genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  105  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33161301--33161361	13	4.7	13	79	0	77	31	9	24	34	1.88
33164401--33164445	19	2.4	19	88	0	72	28	2	2	66	1.15
33165104--33165199	15	6.7	15	69	16	51	42	0	4	53	1.20
33167253--33167299	13	3.6	13	80	11	60	34	4	23	38	1.74
33173711--33173759	15	3.4	15	71	21	50	55	4	2	38	1.31
33173683--33173764	28	2.8	28	80	14	76	50	7	1	41	1.38
33173726--33174294	285	2.0	285	99	0	1129	42	7	4	45	1.53
33176577--33176623	24	2.0	24	95	0	85	44	19	10	25	1.82
33177327--33177354	8	3.5	8	100	0	56	75	0	0	25	0.81
33177509--33177560	20	2.6	19	72	19	52	44	0	5	50	1.26
33184184--33184629	126	3.5	125	86	5	530	36	26	16	21	1.94
33184186--33184629	42	10.6	41	81	7	405	36	26	16	21	1.94
33198646--33198687	12	3.5	12	75	12	50	64	2	9	23	1.35
33198640--33198688	24	2.0	24	100	0	98	63	4	8	24	1.40
33201955--33201998	21	2.1	21	100	0	88	34	13	27	25	1.93
33205088--33205133	23	2.0	23	87	4	67	63	2	0	34	1.07
33214838--33214887	25	2.0	25	96	0	91	28	30	8	34	1.86
33216967--33217032	32	2.1	31	91	2	105	62	1	0	36	1.05
33216957--33217047	25	3.4	25	80	19	119	57	1	0	41	1.06
33217217--33217305	46	2.0	46	80	8	103	39	16	5	38	1.73
33221773--33222028	91	2.8	91	96	1	464	46	3	2	46	1.34
33222178--33222232	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33222356--33222460	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
33222354--33222463	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
33222442--33222495	16	3.4	16	89	0	81	33	33	0	33	1.58
33229349--33229401	6	8.8	6	78	0	61	20	0	3	75	0.96
33229355--33229401	18	2.6	18	86	6	69	21	0	4	74	0.99
33235082--33235270	79	2.4	78	82	5	202	27	21	26	24	1.99
33235123--33235276	39	3.9	39	88	3	211	26	21	27	24	1.99
33235123--33235276	79	2.0	79	85	3	213	26	21	27	24	1.99
33235607--33235721	57	2.0	57	100	0	230	29	17	27	25	1.97
33238726--33239240	93	5.5	94	94	2	835	32	9	29	28	1.88
33238726--33239240	47	11.1	47	94	2	826	32	9	29	28	1.88
33238726--33239240	232	2.2	232	91	2	836	32	9	29	28	1.88
33239358--33239436	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
33241788--33241844	6	9.7	6	81	14	57	22	0	3	73	0.98
33241788--33241844	17	3.2	18	79	13	57	22	0	3	73	0.98
33241794--33241845	24	2.1	25	89	10	81	23	0	1	75	0.91
33241810--33241866	22	2.5	23	83	11	64	21	0	5	73	1.02
33241788--33241866	6	13.5	6	75	10	56	21	0	5	73	1.02
33241788--33241866	12	6.8	11	77	12	70	21	0	5	73	1.02
33246553--33246597	22	2.1	21	84	12	56	48	4	8	37	1.55
33250471--33250503	13	2.5	13	95	0	57	24	21	0	54	1.45
33250497--33250553	13	4.5	13	77	2	53	31	22	3	42	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33250596--33250656	25	2.4	25	83	0	86	32	24	18	24	1.97
33254568--33254601	17	2.0	17	88	11	52	38	0	47	14	1.45
33257584--33257679	48	2.0	48	100	0	192	39	16	12	31	1.86
33267858--33267901	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
33268045--33268231	51	3.7	51	81	3	243	31	28	16	22	1.96
33268043--33268227	101	1.8	101	91	3	309	31	28	16	22	1.96
33269249--33269287	19	2.0	20	95	5	71	43	0	5	51	1.24
33271241--33271288	11	4.5	11	76	10	55	33	4	14	47	1.63
33278978--33279026	24	2.0	25	84	11	66	34	2	36	26	1.68
33279661--33279688	8	3.5	8	100	0	56	25	0	0	75	0.81
33282046--33282315	27	10.0	27	75	11	169	38	18	20	22	1.93
33282219--33282361	27	5.3	27	80	7	148	32	15	23	27	1.95
33282212--33282361	54	2.8	54	83	4	169	32	17	22	27	1.96
33282408--33282466	24	2.5	24	80	5	66	18	8	25	47	1.77
33282627--33282861	96	2.4	96	83	2	285	22	21	20	34	1.96
33282623--33282878	32	8.0	32	81	3	241	22	21	20	35	1.96
33282883--33282937	22	2.5	22	73	5	58	21	23	12	41	1.88
33286966--33287090	42	3.0	42	82	1	135	33	19	18	28	1.95
33289197--33289252	21	2.8	19	89	10	94	37	10	16	35	1.83
33289197--33289275	19	3.7	22	80	14	78	36	8	16	37	1.80
33290119--33290151	16	2.1	16	88	11	50	42	9	9	39	1.68
33295766--33295824	16	3.8	16	77	4	59	27	20	8	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33299524--33299555	8	4.0	8	100	0	64	25	0	0	75	0.81
33309152--33309197	18	2.6	18	82	0	56	6	21	4	67	1.32
33309228--33309269	22	2.0	21	85	4	57	7	23	2	66	1.28
33310464--33310518	21	2.4	22	76	14	58	41	16	16	25	1.88
33312063--33312141	37	2.1	37	88	4	115	26	31	17	24	1.97
33312260--33312403	47	3.1	47	84	4	193	27	30	10	31	1.90
33315157--33315208	27	1.9	27	92	0	86	21	21	15	42	1.89
33317255--33317289	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
33318496--33318529	17	2.0	17	100	0	68	41	17	11	29	1.85
33319164--33319213	20	2.4	21	77	12	59	30	24	14	32	1.94
33319568--33319619	27	1.9	27	92	0	86	42	15	21	21	1.89
33320277--33320331	21	2.4	22	76	14	58	25	16	16	41	1.88
33325004--33325055	22	2.3	23	81	12	65	40	25	9	25	1.85
33327055--33327148	48	2.0	48	85	4	127	39	19	4	37	1.71
33327515--33327653	54	2.6	54	96	0	260	22	26	19	31	1.98
33329269--33329481	71	3.1	71	64	20	169	41	6	4	47	1.49
33329126--33329626	138	3.7	138	91	2	805	40	7	5	46	1.55
33329769--33329793	12	2.1	12	100	0	50	60	16	0	24	1.36
33337507--33337539	10	2.9	12	82	17	52	51	33	0	15	1.43
33338199--33338243	15	2.9	15	90	3	63	28	26	2	42	1.67
33349806--33349848	13	3.7	12	88	11	63	13	6	4	74	1.19
33349831--33349855	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33353716--33353787	15	4.7	15	82	5	81	29	23	5	41	1.77
33355899--33355977	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
33356096--33356566	47	10.1	47	95	1	759	28	29	9	32	1.88
33356096--33356566	93	5.0	94	94	1	768	28	29	9	32	1.88
33356480--33356582	46	2.5	40	84	13	120	29	29	7	33	1.85
33359207--33359253	5	9.4	5	100	0	94	40	0	0	59	0.97
33360609--33360695	45	1.9	45	90	0	138	21	17	19	41	1.90
33367857--33367924	29	2.3	29	87	0	100	51	0	32	16	1.45
33370820--33370879	26	2.4	25	78	13	61	26	6	8	58	1.52
33370830--33370879	26	1.9	26	84	8	66	30	6	6	58	1.46
33372883--33372918	2	18.0	2	94	0	63	52	0	47	0	1.00
33381984--33382058	36	2.1	36	100	0	150	45	21	8	25	1.79
33383200--33383281	41	2.0	42	90	2	130	47	8	3	40	1.52
33384035--33384068	6	5.7	6	85	0	50	79	0	0	20	0.73
33406119--33406302	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
33406119--33406299	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
33406119--33406361	40	6.1	39	76	12	122	24	20	27	26	1.99
33414022--33414205	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
33414022--33414202	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
33414103--33414252	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
33414143--33414265	40	3.1	39	80	6	97	26	21	28	23	1.99
33415941--33416120	28	6.5	28	89	3	258	34	26	11	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33424055--33424208	28	5.5	28	91	1	229	33	27	12	27	1.92
33425883--33425988	17	6.2	17	72	8	90	31	11	5	51	1.61
33429992--33430022	15	2.1	15	100	0	62	38	0	19	41	1.51
33506740--33506785	18	2.5	19	82	10	60	15	28	4	52	1.61
33509299--33509325	9	3.0	9	100	0	54	44	0	0	55	0.99
33510528--33510582	28	2.0	28	88	0	83	29	16	14	40	1.88
33511444--33511483	21	1.9	21	84	0	53	52	22	5	20	1.65
33511472--33511619	68	2.2	68	92	3	248	39	14	14	31	1.87
33511782--33511849	35	1.9	35	100	0	136	38	7	13	41	1.72
33512974--33513020	23	2.0	23	100	0	94	48	17	4	29	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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