genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  83  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25492715--25492767	16	3.3	16	91	0	88	24	33	3	37	1.74
25493946--25493986	19	2.1	20	82	13	50	65	2	9	21	1.34
25497991--25498040	25	2.0	26	88	4	75	34	18	18	30	1.94
25500003--25500047	17	2.6	17	89	0	63	35	8	20	35	1.84
25501524--25501630	37	2.8	39	80	13	127	38	0	5	55	1.30
25501661--25501694	12	2.8	12	83	16	52	50	0	0	50	1.00
25506976--25507103	67	1.9	67	88	3	195	22	22	25	29	1.99
25507412--25507438	7	3.9	7	100	0	54	14	0	11	74	1.08
25510116--25510262	58	2.6	58	93	2	244	37	19	8	35	1.81
25513720--25513778	24	2.5	24	76	15	61	37	16	20	25	1.93
25513745--25513790	24	1.9	24	86	0	65	30	21	19	28	1.98
25514934--25514987	19	2.8	19	78	13	65	57	1	0	40	1.09
25514963--25514996	17	2.0	17	88	11	52	64	0	0	35	0.94
25515749--25515838	27	3.4	26	84	7	110	18	30	18	32	1.96
25515764--25515928	54	3.1	54	80	3	179	20	28	18	32	1.97
25515764--25515919	27	5.8	27	80	0	150	19	28	19	32	1.96
25515764--25515919	81	1.9	81	82	0	195	19	28	19	32	1.96
25518333--25518416	40	2.1	40	80	10	91	34	22	22	20	1.97
25518349--25518445	40	2.5	37	77	14	104	40	23	18	17	1.91
25518523--25518756	41	5.8	41	84	2	278	22	23	24	29	1.99
25520271--25520333	20	3.1	20	77	11	74	50	0	4	44	1.23
25520274--25520333	10	5.8	10	78	11	59	48	0	5	46	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25525604--25525829	43	5.3	43	86	0	236	20	18	32	28	1.96
25525923--25525966	22	2.0	22	90	0	70	45	27	18	9	1.79
25535578--25535619	21	2.0	21	81	9	50	76	2	0	21	0.90
25535678--25535749	22	3.4	21	79	11	85	73	0	2	23	0.96
25536271--25536345	19	3.8	19	87	6	105	37	16	9	37	1.80
25536282--25536344	21	3.1	21	90	9	112	38	14	9	38	1.78
25536274--25536355	19	4.3	18	86	8	67	37	15	10	35	1.83
25536628--25536879	128	2.0	129	81	5	305	29	21	19	29	1.97
25537163--25537800	44	14.5	44	76	6	569	30	26	15	28	1.96
25537171--25537678	132	3.8	132	89	2	752	29	26	15	28	1.96
25537252--25537800	220	2.5	219	84	2	656	30	26	15	28	1.96
25543520--25543568	26	1.9	25	84	12	64	59	6	2	32	1.34
25543520--25543591	22	3.0	23	73	17	67	62	5	1	30	1.26
25543657--25543734	23	3.4	22	82	7	93	73	1	3	21	1.07
25544228--25544302	19	3.8	19	87	6	105	37	16	9	37	1.80
25544239--25544301	21	3.1	21	90	9	112	38	14	9	38	1.78
25544231--25544312	19	4.3	18	86	8	67	37	15	10	35	1.83
25545786--25545870	9	9.4	9	79	5	100	43	20	8	28	1.80
25556684--25556732	25	2.0	25	91	0	80	38	22	20	18	1.93
25561137--25561188	21	2.4	22	81	12	63	48	25	5	21	1.72
25564630--25564662	15	2.3	15	89	5	50	39	0	3	57	1.14
25565247--25565291	19	2.4	19	81	7	56	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25566419--25566470	21	2.4	22	84	12	63	71	15	5	7	1.29
25566423--25566470	24	2.0	24	88	4	71	70	16	6	6	1.28
25566977--25567026	26	1.9	25	84	8	64	26	12	2	60	1.43
25567101--25567138	11	3.5	11	92	0	67	47	0	28	23	1.52
25573146--25573205	31	1.9	32	82	3	77	53	0	28	18	1.45
25575123--25575149	13	2.1	13	100	0	54	22	0	14	62	1.31
25577250--25577291	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
25580973--25581018	24	1.9	24	86	0	65	47	15	26	10	1.78
25589155--25589272	45	2.6	45	78	13	120	27	18	25	27	1.98
25589158--25589715	44	12.8	45	70	16	146	28	19	24	27	1.99
25589249--25589759	44	11.8	44	71	13	195	28	20	23	27	1.99
25589062--25589839	217	3.6	217	90	2	1188	28	20	23	27	1.99
25590104--25590142	15	2.6	15	100	0	78	38	28	15	17	1.91
25592908--25592959	25	2.1	25	86	10	72	55	0	0	44	0.99
25596653--25596713	32	1.9	32	93	3	106	34	21	1	42	1.63
25599108--25599232	41	3.0	41	88	4	189	19	28	18	34	1.95
25600880--25601066	51	3.7	50	75	16	179	25	16	25	32	1.96
25606481--25606648	51	3.3	50	73	5	151	23	17	28	30	1.97
25606658--25606746	45	2.0	45	90	0	142	25	14	24	34	1.94
25625254--25625508	39	6.5	39	84	8	308	31	3	20	44	1.69
25625256--25625508	117	2.2	117	87	3	357	31	3	19	45	1.69
25625252--25625509	78	3.3	78	87	4	360	31	3	20	44	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25636182--25636522	29	11.7	29	83	2	342	39	14	24	21	1.91
25645163--25645220	25	2.4	25	83	11	75	62	1	1	34	1.16
25646051--25646084	16	2.2	15	89	5	50	52	2	0	44	1.16
25661521--25661560	22	2.0	20	85	14	55	55	20	2	22	1.56
25662277--25662376	43	2.3	43	94	0	173	36	27	16	21	1.94
25670453--25670606	43	3.6	43	79	5	168	33	26	18	20	1.96
25670448--25670606	86	1.8	86	86	0	228	33	27	18	20	1.96
25675484--25675544	30	2.0	30	84	6	79	13	34	31	21	1.91
25682454--25682484	13	2.4	13	94	0	53	58	12	3	25	1.50
25685460--25685518	4	14.8	4	100	0	118	49	25	0	25	1.51
25699016--25699065	22	2.3	22	85	0	64	20	10	8	62	1.52
25702942--25702995	28	1.9	28	85	7	74	64	3	0	31	1.11
25702962--25703004	21	2.1	20	82	4	50	65	2	0	32	1.06
25702961--25703020	18	3.3	18	79	9	61	65	1	0	33	1.03
25704522--25704681	42	3.8	43	89	2	243	33	28	18	19	1.96
25705662--25705746	40	2.1	40	86	4	118	51	14	5	28	1.65
25705753--25706098	86	4.0	85	83	5	270	41	16	9	32	1.81
25709849--25709930	10	7.7	11	83	15	93	42	6	0	51	1.26
25709849--25709941	22	4.6	21	85	11	115	41	6	0	51	1.27
25710448--25710638	14	13.4	14	68	13	86	45	32	2	19	1.62
25710448--25710489	21	2.0	20	90	4	66	47	35	2	14	1.57
25710527--25710638	7	15.7	7	70	10	57	48	29	1	20	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25710449--25710489	20	2.0	22	90	4	50	48	34	2	14	1.57
25710820--25710984	41	4.1	40	89	3	258	29	29	20	21	1.98
25710814--25710981	82	2.0	82	93	2	284	30	27	19	22	1.98
25711782--25711832	13	3.8	13	75	17	50	68	1	3	25	1.17
25721422--25721465	22	2.0	22	86	0	61	29	0	27	43	1.55
25721464--25721510	23	2.0	23	87	0	67	38	0	27	34	1.57
25722448--25722478	5	6.2	5	92	0	53	41	16	19	22	1.89
25723228--25723287	30	2.0	31	83	9	79	43	0	36	20	1.52
25723401--25723460	30	2.0	30	83	0	75	38	0	38	23	1.55
25725093--25725128	18	2.0	18	100	0	72	72	5	11	11	1.28
25728381--25728416	12	2.9	12	95	4	63	8	47	19	25	1.77
25730462--25730502	21	1.9	22	85	5	57	46	12	0	41	1.41
25735456--25735481	13	2.0	13	100	0	52	30	30	0	38	1.58
25742300--25742529	115	2.0	115	99	0	451	35	11	23	30	1.90
25748603--25748652	11	4.9	10	83	11	66	22	2	4	72	1.12
25748603--25748653	10	5.0	10	79	13	59	21	1	3	72	1.11
25748598--25748643	22	2.1	22	100	0	92	21	4	4	69	1.24
25748824--25748964	44	3.2	43	79	8	115	26	4	31	37	1.76
25748859--25748968	44	2.5	44	83	4	132	30	4	30	34	1.78
25749846--25749890	20	2.2	20	84	7	56	51	11	6	31	1.63
25765721--25765753	6	5.7	6	85	7	50	51	12	18	18	1.76
25777677--25777838	40	4.1	39	80	5	157	33	21	16	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25779132--25779174	21	2.0	21	86	0	59	27	11	13	46	1.78
25782402--25782453	26	2.0	26	88	11	79	17	9	15	57	1.64
25782411--25782453	11	3.2	14	78	21	56	18	11	13	55	1.68
25786082--25786163	27	3.1	27	87	5	105	36	10	28	24	1.89
25786086--25786173	27	3.2	28	87	6	103	32	11	30	25	1.91
25798100--25798252	69	2.2	69	95	0	270	38	20	19	21	1.93
25798392--25798444	27	2.0	27	92	0	88	37	15	24	22	1.92
25800830--25800951	42	2.9	43	82	11	160	32	27	19	19	1.96
25802866--25802908	18	2.4	18	80	3	52	34	20	18	25	1.96
25804794--25804872	27	2.9	27	82	0	104	35	30	18	15	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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