genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  84  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25805719--25805750	7	4.6	7	100	0	64	46	37	0	15	1.46
25816582--25816639	31	1.9	31	85	3	82	34	10	8	46	1.69
25824356--25824490	48	2.8	47	82	4	162	31	18	16	34	1.93
25828115--25828169	28	2.0	28	92	0	92	30	12	32	23	1.92
25832021--25832117	43	2.3	43	79	0	104	30	14	24	29	1.95
25832043--25832144	43	2.4	42	85	3	134	28	10	27	33	1.90
25836978--25837145	54	3.1	52	78	12	171	38	13	24	23	1.91
25839145--25839255	43	2.6	43	78	2	134	43	20	16	19	1.88
25847680--25847719	5	8.0	5	100	0	80	60	0	0	40	0.97
25856364--25856418	26	2.2	25	93	6	94	32	1	30	34	1.69
25867983--25868055	36	2.0	36	97	0	137	45	13	6	34	1.71
25873636--25873664	10	2.9	10	100	0	58	72	0	10	17	1.11
25886224--25886286	27	2.4	27	89	2	92	58	1	6	33	1.33
25886305--25886344	21	1.9	21	84	0	53	55	2	10	32	1.47
25892015--25892322	50	6.2	50	77	0	265	23	20	22	33	1.97
25891891--25892310	100	4.3	100	83	2	431	25	21	21	30	1.99
25891982--25892322	100	3.4	100	86	0	457	24	21	22	32	1.98
25899716--25899778	27	2.4	27	89	2	92	58	1	6	33	1.33
25899797--25899836	21	1.9	21	84	0	53	55	2	10	32	1.47
25899851--25899886	19	1.9	19	88	5	56	72	0	2	25	0.98
25908582--25908651	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
25908582--25908676	28	3.4	28	89	2	129	32	28	12	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25914312--25914485	27	6.4	27	82	4	170	29	27	14	28	1.96
25919964--25920033	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
25919964--25920058	28	3.4	28	89	2	129	32	28	12	26	1.93
25947954--25947993	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
25948018--25948075	6	9.2	6	78	10	53	74	3	6	15	1.17
25951034--25951132	47	2.1	47	92	0	162	26	21	17	35	1.95
25953164--25953215	21	2.5	20	76	14	52	9	13	1	75	1.14
25953267--25953300	14	2.5	14	90	4	52	32	8	5	52	1.56
25955623--25956041	87	4.8	88	83	2	461	28	24	25	22	1.99
25956029--25956298	129	2.1	129	93	0	468	28	19	26	25	1.99
25956879--25956903	13	1.9	13	100	0	50	40	8	24	28	1.83
25962999--25963049	10	5.1	10	77	17	52	31	15	27	25	1.96
25963001--25963051	20	2.5	21	84	15	72	29	17	27	25	1.98
25965447--25965493	24	1.9	25	86	4	69	12	6	29	51	1.65
25965675--25965865	96	2.0	96	86	2	267	25	20	16	37	1.93
25965679--25965865	32	5.8	32	82	3	216	25	20	16	36	1.94
25981105--25981145	20	2.0	20	95	0	73	41	29	4	24	1.75
25981386--25981468	25	3.3	25	87	0	130	15	36	28	19	1.93
25985859--25986042	51	3.6	51	80	6	187	31	24	14	29	1.94
25991949--25992105	82	1.9	82	83	5	201	27	16	27	28	1.97
25991948--25992126	55	3.3	54	79	10	195	26	16	27	29	1.97
25991949--25992105	27	5.7	27	79	5	154	27	16	27	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25991941--25992126	27	6.8	27	74	10	101	26	16	27	29	1.97
25991941--25992126	82	2.3	82	76	3	196	26	16	27	29	1.97
25999853--26000008	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
25999852--26000005	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
25999853--26000008	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
25999845--26000029	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
25999845--26000029	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
26004382--26004574	51	3.8	50	81	8	221	30	23	15	30	1.95
26004488--26004570	26	3.2	26	64	21	66	32	24	12	31	1.91
26004382--26004574	101	1.9	102	86	3	273	30	23	15	30	1.95
26006025--26006194	27	6.3	27	88	0	250	31	24	10	34	1.88
26016118--26016313	30	6.6	30	74	9	150	40	12	26	20	1.88
26016243--26016313	29	2.4	30	90	2	108	42	11	29	16	1.83
26016148--26016356	89	2.3	90	79	7	221	37	13	27	21	1.91
26022899--26023046	75	2.0	75	93	0	251	45	8	12	33	1.73
26023019--26023732	141	5.1	138	88	4	966	41	7	5	45	1.55
26023019--26023727	279	2.5	277	85	8	964	41	7	5	45	1.55
26023598--26023624	13	2.1	13	100	0	54	40	7	0	51	1.30
26030484--26030571	43	2.0	43	95	0	158	35	14	3	46	1.62
26031815--26031890	9	8.4	9	81	11	77	42	19	7	30	1.80
26031815--26031888	27	2.7	28	89	6	125	43	20	8	28	1.80
26034665--26034809	20	7.2	20	63	6	78	32	17	32	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26034662--26034849	40	4.7	40	88	0	250	35	17	29	17	1.93
26042104--26042241	40	3.4	40	82	3	152	36	13	28	22	1.91
26042117--26042182	20	3.3	20	66	8	53	39	15	30	15	1.88
26044074--26044137	18	3.3	18	89	10	92	0	17	14	68	1.21
26044690--26044754	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
26050795--26050866	33	2.2	33	82	5	83	27	43	1	27	1.64
26051369--26051693	117	2.8	116	91	1	524	44	23	9	22	1.82
26054308--26054378	36	1.9	37	94	2	126	42	14	8	35	1.75
26056280--26056346	32	2.1	32	100	0	134	34	8	14	41	1.78
26062598--26062640	19	2.3	18	84	4	50	51	4	6	37	1.50
26068041--26068312	55	4.9	55	79	7	280	27	26	11	34	1.91
26068029--26068312	28	10.2	27	81	8	209	26	26	11	35	1.91
26068132--26068305	84	2.1	83	85	1	231	27	29	11	31	1.91
26074597--26074627	12	2.6	12	94	0	53	6	22	41	29	1.78
26081648--26081739	26	3.6	25	74	10	78	39	28	13	19	1.89
26081672--26081754	25	3.2	25	81	5	94	42	30	9	18	1.82
26086992--26087325	28	12.0	28	80	2	341	26	27	12	34	1.92
26086999--26087326	84	3.9	83	81	3	381	25	27	12	34	1.92
26087005--26087322	167	1.9	166	86	0	456	26	27	12	34	1.92
26090200--26090234	10	3.6	10	92	3	54	62	5	0	31	1.18
26091329--26091382	19	2.9	17	77	17	54	11	3	5	79	1.02
26097291--26097322	16	1.9	17	93	6	57	9	15	0	75	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26100337--26100428	43	2.1	43	100	0	184	57	10	8	22	1.60
26100760--26101059	24	12.8	24	68	14	135	55	5	5	34	1.44
26100848--26101029	70	2.6	69	72	7	161	56	6	5	31	1.47
26101820--26101889	19	3.6	19	82	1	95	12	34	4	48	1.61
26104128--26104167	21	1.9	21	89	0	62	37	27	20	15	1.92
26104976--26105118	38	3.7	38	82	2	146	32	25	23	18	1.97
26105052--26105195	39	3.7	38	84	0	162	31	27	22	19	1.98
26105822--26106056	42	5.6	41	79	7	213	27	17	21	33	1.96
26106257--26106287	7	4.3	7	95	4	53	58	0	12	29	1.35
26106257--26106297	14	2.8	15	85	7	57	58	0	14	26	1.37
26106460--26106510	21	2.4	21	90	0	75	1	45	19	33	1.62
26106395--26106554	87	1.8	87	84	0	212	15	28	18	38	1.90
26112076--26112115	16	2.5	16	88	8	55	30	0	17	52	1.45
26112072--26112188	41	2.9	41	80	5	137	30	2	19	47	1.63
26112095--26112165	25	2.8	25	78	16	76	32	2	21	43	1.67
26112132--26112197	25	2.6	25	90	4	98	27	3	19	50	1.63
26112120--26112210	16	5.6	16	76	14	71	29	2	21	46	1.64
26112132--26112210	25	3.2	25	87	0	86	29	2	20	48	1.63
26112010--26112206	66	3.0	66	83	3	218	31	4	19	44	1.69
26112200--26112250	20	2.5	20	87	0	75	33	3	11	50	1.57
26115219--26115258	7	5.7	7	88	5	55	32	55	0	12	1.38
26115219--26115262	14	3.1	14	90	6	63	34	50	0	15	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26115496--26115541	22	2.1	22	84	11	60	34	36	0	28	1.58
26126171--26126206	19	1.9	19	88	5	56	58	5	5	30	1.44
26126270--26126330	27	2.1	30	85	8	83	60	0	4	34	1.18
26131721--26131802	41	2.0	41	95	0	146	50	12	7	30	1.67
26136498--26136611	45	2.5	45	90	2	167	17	15	22	43	1.87
26138422--26138466	21	2.1	21	83	4	54	11	20	31	37	1.87
26140117--26140184	25	2.7	25	86	0	100	32	16	26	25	1.96
26153705--26153733	14	2.1	14	100	0	58	44	6	13	34	1.71
26155222--26155254	16	2.0	17	88	5	50	27	6	18	48	1.71
26156885--26156948	20	3.2	20	65	20	53	15	32	17	34	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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