genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  2  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
545790--545889	42	2.4	42	87	0	146	20	26	15	39	1.91
576865--576900	18	2.0	18	94	0	63	69	2	0	27	1.02
576858--576923	22	3.1	21	77	10	73	59	1	0	39	1.07
582252--582292	20	2.0	20	85	0	55	53	2	4	39	1.35
584644--584752	38	2.9	36	77	18	114	54	0	4	40	1.27
587648--587704	26	2.1	27	83	3	71	47	1	0	50	1.11
589123--589152	5	5.8	5	96	4	51	40	0	0	60	0.97
594844--594880	17	2.2	17	100	0	74	24	8	5	62	1.44
597629--597812	93	2.0	93	94	0	323	39	5	7	47	1.55
600407--600445	19	2.0	20	90	5	62	28	5	10	56	1.54
600575--600648	36	2.1	36	84	0	94	37	10	16	35	1.83
600850--600888	18	2.1	19	90	4	62	61	0	0	38	0.96
602804--602838	17	2.1	17	100	0	70	28	14	17	40	1.88
613954--613997	23	1.9	22	90	9	70	56	0	0	43	0.99
621749--621794	22	2.1	22	84	8	58	34	30	17	17	1.93
625914--625972	19	3.4	19	64	22	56	57	3	22	16	1.54
625910--625976	33	2.0	33	97	0	125	53	5	20	19	1.66
626966--628380	210	6.7	210	93	0	2253	32	20	17	30	1.95
632667--632792	42	3.0	42	95	0	225	26	5	30	37	1.79
636858--636922	32	2.0	34	87	6	98	61	4	1	32	1.26
636978--637024	21	2.2	21	88	7	69	61	0	0	38	0.96
637700--637759	30	2.0	31	86	3	86	63	3	1	31	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
637778--637827	21	2.4	21	90	3	75	64	0	2	34	1.05
637793--637860	33	2.0	34	88	5	102	60	1	1	36	1.15
637833--637919	46	1.9	44	83	4	111	56	2	0	41	1.12
637832--637905	23	3.2	23	72	0	67	54	2	0	43	1.14
637901--637941	13	3.1	14	86	10	59	78	0	0	21	0.76
637919--637999	32	2.6	30	78	7	81	71	4	6	17	1.25
644392--645880	210	7.2	209	83	7	1621	32	19	17	30	1.95
644769--645816	210	5.0	210	93	0	1650	32	19	17	30	1.95
655447--657065	210	7.7	210	88	1	2210	32	18	18	30	1.95
655559--657355	630	2.9	626	83	5	1657	32	19	18	29	1.96
660633--660869	43	5.7	42	77	8	234	27	32	17	21	1.96
660633--660860	122	1.9	122	85	1	314	28	32	16	21	1.96
660792--660889	43	2.3	43	80	3	117	30	31	18	19	1.96
661249--661292	21	2.1	22	87	8	65	59	11	4	25	1.51
664023--664104	42	1.9	43	83	11	107	62	1	1	35	1.11
665305--665344	14	2.9	14	84	0	62	40	47	0	12	1.41
665520--665584	14	4.6	14	79	5	69	35	38	0	26	1.57
665520--665598	28	2.8	29	82	3	81	37	39	0	22	1.55
665671--665708	14	2.7	14	91	0	67	44	28	0	26	1.54
666036--666231	41	4.8	40	85	6	241	33	27	20	18	1.96
666036--666232	82	2.4	83	87	4	283	33	27	20	18	1.96
672441--673584	210	5.4	210	92	0	1806	32	18	18	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
672303--673588	420	3.1	420	89	0	1896	32	18	18	30	1.95
673507--673678	88	2.0	88	100	0	344	27	22	19	31	1.97
673297--673883	298	2.0	298	93	1	1007	31	19	18	30	1.96
673597--674238	210	3.1	210	89	0	962	32	18	18	30	1.95
673087--674093	508	2.0	508	92	1	1660	31	19	18	30	1.96
672877--674298	718	2.0	717	89	2	2169	32	19	18	30	1.95
672667--674490	928	2.0	924	83	5	2329	33	19	17	29	1.95
674906--674939	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
679544--679577	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
682407--682456	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
687045--687094	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
707177--707253	18	4.2	18	73	12	59	32	1	3	62	1.22
709687--711934	210	10.7	210	93	0	3435	31	18	19	30	1.96
716898--716924	13	2.1	13	100	0	54	62	7	0	29	1.22
717403--717435	5	6.6	5	100	0	66	0	78	0	21	0.75
724665--724693	5	5.8	5	100	0	58	20	17	20	41	1.90
732108--732171	34	2.0	31	82	14	76	46	28	6	18	1.73
744128--744251	58	2.2	57	79	4	142	50	10	15	23	1.74
748143--748309	59	2.9	55	80	7	156	52	8	14	23	1.69
748153--748309	58	2.7	57	80	7	158	51	8	15	24	1.71
758585--758615	15	2.1	15	93	0	53	45	9	0	45	1.36
763141--763166	12	2.2	12	100	0	52	38	7	15	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765981--766077	46	2.1	46	88	0	140	42	13	13	30	1.83
766027--766174	55	2.6	58	82	7	196	41	10	17	31	1.83
766246--766304	29	2.0	29	96	0	109	23	20	10	45	1.81
766362--766535	29	6.0	29	70	14	119	28	14	12	44	1.82
766213--766567	113	3.1	116	91	5	619	28	13	12	45	1.80
774887--775037	74	2.0	75	97	1	286	26	14	16	42	1.87
784173--784252	35	2.3	35	95	2	144	46	30	7	16	1.74
791130--791230	50	2.0	50	98	0	193	36	0	11	50	1.46
802448--802508	17	3.4	17	70	12	59	31	3	14	50	1.59
802443--802517	37	2.0	37	100	0	150	33	5	16	45	1.69
802522--802618	9	10.8	9	73	14	58	28	6	18	46	1.73
802516--802618	18	5.7	18	74	13	86	29	5	18	46	1.72
802524--802582	27	2.2	27	90	0	91	30	6	15	47	1.71
802524--802619	27	3.6	27	80	5	88	29	6	17	46	1.72
803564--803639	4	19.0	4	100	0	152	50	25	0	25	1.50
805305--805383	30	2.6	30	78	9	79	53	7	17	21	1.69
805664--805734	25	2.8	25	75	14	74	66	7	0	26	1.17
820281--820320	15	2.6	15	88	4	53	5	7	0	87	0.66
823261--823301	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
829148--829182	16	2.2	16	100	0	70	51	5	20	22	1.68
832228--832269	21	2.0	21	95	0	75	28	11	14	45	1.80
833070--833107	9	4.3	9	80	6	51	57	0	7	34	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836407--836521	56	2.0	57	96	1	214	29	34	8	26	1.87
836423--836545	57	2.2	55	82	7	131	29	39	7	24	1.82
836755--836785	15	2.1	15	93	0	53	35	6	32	25	1.82
836943--836981	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
837723--837752	15	2.0	15	93	0	51	23	6	46	23	1.75
841112--841142	15	2.1	15	93	0	53	35	6	32	25	1.82
841300--841338	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
851982--852007	13	2.0	13	100	0	52	30	23	23	23	1.99
853573--853622	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
858200--858249	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
859436--860481	510	2.0	511	94	0	1842	26	25	18	29	1.98
861292--861385	30	3.1	30	90	1	143	25	24	6	43	1.78
861302--861379	15	5.2	15	67	11	61	25	21	7	44	1.79
865953--866046	30	3.1	30	90	1	143	25	24	6	43	1.78
865963--866040	15	5.2	15	67	11	61	25	21	7	44	1.79
869094--869124	14	2.2	14	100	0	62	64	0	0	35	0.94
874208--875253	510	2.0	511	92	2	1733	26	24	19	29	1.98
876886--876925	19	2.1	19	90	0	62	27	5	2	65	1.27
878761--878953	50	3.7	50	79	8	192	24	26	21	27	1.99
886085--886130	15	3.1	15	96	0	83	19	54	8	17	1.68
893644--893777	68	2.0	68	98	0	259	23	17	13	45	1.84
893795--893823	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
901107--901167	22	2.8	21	79	16	61	27	8	4	59	1.47
902355--902410	28	2.0	27	83	10	69	26	7	7	58	1.50
906579--906625	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
908606--908640	17	2.1	17	100	0	70	34	20	0	45	1.51
908986--909010	13	1.9	13	100	0	50	64	0	16	20	1.30
909212--909245	16	2.1	16	89	10	52	64	0	0	35	0.94
910240--910297	9	6.4	9	93	0	89	46	22	6	24	1.76
911322--911361	6	6.7	6	100	0	80	32	35	15	17	1.91
912740--912836	46	2.1	46	86	5	133	47	7	4	41	1.50
912824--912869	15	3.1	15	80	0	56	32	0	0	67	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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