genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  194  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60402512--60402545	18	1.9	17	94	5	59	41	0	2	55	1.15
60403768--60403800	15	2.2	15	89	10	50	45	0	0	54	0.99
60404203--60404245	18	2.3	20	84	11	56	60	0	4	34	1.17
60406672--60406827	76	2.1	76	93	0	267	35	25	12	27	1.91
60407712--60407795	43	2.0	43	83	9	109	45	21	3	29	1.69
60408926--60408963	18	2.1	19	85	5	51	60	18	5	15	1.53
60411340--60411386	25	1.9	24	91	4	76	14	25	23	36	1.93
60411346--60411398	24	2.2	25	82	3	63	11	28	22	37	1.89
60413472--60413547	26	2.9	26	94	0	125	44	2	6	46	1.43
60416133--60416415	51	5.6	52	79	4	272	22	16	29	31	1.96
60416133--60416415	101	2.8	101	84	4	347	22	16	29	31	1.96
60416138--60416415	152	1.8	152	91	0	457	22	16	29	32	1.95
60422707--60422740	17	2.0	17	100	0	68	52	35	0	11	1.38
60423671--60423696	11	2.4	11	100	0	52	15	11	15	57	1.65
60424599--60424625	5	5.4	5	100	0	54	55	0	0	44	0.99
60437234--60437261	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
60437289--60437313	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
60445122--60445331	69	3.3	69	65	24	197	44	2	6	46	1.42
60445148--60445335	61	3.1	61	69	14	199	44	2	5	48	1.37
60445200--60445361	15	10.9	15	67	21	58	44	1	3	50	1.30
60445142--60445367	120	1.9	120	100	0	452	43	2	5	48	1.37
60445329--60445370	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60445515--60445606	45	2.1	44	83	2	112	35	28	5	30	1.80
60445586--60445637	16	3.2	16	94	0	95	38	34	0	26	1.57
60446153--60446343	82	2.3	82	89	0	292	25	19	27	27	1.99
60446153--60446306	41	3.8	41	96	0	290	25	21	27	25	1.99
60454050--60454116	35	1.9	34	82	8	82	5	23	4	65	1.34
60454142--60454187	5	9.0	5	81	13	58	56	0	2	41	1.11
60454142--60454187	21	2.2	20	92	3	74	56	0	2	41	1.11
60454612--60454683	35	2.1	35	100	0	144	25	20	13	40	1.90
60456691--60456727	17	2.2	17	90	4	58	48	8	8	35	1.62
60456709--60456751	20	2.2	19	84	12	52	39	4	6	48	1.51
60456860--60456954	23	4.2	23	85	4	131	37	12	7	42	1.71
60456933--60456967	18	1.9	18	88	0	52	48	14	11	25	1.77
60457641--60457706	6	10.8	6	73	14	55	3	16	0	80	0.84
60457638--60457716	17	4.9	16	75	7	79	2	16	0	81	0.81
60457640--60457717	24	3.3	23	80	10	95	2	16	0	80	0.82
60457650--60457717	12	5.8	11	74	19	57	2	17	0	79	0.86
60457827--60457859	15	2.2	15	94	0	57	3	6	21	69	1.24
60458268--60458383	30	3.9	28	74	15	90	37	2	24	35	1.69
60458328--60458405	30	2.6	30	88	9	108	44	3	17	33	1.67
60458352--60458421	30	2.3	30	87	4	97	44	7	21	27	1.78
60458614--60460880	75	29.7	76	81	10	1988	36	19	15	28	1.92
60458614--60459264	78	8.4	78	81	9	535	36	19	15	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60459289--60459385	48	2.0	48	98	2	187	23	25	20	29	1.99
60458900--60460854	153	12.9	145	82	11	1858	36	19	15	28	1.93
60459336--60460871	232	6.6	235	93	4	2690	36	18	15	29	1.93
60461748--60461827	8	9.9	8	79	15	67	1	6	8	83	0.85
60461727--60461794	28	2.4	28	85	7	84	0	10	5	83	0.79
60461727--60461826	12	8.1	12	75	9	67	1	8	8	83	0.87
60461744--60461813	12	5.9	11	78	20	70	0	4	10	85	0.72
60461750--60461826	32	2.4	32	86	2	100	1	5	9	84	0.82
60461734--60461823	16	5.5	17	80	9	80	1	7	8	82	0.90
60461748--60461813	1	66.0	1	72	0	51	0	4	9	86	0.70
60461739--60461817	20	4.0	19	79	12	79	0	6	10	83	0.80
60469167--60469220	16	3.3	15	80	15	54	50	11	7	31	1.66
60469228--60469258	16	2.0	16	93	6	55	48	6	12	32	1.67
60469263--60469303	21	2.0	21	95	4	75	36	9	9	43	1.71
60469267--60469346	37	2.2	37	82	13	94	42	7	8	41	1.64
60469288--60469324	17	2.2	17	90	4	58	48	8	8	35	1.62
60469306--60469348	20	2.2	19	84	12	52	39	4	6	48	1.51
60469460--60469553	23	4.2	23	85	5	131	38	12	7	41	1.72
60470241--60470307	6	10.8	6	72	22	50	2	16	0	80	0.83
60470238--60470318	13	6.5	11	74	20	63	2	16	0	81	0.80
60470240--60470318	24	3.3	23	82	7	95	2	16	0	81	0.81
60470238--60470318	17	4.9	17	73	11	80	2	16	0	81	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60470428--60470460	15	2.2	15	94	0	57	3	6	21	69	1.24
60470872--60471027	30	5.2	28	77	13	127	40	3	22	33	1.70
60470872--60471027	60	2.6	59	79	11	176	40	3	22	33	1.70
60470852--60471027	30	5.9	29	73	17	114	41	3	21	33	1.70
60474411--60474437	13	2.1	13	100	0	54	37	0	0	62	0.95
60476152--60476213	19	3.2	19	78	15	65	61	6	4	27	1.41
60485092--60485136	16	2.8	16	89	0	72	40	2	33	24	1.68
60485114--60485203	43	2.0	44	85	4	119	33	4	27	34	1.77
60485117--60485220	43	2.5	39	78	13	118	35	3	28	31	1.75
60485348--60485389	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
60485357--60485398	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
60485383--60485570	61	3.1	61	70	14	199	47	6	2	43	1.42
60485351--60485642	120	2.4	120	93	2	491	49	5	2	42	1.39
60485467--60485518	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
60485386--60485569	59	3.1	59	68	20	173	47	7	2	42	1.42
60485607--60485641	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
60485668--60485865	91	2.2	92	91	0	301	45	4	4	45	1.41
60485683--60485743	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
60485683--60485825	44	3.2	42	70	20	119	48	2	2	46	1.31
60485690--60485846	47	3.4	47	68	15	128	49	3	2	43	1.34
60488932--60489007	33	2.3	33	97	0	143	35	5	15	43	1.70
60489050--60489132	37	2.2	37	93	0	139	36	8	15	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60490279--60490415	69	2.0	69	88	0	202	41	24	7	26	1.81
60500090--60500144	25	2.2	25	100	0	110	27	23	12	36	1.91
60501035--60501075	21	2.0	21	100	0	82	19	46	14	19	1.84
60524579--60524693	42	2.8	42	81	9	146	34	3	0	60	1.19
60524618--60524656	19	2.1	19	90	0	60	41	0	0	58	0.98
60524580--60524701	21	5.9	20	69	15	79	34	3	0	61	1.18
60527944--60528210	106	2.5	106	93	1	448	26	20	11	41	1.86
60532042--60532249	91	2.3	91	89	2	310	45	3	3	47	1.39
60532082--60532224	44	3.2	43	66	21	105	45	2	3	48	1.31
60532303--60532499	66	3.2	63	68	21	173	42	3	6	47	1.45
60532265--60532562	120	2.5	120	92	1	499	43	3	4	48	1.39
60532338--60532525	61	3.1	61	69	17	192	43	2	6	47	1.43
60532519--60532560	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
60532510--60532551	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
60532686--60532795	45	2.6	44	76	8	113	32	27	5	34	1.80
60532774--60532827	16	3.4	16	89	0	81	27	33	1	37	1.68
60534147--60534204	31	1.9	31	85	3	82	51	5	1	41	1.34
60538399--60538468	27	2.6	27	76	0	77	25	31	31	11	1.91
60538840--60539206	161	2.3	162	89	4	564	26	7	9	56	1.56
60539194--60539256	34	1.9	32	83	6	81	14	11	6	68	1.38
60539193--60539252	17	3.5	17	75	6	59	16	10	6	66	1.41
60544540--60545200	329	2.0	329	99	0	1295	30	12	20	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60549670--60549877	92	2.3	92	86	4	278	46	3	4	46	1.39
60549805--60549852	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
60550017--60550059	15	3.0	15	83	10	54	48	0	0	51	1.00
60550026--60550070	18	2.6	18	83	13	51	46	0	2	51	1.13
60550140--60550191	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
60549893--60550307	120	3.4	120	92	4	685	42	2	5	49	1.39
60550269--60550310	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
60550260--60550301	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
60550413--60550447	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
60550244--60550560	157	2.0	157	95	0	571	47	4	3	44	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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