genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8041767--8041874	40	2.7	40	78	4	110	38	15	17	27	1.90
8041952--8042151	41	4.9	41	91	1	303	23	20	27	29	1.98
8042753--8042805	7	7.6	7	83	6	63	15	0	50	33	1.44
8043265--8043615	185	1.9	184	97	0	657	43	7	11	37	1.71
8043713--8043759	23	2.0	24	84	8	62	53	6	10	29	1.60
8044687--8044748	31	2.0	31	100	0	124	12	16	22	48	1.80
8048032--8048073	5	8.4	5	100	0	84	59	0	0	40	0.97
8048127--8048354	43	5.3	43	86	2	298	21	17	29	30	1.96
8048134--8048354	85	2.6	86	86	2	309	21	17	30	30	1.96
8051749--8051790	22	2.0	20	90	9	66	76	2	4	16	1.07
8052459--8052904	40	10.8	40	79	8	428	23	22	22	32	1.98
8052459--8052908	84	5.4	84	84	8	575	22	22	22	32	1.98
8053030--8053252	44	5.2	44	65	20	155	26	23	24	25	2.00
8053074--8053209	42	3.2	43	65	20	113	25	21	26	26	1.99
8053002--8053301	86	3.5	86	93	2	494	25	24	24	26	2.00
8054219--8054274	23	2.4	23	82	5	60	3	12	1	82	0.88
8054718--8054765	8	5.8	8	78	7	51	8	6	2	83	0.88
8056085--8056201	62	1.9	62	92	0	198	32	1	23	42	1.64
8071878--8071911	12	2.8	12	86	0	50	44	0	8	47	1.34
8073391--8073931	132	4.1	132	93	0	875	26	23	18	31	1.97
8073913--8074286	46	8.1	46	92	0	586	29	27	16	27	1.97
8076083--8076152	12	5.5	12	70	12	50	0	27	2	70	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8076084--8076152	26	2.7	26	95	0	120	0	27	2	69	1.02
8085958--8086092	67	2.0	67	98	0	261	41	17	10	30	1.83
8088718--8088912	98	2.0	98	96	0	363	36	24	10	28	1.88
8090370--8090520	19	7.8	19	88	2	221	36	14	9	39	1.80
8090343--8090519	59	3.0	57	85	6	228	38	13	9	38	1.76
8090344--8090519	78	2.2	80	86	4	241	38	13	9	38	1.77
8090696--8091208	44	11.8	44	73	12	332	27	23	19	28	1.99
8090689--8091208	89	6.0	88	70	15	321	27	24	19	28	1.99
8090705--8091294	44	13.7	43	71	11	318	28	23	19	28	1.98
8090686--8091291	217	2.8	217	93	0	1032	28	23	19	28	1.98
8091280--8091667	132	2.9	132	96	0	713	23	26	21	28	1.99
8091386--8091568	44	4.2	44	67	13	142	25	26	19	28	1.98
8091394--8091593	44	4.5	44	67	12	122	24	27	20	28	1.99
8092943--8093011	15	4.7	15	73	7	61	21	2	33	42	1.68
8093456--8093730	148	1.9	148	86	1	399	25	17	21	36	1.95
8093456--8093831	148	2.6	149	79	9	389	25	17	21	36	1.94
8094220--8094328	16	6.9	16	71	17	77	31	14	17	36	1.90
8094226--8094304	14	5.4	14	69	16	61	31	13	18	35	1.91
8095822--8095862	19	2.2	19	95	0	73	41	0	2	56	1.13
8095796--8095849	27	2.1	27	83	12	71	42	1	0	55	1.10
8095918--8095989	21	3.3	21	76	16	74	50	15	0	34	1.44
8095938--8096009	36	2.0	36	89	5	110	50	12	0	37	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8096110--8096217	9	12.1	9	67	23	52	43	17	0	37	1.56
8096110--8096171	11	5.9	11	73	19	53	43	17	1	37	1.59
8096112--8096215	43	2.3	45	80	11	117	43	17	0	38	1.56
8095879--8096166	96	3.0	96	94	1	499	49	15	0	34	1.50
8096164--8096209	14	3.6	14	72	27	57	43	17	0	39	1.49
8096147--8096217	23	3.0	23	95	2	124	42	16	0	40	1.49
8098947--8099005	21	2.8	22	84	5	68	35	18	40	5	1.73
8099322--8099355	14	2.4	14	95	0	59	5	23	23	47	1.73
8104397--8104431	7	5.1	7	93	6	63	57	0	28	14	1.38
8104397--8104434	13	2.8	13	96	4	67	55	0	28	15	1.41
8110168--8110240	27	2.7	27	78	4	76	38	21	21	17	1.93
8110193--8110261	27	2.6	27	86	9	88	40	21	24	13	1.89
8111615--8111672	28	2.1	28	100	0	116	27	6	24	41	1.80
8114164--8114198	15	2.3	15	90	0	52	14	2	0	82	0.77
8114178--8114312	74	1.9	72	89	10	215	21	5	2	70	1.21
8114203--8114312	37	3.1	35	71	18	109	21	5	2	70	1.21
8114221--8114291	28	2.6	27	78	12	81	21	4	4	70	1.22
8128762--8128824	14	4.5	14	72	7	56	22	11	9	57	1.62
8128766--8128883	25	4.6	24	73	15	85	24	14	9	51	1.71
8128809--8128891	12	6.8	12	70	8	60	27	14	8	49	1.72
8128818--8128886	24	2.9	23	82	8	68	27	14	10	47	1.76
8131059--8131154	45	2.1	46	80	3	115	53	3	1	42	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8133244--8133396	39	3.9	39	88	0	216	30	2	21	45	1.66
8133288--8133368	22	3.9	21	65	31	50	29	1	19	49	1.56
8134266--8134332	30	2.2	30	94	2	116	25	8	19	46	1.79
8140117--8140178	27	2.3	27	88	2	90	62	1	0	35	1.05
8141092--8141229	42	3.3	42	78	6	102	15	23	17	43	1.87
8141128--8141230	21	4.9	21	78	3	91	14	24	19	41	1.89
8146930--8146980	26	2.0	26	88	0	75	21	17	21	39	1.93
8146961--8147101	73	1.9	73	82	5	178	19	25	21	33	1.97
8147035--8147139	49	2.1	49	80	3	113	18	26	22	32	1.97
8150534--8150577	18	2.6	17	89	10	72	54	6	18	20	1.66
8150534--8150577	17	2.6	18	85	7	65	54	6	18	20	1.66
8153109--8153263	39	4.0	40	87	4	201	30	4	20	44	1.71
8153889--8154123	113	2.1	112	95	0	416	25	14	17	42	1.86
8159054--8159144	33	2.8	32	80	9	103	46	18	20	14	1.84
8164035--8164288	4	63.5	4	89	1	294	42	26	4	26	1.75
8164690--8164749	21	3.0	21	82	4	70	43	18	23	15	1.87
8176706--8176748	20	2.2	20	87	8	61	41	11	6	39	1.68
8182583--8182620	15	2.5	15	86	0	58	50	5	0	44	1.24
8183003--8183062	31	1.9	32	83	10	79	21	26	20	31	1.98
8183003--8183062	32	1.9	31	83	10	77	21	26	20	31	1.98
8183240--8183298	31	2.0	31	90	6	95	30	10	16	42	1.82
8183237--8183332	31	3.2	28	80	14	79	34	12	14	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8183491--8183549	29	2.0	30	93	3	102	52	6	3	37	1.45
8184016--8184063	20	2.4	20	82	6	62	35	12	6	45	1.67
8187920--8187954	7	5.0	7	89	10	54	0	42	0	57	0.99
8189720--8189802	36	2.3	36	89	4	123	33	14	21	30	1.93
8190381--8190457	36	2.1	36	86	9	104	36	14	18	31	1.90
8189511--8191130	661	2.5	661	97	0	3026	27	14	21	36	1.92
8191042--8191113	36	2.0	36	89	5	110	34	15	20	29	1.93
8191042--8191145	36	2.9	36	82	0	100	30	13	23	32	1.93
8191476--8191578	36	3.0	35	77	6	95	29	11	23	35	1.90
8207532--8207569	18	2.1	19	90	5	60	52	5	21	21	1.66
8212643--8212688	16	2.9	16	90	0	65	32	0	32	34	1.58
8212643--8212696	16	3.4	16	89	0	54	31	0	31	37	1.58
8212675--8212769	45	2.1	44	84	1	118	34	6	25	33	1.81
8212907--8212941	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
8212865--8212937	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
8213051--8213085	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
8213069--8213251	53	3.1	58	67	22	153	49	6	2	42	1.39
8213153--8213205	16	3.4	17	73	21	53	56	0	0	43	0.99
8213040--8213325	119	2.4	120	94	1	486	50	4	2	43	1.36
8213079--8213265	60	3.1	59	66	13	157	49	6	2	41	1.42
8213141--8213324	59	3.1	58	66	12	149	52	3	2	41	1.29
8221460--8221506	19	2.5	20	82	10	62	63	2	19	14	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8226226--8226669	223	2.0	224	95	0	791	39	23	11	24	1.88
8227503--8227567	30	2.2	29	81	8	76	38	10	6	44	1.64
8227510--8227574	30	2.1	31	88	2	96	38	13	4	43	1.65
8227806--8227891	45	1.9	45	100	0	172	32	5	4	56	1.43
8234249--8234299	27	1.9	27	88	4	77	43	0	11	45	1.40
8238839--8238982	42	3.5	41	80	7	159	24	27	20	27	1.99
8238920--8239002	40	2.1	40	84	4	105	26	26	19	27	1.99
8244650--8244764	58	2.0	58	98	0	221	33	20	11	33	1.89
8250049--8250093	21	2.1	22	84	12	58	66	8	11	13	1.44
8250854--8250899	24	1.9	24	86	0	65	36	23	19	19	1.95

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