genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  88  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27056971--27057000	14	2.1	14	100	0	60	53	6	13	26	1.64
27059935--27059976	14	2.9	14	82	6	57	35	35	0	28	1.58
27059931--27059977	15	3.3	15	82	8	62	40	31	0	27	1.57
27059768--27060372	293	2.0	290	82	8	731	42	26	2	29	1.67
27060607--27061031	115	3.7	114	88	1	600	26	25	21	27	1.99
27060607--27061031	229	1.9	228	87	2	629	26	25	21	27	1.99
27060944--27061104	73	2.2	73	87	2	234	27	24	19	27	1.99
27060816--27061285	187	2.5	186	87	1	647	26	25	21	27	1.99
27061120--27061290	72	2.4	72	82	6	211	29	24	21	25	1.99
27063046--27063091	4	11.8	4	95	4	85	0	21	26	52	1.47
27063552--27063590	16	2.3	18	86	8	55	20	10	20	48	1.78
27065710--27065761	26	2.0	26	88	0	77	26	11	9	51	1.68
27074193--27074219	14	1.9	14	100	0	54	51	7	0	40	1.30
27076384--27076409	5	5.2	5	100	0	52	76	0	23	0	0.78
27082310--27082336	8	3.4	8	100	0	54	51	11	0	37	1.37
27087273--27087349	13	5.9	13	79	0	73	29	20	27	22	1.98
27094414--27094505	22	3.8	23	72	14	78	42	0	0	57	0.98
27094394--27094449	22	2.4	23	85	11	71	39	1	1	57	1.20
27094426--27094459	12	2.6	13	90	9	52	44	0	0	55	0.99
27100579--27100632	21	2.6	21	87	0	81	35	3	0	61	1.14
27100648--27100691	18	2.4	19	92	3	72	43	4	0	52	1.22
27100674--27100729	25	2.3	23	76	8	58	39	12	0	48	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27100787--27100827	15	2.7	16	85	11	59	60	2	0	36	1.10
27100805--27100897	22	4.1	23	75	17	79	60	1	0	38	1.04
27100974--27101033	15	3.9	14	77	16	57	80	1	3	15	0.93
27100992--27101051	24	2.6	22	78	19	77	80	3	5	11	1.00
27102620--27102663	20	2.2	19	84	8	52	75	2	0	22	0.92
27102604--27102663	31	1.9	31	82	0	75	65	6	0	28	1.18
27107986--27108016	13	2.4	13	100	0	62	29	12	25	32	1.93
27108914--27108977	17	3.6	17	74	15	67	26	12	14	46	1.79
27108906--27108976	36	2.0	36	97	0	133	25	12	15	46	1.81
27108905--27108961	19	3.1	19	71	19	66	26	12	15	45	1.82
27109181--27109276	48	2.0	48	82	8	115	19	15	23	40	1.90
27113566--27113605	20	2.0	20	85	0	53	37	2	2	57	1.26
27113872--27113922	25	2.0	25	100	0	102	33	15	15	35	1.90
27113876--27113931	25	2.2	25	87	6	78	33	12	16	37	1.86
27136426--27136472	11	4.3	11	76	7	51	63	2	27	6	1.30
27136425--27136458	11	2.9	12	82	8	52	64	2	26	5	1.30
27139202--27139757	47	11.7	47	95	1	961	32	8	30	29	1.87
27139249--27139327	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
27139202--27139757	143	3.9	141	95	2	961	32	8	30	29	1.87
27139202--27139757	190	2.9	190	96	1	992	32	8	30	29	1.87
27139876--27139954	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
27142046--27142071	9	2.9	9	100	0	52	30	0	23	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27144815--27144986	40	4.3	40	82	2	220	16	20	21	40	1.91
27144852--27144953	20	5.1	20	63	8	55	17	20	20	41	1.91
27144863--27144964	20	5.1	20	65	0	60	16	19	20	43	1.88
27153580--27153645	29	2.2	29	86	2	87	37	7	13	40	1.73
27163809--27163861	20	2.7	20	88	2	72	32	13	13	41	1.82
27171367--27171422	12	4.7	12	74	14	53	64	0	23	12	1.27
27188259--27188325	26	2.6	25	85	2	89	28	23	23	23	2.00
27201618--27201645	12	2.3	12	100	0	56	28	0	0	71	0.86
27207283--27207354	35	2.1	35	97	0	135	45	19	15	19	1.85
27208069--27208235	66	2.6	65	81	5	185	39	15	19	25	1.91
27208149--27208396	127	2.0	127	79	4	277	39	16	18	25	1.91
27211320--27211362	24	1.9	22	86	13	61	55	0	2	41	1.12
27211291--27211404	62	1.9	59	87	5	165	51	3	4	40	1.39
27211398--27211458	25	2.4	26	81	10	72	52	6	4	36	1.49
27211771--27212186	208	2.0	208	98	0	796	37	16	7	38	1.76
27213258--27213287	8	3.8	8	100	0	60	76	13	0	10	1.01
27218054--27218117	3	21.3	3	100	0	128	0	32	0	67	0.91
27225807--27226085	62	4.5	62	97	0	513	42	15	19	22	1.88
27232513--27232722	39	5.3	40	91	2	295	24	28	21	26	1.99
27232513--27232722	79	2.7	78	87	4	291	24	28	21	26	1.99
27232698--27232746	25	2.0	25	100	0	98	20	28	22	28	1.98
27232731--27232808	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27240108--27240406	40	7.7	40	84	8	323	24	28	20	26	1.99
27240108--27240353	114	2.1	118	87	6	351	24	28	20	26	1.99
27240338--27240415	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
27247634--27247669	16	2.2	16	95	0	63	38	2	5	52	1.39
27247679--27247709	16	1.9	16	93	0	53	38	0	0	61	0.96
27247845--27248212	82	4.4	84	78	7	329	27	13	13	45	1.81
27247847--27248144	164	1.8	165	83	5	397	27	13	12	45	1.80
27253258--27253314	16	3.6	16	76	4	62	40	1	0	57	1.09
27253288--27253356	6	11.7	6	83	13	90	36	0	0	63	0.94
27254769--27254832	9	7.0	9	74	15	51	60	3	1	34	1.22
27254760--27254810	20	2.5	20	80	0	66	66	3	1	27	1.20
27254798--27254832	8	4.1	8	86	13	52	57	0	0	42	0.99
27254791--27254834	18	2.5	17	92	3	70	56	2	0	40	1.11
27256925--27256969	22	2.0	22	83	8	56	40	8	0	51	1.33
27258859--27258909	21	2.5	21	83	3	68	39	7	15	37	1.77
27263770--27263806	18	2.1	18	89	0	56	72	13	2	10	1.21
27269441--27269625	46	4.0	46	94	0	316	34	8	28	29	1.87
27271651--27271759	29	3.8	29	77	2	103	40	16	22	21	1.91
27271945--27272030	26	3.3	26	86	0	91	40	16	13	29	1.87
27271932--27272035	52	2.0	52	84	0	136	39	17	17	25	1.91
27275128--27275195	26	2.6	26	78	0	64	26	16	16	41	1.88
27286529--27286595	34	1.9	35	88	8	102	34	8	11	44	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27289191--27289374	50	3.6	50	80	9	185	29	19	26	23	1.98
27296288--27296349	25	2.5	25	87	10	99	48	8	19	24	1.75
27305200--27305231	16	1.9	17	93	6	57	43	9	3	43	1.52
27305646--27305739	24	3.9	24	91	0	143	31	17	23	27	1.96
27310771--27310809	15	2.6	15	87	0	60	17	25	12	43	1.85
27315124--27315160	17	2.2	17	90	0	56	48	8	18	24	1.75
27326143--27326206	19	3.4	19	81	12	78	40	6	17	35	1.75
27327192--27327235	22	2.0	23	82	13	56	22	6	13	56	1.61
27328838--27328980	44	3.3	43	66	6	117	23	25	25	24	2.00
27328790--27329439	88	7.4	88	87	2	887	28	26	23	21	1.99
27329893--27330004	44	2.5	44	89	2	172	30	22	19	27	1.98
27330448--27330523	21	3.7	21	89	3	111	36	10	13	39	1.79
27330479--27330546	21	3.0	24	87	8	90	36	7	16	39	1.76
27337473--27337615	44	3.3	43	66	6	117	23	25	25	24	2.00
27337824--27338048	44	5.1	44	60	13	104	28	27	23	20	1.99
27337425--27338075	88	7.4	88	87	2	914	28	26	23	21	1.99
27338529--27338640	44	2.5	44	89	2	172	30	22	19	27	1.98
27339085--27339160	21	3.7	21	89	3	111	36	10	13	39	1.79
27339116--27339183	21	3.0	24	87	8	90	36	7	16	39	1.76
27341792--27341934	44	3.3	43	66	6	108	23	25	25	25	2.00
27342143--27342367	44	5.1	44	60	13	104	28	27	23	20	1.99
27341744--27342394	88	7.4	88	87	2	905	28	26	23	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27342848--27342959	44	2.5	44	89	2	172	30	22	19	27	1.98
27343404--27343478	21	3.7	21	87	5	102	37	9	13	40	1.77
27343434--27343501	21	3.0	24	87	8	90	36	7	16	39	1.76
27347017--27347041	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
27349921--27349960	18	2.2	18	86	0	53	32	27	15	25	1.95
27349930--27349972	18	2.4	18	88	0	59	32	30	13	23	1.93
27349912--27349971	27	2.2	27	79	5	68	30	28	13	28	1.94
27356377--27356465	18	4.9	18	80	0	88	33	29	11	25	1.91
27362802--27362842	21	2.0	21	95	0	73	2	17	51	29	1.58
27369284--27369352	25	2.6	27	78	15	81	68	1	2	27	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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