genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  1  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4988--5014	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
6230--6526	86	3.4	84	80	7	285	30	23	22	23	1.99
6611--6866	46	5.8	46	74	9	201	29	20	23	26	1.99
6568--6906	46	7.8	44	73	9	194	30	19	22	27	1.98
6489--6872	174	2.2	170	88	4	558	30	19	22	27	1.98
6573--6911	87	3.9	87	74	8	292	29	20	22	27	1.98
6657--6910	131	2.0	128	81	6	298	28	19	24	27	1.99
7198--7230	15	2.2	15	89	10	50	42	45	6	6	1.53
8399--8431	14	2.4	14	90	5	50	30	0	0	69	0.88
18217--18258	12	3.1	14	83	16	61	35	0	0	64	0.94
21770--21806	16	2.3	16	100	0	74	27	5	29	37	1.79
54187--54246	29	2.1	29	100	0	120	35	3	20	41	1.68
60819--60932	56	2.0	56	100	0	228	21	14	10	53	1.71
69133--69173	22	1.9	22	85	14	59	24	2	0	73	0.96
70724--70759	19	1.9	19	88	5	56	5	38	0	55	1.23
77165--77209	18	2.6	17	79	6	54	33	8	6	51	1.59
84764--84828	18	3.6	18	67	32	57	38	4	3	53	1.37
92980--93007	14	2.0	14	100	0	56	42	14	28	14	1.84
101001--101056	27	2.1	27	100	0	112	32	26	10	30	1.90
122589--122633	2	23.0	2	95	4	83	48	0	51	0	1.00
123458--123505	21	2.5	18	77	12	51	50	0	4	45	1.21
125766--125835	29	2.5	29	93	4	117	48	8	14	28	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126190--126224	15	2.2	16	90	5	54	42	0	0	57	0.99
140266--140314	18	2.7	18	83	0	62	32	4	30	32	1.77
156014--156080	34	1.9	35	87	3	100	31	10	13	44	1.77
156029--156068	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
156681--156715	15	2.2	16	90	5	54	57	2	0	40	1.14
156697--156746	21	2.3	22	83	10	59	62	2	4	32	1.25
165422--165592	94	1.8	93	83	1	225	32	5	26	35	1.81
174171--174207	18	2.1	18	89	0	56	40	0	2	56	1.13
174257--174329	31	2.4	31	80	14	89	60	1	2	35	1.20
174611--174656	22	2.1	22	95	0	83	45	4	19	30	1.70
181983--182022	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
182586--182644	31	1.9	31	86	6	84	37	8	13	40	1.75
185566--185626	28	2.2	27	82	8	70	54	0	1	44	1.10
192768--192800	16	2.1	16	94	0	57	45	0	24	30	1.53
193385--193410	4	6.5	4	100	0	52	0	50	26	23	1.50
198901--198930	16	1.9	15	93	6	51	13	23	6	56	1.60
202220--202260	20	2.0	22	85	9	59	29	2	0	68	1.03
202217--202281	28	2.4	27	82	5	87	33	1	0	64	1.03
210329--210399	22	3.2	22	61	11	54	42	2	23	30	1.69
210309--210399	45	2.0	45	100	0	182	42	2	24	30	1.66
218980--219020	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
227828--227869	14	3.0	14	80	13	50	42	9	4	42	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227795--227860	34	1.9	34	87	6	98	48	10	4	36	1.58
228608--228650	15	2.9	15	92	0	68	39	16	39	4	1.69
233806--234778	322	3.0	322	99	0	1937	43	13	13	29	1.82
234554--236204	839	2.0	824	80	6	1846	38	14	15	31	1.88
238321--238403	27	2.9	27	74	17	78	44	6	10	38	1.64
244454--244494	19	2.1	20	86	4	57	29	7	4	58	1.46
244467--244512	22	2.2	21	85	11	60	32	6	2	58	1.36
252693--252747	30	1.9	28	85	10	76	36	3	7	52	1.47
253088--253158	33	2.2	33	82	10	83	38	0	1	60	1.06
257368--257403	16	2.1	16	90	10	54	55	0	0	44	0.99
279725--279763	19	2.0	20	85	5	53	56	0	5	38	1.22
279724--279804	41	2.0	40	87	7	117	49	1	3	45	1.27
279765--279803	17	2.3	17	90	0	60	46	2	2	48	1.29
279870--279920	17	2.9	17	91	5	66	60	0	5	33	1.21
279870--279910	17	2.4	17	100	0	82	63	0	4	31	1.15
279867--279993	62	2.1	63	83	5	170	54	3	3	38	1.35
279885--280011	62	2.1	62	88	5	195	51	3	3	42	1.33
279867--279971	18	5.4	19	71	17	56	57	1	2	38	1.25
279879--280011	61	2.2	61	89	2	196	51	3	3	42	1.32
284404--284431	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
286079--286120	22	1.9	22	85	9	59	47	7	7	38	1.58
292675--292713	20	2.0	20	85	10	53	38	7	12	41	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293674--293865	59	3.3	58	65	8	145	38	9	11	40	1.75
293618--293865	118	2.1	117	93	0	415	39	8	11	39	1.73
297579--297628	26	1.9	26	91	0	82	50	10	6	34	1.60
310953--311001	24	2.0	24	100	0	98	59	0	0	40	0.98
335971--336017	19	2.4	19	82	10	51	63	0	2	34	1.06
337261--337306	22	2.1	22	84	15	60	10	10	0	78	0.97
342591--342625	17	2.1	17	88	0	52	57	8	0	34	1.29
347773--347838	29	2.3	29	81	0	78	22	16	19	40	1.91
356866--356921	9	6.2	9	97	0	94	21	10	28	39	1.87
362721--362749	7	4.1	7	100	0	58	82	0	0	17	0.66
362912--362951	17	2.5	16	88	8	55	42	0	2	55	1.13
363119--363175	19	3.0	19	87	10	73	40	5	0	54	1.23
376871--376996	36	3.5	36	88	0	198	30	22	13	33	1.92
376868--377000	54	2.5	54	80	4	169	31	21	13	33	1.92
376868--377000	18	7.4	18	81	3	151	31	21	13	33	1.92
385848--385899	26	2.0	26	89	10	81	19	5	34	40	1.75
418878--418938	26	2.2	28	85	8	81	72	16	3	8	1.23
427981--428015	18	1.9	18	94	0	61	71	2	0	25	1.00
427987--428025	18	2.2	18	85	0	51	71	5	0	23	1.05
435715--435748	12	2.8	12	90	0	50	5	41	20	32	1.76
437891--437930	2	20.0	2	84	0	53	50	2	0	47	1.14
441753--441811	30	2.0	30	89	0	91	25	33	22	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
450083--450189	26	4.2	26	73	12	105	38	18	20	22	1.94
450072--450180	51	2.1	50	86	5	155	34	19	22	22	1.96
450636--450674	16	2.5	15	84	8	51	38	12	0	48	1.42
456620--456665	20	2.3	20	100	0	92	8	34	19	36	1.83
456641--456741	41	2.5	40	83	4	121	19	24	17	37	1.94
463555--463633	24	3.3	24	89	0	104	31	18	29	20	1.97
469770--469948	33	5.4	33	69	12	96	27	24	16	31	1.96
469768--469983	101	2.1	101	88	0	333	28	25	15	30	1.96
470674--470711	2	19.0	2	94	0	67	0	47	0	52	1.00
488035--488077	3	14.7	3	90	4	70	67	0	2	30	1.03
488465--488529	30	2.2	30	94	0	112	26	30	4	38	1.76
490679--490734	25	2.3	24	82	11	69	44	0	3	51	1.18
493818--493995	98	1.8	96	91	2	293	28	17	19	34	1.95
494103--494209	33	3.3	31	77	12	115	45	12	0	42	1.41
494141--494250	32	3.4	32	71	20	95	45	12	0	41	1.42
494113--494248	67	2.1	64	84	12	170	43	13	0	43	1.43
494252--494324	21	3.5	20	66	5	56	46	24	0	28	1.53
494887--494960	3	24.7	3	80	0	76	55	1	37	5	1.31
503520--503566	20	2.3	20	85	10	69	27	4	0	68	1.08
503562--503627	23	3.0	21	78	12	69	46	1	1	50	1.20
503572--503630	23	2.5	24	81	15	70	47	1	1	49	1.21
503779--503816	19	2.0	20	89	5	60	36	2	0	60	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
511774--511820	23	2.0	23	95	0	85	19	17	31	31	1.94
523204--523252	24	2.1	24	81	11	57	28	8	0	63	1.23
527890--527948	30	2.0	30	90	3	93	35	11	11	40	1.79
536185--536223	21	1.9	20	84	5	51	43	12	5	38	1.65
538336--538383	25	1.9	25	100	0	96	56	14	8	20	1.64
548116--548161	17	2.6	18	77	16	51	34	6	0	58	1.24
554540--554613	31	2.4	31	79	4	78	43	20	10	25	1.84
558826--558929	52	2.0	52	92	0	172	46	9	5	38	1.61
558825--558911	25	3.4	24	69	23	70	45	8	5	40	1.57
568659--568697	21	1.9	21	89	5	62	20	28	15	35	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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