genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  50  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14372969--14373030	27	2.3	27	83	2	81	20	4	1	72	1.12
14377472--14377514	16	2.6	16	85	3	50	34	0	0	65	0.93
14379946--14379993	18	2.8	17	78	6	60	72	2	20	4	1.11
14381883--14381922	21	1.9	21	85	10	55	47	2	5	45	1.38
14383420--14383615	40	4.9	40	84	0	232	29	24	15	30	1.95
14391971--14392011	18	2.3	18	84	12	50	24	39	19	17	1.92
14396063--14396114	21	2.5	21	87	0	77	28	7	32	30	1.85
14405832--14405893	31	2.0	31	93	0	106	33	9	16	40	1.81
14406192--14406220	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
14415428--14415466	12	3.2	12	88	3	51	48	0	0	51	1.00
14416991--14417056	33	2.0	32	88	2	96	28	6	28	36	1.81
14421719--14421778	25	2.3	25	83	16	70	43	3	1	51	1.28
14424347--14424406	27	2.2	27	78	3	66	63	1	1	33	1.14
14434585--14434617	17	1.9	17	93	0	57	51	6	0	42	1.26
14436538--14436590	24	2.2	25	80	16	58	39	1	13	45	1.54
14438617--14438683	27	2.4	28	82	7	75	34	1	0	64	1.03
14440342--14440382	17	2.3	19	80	16	52	63	12	0	24	1.28
14440341--14440380	18	2.2	18	86	8	55	65	12	0	22	1.26
14442854--14442965	40	2.9	38	90	5	179	35	10	16	36	1.84
14442853--14442962	19	5.7	19	92	4	175	35	10	16	37	1.84
14449933--14450599	88	7.6	88	89	0	947	26	23	26	24	2.00
14449991--14450134	44	3.3	43	71	8	128	24	23	25	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14450550--14450730	42	4.1	44	77	12	174	30	15	25	28	1.96
14451075--14451149	19	3.8	19	89	6	123	36	10	17	36	1.84
14462328--14462363	18	2.0	18	100	0	72	22	27	16	33	1.95
14464794--14464863	6	10.5	6	73	19	50	77	4	2	15	1.05
14484911--14484945	17	2.1	17	89	5	54	54	0	5	40	1.24
14487823--14487858	17	2.1	17	100	0	72	36	22	11	30	1.89
14494567--14494595	14	2.0	15	93	6	51	62	6	17	13	1.52
14525338--14525458	38	3.2	38	82	8	147	33	19	15	31	1.93
14527018--14527278	45	5.8	45	87	0	369	24	21	17	36	1.94
14527015--14527409	135	2.7	141	82	8	426	26	21	15	35	1.94
14527287--14527423	45	2.8	49	78	14	176	28	20	13	37	1.91
14527182--14527386	110	1.9	105	87	6	295	25	21	15	37	1.93
14527137--14527429	155	1.9	150	88	3	433	26	20	15	37	1.93
14528055--14528091	16	2.2	17	81	18	51	29	18	2	48	1.62
14530648--14530824	27	6.6	27	79	10	177	46	19	16	17	1.85
14530648--14530824	53	3.3	53	80	7	205	46	19	16	17	1.85
14530657--14530852	53	3.7	52	78	10	180	44	19	16	19	1.87
14530648--14530854	27	7.8	26	79	7	157	44	19	16	19	1.86
14541255--14541357	51	2.0	51	98	0	197	36	8	17	36	1.81
14547700--14547740	20	2.0	20	86	9	57	73	2	0	24	0.96
14548053--14548092	21	2.0	20	85	14	55	62	2	5	30	1.29
14548632--14548666	17	2.0	18	88	5	54	22	5	2	68	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14549018--14549064	20	2.3	20	81	0	67	63	0	0	36	0.94
14549022--14549083	28	2.3	25	73	24	63	61	0	0	38	0.96
14549471--14549507	18	2.0	20	84	10	51	35	5	0	59	1.20
14549938--14550052	34	3.4	33	82	5	131	38	0	13	47	1.48
14550136--14550658	126	4.2	125	89	1	744	38	16	16	28	1.91
14550136--14550658	251	2.1	251	86	2	755	38	16	16	28	1.91
14552991--14553023	13	2.5	13	100	0	66	21	9	27	42	1.83
14555038--14555208	72	2.4	72	86	4	240	54	14	5	25	1.62
14555633--14555698	18	3.7	18	93	0	114	40	10	13	34	1.79
14566800--14566983	51	3.6	51	80	9	216	29	14	24	31	1.95
14566800--14566882	26	3.2	26	66	27	68	30	12	24	33	1.91
14570899--14571009	58	1.9	59	82	10	140	57	4	3	34	1.36
14601677--14601728	22	2.5	20	80	17	61	51	0	1	46	1.12
14608250--14608333	25	3.4	25	83	0	87	23	25	20	30	1.98
14608250--14608348	25	4.0	25	78	5	85	24	23	21	31	1.98
14611052--14611114	31	2.0	31	100	0	126	25	3	6	65	1.32
14613784--14613828	24	2.0	24	86	8	67	20	33	2	44	1.63
14614965--14615010	24	1.9	24	86	8	67	32	26	21	19	1.97
14614975--14615021	24	2.0	24	82	0	58	34	27	19	19	1.96
14618886--14618955	28	2.4	30	88	4	108	45	12	27	14	1.81
14618893--14619033	70	2.0	69	86	4	194	41	14	26	17	1.88
14619014--14619080	30	2.2	30	86	0	98	34	11	26	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14633603--14633701	29	3.4	29	85	1	135	25	28	9	37	1.86
14638863--14639195	51	6.6	51	81	4	338	29	26	15	28	1.96
14638854--14639195	102	3.4	102	85	3	435	29	26	15	28	1.96
14642211--14642295	42	2.0	42	86	4	118	31	25	12	29	1.93
14649060--14649111	24	2.2	24	85	0	68	51	9	3	34	1.53
14650731--14650882	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
14650731--14650882	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
14666135--14666478	50	6.9	50	88	1	449	21	29	22	26	1.99
14666983--14667010	8	3.5	8	100	0	56	21	25	0	53	1.46
14674513--14674546	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
14676831--14676861	15	2.1	15	93	0	53	32	9	6	51	1.60
14678821--14678854	14	2.3	15	90	5	52	17	2	11	67	1.34
14683839--14683917	37	2.1	37	83	4	97	30	30	15	24	1.95
14684038--14684388	49	7.2	49	93	1	584	29	30	8	31	1.87
14684361--14684414	26	2.1	26	100	0	108	27	29	14	27	1.95
14684315--14684463	75	2.0	75	98	0	289	29	29	10	30	1.91
14684387--14684552	49	3.4	49	95	3	309	29	29	9	31	1.89
14684263--14684510	124	2.0	123	96	1	453	29	29	9	31	1.89
14684214--14684552	171	2.0	172	96	1	626	29	29	9	30	1.89
14687207--14687729	260	2.0	260	99	0	1028	32	9	19	38	1.83
14687791--14687858	32	2.1	32	100	0	136	33	19	8	38	1.82
14700927--14700966	21	1.9	21	89	0	62	15	27	2	55	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14703727--14703772	20	2.3	20	80	0	56	13	23	26	36	1.91
14707984--14708554	27	21.1	27	83	1	660	42	22	17	17	1.89
14711374--14711410	19	1.9	19	89	10	58	35	24	0	40	1.55
14712702--14712731	12	2.5	12	94	0	51	43	0	36	20	1.52
14730390--14730422	16	2.0	17	88	5	50	27	3	18	51	1.60
14752891--14752954	31	2.1	31	87	0	92	18	18	7	54	1.67
14755255--14755292	17	2.2	17	90	0	58	34	21	18	26	1.96
14773655--14773702	23	2.1	23	96	0	87	41	8	4	45	1.53
14776316--14776350	18	2.0	17	94	5	61	40	0	20	40	1.52
14783276--14783416	37	3.8	37	76	11	153	38	15	17	29	1.90
14783266--14783428	75	2.2	75	95	0	299	41	14	15	28	1.86
14784343--14784384	14	2.7	15	85	10	50	64	2	33	0	1.07
14786217--14786280	20	3.2	20	81	0	65	15	29	25	29	1.96
14788143--14788177	14	2.5	14	85	0	52	25	22	20	31	1.98
14789247--14789278	12	2.7	12	95	0	55	37	0	12	50	1.41
14789228--14789265	19	2.0	19	85	10	51	34	2	18	44	1.64
14791782--14791808	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
14791800--14791879	18	4.3	18	71	14	63	70	1	0	28	0.96
14791798--14791889	28	3.2	28	74	7	87	66	2	0	31	1.04
14792483--14792542	10	5.6	10	74	14	57	38	1	1	58	1.18
14792483--14792552	22	3.3	21	77	13	63	40	1	2	55	1.23
14792508--14792553	22	2.0	23	87	4	67	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14794814--14794867	15	3.7	15	72	5	56	46	5	3	44	1.44
14794816--14794881	29	2.3	29	97	0	123	51	6	4	37	1.47
14795207--14795297	44	2.1	44	91	0	146	47	13	9	29	1.75
14795697--14795735	20	2.0	21	85	10	55	43	10	12	33	1.77
14806419--14806509	44	2.1	44	87	0	128	43	10	10	34	1.75
14811775--14811842	33	2.1	33	100	0	136	48	5	5	39	1.52
14811768--14811834	19	3.8	19	71	18	72	46	7	4	41	1.52
14823987--14824183	98	2.0	98	94	0	349	37	25	10	26	1.88
14825481--14825593	19	5.8	19	85	4	163	34	15	10	38	1.83
14825481--14825592	40	2.8	40	93	2	183	34	15	10	39	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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