19417674	19	3.5	19	78	9	66	30	7	2	58	1.40
19417711--19417813	10	10.5	10	80	6	104	35	1	0	61	1.14
19417693--19417756	29	2.2	29	83	5	76	37	4	1	56	1.30
19417711--19417777	19	3.5	19	87	4	89	37	1	0	61	1.05
19417711--19417813	29	3.5	29	77	10	93	35	1	0	61	1.14
19417717--19417807	39	2.3	39	83	3	103	38	1	1	59	1.12
19418223--19418319	31	3.1	31	95	2	176	30	10	13	45	1.77
19418622--19418652	4	8.0	4	92	7	55	25	0	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19420279--19420316	20	2.0	20	89	5	60	15	5	2	76	1.08
19421078--19421207	67	2.0	66	83	6	158	40	8	3	48	1.49
19423883--19423924	15	2.9	14	86	6	57	26	23	11	38	1.90
19423888--19423924	15	2.5	15	91	4	58	27	24	13	35	1.93
19423412--19424344	484	1.9	485	93	0	1618	38	16	20	24	1.93
19426992--19427017	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
19428237--19428507	87	3.1	87	90	0	409	29	19	24	25	1.98
19428357--19428492	44	3.1	44	63	17	102	26	19	26	27	1.99
19428556--19428882	44	7.6	44	68	13	173	32	22	20	25	1.98
19428558--19428896	128	2.6	128	91	0	552	32	21	20	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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