genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  93  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28829235--28829289	21	2.7	20	77	5	56	9	10	16	63	1.51
28843955--28843995	3	13.7	3	100	0	82	68	31	0	0	0.90
28844781--28844829	25	2.0	25	84	8	64	40	0	14	44	1.45
28845915--28846008	49	1.9	49	84	4	127	47	6	21	24	1.73
28859025--28859055	10	3.1	10	90	0	53	3	9	0	87	0.66
28859409--28859433	9	2.8	9	100	0	50	12	0	16	72	1.13
28864377--28864496	44	2.7	44	76	6	116	32	21	20	25	1.97
28864424--28865498	143	7.5	143	87	0	1396	27	22	20	29	1.98
28864424--28865493	429	2.5	429	87	0	1539	27	22	20	29	1.98
28865131--28865353	44	4.8	45	70	15	141	25	22	22	29	1.99
28871669--28871730	30	2.1	30	96	0	115	37	24	16	22	1.94
28873539--28873563	9	2.8	9	100	0	50	12	0	0	88	0.53
28873494--28873605	41	2.7	39	83	14	138	32	0	0	66	1.04
28875162--28875258	50	1.9	53	83	8	130	56	6	7	29	1.51
28885855--28885897	18	2.4	18	92	0	68	25	9	25	39	1.85
28891705--28891752	22	2.3	21	85	7	62	27	4	8	60	1.44
28893524--28893553	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
28900800--28901024	109	2.0	111	96	1	418	21	24	19	33	1.97
28909193--28909460	137	2.0	137	87	3	387	30	26	22	20	1.98
28912556--28912636	41	2.0	41	92	0	135	14	22	19	43	1.88
28912714--28912751	4	10.0	4	88	11	62	47	0	0	52	1.00
28912714--28912769	16	3.7	14	80	17	67	44	3	0	51	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28912898--28912923	4	6.5	4	100	0	52	46	0	0	53	1.00
28929660--28929717	25	2.3	25	93	0	98	46	13	10	29	1.77
28930585--28930627	17	2.5	18	81	11	63	44	13	0	41	1.44
28935159--28935270	32	3.5	32	79	6	129	25	9	16	48	1.77
28936783--28936812	15	1.9	16	93	6	53	60	0	6	33	1.23
28937623--28937653	12	2.5	13	89	10	55	67	0	19	12	1.22
28939080--28939176	23	4.2	23	80	5	106	38	20	13	27	1.90
28939092--28939188	23	4.2	23	84	2	95	42	20	10	26	1.84
28940152--28940278	43	3.0	42	74	13	132	33	26	18	22	1.96
28941661--28941707	23	2.0	23	84	8	60	44	10	4	40	1.59
28954915--28954969	23	2.5	21	77	11	56	34	20	16	29	1.94
28954925--28954968	23	1.9	23	85	0	61	38	20	13	27	1.90
28956332--28956377	21	2.2	21	96	0	83	50	4	17	28	1.65
28961141--28961174	17	2.0	17	94	0	59	14	29	44	11	1.81
28962172--28962212	20	2.0	20	90	0	64	34	24	14	26	1.94
28964085--28964253	50	3.4	50	80	8	184	30	23	25	20	1.99
28964523--28964561	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
28964524--28964567	20	2.2	20	87	0	61	52	4	25	18	1.64
28965901--28966147	50	4.8	50	79	6	176	29	21	26	23	1.99
28965954--28966147	50	3.9	49	79	4	201	29	21	27	21	1.99
28979545--28979598	17	2.9	18	81	13	56	22	5	0	72	1.05
28980089--28980126	18	2.1	18	95	0	67	31	23	5	39	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28988813--28989464	47	13.7	47	95	1	1124	32	8	29	29	1.86
28989583--28989660	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
28990874--28991225	40	8.8	40	93	0	542	24	20	27	26	1.99
28995066--28995720	47	13.7	47	95	2	1130	32	8	29	29	1.87
28999583--28999713	46	2.8	46	91	0	217	42	17	18	21	1.89
28999716--28999843	44	2.9	45	80	2	132	32	17	21	28	1.96
29000883--29001229	41	8.5	41	84	1	426	21	18	27	31	1.97
29000887--29001299	81	5.0	82	78	3	404	23	19	26	31	1.98
29000887--29001229	122	2.8	123	84	4	458	22	18	27	31	1.97
29000887--29001299	122	3.4	122	81	5	449	23	19	26	31	1.98
29000897--29001299	163	2.5	163	80	2	414	22	19	26	31	1.98
29001473--29001520	14	3.4	14	82	0	60	20	0	31	47	1.50
29001531--29001578	22	2.2	21	85	3	60	25	2	27	45	1.64
29001536--29001670	29	4.7	29	73	8	107	20	1	31	46	1.59
29001531--29001677	7	20.6	7	73	8	91	20	1	31	46	1.59
29001586--29001676	36	2.5	37	83	3	114	17	0	31	50	1.46
29002326--29002388	20	3.1	20	77	11	74	50	0	4	44	1.23
29002329--29002388	10	5.8	10	78	11	59	48	0	5	46	1.24
29003217--29003246	13	2.3	13	94	0	51	23	16	20	40	1.91
29006987--29007226	43	5.6	43	80	8	197	25	15	26	32	1.95
29006987--29007226	86	2.8	87	81	7	269	25	15	26	32	1.95
29007048--29007226	85	2.1	87	86	4	247	25	17	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29007394--29007438	20	2.2	20	100	0	90	51	4	24	20	1.66
29008936--29009110	9	18.8	9	67	22	87	33	1	3	62	1.19
29008945--29009002	29	2.1	26	87	9	80	24	0	5	70	1.07
29008997--29009046	21	2.4	22	84	15	63	42	0	2	56	1.11
29009017--29009109	28	3.3	27	73	13	80	38	2	2	56	1.23
29008935--29009109	19	9.3	18	71	22	78	33	1	3	62	1.19
29009684--29009739	22	2.5	22	94	0	103	51	3	3	41	1.36
29016234--29016309	37	2.1	37	94	0	134	28	22	19	28	1.98
29016802--29016879	27	2.8	26	76	5	66	32	29	19	19	1.96
29021486--29021664	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
29022865--29023656	47	16.7	47	90	3	1223	32	10	30	26	1.90
29023477--29023553	24	3.2	24	66	20	70	28	10	33	27	1.90
29034018--29034281	40	6.7	40	84	6	324	26	26	21	26	1.99
29034018--29034280	79	3.3	80	85	5	347	25	26	21	26	1.99
29034018--29034281	119	2.2	120	82	6	331	26	26	21	26	1.99
29046839--29047177	67	5.1	67	81	2	360	34	15	23	25	1.95
29052083--29052120	18	2.0	19	85	10	51	34	10	10	44	1.73
29053523--29053564	20	2.0	21	90	4	68	28	0	14	57	1.38
29056069--29056107	18	2.2	18	100	0	78	25	28	5	41	1.77
29056374--29056693	28	11.4	28	79	5	317	35	22	16	25	1.95
29056306--29056686	56	6.8	56	80	5	335	34	22	18	25	1.96
29072161--29072249	38	2.3	39	81	13	103	31	20	23	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29074925--29075013	38	2.3	39	81	13	103	31	19	23	25	1.98
29077869--29077921	27	2.0	27	96	0	97	33	22	15	28	1.94
29079359--29079407	20	2.4	21	90	10	75	22	24	30	22	1.99
29079814--29079866	15	3.4	16	82	7	65	30	13	15	41	1.85
29080006--29080045	18	2.2	19	86	4	55	30	15	2	52	1.55
29095469--29095505	18	2.0	19	89	5	58	51	0	43	5	1.24
29096376--29096437	22	2.8	22	69	13	56	12	3	46	37	1.58
29098063--29098159	35	2.8	35	77	0	104	39	14	18	27	1.90
29102199--29102265	31	2.1	32	81	13	77	26	11	29	31	1.92
29103058--29103101	22	2.0	22	90	0	70	22	36	4	36	1.75
29103911--29103944	16	2.1	17	88	5	52	50	0	5	44	1.26
29105602--29105641	11	3.6	11	90	9	64	25	0	2	72	0.97
29106032--29106067	18	1.9	19	94	5	65	52	0	2	44	1.15
29106116--29106140	12	2.1	12	100	0	50	68	0	8	24	1.16
29106356--29106462	29	3.8	28	80	7	108	30	3	0	64	1.17
29106363--29106471	10	11.3	10	71	9	75	27	4	0	66	1.17
29106391--29106472	19	4.3	19	81	6	94	28	4	1	65	1.20
29106319--29106466	57	2.5	58	77	10	158	31	6	1	60	1.29
29106428--29106478	10	5.2	10	73	4	50	23	3	0	72	1.01
29106381--29106478	39	2.5	40	80	6	110	28	5	1	65	1.20
29106521--29106559	20	2.0	20	94	0	69	46	5	0	48	1.24
29106562--29106763	88	2.3	87	84	8	266	32	8	21	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29108095--29108121	13	2.1	13	100	0	54	48	0	7	44	1.31
29111299--29111342	22	2.0	22	86	0	61	43	2	0	54	1.12
29114543--29114602	23	2.6	22	69	7	57	66	8	10	15	1.43
29121291--29121321	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
29122398--29122426	13	2.2	13	100	0	58	48	13	0	37	1.43
29124561--29124600	19	2.1	19	85	0	53	25	32	27	15	1.95
29126553--29126663	33	3.4	33	90	5	179	41	34	9	15	1.78
29132460--29132692	114	2.0	114	93	0	394	30	20	15	34	1.93
29133632--29133680	25	1.9	27	84	12	68	34	12	16	36	1.86
29137804--29137859	25	2.4	22	78	16	67	23	12	48	16	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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