genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  59  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17396971--17397023	16	3.2	15	77	17	52	20	1	0	77	0.87
17396971--17397033	9	7.1	9	73	20	53	20	1	1	76	0.96
17419563--17419615	9	5.9	9	82	6	63	73	3	15	7	1.20
17419563--17419615	18	2.9	18	88	0	79	73	3	15	7	1.20
17425245--17425273	13	2.1	14	93	6	51	10	6	13	68	1.37
17432805--17432829	8	3.1	8	100	0	50	48	0	0	52	1.00
17433342--17433439	46	2.1	46	92	0	160	29	21	6	42	1.77
17439309--17439333	10	2.5	10	100	0	50	0	20	0	80	0.72
17440512--17440545	13	2.6	13	85	0	50	44	11	2	41	1.56
17441422--17441724	50	6.0	50	79	8	276	28	22	28	21	1.99
17441428--17441676	103	2.5	100	85	2	300	28	21	28	21	1.99
17446362--17446399	19	2.0	19	85	10	51	39	23	15	21	1.92
17450104--17450370	104	2.6	104	93	1	455	29	30	20	18	1.97
17450697--17450760	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
17450704--17450760	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
17458446--17458481	14	2.5	15	90	4	56	8	0	47	44	1.33
17458441--17458481	15	2.8	14	85	7	55	9	0	43	46	1.36
17460448--17460534	40	2.1	43	91	8	144	33	22	11	32	1.90
17463291--17463336	24	1.9	24	86	0	65	23	45	2	28	1.65
17465655--17465696	22	1.9	22	85	9	59	16	4	26	52	1.63
17467169--17467221	28	1.9	27	92	3	88	13	24	32	30	1.93
17467088--17467361	109	2.5	106	88	4	399	18	20	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17480897--17480948	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
17480865--17481130	103	2.6	103	90	4	428	30	30	20	18	1.96
17481461--17481520	30	2.0	29	87	3	84	31	25	6	36	1.82
17485357--17485404	18	2.7	17	81	9	60	47	4	10	37	1.57
17487521--17487607	42	2.1	42	100	0	174	33	11	24	31	1.91
17493235--17493281	18	2.6	18	80	9	60	40	4	17	38	1.69
17510953--17511312	44	7.8	44	68	17	194	31	18	21	28	1.97
17510951--17511363	142	2.9	142	93	0	686	33	17	20	28	1.96
17511236--17511337	44	2.3	44	79	3	107	29	19	19	31	1.97
17516546--17516578	10	3.4	10	87	4	50	69	0	6	24	1.10
17516546--17516582	20	1.9	18	89	10	56	70	0	5	24	1.08
17517657--17517711	26	2.1	26	86	0	74	23	18	20	38	1.93
17519185--17519538	54	6.6	54	81	2	354	44	17	13	24	1.85
17519194--17519538	27	12.8	27	82	1	316	44	17	13	24	1.85
17519919--17519971	28	1.9	27	92	3	88	22	24	24	28	2.00
17526144--17526231	27	3.3	26	88	4	115	45	19	11	23	1.83
17528315--17528340	12	2.2	12	100	0	52	34	7	7	50	1.60
17530462--17530486	10	2.5	10	100	0	50	0	20	0	80	0.72
17535282--17535331	25	2.0	25	100	0	100	44	12	12	32	1.78
17536454--17536500	10	4.6	10	89	5	76	51	12	0	36	1.40
17536451--17536500	21	2.4	21	86	3	75	50	14	0	36	1.43
17546579--17547579	27	37.3	26	77	12	797	42	19	17	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17546821--17546918	28	3.5	28	75	8	92	51	19	11	18	1.76
17547431--17547470	19	2.1	19	95	0	71	32	25	25	17	1.97
17547350--17547550	100	2.0	100	83	5	255	39	18	19	22	1.92
17547319--17547578	127	2.1	127	81	6	314	40	19	18	21	1.92
17547978--17548139	28	5.8	28	86	4	229	24	22	22	30	1.99
17547967--17548145	56	3.2	56	87	5	265	24	22	21	31	1.98
17547978--17548139	84	1.9	84	91	0	261	24	22	22	30	1.99
17548123--17548211	33	2.7	33	91	1	133	28	26	21	23	1.99
17548838--17548882	20	2.1	21	88	8	65	35	8	17	37	1.81
17548838--17548882	21	2.1	23	88	12	69	35	8	17	37	1.81
17551280--17551435	45	3.4	45	78	5	143	31	17	14	37	1.89
17552986--17553028	23	1.9	23	85	4	61	34	11	13	39	1.82
17553745--17553812	36	1.9	34	85	5	91	32	17	19	30	1.95
17556957--17556986	16	1.9	15	93	6	51	46	16	10	26	1.78
17563765--17563807	22	2.0	22	86	9	61	44	27	18	9	1.80
17570462--17570615	51	3.1	51	95	3	285	33	7	27	32	1.84
17570462--17570670	100	2.2	96	87	5	296	32	8	29	29	1.86
17570462--17570670	49	4.3	49	88	4	300	32	8	29	29	1.86
17570789--17570926	37	3.7	37	95	0	231	25	19	30	24	1.98
17572202--17572402	40	5.0	40	90	0	258	24	19	27	28	1.99
17572564--17572613	25	2.0	25	84	0	64	28	8	34	30	1.86
17576563--17576769	49	4.3	49	89	3	314	32	8	29	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17576888--17577025	37	3.7	37	97	0	249	24	18	31	25	1.98
17590334--17590560	43	5.4	42	76	9	203	36	25	14	23	1.93
17590328--17590561	85	2.8	85	86	3	312	35	24	15	23	1.94
17593293--17593371	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
17593490--17593868	47	8.1	47	91	0	598	27	30	9	32	1.89
17611039--17611068	13	2.4	13	94	5	53	53	26	6	13	1.64
17611755--17611802	20	2.4	20	78	0	51	8	29	18	43	1.79
17616854--17616884	14	2.1	15	94	5	55	25	3	12	58	1.50
17616841--17616886	13	3.4	14	77	19	53	26	8	13	52	1.69
17619994--17620070	38	2.0	38	97	0	145	25	18	9	46	1.78
17621224--17621248	13	1.9	13	100	0	50	28	0	24	48	1.52
17622915--17622978	28	2.3	28	75	5	67	42	15	17	25	1.88
17623143--17623180	17	2.2	18	85	4	51	21	2	10	65	1.35
17623164--17623203	21	1.9	21	89	0	62	27	0	12	60	1.33
17629489--17629558	25	2.9	23	81	12	79	28	24	20	27	1.99
17629497--17629558	25	2.5	25	84	7	90	29	24	20	25	1.99
17629964--17630093	65	2.0	65	93	0	224	43	13	6	37	1.69
17634714--17634960	29	8.5	28	77	10	142	36	12	28	22	1.91
17634688--17634960	87	3.1	85	73	8	237	35	13	28	22	1.92
17634710--17634974	58	4.6	58	76	10	193	36	14	27	22	1.93
17641852--17642073	50	4.3	50	83	3	237	22	27	22	27	1.99
17645005--17645037	7	4.7	7	92	0	57	0	18	12	69	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17646205--17646231	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
17648672--17648710	19	2.1	19	85	0	51	71	5	12	10	1.28
17651367--17651411	21	2.1	22	83	4	56	57	0	4	37	1.19
17657116--17657147	15	2.1	15	94	0	55	56	21	9	12	1.64
17657147--17657172	12	2.2	12	100	0	52	26	15	26	30	1.96
17657265--17657306	20	2.2	19	83	12	50	52	23	0	23	1.47
17661718--17661778	28	2.2	28	85	2	79	32	21	21	24	1.98
17661886--17661966	26	3.1	26	89	0	126	34	23	22	19	1.96
17662132--17662242	27	4.1	27	89	0	159	18	16	23	41	1.90
17663099--17663140	19	2.3	18	80	15	50	73	0	23	2	0.94
17668117--17668154	18	2.1	19	85	5	51	7	21	10	60	1.54
17669405--17669490	28	3.0	28	77	12	86	26	29	22	22	1.99
17674592--17674672	29	2.8	29	78	0	90	49	16	16	18	1.80
17680010--17680046	19	1.9	19	100	0	74	45	10	21	21	1.82
17689473--17689511	20	2.1	18	86	13	53	64	0	5	30	1.15
17692143--17692421	110	2.6	109	84	2	366	33	17	17	31	1.93
17693031--17693073	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
17694446--17694646	85	2.4	86	81	5	230	27	21	21	28	1.99
17694574--17695303	44	16.8	44	65	11	254	29	21	17	31	1.96
17694567--17694956	129	3.0	129	94	0	681	29	20	18	31	1.96
17694802--17695306	175	2.9	175	92	0	850	29	21	18	30	1.97
17694920--17695216	87	3.4	86	71	12	291	29	22	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17695350--17695606	87	2.9	87	81	2	302	26	23	21	28	1.99
17695565--17695650	45	1.9	45	85	4	120	24	20	24	30	1.99
17696738--17696784	21	2.2	21	84	0	58	25	36	10	27	1.89
17697769--17697801	14	2.4	14	90	10	50	15	12	6	66	1.42
17697796--17697826	1	31.0	1	93	0	53	0	3	0	96	0.21
17697796--17697832	8	4.3	9	93	3	51	2	5	0	91	0.48
17697875--17697935	6	9.7	6	84	7	59	14	4	9	70	1.31
17700154--17700304	27	5.6	27	86	1	194	30	28	15	25	1.96
17700154--17700304	55	2.8	55	86	2	198	30	28	15	25	1.96
17708311--17708488	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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