genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  82  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25095072--25095434	54	6.7	54	81	2	370	40	20	16	22	1.91
25095072--25095416	81	4.2	81	82	4	399	40	20	15	22	1.90
25095631--25095727	26	3.7	26	75	2	88	16	24	21	37	1.94
25095833--25095920	30	2.9	30	86	0	122	21	28	22	27	1.99
25106399--25106459	21	2.7	23	74	20	67	21	13	1	63	1.37
25117941--25117970	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
25145243--25145290	20	2.3	20	96	3	87	47	8	20	22	1.77
25146550--25146673	50	2.5	50	80	5	135	29	23	26	20	1.99
25153295--25153487	50	3.7	50	79	4	179	26	19	29	24	1.98
25184833--25184900	25	2.6	25	77	11	66	67	0	26	5	1.13
25197375--25197403	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
25203378--25203438	26	2.3	27	83	8	81	34	11	18	36	1.86
25210332--25210399	34	2.0	34	82	5	84	35	23	20	20	1.96
25219396--25219449	28	1.9	28	88	0	81	35	16	24	24	1.95
25221799--25222179	27	14.2	27	78	6	308	43	23	16	16	1.87
25221820--25222178	54	6.7	54	82	0	389	43	23	17	15	1.87
25221818--25222179	81	4.5	80	82	4	397	43	23	17	15	1.87
25224776--25225237	27	17.2	27	78	2	437	41	22	18	17	1.90
25225620--25225700	28	2.9	28	86	0	108	28	22	22	27	1.99
25225633--25225723	28	3.3	28	85	1	112	28	25	23	23	1.99
25227869--25228084	27	8.2	26	79	5	220	42	19	19	18	1.89
25227889--25228082	79	2.4	78	84	5	239	42	19	20	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25230014--25230181	27	6.2	27	81	2	203	41	19	19	20	1.91
25229981--25230181	54	3.7	53	79	4	195	41	18	18	20	1.91
25230014--25230181	81	2.1	81	88	2	248	41	19	19	20	1.91
25230578--25230679	28	3.6	28	87	0	123	25	20	25	28	1.99
25231354--25231648	27	11.0	27	79	6	303	42	20	17	20	1.90
25232013--25232089	28	2.8	28	90	4	111	24	24	22	28	1.99
25232880--25232906	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
25236686--25236740	21	2.6	21	94	0	101	43	5	12	38	1.66
25236669--25236727	13	4.8	13	73	23	56	44	5	13	37	1.66
25236976--25237210	35	6.8	35	87	2	323	19	23	17	40	1.91
25236977--25237210	104	2.3	103	88	2	335	19	23	17	40	1.91
25236976--25237210	69	3.4	69	91	1	364	19	23	17	40	1.91
25239772--25239816	20	2.1	22	84	12	58	13	11	8	66	1.44
25244016--25244077	30	2.1	30	87	0	88	48	9	8	33	1.65
25260581--25260612	15	2.1	15	94	0	55	15	18	12	53	1.73
25265755--25265835	28	2.9	29	78	7	96	34	17	23	24	1.96
25266153--25266336	27	6.8	27	78	9	151	19	20	20	39	1.92
25266172--25266336	54	3.1	53	77	10	172	18	21	20	40	1.92
25266183--25266336	82	1.9	82	83	5	204	18	21	20	39	1.92
25272087--25272185	28	3.6	27	84	11	112	28	28	12	31	1.92
25276445--25276517	28	2.6	28	86	0	101	32	26	19	21	1.97
25281847--25281876	4	7.5	4	92	0	51	76	0	20	3	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25291171--25291253	42	2.0	43	87	2	123	26	20	2	50	1.60
25292381--25292420	20	2.1	19	95	4	71	0	22	0	77	0.77
25292381--25292416	16	2.4	14	90	9	54	0	22	0	77	0.76
25297049--25297489	51	8.7	50	76	6	313	28	15	26	29	1.96
25297050--25297491	102	4.4	101	81	7	452	28	15	26	29	1.96
25303722--25303985	40	6.6	40	92	2	397	25	20	27	26	1.99
25310748--25311085	40	8.6	40	87	5	431	24	20	28	26	1.99
25317551--25317923	105	3.6	105	94	1	642	30	30	20	19	1.97
25318251--25318314	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
25318258--25318314	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
25323064--25323124	31	2.0	31	93	0	104	29	13	26	31	1.93
25333632--25333731	39	2.6	39	80	1	121	39	4	9	48	1.54
25337961--25338004	22	2.0	22	81	0	52	59	0	0	40	0.98
25357981--25358311	50	6.6	50	80	3	346	21	27	21	29	1.98
25357981--25358306	150	2.2	149	83	3	388	21	27	21	29	1.99
25361903--25361944	5	8.4	5	80	19	52	42	0	16	40	1.48
25361903--25361944	16	2.8	15	80	20	52	42	0	16	40	1.48
25362275--25362360	41	2.1	41	88	0	127	18	22	27	31	1.97
25369348--25369380	17	1.9	17	93	0	57	21	9	12	57	1.62
25374536--25374571	11	3.0	13	80	19	51	30	0	0	69	0.89
25374695--25374756	30	2.1	30	93	6	108	56	14	3	25	1.53
25382417--25382484	35	1.9	35	90	0	109	27	13	14	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25387241--25387363	43	2.9	43	75	12	119	35	24	17	22	1.95
25387241--25387363	44	2.9	44	75	17	123	35	24	17	22	1.95
25387371--25387420	26	1.9	26	95	0	91	30	34	18	18	1.94
25387394--25387504	41	2.7	42	86	6	147	23	26	18	32	1.97
25394911--25395023	41	2.7	42	78	9	124	28	23	15	32	1.95
25402221--25403022	148	5.4	150	88	4	1187	31	9	6	52	1.59
25402221--25403022	297	2.7	294	89	5	1200	31	9	6	52	1.59
25403839--25403876	18	2.1	19	85	5	51	18	2	5	73	1.14
25417851--25417901	17	3.2	16	86	8	77	11	0	15	72	1.12
25419785--25419832	21	2.3	21	85	7	62	29	18	10	41	1.84
25424415--25424967	50	11.0	50	73	1	442	22	20	24	32	1.98
25424415--25424987	100	5.7	100	88	1	817	22	20	24	31	1.98
25425191--25425285	44	2.2	44	88	3	138	31	24	18	25	1.98
25425233--25425908	132	5.1	132	86	2	919	28	24	18	28	1.98
25425714--25425924	44	4.8	44	71	4	156	27	25	18	29	1.98
25425904--25426222	45	7.2	45	73	6	254	27	24	18	29	1.98
25425904--25426222	89	3.6	89	73	2	300	27	24	18	29	1.98
25427509--25427559	7	7.3	7	80	14	61	13	13	0	72	1.12
25427509--25427550	13	3.2	13	89	3	57	11	14	0	73	1.09
25428429--25428549	12	9.8	12	76	7	55	10	9	5	73	1.24
25428522--25428549	6	4.7	6	100	0	56	14	0	14	71	1.15
25429328--25429384	25	2.2	25	84	9	71	54	5	17	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25439027--25439081	26	2.1	27	83	12	80	30	14	3	50	1.60
25440842--25440914	30	2.5	29	82	6	85	60	0	0	39	0.97
25440902--25441003	19	5.5	18	73	14	66	65	1	2	29	1.18
25440904--25441002	38	2.7	37	77	13	107	65	2	3	29	1.18
25440818--25441004	9	20.0	9	69	20	64	63	1	2	32	1.16
25441168--25441278	9	11.7	10	70	22	62	28	3	0	67	1.07
25441201--25441241	19	2.3	18	87	8	57	26	0	0	73	0.84
25441199--25441278	17	4.4	18	72	26	62	27	2	0	70	1.01
25441227--25441277	26	2.0	26	84	3	68	29	3	0	66	1.09
25441171--25441280	30	3.9	29	73	16	95	29	3	0	67	1.08
25441717--25441768	25	2.1	25	100	0	104	26	15	11	46	1.80
25443133--25443163	6	5.2	6	96	0	53	19	45	16	19	1.86
25443354--25443389	19	1.9	19	88	5	56	55	8	11	25	1.62
25445544--25445790	50	4.8	50	79	4	219	24	26	20	28	1.99
25445593--25445778	100	1.8	103	83	6	252	24	27	20	27	1.99
25463703--25463893	50	3.8	50	78	4	172	21	26	22	28	1.99
25465236--25465267	5	6.4	5	100	0	64	43	0	0	56	0.99
25467205--25467234	10	3.0	10	95	0	51	50	43	0	6	1.28
25476466--25477556	89	12.3	90	83	4	576	27	24	19	29	1.98
25476497--25476631	45	2.9	46	67	14	107	24	21	22	31	1.98
25476506--25476641	46	3.0	46	67	10	116	25	19	22	33	1.97
25476593--25477560	89	10.9	89	87	1	1309	27	24	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25476593--25477560	177	5.5	177	86	2	1300	27	24	18	29	1.98
25476895--25477292	44	9.0	43	65	11	167	27	25	17	29	1.98
25476593--25477560	266	3.6	265	87	2	1304	27	24	18	29	1.98
25478430--25478480	26	2.0	26	92	0	84	54	15	17	11	1.70
25492106--25492396	56	5.1	51	65	27	149	42	2	4	50	1.34
25492053--25492514	117	3.9	117	96	0	825	42	2	4	49	1.38
25492226--25492259	18	1.9	17	88	5	50	44	0	2	52	1.16
25492329--25492358	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
25492350--25492384	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
25492659--25492708	25	2.0	25	96	0	91	50	26	4	20	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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