genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  62  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18886367--18886443	38	2.0	38	97	0	145	38	7	9	44	1.65
18888375--18888408	17	2.1	16	88	5	50	32	14	2	50	1.58
18898205--18898382	84	2.1	83	82	13	204	57	5	6	30	1.46
18898419--18898469	24	2.1	24	85	0	66	68	3	3	23	1.23
18900077--18900377	44	6.8	46	70	13	173	26	24	21	27	1.99
18900059--18900377	89	3.6	89	74	8	254	26	23	21	28	1.99
18900447--18900544	44	2.2	44	83	3	117	30	24	19	25	1.98
18900546--18901122	88	6.6	88	85	0	643	21	22	27	28	1.99
18900848--18901012	43	3.8	44	73	8	140	21	23	25	29	1.99
18900615--18901132	264	2.0	264	85	0	712	21	23	27	27	1.99
18900872--18901012	43	3.2	43	72	7	149	20	24	26	28	1.99
18903326--18903387	26	2.3	27	83	2	72	58	4	14	22	1.56
18907436--18907604	89	1.9	90	92	4	288	55	7	5	31	1.51
18909840--18909958	40	3.0	40	80	7	116	15	16	29	37	1.90
18910020--18910208	104	1.8	102	85	8	267	25	18	26	29	1.98
18910359--18910393	13	2.7	13	95	0	61	34	0	0	65	0.93
18913118--18913165	25	2.0	24	91	4	78	43	12	16	27	1.84
18918965--18919166	48	4.2	48	78	3	210	28	20	26	23	1.99
18927716--18927757	22	2.0	22	95	4	77	42	16	11	28	1.84
18958010--18958313	47	6.4	47	91	3	425	32	9	30	26	1.88
18958164--18958285	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
18961449--18961485	16	2.3	16	90	0	56	27	8	2	62	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18964094--18964131	19	2.1	19	95	5	69	44	0	0	55	0.99
18970142--18970218	38	2.0	38	97	0	145	24	15	6	53	1.66
18971682--18971744	32	2.0	32	100	0	126	38	19	12	30	1.89
18975874--18975922	16	3.1	16	87	0	71	36	4	34	24	1.75
18975904--18975998	44	2.1	45	86	5	131	32	5	29	32	1.80
18976155--18976189	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
18976354--18976534	41	4.5	41	64	18	110	51	4	1	42	1.29
18976135--18976540	120	3.4	120	93	1	681	49	4	1	44	1.35
18976931--18976998	30	2.2	30	82	12	77	35	10	4	50	1.57
18982663--18982777	54	2.1	54	88	0	176	31	17	14	36	1.90
18982680--18982797	54	2.2	54	86	3	157	33	15	16	33	1.91
18982853--18983201	143	2.4	143	85	1	459	29	20	18	31	1.97
18988982--18989023	7	6.0	7	100	0	84	57	0	14	28	1.38
18990507--18990547	15	2.7	15	85	10	57	75	9	12	2	1.13
18998344--18998458	48	2.4	48	88	0	158	37	26	17	18	1.93
19009217--19009250	17	2.0	17	94	0	59	58	8	11	20	1.59
19017668--19017704	19	1.9	19	88	0	56	64	8	10	16	1.47
19025398--19025430	17	1.9	17	93	0	57	33	3	9	54	1.47
19026082--19026142	17	3.5	17	75	2	59	34	21	13	31	1.91
19026583--19026688	23	4.6	23	78	2	97	39	21	16	21	1.92
19026589--19026696	46	2.3	46	77	3	110	41	20	16	21	1.90
19037029--19037150	50	2.4	50	81	5	147	22	27	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19041449--19041498	19	2.6	19	84	15	68	50	2	0	48	1.12
19041456--19041498	18	2.3	18	92	4	68	55	0	0	44	0.99
19041513--19041560	22	2.3	21	85	7	62	27	4	8	60	1.44
19042109--19042153	14	3.2	14	83	0	63	17	42	0	40	1.50
19052733--19052781	22	2.3	21	86	6	64	28	4	8	59	1.45
19053319--19053348	14	2.1	14	93	0	51	16	43	0	40	1.48
19054510--19054743	94	2.5	93	83	5	274	30	20	19	29	1.97
19055170--19055196	14	1.9	14	100	0	54	37	22	25	14	1.93
19062836--19062896	25	2.4	25	78	10	63	37	3	1	57	1.25
19068708--19068751	7	6.4	7	82	12	56	18	0	0	81	0.68
19068708--19068751	13	3.2	13	90	9	70	18	0	0	81	0.68
19070696--19070729	15	2.4	14	90	5	50	47	0	8	44	1.34
19077656--19078011	94	3.8	93	81	6	368	30	21	18	29	1.97
19077685--19077917	44	5.0	44	65	22	111	29	20	18	31	1.96
19077666--19078022	188	1.9	188	83	5	463	30	20	19	30	1.97
19088164--19088208	22	2.0	22	95	0	81	8	8	24	57	1.57
19096407--19096491	23	3.7	23	74	0	71	43	27	12	16	1.84
19102500--19102599	31	3.3	30	72	8	103	42	3	4	51	1.36
19105723--19105765	22	2.0	22	86	9	61	44	0	25	30	1.55
19106285--19106343	25	2.4	25	91	0	91	38	3	23	33	1.72
19107228--19107267	17	2.3	17	86	4	53	37	0	2	60	1.11
19107270--19107314	22	2.1	21	83	4	54	37	6	0	55	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19112149--19112192	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
19112237--19112330	45	2.1	45	89	0	143	30	23	20	25	1.98
19112327--19112522	51	3.9	50	80	6	225	30	28	18	23	1.98
19112327--19112518	102	1.9	101	88	5	289	30	27	18	23	1.98
19115787--19115873	45	1.9	45	90	0	138	32	24	18	25	1.97
19115886--19116072	51	3.7	50	79	5	216	31	27	17	23	1.97
19115884--19116068	101	1.8	101	89	5	293	31	27	17	23	1.97
19120656--19120680	12	2.1	12	100	0	50	32	16	16	36	1.90
19122386--19122424	3	12.7	3	89	5	60	30	0	2	66	1.05
19125069--19125114	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
19129050--19129941	132	6.8	132	91	1	1412	28	18	23	29	1.98
19130267--19130377	19	5.8	19	89	0	177	39	9	13	37	1.76
19130274--19130377	38	2.7	38	98	0	199	40	8	12	38	1.74
19131054--19131096	19	2.3	18	84	15	52	37	0	0	62	0.95
19133453--19133496	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
19133642--19133826	51	3.7	50	79	6	205	31	27	17	23	1.97
19139303--19139559	127	2.0	127	87	4	367	28	12	28	30	1.93
19141813--19142035	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
19149708--19149930	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
19155034--19155099	18	3.6	18	75	16	57	27	43	19	9	1.81
19161859--19161928	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
19161859--19161956	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19169809--19169878	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
19169809--19169906	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
19174579--19174615	18	2.0	19	89	5	58	45	10	10	32	1.74
19175287--19175356	28	2.5	26	78	15	68	61	2	1	34	1.20
19182788--19183117	25	13.3	25	71	8	174	32	26	16	23	1.96
19182792--19182988	49	4.0	49	80	0	223	34	27	14	23	1.94
19182953--19183142	50	3.8	48	74	13	152	31	25	17	25	1.97
19182929--19183166	100	2.4	99	80	5	257	33	25	16	24	1.96
19191706--19191753	13	3.7	13	80	5	53	37	20	4	37	1.72
19198811--19198843	16	2.1	16	100	0	66	30	6	18	45	1.73
19217587--19217616	13	2.2	14	94	5	53	33	0	0	66	0.92
19221364--19221586	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
19222729--19222817	43	2.0	44	91	8	146	16	28	0	55	1.42
19229315--19229537	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
19231649--19231784	50	2.6	52	75	11	134	25	18	30	25	1.98
19231689--19231795	50	2.1	51	81	11	132	27	20	29	22	1.98
19232070--19232121	12	4.7	12	79	18	58	63	3	17	15	1.45
19237472--19237500	8	3.6	8	100	0	58	75	0	0	24	0.80
19253427--19253456	14	2.1	14	93	0	51	40	13	30	16	1.87
19254992--19255022	10	3.1	10	100	0	62	70	0	9	19	1.14
19260412--19260538	35	3.6	35	88	2	157	18	10	29	40	1.84
19264677--19264953	29	9.5	29	79	3	238	22	26	13	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19264672--19264925	87	2.9	87	80	4	278	23	25	12	37	1.91
19264677--19264969	87	3.4	88	76	6	274	22	26	13	37	1.92
19267343--19267400	28	2.1	28	100	0	116	36	22	3	37	1.71
19267057--19267715	342	1.9	342	98	0	1282	30	11	17	39	1.86
19268377--19268422	19	2.4	19	82	7	58	13	30	2	54	1.50
19286423--19286466	3	14.7	3	100	0	88	0	31	0	68	0.90
19290894--19291183	47	6.1	47	89	4	420	31	9	31	28	1.88
19290894--19291183	96	3.0	96	89	5	428	31	9	31	28	1.88
19290894--19291183	143	2.0	143	90	1	456	31	9	31	28	1.88
19291302--19291380	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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