genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  91  of  216  ( 25871 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28069178--28069284	1	107.0	1	67	0	61	7	1	6	84	0.85
28069178--28069286	13	8.6	12	78	16	89	7	1	7	83	0.88
28069202--28069281	11	6.9	11	80	19	76	10	0	6	83	0.80
28069178--28069284	21	5.2	20	78	10	85	7	1	6	84	0.85
28069201--28069283	7	11.9	7	80	12	91	9	0	6	84	0.78
28074847--28074884	19	2.1	19	90	5	60	63	2	5	28	1.30
28074891--28074927	8	4.6	8	100	0	74	86	0	0	13	0.57
28075708--28075732	9	2.8	9	100	0	50	88	0	12	0	0.53
28080736--28080766	15	2.1	15	93	0	53	9	12	0	77	0.99
28082065--28082126	28	2.2	28	91	0	106	41	22	20	14	1.89
28082285--28082349	27	2.4	27	89	2	96	35	24	21	18	1.96
28082587--28082744	54	2.9	53	74	10	149	31	11	21	36	1.89
28082654--28082746	27	3.4	27	74	2	89	31	10	20	37	1.87
28084816--28084841	13	2.0	13	100	0	52	23	30	7	38	1.83
28087890--28087959	25	2.8	25	80	6	88	24	21	24	30	1.99
28097673--28097852	42	4.3	42	77	11	181	35	25	15	23	1.94
28097665--28097828	85	1.9	84	86	6	233	34	25	16	23	1.95
28097833--28097885	26	2.0	26	92	7	90	26	32	20	20	1.98
28098223--28098284	30	2.1	30	84	0	79	33	22	8	35	1.84
28102298--28102367	33	2.1	34	84	10	92	31	21	22	24	1.98
28102337--28102395	28	2.1	28	90	0	91	28	22	23	25	1.99
28102330--28102387	28	2.1	27	90	3	89	29	22	24	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28102503--28102569	26	2.6	26	80	4	82	29	28	25	16	1.97
28102740--28103285	27	20.3	27	78	6	484	16	16	19	47	1.83
28110248--28110326	28	2.8	28	92	0	122	27	25	24	22	2.00
28110620--28110924	54	5.7	54	80	7	313	17	16	20	45	1.85
28110623--28110917	81	3.6	82	82	7	354	16	16	20	46	1.85
28110620--28110924	27	11.3	27	77	13	195	17	16	20	45	1.85
28115218--28115282	28	2.3	27	79	7	67	33	23	24	18	1.96
28115388--28115439	26	2.0	26	84	0	68	34	19	25	21	1.96
28115482--28115558	32	2.4	32	77	14	79	32	22	23	22	1.98
28115509--28115784	32	8.6	32	79	4	238	36	23	20	20	1.95
28115518--28115784	96	2.8	96	80	6	292	37	23	19	19	1.95
28116062--28116450	27	14.5	27	82	4	394	26	21	17	34	1.95
28116276--28116489	27	8.0	28	78	10	128	24	19	17	38	1.93
28125455--28125484	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
28129750--28129784	17	2.0	18	88	5	54	60	2	5	31	1.35
28135395--28135585	40	4.8	40	81	3	208	33	28	21	16	1.95
28135395--28135584	80	2.4	78	84	3	229	33	28	22	16	1.95
28146053--28146362	40	7.8	40	87	0	408	37	30	18	14	1.91
28157837--28157895	30	2.0	30	93	0	100	15	37	28	18	1.91
28158867--28158953	43	2.0	43	88	0	129	26	19	1	52	1.53
28159419--28159443	8	3.1	8	100	0	50	36	40	12	12	1.79
28160170--28160204	12	3.0	12	87	4	54	28	8	0	62	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28166854--28166901	23	2.1	23	92	0	78	25	4	16	54	1.60
28167011--28167200	94	2.0	95	97	1	364	44	6	9	39	1.64
28175847--28176113	51	5.3	49	77	7	198	26	14	27	31	1.95
28175881--28176156	101	2.7	101	82	4	324	27	15	26	31	1.95
28181854--28182410	138	4.0	138	86	1	787	45	5	8	40	1.58
28182388--28182549	75	2.1	77	82	3	195	30	13	8	48	1.71
28189351--28189402	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
28194500--28194569	25	2.8	25	84	0	95	22	22	21	32	1.98
28207733--28207766	6	5.7	6	89	0	50	76	11	0	11	1.02
28207726--28207770	12	3.9	12	85	5	58	77	11	0	11	0.99
28207727--28207787	21	2.8	21	80	9	52	80	8	3	8	1.01
28209120--28209531	87	4.7	87	92	0	691	29	22	24	23	1.99
28209526--28209851	128	2.5	128	94	0	580	31	19	24	24	1.98
28217272--28217306	10	3.4	10	84	7	52	51	0	0	48	1.00
28217695--28217736	20	2.1	20	86	0	57	40	7	0	52	1.29
28218061--28218098	7	5.4	7	100	0	76	73	0	0	26	0.83
28218416--28218469	4	13.5	4	88	0	81	48	25	1	24	1.61
28218902--28218942	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
28227058--28227130	33	2.2	33	82	0	83	27	21	23	27	1.99
28227231--28227298	26	2.6	26	81	6	84	33	23	20	22	1.97
28235728--28235778	17	3.1	17	74	23	54	7	25	0	66	1.18
28240855--28241019	50	3.3	49	78	3	177	22	17	23	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28240860--28241048	100	1.9	100	86	2	272	24	18	22	34	1.96
28241146--28241417	44	6.1	44	75	10	246	27	20	19	33	1.96
28241095--28241360	139	1.9	141	89	2	419	28	19	18	33	1.96
28241282--28241406	42	2.9	42	85	4	153	28	20	19	32	1.96
28241146--28241519	183	2.0	182	89	3	563	27	21	18	32	1.96
28241620--28242040	87	4.9	87	90	0	637	24	24	22	28	1.99
28241842--28241978	42	3.2	42	65	17	109	23	21	25	29	1.99
28244167--28244226	27	2.2	26	80	8	66	10	5	10	75	1.19
28247317--28247866	45	11.7	47	89	4	828	28	30	8	32	1.87
28247317--28247866	141	3.9	140	90	4	826	28	30	8	32	1.87
28247672--28247745	22	3.3	22	64	17	62	28	31	10	29	1.91
28247317--28247866	235	2.4	234	93	2	926	28	30	8	32	1.87
28249400--28249424	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
28251586--28251848	40	6.6	40	87	0	364	26	28	20	23	1.99
28251586--28251848	120	2.2	120	90	0	409	26	28	20	23	1.99
28253310--28253857	47	11.7	47	89	4	817	28	29	8	32	1.87
28253310--28253857	139	3.9	138	89	4	807	28	29	8	32	1.87
28253497--28253575	25	3.3	25	69	16	85	32	29	3	34	1.75
28253663--28253736	22	3.3	22	64	17	62	28	31	10	29	1.91
28253737--28253858	25	5.1	25	63	18	71	31	28	7	32	1.85
28255398--28255422	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
28258484--28258510	11	2.5	11	100	0	54	37	11	33	18	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28259762--28259812	6	8.5	6	100	0	102	84	0	0	15	0.63
28262539--28262569	15	2.0	16	93	6	55	70	12	6	9	1.31
28268454--28268800	173	2.0	173	94	0	604	31	21	10	36	1.87
28286689--28286756	27	2.5	27	79	11	75	50	1	1	47	1.19
28291850--28291879	15	1.9	16	93	6	53	50	10	0	40	1.36
28293950--28294200	28	8.9	28	82	2	263	23	15	21	39	1.92
28295440--28295483	22	2.0	23	86	4	63	11	18	2	68	1.30
28298690--28298880	51	3.8	51	78	8	228	30	27	16	25	1.96
28298688--28298872	101	1.8	102	89	3	293	31	27	16	24	1.97
28319175--28319437	40	6.6	40	86	3	307	26	28	20	24	1.99
28327113--28327375	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
28330825--28335597	647	7.3	647	90	4	7313	30	14	19	35	1.92
28342512--28342641	40	3.3	40	81	4	165	23	20	26	28	1.99
28343097--28345391	647	3.6	647	94	0	3857	30	15	20	34	1.93
28347087--28347121	17	2.1	17	94	0	61	62	5	5	25	1.40
28349123--28349177	15	3.8	14	80	7	65	74	1	21	1	1.01
28353564--28363117	647	14.8	647	94	0	16110	30	14	20	34	1.93
28386852--28386930	37	2.1	37	86	4	106	25	29	18	26	1.98
28387049--28387728	47	14.5	47	96	0	1162	29	29	8	32	1.87
28396285--28396310	4	6.5	4	100	0	52	0	23	0	76	0.78
28410082--28410110	13	2.2	13	100	0	58	37	31	17	13	1.89
28412158--28412198	13	3.2	13	86	10	57	0	21	0	78	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28414748--28414943	57	3.7	54	85	6	233	21	18	14	44	1.85
28418285--28418351	35	1.9	35	100	0	134	38	2	7	50	1.46
28423578--28423644	28	2.4	28	87	0	89	26	19	26	26	1.99
28426171--28426202	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
28436142--28436184	11	3.8	11	80	17	52	32	2	0	65	1.06
28439699--28439723	9	2.8	9	100	0	50	68	0	0	32	0.90
28442635--28442732	33	2.9	33	84	7	108	36	22	10	30	1.87
28442947--28443184	41	5.8	41	92	3	381	27	22	21	28	1.99
28448400--28448477	36	2.1	37	95	2	140	37	3	1	57	1.25
28448683--28448736	21	2.6	21	100	0	108	59	0	3	37	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216