genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  47  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13508110--13508275	71	2.3	72	91	1	271	27	25	12	35	1.91
13508239--13508270	7	4.6	7	96	0	55	18	31	9	40	1.83
13508239--13508275	14	2.6	14	86	0	56	21	29	10	37	1.88
13508181--13508314	58	2.3	58	96	0	241	26	26	14	32	1.94
13511539--13511576	19	1.9	21	89	10	62	34	0	0	65	0.93
13514572--13514608	18	2.0	20	89	10	60	16	0	24	59	1.37
13518172--13518365	50	3.9	50	85	0	253	26	22	30	21	1.98
13524336--13524394	17	3.4	17	73	13	57	28	1	0	69	0.98
13525370--13525407	19	2.0	19	94	0	67	44	13	5	36	1.66
13528622--13528709	29	3.1	29	82	7	101	35	1	1	62	1.10
13529205--13529229	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
13530519--13530559	22	1.9	22	85	5	57	43	2	0	53	1.13
13540096--13540131	18	2.0	18	94	0	63	44	13	16	25	1.85
13550344--13550388	18	2.5	19	82	13	60	73	4	20	2	1.11
13555300--13555335	12	3.1	11	85	14	54	0	22	0	77	0.76
13555301--13555359	28	2.1	28	81	6	66	3	18	5	72	1.17
13560495--13560537	22	2.0	21	86	4	59	74	0	4	20	1.00
13560486--13560537	15	3.4	15	72	15	52	75	0	3	21	0.97
13560636--13560684	26	1.9	26	87	4	73	57	0	2	40	1.10
13562088--13562133	22	2.1	21	84	11	58	23	4	2	69	1.17
13568166--13568255	45	2.0	45	100	0	180	35	13	11	40	1.80
13570482--13572023	770	2.0	770	99	0	3057	37	16	11	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13573832--13574023	36	5.3	36	84	4	201	39	29	13	17	1.88
13580317--13580363	18	2.4	18	82	10	58	63	0	2	34	1.06
13585210--13585263	28	2.0	28	85	3	74	20	3	14	61	1.49
13588845--13588877	17	2.0	17	88	5	50	75	9	3	12	1.14
13590851--13591261	43	9.5	44	69	14	187	26	24	20	29	1.99
13590928--13591182	45	5.9	44	70	15	156	25	25	19	29	1.98
13590813--13591183	171	2.1	174	95	3	678	25	25	20	28	1.99
13590813--13591477	171	3.9	172	84	8	596	26	23	20	29	1.99
13591534--13591825	86	3.4	86	89	4	405	23	21	23	31	1.98
13591693--13591835	44	3.2	45	63	11	105	21	21	22	34	1.97
13593070--13593098	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
13603870--13603903	17	2.0	17	88	0	50	76	8	2	11	1.12
13607376--13607430	25	2.2	25	93	0	92	32	7	16	43	1.75
13615900--13615941	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
13622722--13622773	21	2.5	21	78	6	61	69	1	13	15	1.28
13622874--13622960	39	2.3	38	86	5	115	32	14	14	37	1.88
13622970--13623045	32	2.4	32	84	0	89	25	23	5	46	1.73
13627384--13627470	39	2.3	38	84	5	106	31	14	14	39	1.87
13627479--13627555	32	2.4	32	80	4	93	24	22	6	46	1.75
13629276--13629333	26	2.2	26	93	0	98	34	8	8	48	1.65
13640731--13640755	7	3.6	7	100	0	50	60	0	12	28	1.32
13641136--13641189	7	7.7	7	95	0	99	70	0	29	0	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13641320--13641362	23	1.9	22	90	4	68	72	0	23	4	1.04
13641365--13641394	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
13643188--13643225	16	2.4	16	90	0	58	44	0	2	52	1.14
13643409--13643434	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
13659821--13659899	33	2.4	33	79	10	90	62	2	3	31	1.27
13659829--13659899	33	2.2	33	85	7	92	60	2	4	32	1.30
13659997--13660038	22	1.9	22	90	9	68	59	2	0	38	1.10
13672890--13673034	68	2.1	68	84	0	182	35	13	17	34	1.88
13672952--13673343	105	3.8	104	82	3	475	34	14	17	33	1.90
13674090--13674168	26	3.0	27	81	9	99	43	15	0	41	1.46
13676552--13676609	25	2.3	24	88	8	89	24	13	6	55	1.63
13682929--13682992	23	2.8	23	90	0	101	39	15	12	32	1.85
13683311--13683488	57	3.1	57	83	5	236	20	16	15	47	1.82
13690771--13690964	23	8.4	23	81	1	228	41	15	12	30	1.84
13691675--13691804	41	3.2	40	81	7	136	35	21	16	26	1.94
13691694--13691804	40	2.7	40	83	6	125	36	22	16	25	1.94
13691731--13691838	40	2.7	40	80	8	112	37	21	15	25	1.93
13694152--13694272	64	1.9	64	87	3	181	36	21	19	22	1.95
13694654--13694686	11	3.1	11	82	8	50	33	33	0	33	1.58
13698717--13698825	34	3.2	33	73	7	112	33	11	15	39	1.84
13698717--13698848	67	2.0	67	96	0	246	31	12	14	40	1.84
13698748--13698848	33	3.0	33	71	8	114	33	12	13	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13699253--13699290	20	1.9	20	94	0	67	68	2	2	26	1.16
13701080--13701193	45	2.5	45	81	4	131	31	16	19	32	1.94
13701221--13701412	44	4.2	45	73	16	105	27	21	17	33	1.95
13701252--13701516	44	5.9	43	73	11	149	28	21	19	31	1.97
13702805--13702893	46	1.9	46	83	0	115	14	20	19	46	1.84
13710000--13710045	19	2.4	19	85	7	58	47	10	17	23	1.79
13716460--13716497	20	1.9	20	94	0	67	68	2	2	26	1.16
13722466--13722490	13	1.9	13	100	0	50	0	20	0	80	0.72
13723339--13723408	24	2.9	24	78	18	83	32	4	10	52	1.54
13725161--13725212	16	3.2	16	94	0	95	26	0	34	38	1.57
13725423--13725464	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
13725542--13725593	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
13734664--13734718	27	2.1	26	89	3	83	52	1	12	32	1.50
13735849--13735883	6	5.8	6	96	0	61	20	45	0	34	1.51
13743849--13743890	16	2.5	17	84	3	59	33	2	2	61	1.21
13743933--13743976	5	8.8	5	100	0	88	61	0	0	38	0.96
13745937--13745966	14	2.2	13	94	5	51	50	0	0	50	1.00
13752728--13752756	4	7.5	4	92	7	51	48	0	0	51	1.00
13754161--13754203	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
13754311--13754385	9	8.4	9	81	8	82	24	8	22	45	1.79
13754716--13754794	40	2.0	40	84	0	104	20	24	31	24	1.98
13754943--13755040	51	1.9	51	85	4	135	25	23	1	50	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13756858--13756900	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
13757454--13757843	21	18.4	22	87	6	547	44	28	0	26	1.55
13757465--13757839	127	2.9	128	92	3	607	44	28	0	27	1.55
13757912--13758124	112	1.9	112	94	0	372	44	7	7	40	1.62
13758042--13758091	16	2.8	19	66	27	54	50	12	0	38	1.40
13761135--13761440	125	2.4	125	88	1	470	28	18	18	34	1.95
13772118--13772172	26	2.1	26	83	12	69	21	18	1	58	1.49
13773936--13773973	18	2.1	18	95	0	67	23	26	10	39	1.87
13775342--13775378	14	2.6	14	95	0	65	59	5	2	32	1.34
13776956--13777084	50	2.6	50	79	1	141	27	21	28	22	1.99
13778528--13778617	25	3.6	25	89	5	130	25	21	3	50	1.64
13778686--13779362	126	5.4	126	89	1	946	28	16	16	38	1.90
13779452--13779584	28	4.6	28	76	12	117	45	17	0	37	1.49
13779494--13779561	33	2.1	33	88	5	102	44	10	0	45	1.38
13786954--13787012	30	2.1	29	84	9	77	33	18	5	42	1.72
13787143--13787216	22	3.5	21	75	17	73	45	24	1	28	1.61
13787177--13787222	22	2.1	22	87	0	65	54	21	0	23	1.45
13787657--13787711	23	2.4	23	76	14	60	38	0	7	54	1.28
13788140--13788218	39	2.1	38	80	7	88	51	3	3	40	1.38
13790886--13791518	315	2.0	319	91	3	1028	40	13	15	30	1.85
13795132--13795163	15	2.1	15	94	5	55	71	12	3	12	1.25
13795504--13795698	41	4.8	41	82	2	212	36	24	19	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13796128--13796179	28	1.9	26	88	7	77	44	7	0	48	1.31
13797535--13797629	9	10.4	9	83	6	93	41	23	10	25	1.86
13797704--13797792	39	2.3	39	84	2	124	19	2	28	50	1.59
13797771--13797800	13	2.3	13	100	0	60	16	0	43	40	1.48
13809153--13809808	67	9.8	67	81	3	658	37	16	21	24	1.94
13809153--13809798	134	4.8	134	83	1	747	37	16	21	24	1.93
13809153--13809798	201	3.2	198	81	3	749	37	16	21	24	1.93
13823171--13823485	67	4.7	67	78	1	265	35	14	23	26	1.93
13823171--13823485	133	2.4	134	79	2	337	35	14	23	26	1.93
13831338--13831363	7	3.7	7	100	0	52	46	26	0	26	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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