genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  69  of  216  ( 25871 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20660205--20660263	27	2.3	27	82	5	68	35	15	10	38	1.81
20663640--20663691	25	2.1	25	100	0	104	40	15	15	28	1.88
20670612--20670697	4	21.8	4	72	9	52	23	8	1	67	1.24
20670612--20670651	21	1.9	21	90	10	64	20	12	0	67	1.22
20670616--20670659	21	2.1	21	83	8	54	20	13	0	65	1.26
20673982--20674037	22	2.5	22	82	5	60	83	1	10	3	0.83
20673982--20674040	28	2.1	29	84	9	77	83	1	11	3	0.85
20674822--20675317	137	3.6	136	71	8	394	33	17	20	28	1.95
20675249--20675624	44	8.3	44	69	12	125	30	18	21	29	1.97
20675112--20675461	181	1.9	181	91	0	565	30	17	22	29	1.97
20675112--20675418	96	3.3	94	71	13	285	29	17	23	29	1.97
20675590--20675661	37	1.9	37	85	0	99	30	25	22	22	1.99
20677312--20677366	12	4.4	13	80	15	55	25	3	0	70	1.03
20692187--20692245	23	2.5	22	81	13	64	71	1	1	25	1.05
20695211--20695346	50	2.7	50	93	0	227	25	22	31	20	1.98
20695169--20695348	50	3.5	50	86	4	225	25	20	31	22	1.98
20695211--20695392	100	1.8	100	81	0	229	26	21	29	21	1.99
20700786--20700833	18	2.7	18	96	0	87	35	12	12	39	1.81
20701264--20701502	72	3.3	72	91	4	367	23	6	15	54	1.63
20702791--20702829	21	1.9	20	85	15	53	43	5	20	30	1.73
20703414--20703445	13	2.5	13	89	0	55	37	25	9	28	1.87
20703392--20703445	26	2.0	27	82	10	67	33	27	7	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20703565--20703596	14	2.2	15	94	5	57	37	6	0	56	1.25
20703899--20703939	22	1.9	22	85	5	57	31	12	7	48	1.68
20711602--20711688	39	2.2	39	97	0	165	49	2	21	26	1.61
20716253--20716289	18	2.0	18	89	5	56	78	5	0	16	0.93
20720479--20720549	35	2.0	35	100	0	142	28	11	30	29	1.91
20725759--20725866	55	2.0	55	90	3	173	21	12	14	51	1.74
20727788--20727822	5	7.0	5	100	0	70	40	20	20	20	1.92
20728853--20728898	9	5.1	9	91	0	74	32	10	10	45	1.74
20731100--20731150	25	2.1	24	85	10	68	21	3	5	68	1.27
20750698--20750762	13	4.7	13	74	20	60	33	0	1	64	1.03
20750705--20750761	3	21.0	3	73	20	54	29	0	1	68	1.00
20751844--20751869	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
20754707--20754873	52	3.2	52	94	1	282	36	17	12	33	1.87
20755705--20755822	36	3.2	38	76	18	115	43	0	2	53	1.20
20755693--20755806	36	3.2	36	78	16	121	44	1	2	50	1.26
20755742--20755820	41	2.0	40	85	7	106	43	1	1	54	1.16
20769727--20769761	17	2.0	18	88	5	54	34	2	22	40	1.69
20772096--20772121	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
20773813--20773875	23	2.7	23	75	22	67	68	3	3	25	1.19
20773832--20773869	8	4.8	8	84	9	51	65	5	0	28	1.14
20773814--20773875	25	2.6	23	78	14	63	69	3	3	24	1.18
20774726--20774935	115	1.8	115	81	6	264	28	24	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20785024--20785085	31	2.0	30	84	3	79	43	3	3	50	1.34
20787306--20788651	471	2.9	461	82	4	1531	30	9	27	32	1.89
20788803--20788918	57	2.0	57	89	0	178	40	14	8	36	1.77
20807501--20807765	44	5.8	44	67	14	149	33	19	19	27	1.96
20807284--20807691	138	3.0	137	80	3	435	33	15	21	29	1.94
20807511--20808188	94	7.2	93	81	4	605	33	19	19	27	1.96
20807701--20808191	187	2.6	188	85	3	641	32	20	19	27	1.97
20807887--20808070	44	4.1	44	70	17	135	33	19	19	27	1.96
20808129--20808243	50	2.3	50	93	0	203	29	20	20	28	1.98
20808129--20808257	50	2.6	50	87	2	161	33	19	20	26	1.97
20808036--20808335	144	2.1	145	82	4	356	33	20	19	26	1.96
20825520--20825544	9	2.8	9	100	0	50	16	0	0	84	0.63
20828098--20828147	24	2.1	24	100	0	100	50	12	12	26	1.74
20830561--20830603	18	2.4	18	84	0	59	32	2	2	62	1.20
20830705--20830753	25	2.0	25	87	0	71	51	4	4	40	1.40
20831672--20831713	21	2.0	21	100	0	84	19	42	14	23	1.87
20832210--20832278	32	2.2	32	86	2	95	55	4	4	36	1.40
20843268--20843305	19	2.1	18	85	14	51	36	0	10	52	1.36
20843992--20844051	25	2.5	24	78	10	68	15	23	20	41	1.89
20844044--20844184	24	5.8	24	72	8	115	18	24	19	36	1.94
20844175--20844234	25	2.4	26	80	8	70	28	23	16	31	1.96
20844103--20844215	48	2.3	47	72	14	104	21	23	17	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20848275--20848371	43	2.2	44	81	1	124	32	22	16	27	1.96
20849667--20849711	19	2.4	19	85	7	56	68	0	2	28	1.01
20854049--20854163	60	1.9	60	82	7	144	46	14	13	26	1.81
20854048--20854186	60	2.3	60	78	8	140	45	12	13	28	1.81
20856650--20856691	21	2.0	21	86	9	59	40	19	19	21	1.92
20856901--20856944	22	2.0	22	86	4	61	38	18	27	15	1.91
20858712--20858811	51	2.0	51	86	7	141	25	29	2	44	1.65
20858711--20858795	11	8.0	11	70	20	56	24	30	1	43	1.62
20858952--20859016	25	2.6	26	79	15	75	35	0	1	63	1.04
20860398--20860440	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
20860681--20860728	21	2.3	21	78	7	53	37	39	16	6	1.74
20869392--20869428	15	2.3	17	86	9	51	16	2	2	78	0.98
20869394--20869458	26	2.3	26	82	10	76	15	3	4	76	1.07
20889630--20889670	20	2.1	19	86	4	55	24	12	31	31	1.92
20900366--20900400	18	1.9	18	88	0	52	45	5	0	48	1.26
20901544--20901689	73	2.0	73	100	0	292	38	21	10	28	1.88
20903290--20903332	21	2.0	21	82	13	52	53	6	6	32	1.55
20907941--20908169	92	2.5	92	85	4	311	37	11	20	31	1.88
20915710--20915741	13	2.3	15	89	10	50	62	0	34	3	1.11
20918883--20919001	62	1.9	62	91	0	193	50	10	5	33	1.60
20922233--20922295	27	2.3	27	88	0	90	22	31	25	20	1.98
20923449--20923483	17	2.1	17	89	10	54	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20923603--20923648	22	2.2	20	92	7	74	60	0	0	39	0.97
20924073--20924121	20	2.5	20	86	0	62	53	8	8	30	1.60
20924113--20925873	377	4.7	375	86	3	2224	29	18	18	33	1.94
20926959--20926996	4	9.5	4	100	0	76	73	0	26	0	0.83
20928659--20928849	34	5.6	34	79	1	177	42	12	13	31	1.82
20940156--20940331	34	5.2	34	67	6	106	44	12	11	30	1.78
20940154--20940340	67	2.8	66	75	7	187	44	12	12	29	1.79
20942363--20942445	24	3.2	24	64	23	60	45	12	7	34	1.69
20942340--20942447	54	2.0	54	100	0	216	46	11	7	35	1.67
20942340--20942461	54	2.2	54	94	4	201	47	9	7	35	1.65
20942685--20942710	7	3.7	7	100	0	52	61	0	11	26	1.30
20944069--20944128	22	2.7	22	79	5	59	11	26	20	41	1.86
20958215--20958252	20	1.9	20	88	0	58	18	18	15	47	1.83
20964530--20964589	26	2.3	26	82	5	77	43	15	13	28	1.84
20967907--20967983	27	2.9	27	80	7	84	31	16	19	32	1.94
20969341--20969383	11	3.7	11	85	11	59	60	2	0	37	1.10
20973675--20973700	13	2.0	13	100	0	52	30	7	7	53	1.57
20974339--20974396	22	2.6	22	86	5	73	37	22	22	17	1.93
20974361--20974405	22	2.0	22	86	0	63	35	22	22	20	1.96
20985844--20985876	13	2.5	13	90	9	50	84	0	12	3	0.72
20997314--20997426	51	2.2	49	83	9	138	27	16	6	49	1.69
21004428--21004471	21	2.0	22	86	4	63	34	13	0	52	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21004421--21004477	14	4.2	13	75	20	53	33	15	0	50	1.44
21004438--21004486	14	3.5	13	78	10	53	34	16	0	48	1.46
21004436--21004494	28	2.1	28	81	12	68	35	16	0	47	1.47
21004491--21004525	12	2.7	13	86	13	54	31	0	0	68	0.90
21004491--21004525	13	2.8	12	91	8	52	31	0	0	68	0.90
21006189--21006350	63	2.6	63	84	3	202	32	35	4	27	1.78
21012175--21012550	41	9.2	41	83	0	448	20	27	17	35	1.94
21024604--21024650	6	7.8	6	76	9	51	68	0	0	31	0.90
21024599--21024650	18	2.9	17	80	8	68	71	0	0	28	0.87
21029643--21029758	23	5.1	23	81	4	137	44	38	2	13	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216