genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  186  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57572247--57572301	24	2.3	24	84	6	67	38	5	7	49	1.54
57574085--57574132	21	2.3	20	89	3	69	37	18	2	41	1.63
57577772--57577811	7	5.7	7	100	0	80	27	0	0	72	0.85
57579050--57579243	105	1.9	101	86	6	273	31	14	24	28	1.95
57579050--57579266	105	2.1	101	83	6	267	33	15	23	27	1.95
57581534--57581580	21	2.3	20	88	3	67	36	19	4	40	1.71
57584908--57584951	12	3.6	12	81	3	52	45	9	2	43	1.48
57585169--57585218	19	2.7	18	84	6	73	24	4	8	64	1.38
57585420--57585481	23	2.8	23	76	9	67	56	4	0	38	1.21
57588555--57588588	13	2.5	13	90	4	50	61	0	0	38	0.96
57595861--57595973	60	1.9	60	83	3	147	41	6	15	36	1.73
57595850--57595984	60	2.2	60	78	2	146	40	5	14	40	1.68
57603778--57603828	25	2.0	25	84	0	66	50	1	1	45	1.24
57606200--57606259	18	3.3	19	80	13	56	28	30	25	16	1.97
57609700--57609737	19	2.0	19	90	10	60	39	0	5	55	1.23
57622841--57622872	8	4.0	8	100	0	64	25	0	25	50	1.50
57624095--57624128	14	2.4	14	100	0	68	44	5	14	35	1.70
57625389--57625413	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
57628833--57628915	42	2.0	42	92	0	139	28	13	18	39	1.88
57652012--57652057	22	2.2	20	84	7	56	65	4	0	30	1.12
57652019--57652058	22	1.9	21	90	10	64	57	5	0	37	1.21
57654392--57654439	20	2.4	20	79	6	53	56	6	16	20	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57661488--57661519	16	2.0	16	93	0	55	37	21	25	15	1.93
57675877--57676013	56	2.5	55	77	10	152	45	8	10	35	1.69
57676013--57676504	28	17.4	28	85	9	597	26	1	23	48	1.57
57676049--57676137	24	3.6	24	80	12	108	24	1	23	50	1.56
57676107--57676163	18	3.3	18	68	9	55	22	0	26	50	1.49
57676013--57676504	113	4.3	112	85	7	597	26	1	23	48	1.57
57676013--57676504	141	3.5	143	86	6	648	26	1	23	48	1.57
57676398--57676452	17	3.2	17	66	19	51	21	0	27	50	1.49
57676423--57676504	23	3.3	23	81	15	101	25	0	23	51	1.49
57676596--57677353	114	6.7	114	89	0	1074	34	20	20	23	1.97
57677652--57677699	14	3.3	15	74	8	55	20	0	31	47	1.50
57677766--57677829	21	3.0	21	76	15	60	25	1	35	37	1.65
57677793--57677835	7	6.1	7	83	0	50	23	2	39	34	1.67
57678035--57678078	21	2.1	21	83	8	54	25	0	34	40	1.56
57678742--57679090	191	1.8	191	87	0	518	19	24	14	40	1.89
57680604--57680636	17	1.9	17	93	0	57	39	3	6	51	1.42
57680622--57680649	13	2.2	13	100	0	56	39	7	7	46	1.59
57680730--57681347	27	22.5	27	74	15	457	48	15	3	33	1.60
57680732--57681347	9	67.1	10	73	14	353	48	15	3	33	1.60
57680900--57681347	174	2.6	174	96	0	808	48	15	2	33	1.59
57688513--57688540	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
57688600--57688632	16	2.1	16	94	0	57	3	18	0	78	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57688641--57688712	5	14.4	5	75	20	62	56	2	0	40	1.13
57688653--57688716	8	7.9	8	70	16	51	57	3	0	39	1.14
57688648--57688713	24	2.7	25	81	9	73	59	3	0	37	1.13
57689837--57689886	21	2.4	21	82	0	64	36	16	44	4	1.66
57690261--57690535	42	6.5	42	89	2	381	22	18	21	37	1.94
57690261--57690535	85	3.3	85	90	3	414	22	18	21	37	1.94
57690683--57690928	28	8.2	28	84	12	253	25	0	25	48	1.54
57690738--57690792	17	3.2	17	66	19	51	21	0	34	43	1.53
57690683--57690958	62	4.5	62	81	12	334	25	0	25	48	1.56
57690683--57690945	34	8.5	33	82	14	264	24	0	25	49	1.54
57691006--57691054	25	1.9	25	87	4	71	40	16	2	40	1.60
57691475--57691520	18	2.6	18	89	0	65	41	8	28	21	1.83
57692165--57692189	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
57693275--57693321	19	2.4	19	89	7	67	61	0	0	38	0.96
57693367--57693417	22	2.3	22	100	0	102	39	0	33	27	1.57
57700119--57700152	18	1.9	17	88	5	50	55	0	0	44	0.99
57701065--57701121	29	1.9	29	82	3	69	63	7	3	26	1.36
57701299--57701361	9	6.5	10	79	13	62	28	4	0	66	1.12
57701300--57701405	19	5.5	19	68	17	51	32	4	0	63	1.15
57701382--57701415	11	2.8	12	86	13	52	38	0	0	61	0.96
57706027--57706066	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
57706033--57706255	59	3.5	64	82	13	268	40	4	8	46	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57706198--57706225	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
57706329--57706365	18	2.1	18	90	10	58	51	2	0	45	1.15
57707571--57707837	104	2.6	104	92	1	428	18	19	31	30	1.96
57714563--57714615	20	2.7	19	82	5	61	43	1	1	52	1.23
57718989--57719102	50	2.3	51	87	4	169	28	27	12	32	1.92
57720740--57720949	41	5.1	41	89	0	330	30	20	26	23	1.98
57720740--57720949	82	2.6	82	96	0	384	30	20	26	23	1.98
57725014--57725105	46	2.0	46	97	0	175	35	8	13	42	1.75
57731667--57731691	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
57738815--57738865	25	2.0	25	96	0	93	41	1	3	52	1.31
57746202--57746268	32	2.1	32	88	2	100	43	16	7	32	1.76
57747342--57747414	31	2.4	31	79	4	78	32	9	6	50	1.61
57748148--57748187	21	1.9	21	94	0	71	37	7	15	40	1.75
57750401--57750439	20	1.9	21	94	5	71	58	2	2	35	1.25
57750431--57750510	11	7.6	11	75	18	64	60	0	2	37	1.11
57750401--57750458	28	2.0	29	90	3	91	56	1	3	37	1.26
57750400--57750499	29	3.3	30	78	9	89	59	1	3	37	1.20
57750400--57750499	30	3.3	30	76	9	89	59	1	3	37	1.20
57750422--57750528	41	2.7	41	88	8	166	62	0	1	35	1.06
57751078--57751109	16	2.0	16	93	0	55	71	0	0	28	0.86
57751353--57751403	26	2.0	26	88	0	75	64	1	0	33	1.05
57751384--57751409	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57756202--57756259	21	2.8	21	79	10	66	58	6	5	29	1.46
57756484--57756510	9	3.0	9	100	0	54	55	22	0	22	1.44
57757482--57757558	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
57757498--57757537	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
57757486--57757552	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
57759525--57759555	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
57765096--57765147	23	2.3	22	78	15	52	46	11	28	13	1.78
57787484--57788272	393	2.0	396	95	1	1415	27	37	10	24	1.88
57791656--57791729	25	3.0	25	85	0	103	32	18	29	18	1.96
57792352--57792426	25	2.9	25	80	4	78	69	2	26	1	1.10
57792354--57792417	4	15.5	4	74	6	56	70	3	25	1	1.11
57792381--57792420	17	2.4	16	79	4	53	72	0	27	0	0.85
57792335--57792417	25	3.7	21	76	16	71	72	2	22	2	1.08
57793264--57793365	37	2.6	38	76	6	107	25	14	25	34	1.94
57793264--57793396	40	3.4	40	72	11	130	24	15	25	33	1.95
57795076--57795101	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
57799877--57799905	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
57805069--57805153	24	3.2	24	65	23	62	50	12	4	31	1.61
57805066--57805177	56	2.0	56	100	0	224	50	12	5	32	1.63
57806030--57806066	18	2.0	19	89	5	58	48	0	2	48	1.15
57806155--57806185	12	2.6	12	94	0	53	70	3	25	0	1.02
57807579--57807742	80	2.0	80	95	0	292	26	25	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57814695--57814762	18	3.9	17	77	21	70	57	0	7	35	1.27
57817976--57818004	13	2.2	13	100	0	58	31	6	6	55	1.53
57826515--57826544	15	2.0	15	100	0	60	33	40	6	20	1.78
57846965--57847002	16	2.4	16	86	4	51	28	0	0	71	0.87
57849784--57849850	29	2.2	29	84	5	80	46	14	5	32	1.69
57850095--57850138	22	2.0	22	86	4	63	54	9	9	27	1.62
57851952--57852039	24	3.7	24	92	3	133	38	6	7	46	1.60
57862043--57862119	34	2.2	34	83	2	91	42	23	3	29	1.72
57866722--57866763	22	1.9	22	90	0	66	16	52	11	19	1.74
57868582--57868669	13	6.7	13	84	2	113	31	3	9	55	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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