genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  33  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9543818--9543886	16	4.2	16	94	3	120	37	36	0	26	1.57
9544066--9544132	31	2.2	31	81	10	75	46	1	1	50	1.19
9548837--9548932	43	2.2	41	80	10	111	29	28	16	26	1.97
9548851--9548941	43	2.1	43	87	4	130	26	26	16	30	1.97
9560249--9560301	24	2.2	25	86	3	72	58	24	15	1	1.47
9561385--9561433	22	2.3	22	82	10	57	42	4	0	53	1.20
9565580--9565863	43	6.5	44	77	7	224	37	18	17	26	1.93
9565621--9565896	130	2.1	130	78	6	274	38	16	18	27	1.92
9565997--9566100	38	2.7	38	89	0	154	39	18	9	32	1.83
9569001--9569112	9	12.4	9	92	0	161	41	25	8	23	1.83
9569001--9569112	27	4.1	27	94	0	179	41	25	8	23	1.83
9572448--9572490	9	5.0	8	81	13	50	39	2	2	55	1.25
9572448--9572490	18	2.5	16	85	14	59	39	2	2	55	1.25
9573777--9574152	126	3.0	124	86	2	538	30	17	22	29	1.96
9575596--9575627	15	2.3	15	89	10	50	40	18	0	40	1.51
9576141--9576318	45	4.0	45	85	0	214	41	20	19	19	1.91
9576141--9576308	90	1.9	89	86	1	237	40	20	19	19	1.92
9580454--9580484	15	2.1	15	93	0	53	22	0	29	48	1.51
9580464--9580996	21	25.3	21	81	8	458	18	0	35	45	1.53
9580464--9581126	43	16.0	42	80	8	600	17	0	35	46	1.53
9580661--9581030	7	52.3	7	63	23	73	18	0	35	44	1.55
9580661--9581030	15	26.1	14	63	23	73	18	0	35	44	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9580661--9580710	13	3.6	14	78	10	50	16	2	36	46	1.58
9581031--9581118	21	4.1	21	83	12	117	17	1	35	46	1.55
9581037--9581118	42	1.9	43	92	7	141	15	1	35	47	1.54
9581100--9581154	15	3.8	15	75	18	62	10	0	40	49	1.38
9581103--9581156	28	1.9	28	100	0	108	12	0	38	48	1.42
9581080--9581178	50	2.0	50	88	4	146	14	1	37	47	1.51
9581111--9581157	14	3.5	13	77	11	58	12	0	40	46	1.42
9581123--9581178	22	2.6	22	85	2	78	16	0	35	48	1.46
9581182--9581221	21	1.9	21	85	10	55	35	0	20	45	1.51
9581800--9581839	18	2.2	18	90	0	62	42	7	30	20	1.79
9583745--9583800	22	2.5	23	77	11	62	41	1	33	23	1.65
9585234--9585360	58	2.2	58	89	1	200	18	29	18	33	1.95
9587989--9588031	15	2.8	16	79	10	54	62	2	0	34	1.08
9589557--9589680	44	2.8	45	80	4	144	30	22	17	29	1.97
9589653--9589766	44	2.6	44	78	2	122	23	26	22	27	2.00
9589883--9590164	86	3.3	86	91	3	451	24	23	23	29	1.99
9591792--9591840	19	2.5	19	87	12	64	8	14	10	67	1.42
9591842--9591902	6	10.5	6	94	5	108	14	0	14	70	1.17
9596917--9596959	15	2.8	16	79	10	54	62	2	0	34	1.08
9604207--9604250	23	1.9	24	86	9	65	36	2	4	56	1.32
9604233--9604271	17	2.2	17	90	4	60	20	2	0	76	0.90
9604233--9604281	18	2.7	18	84	12	64	20	4	0	75	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9604247--9604298	18	2.9	17	86	13	61	15	5	0	78	0.92
9604233--9604291	18	3.4	17	80	17	59	18	5	0	76	0.97
9604899--9604998	10	10.5	10	69	13	59	64	0	4	32	1.12
9604896--9605000	19	5.4	20	73	10	85	63	0	3	32	1.12
9604897--9604998	38	2.7	38	74	7	107	63	0	3	32	1.12
9605099--9605211	11	10.4	11	67	18	67	46	3	0	49	1.18
9605090--9605201	56	2.0	56	100	0	224	48	5	0	46	1.25
9606659--9606699	21	2.0	21	95	0	73	14	21	19	43	1.87
9606871--9606919	21	2.4	21	93	3	82	40	8	30	20	1.81
9608280--9608332	20	2.7	20	85	8	72	33	0	1	64	1.05
9608929--9608955	11	2.5	11	100	0	54	7	18	0	74	1.05
9609171--9609209	20	2.0	20	95	5	71	25	23	15	35	1.94
9610010--9610056	21	2.2	21	84	0	58	27	14	23	34	1.94
9610017--9610062	21	2.2	21	92	0	74	21	13	23	41	1.88
9611503--9611597	48	2.0	48	89	0	145	43	21	15	20	1.88
9611894--9611965	36	2.0	35	89	2	108	31	25	6	36	1.82
9616691--9616785	48	2.0	48	89	0	145	43	23	15	17	1.88
9617084--9617155	36	2.0	36	83	2	92	33	23	9	33	1.88
9617945--9617989	24	1.9	23	86	13	65	33	13	2	51	1.53
9618239--9618282	23	1.9	24	90	9	74	22	20	2	54	1.56
9618648--9618683	19	1.9	19	88	5	56	0	16	11	72	1.12
9619001--9619038	3	12.7	3	83	10	51	63	2	0	34	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9621158--9621414	72	3.6	71	75	9	243	35	21	22	21	1.96
9623118--9623210	23	4.1	23	81	1	107	37	16	11	34	1.85
9628881--9628928	3	15.7	3	95	4	87	31	0	0	68	0.90
9629014--9629046	6	5.7	6	96	3	59	15	0	0	84	0.61
9633306--9633337	6	5.3	6	96	0	55	18	53	0	28	1.45
9633329--9633360	6	5.3	6	96	0	55	34	37	12	15	1.85
9634485--9634530	9	5.1	9	94	0	83	45	13	10	30	1.77
9634896--9634926	16	1.9	16	93	0	53	25	29	0	45	1.54
9635452--9635481	5	6.0	5	100	0	60	20	20	20	40	1.92
9636607--9636653	3	15.7	3	90	0	76	61	2	0	36	1.08
9637116--9637173	25	2.3	26	82	8	66	55	0	5	39	1.22
9638027--9638067	18	2.2	20	86	8	59	17	26	2	53	1.56
9638027--9638065	19	2.0	20	90	5	62	17	23	2	56	1.53
9638727--9638774	24	2.0	24	91	0	78	20	14	22	41	1.89
9639060--9639175	12	11.3	11	69	22	58	60	0	3	36	1.14
9639150--9639175	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
9639335--9639370	18	2.1	17	89	5	54	2	41	50	5	1.40
9639699--9639740	5	8.2	5	91	2	57	21	0	4	73	1.01
9642447--9642507	25	2.5	25	94	2	106	29	8	19	42	1.80
9642715--9642756	22	1.9	22	95	0	75	21	4	16	57	1.58
9644086--9644140	26	2.1	26	96	0	101	20	12	21	45	1.84
9644373--9644434	25	2.5	25	94	0	106	27	9	20	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9644579--9644619	20	2.2	19	91	8	66	31	0	19	48	1.49
9647133--9647236	49	2.1	49	87	3	147	30	8	11	49	1.69
9648564--9648828	110	2.3	116	83	10	323	41	1	4	52	1.31
9648775--9648808	17	2.0	17	94	0	59	38	0	0	61	0.96
9648956--9649061	44	2.5	41	77	18	126	36	30	3	29	1.75
9648973--9649064	46	2.0	46	91	4	152	40	29	4	26	1.75
9648956--9649075	46	2.8	43	81	12	140	38	30	5	25	1.77
9649719--9649754	18	2.0	18	88	0	54	61	11	0	27	1.30
9660294--9660337	18	2.5	18	78	14	56	45	15	0	38	1.47
9660354--9660448	23	4.1	23	82	4	111	36	13	13	35	1.85
9667183--9667238	24	2.3	24	93	0	94	28	33	25	12	1.92
9672899--9672930	6	5.3	6	100	0	64	15	53	0	31	1.43
9675283--9675343	25	2.5	25	94	2	106	29	8	19	42	1.80
9675551--9675592	22	1.9	22	95	0	75	21	4	16	57	1.58
9676922--9676976	26	2.1	26	96	0	101	20	12	21	45	1.84
9677209--9677270	25	2.5	25	94	0	106	27	9	20	41	1.84
9677415--9677455	20	2.2	19	91	8	66	31	0	19	48	1.49
9679968--9680071	49	2.1	49	87	3	147	30	8	11	49	1.69
9681398--9681606	110	1.9	106	83	10	269	42	1	4	51	1.32
9681790--9681895	44	2.5	41	77	18	126	36	30	3	29	1.75
9681807--9681898	46	2.0	46	91	4	152	40	29	4	26	1.75
9681790--9681909	46	2.8	43	81	12	140	38	30	5	25	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9682552--9682587	18	2.0	18	88	0	54	61	11	0	27	1.30
9688903--9689005	23	4.4	23	75	14	86	34	18	25	21	1.96
9689199--9689590	67	5.8	67	89	1	588	41	19	2	37	1.63
9692731--9692778	15	2.9	15	77	17	51	54	2	0	43	1.12
9695493--9695527	19	1.9	18	88	11	54	65	0	28	5	1.15
9696742--9696781	20	2.0	20	85	9	55	32	32	15	20	1.93
9699382--9699426	23	2.0	23	81	0	54	40	13	8	37	1.76
9709820--9709889	22	3.3	20	74	16	52	31	5	2	60	1.35
9709831--9709891	21	2.9	20	79	13	77	34	6	1	57	1.34
9710825--9710866	21	2.0	20	82	13	50	47	0	2	50	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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