genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  74  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22470385--22470472	44	2.0	44	95	0	158	11	13	22	52	1.72
22470592--22470638	24	2.0	24	95	0	85	25	14	19	40	1.90
22470593--22470646	24	2.2	24	90	0	81	25	16	18	38	1.92
22475309--22475397	44	2.0	44	88	0	133	23	21	13	41	1.88
22479173--22479220	23	2.0	24	88	12	71	50	0	8	41	1.33
22492169--22492208	21	1.9	21	94	0	71	30	17	12	40	1.86
22492165--22492216	21	2.5	20	81	9	68	30	17	13	38	1.88
22492225--22492269	22	2.0	22	82	4	54	20	20	13	46	1.83
22492170--22492269	21	4.6	23	74	15	61	27	18	12	43	1.85
22492517--22492555	19	2.0	20	85	5	53	64	0	20	15	1.30
22492626--22492659	6	5.7	6	96	0	59	29	0	14	55	1.40
22493899--22493933	13	2.5	14	90	9	54	31	2	17	48	1.61
22494117--22494142	5	5.2	5	100	0	52	0	0	57	42	0.98
22501153--22501215	25	2.5	25	76	0	63	22	15	26	34	1.94
22507135--22507204	33	2.1	33	82	10	81	55	2	7	34	1.42
22513353--22513381	2	14.5	2	100	0	58	0	0	51	48	1.00
22516385--22516481	51	1.9	51	91	0	158	45	21	15	17	1.85
22516686--22516730	17	2.6	17	96	0	81	46	11	13	28	1.77
22521488--22521584	48	2.0	48	87	0	140	44	18	16	20	1.87
22521804--22521857	17	2.9	19	71	20	60	46	16	12	24	1.82
22521787--22521857	36	2.0	36	94	0	124	47	15	11	25	1.78
22521786--22521851	17	3.8	16	74	16	60	46	15	10	27	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22523169--22523228	23	2.6	23	82	10	70	48	3	0	48	1.18
22523169--22523228	22	2.6	23	84	10	70	48	3	0	48	1.18
22531119--22531246	63	2.0	64	96	1	240	35	16	10	37	1.82
22532511--22532556	24	1.9	24	86	0	65	56	15	0	28	1.39
22534791--22535021	41	5.6	41	85	3	313	23	21	25	30	1.99
22535344--22535483	50	2.8	50	95	2	246	53	0	6	40	1.27
22535328--22535483	25	6.3	25	76	14	146	54	0	5	39	1.24
22541807--22542149	140	2.4	138	78	9	356	53	9	9	26	1.65
22543196--22543242	23	2.0	23	95	0	85	34	2	17	46	1.59
22543198--22543240	13	3.5	13	75	18	56	32	2	16	48	1.58
22546072--22546103	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
22546321--22546420	51	2.0	51	91	0	164	32	31	14	23	1.93
22551277--22551306	13	2.3	13	94	0	51	83	0	0	16	0.65
22551843--22551898	13	4.5	13	84	13	82	33	1	16	48	1.56
22553178--22553316	10	14.7	10	70	17	84	34	2	3	59	1.27
22553178--22553316	19	7.4	19	74	11	108	34	2	3	59	1.27
22558340--22558376	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
22575478--22575530	27	2.0	27	85	7	72	16	18	39	24	1.91
22578707--22578866	8	18.4	8	67	25	60	64	1	3	31	1.17
22578784--22578866	29	3.0	28	75	17	68	65	2	2	30	1.18
22578708--22578866	28	6.0	26	73	23	97	64	1	3	30	1.17
22578704--22579133	9	46.0	9	68	20	110	59	3	2	33	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22578879--22578945	30	2.2	29	77	12	73	58	5	1	34	1.32
22578896--22578951	20	2.9	19	78	5	60	64	7	1	26	1.29
22579039--22579103	20	3.2	21	75	16	66	60	1	0	38	1.07
22586281--22586343	28	2.3	28	83	8	76	39	1	1	57	1.18
22586508--22586561	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
22587004--22587121	38	3.0	38	79	7	130	44	8	10	37	1.69
22588103--22588131	14	2.1	14	100	0	58	55	27	0	17	1.42
22591736--22591807	32	2.3	32	92	4	121	19	15	13	51	1.76
22594586--22594627	16	2.8	15	89	10	68	66	11	0	21	1.23
22594597--22594643	19	2.3	21	89	10	71	63	14	0	21	1.30
22608303--22608331	14	2.1	14	100	0	58	58	0	0	41	0.98
22608583--22608644	27	2.3	27	91	0	106	41	11	12	33	1.79
22609529--22609580	21	2.4	21	75	12	52	40	1	1	55	1.22
22609464--22609883	147	2.9	145	83	3	509	42	9	5	42	1.60
22610150--22610324	39	4.5	39	84	2	235	13	32	20	34	1.91
22610150--22610351	39	5.2	39	82	5	230	13	31	19	35	1.91
22627528--22627570	21	2.0	21	86	0	59	23	23	37	16	1.94
22628741--22628785	15	3.0	15	93	0	72	40	15	8	35	1.79
22629352--22629393	21	2.0	21	90	4	68	38	11	9	40	1.75
22643959--22644086	31	4.2	30	69	15	91	50	10	5	32	1.60
22644022--22644086	29	2.2	31	86	5	89	47	10	6	35	1.63
22648900--22648939	14	2.9	14	84	0	62	45	5	0	50	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22649044--22649100	20	2.9	20	81	2	71	35	7	0	57	1.26
22649044--22649100	19	2.9	20	82	7	64	35	7	0	57	1.26
22649729--22649830	38	2.7	38	88	7	147	46	0	6	47	1.29
22649948--22649988	21	2.0	21	95	0	73	29	14	0	56	1.39
22651979--22652057	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
22652176--22652541	47	7.7	47	94	1	599	28	30	8	32	1.87
22652176--22652520	143	2.4	143	94	0	595	28	30	8	32	1.87
22656106--22656493	40	9.8	40	93	1	593	26	28	20	23	1.99
22657708--22657778	35	2.0	35	88	0	106	28	33	15	22	1.95
22657903--22658313	47	8.7	47	94	1	691	28	30	8	32	1.87
22657903--22658313	190	2.2	190	92	2	699	28	30	8	32	1.87
22663795--22663874	29	2.8	29	88	0	115	21	18	22	37	1.94
22663850--22663978	29	4.4	29	82	1	141	27	11	24	37	1.90
22663793--22663979	58	3.2	59	77	3	173	25	14	23	36	1.93
22682524--22682886	184	2.0	184	90	2	577	28	28	18	24	1.98
22685023--22685073	18	2.9	17	75	18	50	37	13	0	49	1.43
22693601--22693690	40	2.2	40	80	7	103	31	6	18	43	1.76
22693881--22693990	45	2.7	39	75	15	112	20	18	20	40	1.91
22693894--22693994	45	2.2	45	85	0	139	20	17	19	41	1.90
22703758--22703826	20	3.5	19	78	7	66	47	13	7	31	1.69
22707270--22707894	317	2.0	318	95	0	1137	33	26	15	24	1.95
22716837--22717079	131	1.9	131	82	3	310	28	19	4	46	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22726190--22726235	23	2.0	23	100	0	92	34	17	13	34	1.88
22726459--22726501	22	1.9	23	85	4	61	44	30	2	23	1.66
22728443--22728484	17	2.5	17	96	0	75	14	14	38	33	1.86
22736102--22736157	27	2.1	27	90	6	87	28	21	12	37	1.90
22743801--22744304	165	3.1	163	90	3	762	41	18	9	29	1.83
22747071--22747375	154	2.0	154	90	1	477	37	17	6	38	1.77
22749144--22749173	16	1.9	16	93	6	53	20	13	0	66	1.24
22755447--22755480	5	6.4	5	90	10	50	58	0	41	0	0.98
22757065--22757089	13	1.9	13	100	0	50	64	28	8	0	1.22
22757811--22757871	26	2.3	26	82	0	77	34	14	9	40	1.79
22759925--22759984	28	2.1	28	82	11	70	43	6	13	36	1.70
22763971--22764009	20	2.0	20	84	0	51	28	15	0	56	1.40
22770326--22770366	18	2.3	18	91	0	64	29	12	7	51	1.66
22782253--22782294	21	2.0	21	100	0	84	28	9	14	47	1.75
22782904--22782995	41	2.2	41	88	3	132	26	20	25	28	1.99
22789895--22789936	21	2.0	21	100	0	84	28	9	14	47	1.75
22790554--22790645	41	2.2	41	88	3	132	27	20	23	28	1.99
22790944--22791052	40	2.7	40	80	8	116	25	22	24	27	2.00
22791095--22791185	40	2.3	40	88	3	130	34	21	20	23	1.97
22795657--22795716	18	3.4	18	64	13	52	43	6	10	40	1.64
22795906--22796120	43	5.0	43	88	0	304	21	18	30	29	1.97
22796162--22796205	22	2.0	22	90	0	70	45	27	18	9	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22799213--22799242	14	2.1	14	93	0	51	26	16	6	50	1.70
22804168--22804214	19	2.5	19	92	0	76	21	25	36	17	1.94
22812314--22812375	23	2.7	23	79	0	70	33	16	29	20	1.94
22814776--22814861	44	2.0	43	93	2	145	30	18	24	26	1.98
22815430--22815486	28	2.0	28	100	0	114	33	17	24	24	1.96
22817891--22817953	33	1.9	33	96	0	117	12	26	17	42	1.85
22826181--22826314	66	2.0	66	100	0	268	22	10	27	39	1.87
22827403--22827470	35	2.0	34	82	2	82	25	23	22	29	1.99
22830650--22830721	31	2.3	31	86	9	94	26	11	11	51	1.71
22834575--22834986	125	3.3	124	90	2	621	31	17	20	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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