genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  85  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26156872--26156972	39	2.6	40	82	9	145	17	30	17	33	1.94
26157857--26157999	73	2.0	73	98	0	277	30	11	20	38	1.87
26162759--26162805	16	2.9	16	71	22	53	46	0	8	44	1.33
26176877--26177420	262	2.1	263	84	1	707	30	14	20	34	1.92
26178158--26178271	42	2.7	42	78	2	122	28	15	24	30	1.96
26178889--26178967	25	3.2	25	67	13	74	26	16	13	43	1.86
26178817--26179093	48	5.7	48	84	3	342	25	14	16	43	1.86
26178909--26178990	23	3.5	23	71	12	76	29	15	15	39	1.89
26178813--26179110	98	3.1	97	85	3	359	26	14	16	42	1.86
26178817--26179093	146	1.9	145	84	3	369	25	14	16	43	1.86
26185999--26186037	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
26188479--26188588	42	2.6	42	74	7	105	31	15	19	33	1.93
26189158--26189292	25	5.5	25	67	7	98	27	15	14	42	1.86
26189139--26189420	48	5.8	48	85	5	359	26	13	15	44	1.84
26189186--26189313	23	5.4	23	66	17	91	28	15	15	39	1.88
26189139--26189420	100	2.9	100	86	4	394	26	13	15	44	1.84
26189172--26189443	148	1.8	148	86	3	395	27	13	15	44	1.83
26202812--26202876	31	2.1	31	91	5	105	30	20	27	21	1.98
26204875--26205012	24	5.7	25	70	8	81	31	20	26	21	1.98
26204946--26205023	24	3.2	24	76	3	68	30	24	26	17	1.97
26205064--26205123	26	2.3	26	91	0	102	38	23	21	16	1.93
26208178--26208245	34	2.0	34	97	0	127	39	14	10	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26214854--26214891	17	2.2	18	85	4	51	36	0	0	63	0.95
26217073--26217111	13	2.9	13	88	3	51	79	2	15	2	0.95
26218648--26218684	20	1.9	18	89	10	56	37	5	8	48	1.56
26220415--26220469	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
26221253--26221281	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
26223461--26223562	49	2.1	50	90	1	161	31	9	10	48	1.71
26225755--26225828	28	2.7	27	87	6	105	44	5	18	31	1.73
26225820--26225852	6	5.5	6	100	0	66	54	0	30	15	1.41
26230324--26230443	62	1.9	62	84	3	152	26	27	22	23	1.99
26235550--26235608	27	2.2	27	82	8	68	49	5	6	38	1.52
26236184--26236257	19	3.8	19	75	12	69	36	22	29	10	1.89
26236261--26236321	19	3.2	19	77	13	70	40	21	21	16	1.91
26236253--26236317	20	3.3	19	77	14	69	40	20	23	16	1.92
26236234--26236320	39	2.2	39	85	4	113	39	21	24	14	1.91
26240112--26240167	16	3.4	16	76	11	51	48	5	0	46	1.25
26250500--26250541	19	2.2	20	91	4	68	38	28	26	7	1.82
26252528--26252578	10	5.4	10	77	13	54	31	1	0	66	1.03
26252537--26252579	19	2.3	19	88	4	61	27	2	0	69	1.00
26257640--26257671	17	1.9	17	93	6	57	34	6	21	37	1.79
26261271--26261402	67	2.0	65	91	2	210	45	17	6	30	1.74
26264237--26264283	22	2.1	22	84	7	60	29	29	14	25	1.95
26267606--26267680	25	3.2	24	76	18	86	30	8	16	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26267591--26267680	45	2.0	45	95	0	162	33	6	15	44	1.73
26268863--26268901	20	2.0	19	90	5	60	48	0	35	15	1.45
26270143--26270487	51	6.8	50	81	3	318	29	25	15	29	1.96
26270144--26270487	102	3.4	102	85	5	412	29	25	15	29	1.96
26270143--26270487	153	2.3	151	80	7	351	29	25	15	29	1.96
26270957--26271014	30	1.9	31	82	6	75	29	22	5	43	1.75
26273413--26273461	22	2.2	22	88	0	71	36	18	26	18	1.94
26277455--26277557	17	5.9	18	68	14	54	37	29	17	15	1.91
26285286--26285379	17	5.5	17	71	12	68	30	27	20	21	1.98
26285393--26285470	34	2.3	35	82	6	88	37	30	16	15	1.90
26285621--26285683	3	20.7	3	96	3	117	33	0	0	66	0.92
26285765--26285789	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
26295119--26295156	13	2.9	13	96	0	67	26	7	26	39	1.83
26295385--26295442	19	2.9	19	80	10	55	53	0	3	43	1.17
26295668--26295694	8	3.4	8	100	0	54	51	0	0	48	1.00
26295960--26296084	30	4.2	30	82	1	135	36	17	3	42	1.66
26295949--26296026	30	2.6	31	89	2	106	35	19	1	43	1.59
26295960--26296084	60	2.1	60	83	1	153	36	17	3	42	1.66
26296781--26296825	15	2.9	15	83	6	54	80	0	17	2	0.82
26298241--26298344	11	9.7	11	68	17	51	37	4	0	57	1.20
26298233--26298340	33	2.9	38	81	14	154	34	4	0	61	1.17
26299548--26299742	50	3.9	49	75	4	167	23	27	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26300947--26301188	50	4.9	50	82	3	240	27	21	28	22	1.99
26305856--26305903	18	2.7	18	96	0	87	39	12	12	35	1.81
26309406--26309439	16	2.2	15	94	5	59	23	2	23	50	1.63
26311275--26311316	19	2.3	19	87	4	59	50	0	26	23	1.50
26322326--26322354	14	2.0	15	93	6	51	58	0	13	27	1.36
26332582--26332722	23	6.2	23	84	1	185	23	21	24	30	1.99
26332583--26332718	46	3.0	46	91	1	220	22	22	25	30	1.99
26336458--26336724	136	1.9	136	83	6	345	45	13	14	26	1.82
26338851--26338923	35	2.1	35	94	0	128	26	20	21	31	1.98
26345774--26345837	4	16.2	4	90	3	58	10	48	0	40	1.38
26350322--26350436	37	3.1	36	87	2	158	35	26	14	23	1.93
26351692--26351751	25	2.3	26	94	2	104	30	8	13	48	1.71
26353329--26353357	8	3.6	8	100	0	58	24	0	10	65	1.23
26360296--26360381	45	1.9	45	83	4	111	29	22	12	36	1.91
26361233--26361263	15	2.1	15	93	0	53	45	6	3	45	1.45
26367992--26368060	35	1.9	36	94	2	122	52	17	4	26	1.63
26371201--26371266	33	2.0	33	90	0	105	39	3	43	13	1.60
26372396--26372435	13	3.1	13	77	0	53	35	25	7	32	1.84
26372580--26372617	18	2.1	18	100	0	76	55	5	0	39	1.23
26373671--26373743	36	2.0	36	83	0	92	52	23	13	10	1.72
26385374--26385420	15	3.1	15	93	3	76	38	6	27	27	1.81
26389666--26389698	17	1.9	17	88	11	50	54	0	6	39	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26391075--26391118	21	2.1	21	95	0	79	38	20	4	36	1.73
26392583--26392622	21	2.0	20	90	5	62	35	7	17	40	1.78
26392584--26392635	20	2.5	20	84	3	59	40	7	13	38	1.73
26394292--26394365	38	2.0	37	86	2	103	32	29	22	14	1.94
26404108--26404195	27	3.3	27	80	4	88	23	23	14	37	1.92
26407401--26407614	38	5.6	38	81	5	218	14	17	29	38	1.90
26407383--26407605	76	2.9	76	82	4	279	15	17	28	38	1.90
26410953--26410989	9	4.2	9	93	6	67	45	0	0	54	1.00
26410955--26410989	17	2.1	17	100	0	70	45	0	0	54	0.99
26414282--26414308	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
26420324--26420439	24	4.8	24	78	6	119	17	42	5	35	1.71
26427317--26427357	21	2.0	21	100	0	82	34	0	9	56	1.32
26427391--26427582	61	3.3	59	71	24	165	41	1	2	55	1.21
26427332--26427640	117	2.6	119	94	2	543	42	1	4	52	1.29
26427523--26427742	102	2.2	102	96	0	404	43	1	3	51	1.27
26427730--26427769	14	2.9	15	82	14	50	47	0	0	52	1.00
26427917--26428013	44	2.2	45	87	5	135	34	28	5	31	1.79
26427993--26428057	16	4.1	16	93	0	112	21	35	4	38	1.74
26428168--26428197	15	2.0	15	100	0	60	6	26	20	46	1.75
26430993--26431293	59	5.1	55	66	21	173	42	2	4	50	1.37
26431042--26431240	66	3.2	65	68	19	188	41	3	6	49	1.44
26431004--26431301	120	2.5	120	91	2	483	42	2	5	50	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26431077--26431264	61	3.1	61	69	17	183	42	2	6	49	1.40
26431129--26431180	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
26431259--26431299	15	2.6	16	81	14	50	43	0	2	53	1.13
26431476--26431527	16	3.2	16	91	0	86	42	32	0	25	1.55
26431916--26431950	15	2.3	15	90	5	52	31	8	0	60	1.27
26436329--26436362	16	2.1	16	88	0	50	35	20	2	41	1.68
26444046--26444074	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
26453068--26453130	14	4.7	14	77	14	62	77	6	3	12	1.07
26453064--26453104	12	3.2	12	83	12	55	70	9	2	17	1.25
26453064--26453130	26	2.5	27	82	2	82	76	7	2	13	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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