genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  62  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18408516--18408570	20	2.8	20	94	0	101	50	0	27	21	1.49
18416077--18416208	70	1.9	70	88	0	201	30	20	14	34	1.92
18431183--18431238	25	2.2	25	84	6	69	26	17	23	32	1.97
18431731--18431950	122	1.8	122	98	0	431	40	8	16	34	1.78
18442052--18442131	27	3.1	27	63	17	71	31	11	30	27	1.91
18444930--18445086	41	3.8	41	83	3	172	20	17	26	35	1.95
18444934--18445091	82	1.9	82	83	2	201	19	17	27	34	1.95
18448177--18448228	15	3.6	14	78	16	54	48	0	7	44	1.31
18449029--18449099	25	2.8	25	79	12	65	42	2	7	47	1.45
18449703--18449728	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
18450086--18450111	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
18449690--18450468	386	2.0	383	96	1	1242	45	7	10	35	1.68
18451024--18451070	10	4.3	11	82	15	53	59	0	0	40	0.97
18466389--18466436	20	2.4	20	89	0	69	41	20	29	8	1.81
18466330--18466436	40	2.7	40	72	10	110	38	18	29	13	1.89
18470049--18470088	21	1.9	21	100	0	80	25	20	32	22	1.98
18472756--18472802	21	2.2	21	92	0	85	31	12	23	31	1.92
18474426--18474504	31	2.5	31	82	8	106	15	27	36	20	1.92
18509745--18509778	17	2.1	16	88	5	50	20	11	17	50	1.77
18511738--18511812	39	1.9	39	91	0	123	25	16	22	36	1.94
18514846--18514897	27	1.9	27	92	0	86	38	15	25	21	1.92
18514854--18514911	27	2.1	27	83	0	71	39	12	24	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18519928--18520029	41	2.5	40	80	10	111	35	14	20	29	1.93
18523760--18523815	19	3.0	19	89	7	80	37	0	5	57	1.22
18524702--18524728	5	5.4	5	100	0	54	0	18	0	81	0.69
18535217--18535247	14	2.2	14	100	0	62	29	19	9	41	1.83
18536424--18536462	18	2.2	18	100	0	78	33	5	15	46	1.68
18542739--18542782	20	2.2	19	84	8	52	59	0	4	36	1.18
18542742--18542815	29	2.6	28	79	14	73	52	0	5	41	1.24
18542865--18542914	19	2.6	19	75	9	57	58	0	8	34	1.28
18543186--18543252	21	3.3	22	72	17	56	41	8	0	49	1.34
18544093--18544125	17	1.9	18	88	11	52	66	0	6	27	1.15
18544620--18544654	18	2.1	17	89	10	54	82	2	14	0	0.77
18550234--18550265	15	2.1	15	94	0	55	62	0	3	34	1.11
18550717--18550777	3	20.0	3	78	18	56	62	3	1	32	1.21
18550726--18550777	14	3.6	14	82	7	52	63	3	1	30	1.23
18550755--18550806	22	2.4	21	81	9	59	61	7	3	26	1.41
18552032--18552266	127	1.9	126	85	2	328	28	22	19	30	1.98
18552553--18552727	88	2.0	88	84	2	226	28	26	18	26	1.98
18557258--18557311	24	2.3	24	78	12	58	59	1	14	24	1.46
18557290--18557345	26	2.2	26	86	0	76	62	8	12	16	1.53
18564424--18564455	15	2.1	15	94	0	55	62	0	3	34	1.11
18564901--18564982	14	6.2	13	76	17	71	60	2	2	34	1.23
18564911--18565002	25	3.8	25	74	16	77	60	2	2	34	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18564908--18564975	3	22.0	3	77	16	68	60	2	1	35	1.21
18568387--18568481	48	2.0	48	89	0	145	43	21	15	20	1.88
18568780--18568850	36	2.0	35	86	2	97	30	28	7	33	1.84
18573446--18573540	48	2.0	48	93	0	163	44	22	14	18	1.86
18573838--18573909	36	2.0	36	86	2	101	30	26	9	33	1.89
18579188--18579310	52	2.4	51	82	8	142	42	14	11	31	1.81
18580017--18580076	29	2.1	29	93	6	104	33	5	8	53	1.53
18587087--18587145	24	2.5	24	76	13	59	45	1	6	45	1.40
18588170--18588211	22	1.9	22	95	0	75	9	30	28	30	1.89
18589631--18589666	14	2.6	14	90	0	54	66	8	11	13	1.44
18592845--18592882	18	2.1	18	85	9	51	36	2	0	60	1.11
18592991--18593027	19	1.9	19	88	0	56	27	5	29	37	1.79
18605497--18605541	23	2.0	23	82	8	56	35	13	4	46	1.63
18605652--18606077	20	21.3	20	82	0	402	41	20	26	11	1.86
18608584--18608622	12	3.1	12	79	13	51	46	5	0	48	1.24
18608829--18608870	21	2.0	21	81	9	50	26	0	7	66	1.17
18608829--18608870	22	2.0	21	85	4	57	26	0	7	66	1.17
18608851--18608888	17	2.3	17	86	4	51	34	2	5	57	1.35
18614847--18615198	126	2.8	125	87	4	521	28	15	21	34	1.94
18618230--18618572	116	3.0	116	95	0	616	42	8	9	38	1.69
18618589--18618982	59	6.7	58	88	3	583	26	0	28	44	1.54
18618589--18618982	88	4.5	88	92	1	664	26	0	28	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18618589--18618982	29	13.4	29	88	3	574	26	0	28	44	1.54
18618998--18619103	35	3.0	35	66	15	92	38	13	1	46	1.54
18619066--18619135	25	2.8	25	95	0	131	40	14	1	44	1.54
18620282--18620306	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
18621454--18621509	22	2.5	22	97	2	103	39	0	32	28	1.57
18621470--18621526	10	5.2	11	74	21	57	43	0	35	21	1.52
18622667--18622704	11	3.4	11	88	3	58	39	5	0	55	1.23
18628804--18628857	19	2.8	19	100	0	108	37	11	16	35	1.84
18628804--18628880	19	3.7	22	89	6	85	36	9	16	37	1.81
18629065--18629109	23	2.0	23	81	0	54	24	0	13	62	1.31
18630890--18630933	23	1.9	23	90	0	70	43	9	4	43	1.56
18632778--18632827	3	16.7	3	82	0	64	30	4	0	66	1.10
18644518--18644717	44	4.4	44	77	9	145	28	20	24	27	1.99
18644335--18644677	137	2.5	134	76	10	309	31	19	21	27	1.98
18644332--18644856	182	2.9	180	75	11	523	32	18	20	28	1.97
18646448--18646502	23	2.3	23	82	11	67	29	0	5	65	1.15
18650199--18650279	40	2.0	40	97	0	153	27	16	9	46	1.78
18651798--18651824	13	2.1	13	100	0	54	33	22	7	37	1.82
18652060--18652114	25	2.2	25	93	0	92	49	0	7	43	1.30
18656831--18656873	16	2.7	16	82	7	52	67	4	2	25	1.22
18661535--18661564	16	1.9	15	93	6	51	36	0	13	50	1.42
18667240--18667297	26	2.2	26	84	6	73	20	1	3	74	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18669339--18669391	26	2.0	26	96	0	97	37	5	15	41	1.70
18676150--18676189	21	2.0	20	85	5	53	45	5	7	42	1.54
18676774--18676814	21	1.9	21	85	5	55	58	4	0	36	1.20
18679068--18679100	17	2.1	17	88	11	52	63	3	12	21	1.41
18684580--18684638	25	2.4	25	94	2	102	54	0	3	42	1.17
18687628--18687741	28	4.0	29	83	7	126	23	23	22	29	1.99
18694859--18694883	13	1.9	13	100	0	50	24	8	28	40	1.83
18695459--18695502	22	2.0	21	91	4	70	40	4	13	40	1.65
18699337--18699412	25	3.0	25	82	0	89	35	19	19	25	1.95
18702823--18702847	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18704063--18704127	29	2.2	29	83	5	87	27	27	13	30	1.94
18713357--18713400	11	3.7	11	80	16	52	65	2	0	31	1.05
18719969--18720022	27	2.0	27	82	13	67	14	40	14	29	1.86
18724477--18724517	14	2.9	14	88	0	64	21	29	24	24	1.99
18755166--18755224	18	3.3	18	79	6	59	20	5	5	69	1.27
18763260--18763287	14	2.0	14	100	0	56	50	14	7	28	1.69
18765970--18766042	19	3.9	19	70	13	55	49	0	5	45	1.25
18766120--18766166	23	2.0	23	87	0	67	38	8	6	46	1.60
18766068--18766409	173	2.0	169	87	2	486	44	7	4	43	1.52
18766541--18766582	18	2.2	19	84	16	52	73	4	0	21	1.01
18778437--18778551	24	4.8	24	76	2	88	26	22	20	30	1.98
18778642--18778750	42	2.6	42	89	0	155	39	19	11	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18788442--18788692	127	2.0	126	88	0	367	30	23	19	25	1.98
18790286--18790374	43	2.0	44	93	2	153	41	4	19	34	1.71
18791974--18792003	14	2.1	14	100	0	60	23	26	13	36	1.92
18802092--18802130	19	2.0	20	85	5	53	69	0	0	30	0.89
18802100--18802144	22	2.2	20	84	11	56	57	2	0	40	1.11
18802577--18802625	20	2.5	20	86	6	64	55	10	6	28	1.57
18805328--18805538	85	2.5	86	82	7	247	45	14	10	29	1.79
18805656--18805699	16	2.7	17	79	6	56	61	0	0	38	0.96
18805658--18805705	22	2.2	22	92	7	80	56	0	0	43	0.99
18815873--18815934	22	3.0	21	78	4	63	32	1	0	66	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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