genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8838298--8838323	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
8838622--8838653	8	3.9	8	92	8	55	84	0	3	12	0.74
8838622--8838653	17	1.9	16	93	6	55	84	0	3	12	0.74
8845994--8846023	13	2.3	13	94	0	51	56	16	26	0	1.40
8855136--8855183	20	2.3	21	78	3	53	35	2	2	60	1.20
8856538--8856612	20	3.8	21	69	20	63	45	1	0	53	1.08
8865065--8865114	21	2.5	20	81	12	59	58	4	0	38	1.17
8865953--8865986	7	4.7	7	85	7	50	61	0	0	38	0.96
8865948--8865986	12	3.4	12	82	13	55	61	0	0	38	0.96
8872513--8872562	21	2.5	20	81	12	59	58	4	0	38	1.17
8873404--8873437	7	4.7	7	85	7	50	61	0	0	38	0.96
8873399--8873437	12	3.4	12	82	13	55	61	0	0	38	0.96
8873398--8873441	15	2.9	14	83	16	52	63	0	0	36	0.95
8875880--8875929	24	2.1	24	92	3	84	34	16	22	28	1.95
8876680--8876876	98	2.0	98	91	2	315	37	26	8	27	1.85
8878181--8878274	19	4.8	19	76	5	98	31	17	12	38	1.87
8878478--8879039	44	12.9	45	71	14	290	27	23	19	29	1.98
8878477--8879087	217	2.8	217	92	0	1008	27	22	19	30	1.98
8879069--8879486	132	3.2	132	92	1	676	24	23	19	31	1.98
8879160--8879474	44	7.2	43	63	12	120	24	24	20	31	1.98
8884828--8885024	98	2.0	98	90	0	313	37	25	10	26	1.88
8886323--8886433	19	5.7	19	82	4	150	34	15	11	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8886323--8886432	40	2.8	40	91	2	170	34	14	11	39	1.83
8886691--8887452	379	2.0	379	100	0	1524	36	15	19	29	1.92
8892045--8892088	20	2.1	21	88	12	65	31	2	2	63	1.19
8905851--8905900	18	2.8	18	76	11	57	64	2	6	28	1.28
8906308--8906337	10	3.1	10	95	4	53	26	0	0	73	0.84
8906632--8906815	44	4.3	44	69	13	139	32	23	16	27	1.96
8906596--8907258	128	5.1	127	76	11	580	30	23	19	27	1.98
8906799--8907349	44	12.7	45	71	16	217	28	24	19	28	1.98
8906596--8907305	172	4.1	172	76	10	634	29	23	18	27	1.98
8906711--8907132	216	1.9	217	91	1	686	28	24	18	27	1.98
8906711--8907212	216	2.3	215	84	5	604	29	23	19	27	1.98
8927719--8927747	10	2.9	10	100	0	58	17	0	0	82	0.66
8928651--8928702	24	2.2	24	82	6	61	53	9	3	32	1.51
8928946--8928997	24	2.2	24	100	0	104	26	30	11	30	1.92
8937240--8937272	16	2.0	17	88	5	50	21	0	3	75	0.93
8937237--8937296	27	2.3	26	83	8	77	28	0	1	70	0.97
8937247--8937296	21	2.4	21	75	0	55	30	0	2	68	1.01
8937604--8937759	78	2.0	78	98	0	303	46	9	12	30	1.74
8939774--8939862	9	10.2	8	80	10	63	62	3	3	30	1.27
8939802--8939862	3	20.3	3	93	0	104	65	1	1	31	1.12
8942017--8942057	21	2.0	21	85	9	57	34	4	0	60	1.18
8942295--8942335	19	2.2	19	90	0	64	41	26	4	26	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8955310--8955363	18	3.3	17	75	12	51	31	0	0	68	0.90
8964665--8964691	13	2.1	13	100	0	54	62	14	0	22	1.31
8965806--8965918	19	5.8	19	87	4	172	38	9	15	35	1.81
8965807--8965914	40	2.8	40	94	2	184	38	10	14	36	1.80
8965806--8965925	59	2.1	56	87	6	170	39	9	15	35	1.80
8966669--8966715	24	2.0	24	86	0	67	34	8	4	53	1.51
8967383--8967577	98	2.0	98	93	0	336	27	10	25	36	1.88
8979006--8980207	262	4.6	262	95	0	2107	30	19	24	25	1.98
8979119--8980222	44	25.2	44	64	16	355	29	20	24	25	1.99
8979006--8980207	132	9.1	132	95	0	2124	30	19	24	25	1.98
8979006--8980207	394	3.0	395	95	0	2131	30	19	24	25	1.98
8981739--8981790	26	2.1	24	82	13	61	25	0	7	67	1.17
8982117--8982309	98	2.0	98	90	0	305	26	12	24	35	1.91
8982700--8982766	32	2.1	31	83	10	82	47	4	2	44	1.38
8993073--8993124	24	2.2	24	89	0	77	34	3	7	53	1.48
8993233--8993266	14	2.3	15	90	5	52	0	5	35	58	1.22
8996758--8996796	20	2.0	20	89	0	60	48	12	10	28	1.74
8996746--8996812	34	1.9	35	87	3	100	44	13	8	32	1.75
8998220--8998395	31	5.7	31	81	0	201	29	9	15	45	1.77
8998224--8998395	93	1.9	92	87	3	256	29	9	16	45	1.78
9000804--9000855	24	2.2	24	85	0	68	36	3	5	53	1.43
9007201--9007236	18	2.1	17	89	5	54	47	2	5	44	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9009298--9009484	91	2.1	91	82	2	223	34	21	9	33	1.86
9009466--9009645	20	9.1	20	71	10	102	42	9	9	38	1.70
9009465--9009645	40	4.5	41	72	15	128	42	9	9	38	1.71
9009461--9009648	79	2.4	80	84	2	236	43	10	9	37	1.70
9009615--9009677	33	1.9	33	93	0	108	42	7	11	38	1.70
9009654--9009692	20	2.0	20	84	0	51	38	5	12	43	1.65
9009789--9009848	21	3.0	20	85	4	84	48	10	6	35	1.63
9009853--9009905	20	2.6	21	79	8	65	45	20	5	28	1.74
9009870--9010019	80	1.9	80	83	8	198	39	20	7	32	1.80
9009950--9009990	20	2.0	20	86	9	57	43	14	7	34	1.73
9010059--9010187	20	6.6	20	69	17	74	44	11	6	37	1.68
9010130--9010213	20	4.2	21	73	13	70	39	13	8	39	1.74
9010079--9010196	40	3.0	40	78	9	125	44	12	6	35	1.69
9010116--9010213	40	2.5	40	80	6	101	40	13	8	37	1.74
9010344--9010477	41	3.3	40	82	7	146	35	11	11	42	1.76
9010384--9010457	21	3.6	21	76	5	80	36	9	9	44	1.69
9010382--9010477	41	2.4	40	92	1	165	38	9	10	41	1.72
9010406--9010491	20	4.3	20	78	11	97	38	9	11	40	1.74
9010410--9010521	20	5.6	19	75	7	89	40	8	12	39	1.73
9014910--9014974	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
9015273--9015298	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
9021120--9021182	31	2.1	31	96	3	119	31	9	12	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9026282--9026324	19	2.1	21	83	12	54	65	2	0	32	1.06
9026797--9026829	15	2.1	17	88	11	52	36	0	3	60	1.12
9026813--9026866	22	2.3	24	78	15	60	37	3	5	53	1.42
9029299--9029358	29	2.1	29	96	0	111	45	10	6	38	1.64
9032279--9032401	43	2.8	43	85	1	165	28	13	26	32	1.93
9038316--9038594	95	2.9	94	79	7	298	37	2	16	43	1.61
9038631--9039043	126	3.3	126	93	0	691	32	18	21	27	1.97
9042179--9042239	21	2.9	21	83	9	63	11	19	37	31	1.87
9042584--9042657	30	2.5	30	86	0	85	9	12	44	33	1.74
9042583--9042668	30	2.9	30	80	3	84	9	12	43	34	1.75
9043179--9043237	29	2.0	29	100	0	118	44	23	6	25	1.78
9046061--9046405	104	3.3	104	85	4	457	29	18	24	28	1.98
9046375--9046703	110	2.9	113	88	7	472	27	15	20	36	1.93
9053683--9053733	22	2.4	22	80	9	61	58	11	3	25	1.50
9057911--9058033	35	3.5	36	84	4	135	40	26	9	23	1.85
9065328--9065488	35	4.7	35	82	7	177	37	31	13	18	1.89
9066441--9066465	12	2.1	12	100	0	50	24	8	0	68	1.16
9077362--9077397	14	2.6	14	87	12	56	80	2	16	0	0.83
9077700--9077732	6	5.5	6	100	0	66	33	0	51	15	1.43
9084202--9084552	22	15.0	23	67	23	83	40	14	12	32	1.84
9084230--9084599	47	7.9	47	93	1	625	39	14	11	33	1.83
9084851--9084885	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9091110--9091178	34	2.0	34	94	0	120	23	11	26	39	1.88
9092486--9092776	111	2.6	110	82	4	352	28	17	24	29	1.97
9097858--9097901	23	1.9	23	95	0	79	59	11	6	22	1.55
9097927--9097981	24	2.3	23	84	9	67	67	21	3	7	1.31
9110199--9110230	16	2.0	16	100	0	64	37	12	18	31	1.88
9116875--9116907	12	2.8	12	90	4	50	75	0	9	15	1.03
9117970--9118115	75	1.9	75	93	2	249	43	10	15	30	1.80
9118198--9118272	37	2.0	37	92	5	125	40	8	5	46	1.56
9123264--9123308	22	2.1	21	83	4	54	53	0	8	37	1.32
9131967--9132056	37	2.4	36	80	8	110	40	24	11	24	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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