genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  164  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51182169--51182194	12	2.2	12	100	0	52	57	15	0	26	1.38
51182430--51182744	161	2.0	161	98	1	605	30	12	10	46	1.76
51185202--51185334	39	3.4	38	80	8	144	44	18	4	32	1.70
51186070--51190530	495	9.0	495	98	0	8562	32	17	14	36	1.90
51186070--51190530	991	4.5	990	98	0	8562	32	17	14	36	1.90
51194013--51194259	46	5.4	46	95	0	408	33	14	22	29	1.93
51194945--51194980	15	2.4	15	95	0	63	61	2	8	27	1.39
51198726--51198796	24	2.9	24	80	15	83	14	26	19	39	1.90
51198726--51198796	25	3.0	23	83	8	88	14	26	19	39	1.90
51200461--51200562	39	2.6	39	92	0	159	32	2	20	44	1.67
51202849--51202889	22	1.9	21	85	5	55	43	12	0	43	1.41
51205677--51205812	55	2.5	55	83	3	150	25	9	12	52	1.69
51205798--51205954	61	2.6	60	83	6	190	21	10	17	50	1.76
51205833--51205968	61	2.4	56	83	7	166	19	9	18	52	1.73
51205924--51206008	34	2.3	36	84	15	104	21	10	17	50	1.76
51205859--51206065	95	2.2	95	91	0	333	21	9	17	51	1.73
51205705--51206240	156	3.5	152	82	8	632	24	9	15	50	1.73
51205993--51206240	55	4.8	54	74	12	241	24	7	15	52	1.68
51208337--51208472	39	3.5	39	82	6	152	45	19	3	31	1.67
51211182--51211214	16	2.1	16	94	0	57	36	21	3	39	1.69
51219935--51219974	19	2.1	19	90	0	62	42	12	20	25	1.86
51221480--51221537	22	2.6	22	94	0	98	36	25	0	37	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51221509--51221567	30	2.0	30	90	6	93	30	33	1	33	1.68
51221487--51221589	52	2.0	51	84	5	136	33	30	0	34	1.65
51221618--51221680	30	2.2	30	91	5	103	38	0	1	60	1.07
51221618--51221687	29	2.4	30	88	7	90	37	0	1	61	1.05
51223967--51224291	23	13.3	23	85	10	364	45	19	0	34	1.53
51223967--51224263	51	5.9	51	84	10	373	45	20	0	34	1.51
51223977--51224306	51	6.6	51	78	14	316	45	20	0	33	1.56
51224319--51224428	56	1.9	57	87	5	161	35	12	10	41	1.77
51227572--51227805	126	1.9	125	97	0	441	32	23	14	29	1.94
51227565--51227844	126	2.2	124	89	3	436	31	23	15	29	1.95
51229342--51229391	26	2.0	26	88	11	77	24	6	12	58	1.56
51234813--51234857	22	2.0	22	95	0	81	42	20	22	15	1.89
51245579--51245620	20	2.0	21	86	4	59	42	4	0	52	1.22
51249051--51249088	20	1.9	20	88	0	58	21	7	13	57	1.60
51249869--51249907	20	2.0	20	89	0	60	23	48	15	12	1.79
51250786--51250872	3	28.3	3	70	11	52	28	4	4	62	1.35
51251281--51251330	16	3.2	16	77	2	57	28	6	0	66	1.15
51256430--51256477	23	2.1	23	88	0	69	20	27	20	31	1.98
51260286--51260310	9	2.8	9	100	0	50	52	12	12	24	1.72
51262639--51262773	71	1.9	71	84	0	180	24	14	28	33	1.94
51266248--51266342	49	1.9	49	82	0	118	29	27	17	25	1.98
51281479--51281512	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51281982--51282032	3	17.7	3	76	15	54	58	1	0	39	1.09
51281982--51282033	13	4.1	13	80	7	54	57	1	0	40	1.10
51284569--51284677	54	2.0	54	85	3	148	39	11	22	26	1.88
51284735--51285152	54	8.0	54	72	10	276	38	14	21	26	1.91
51284791--51285044	105	2.4	103	79	4	244	38	15	21	24	1.92
51290540--51290568	11	2.5	12	88	11	51	58	0	0	41	0.98
51293008--51293048	22	1.9	21	85	5	55	70	0	12	17	1.16
51297890--51297921	13	2.5	13	94	0	55	15	34	0	50	1.45
51303273--51303316	19	2.3	19	88	7	63	45	0	4	50	1.22
51303758--51303838	31	2.6	31	79	9	85	45	6	6	41	1.54
51304243--51304280	20	1.9	20	94	0	67	44	0	2	52	1.14
51304413--51304458	14	2.9	16	78	15	51	43	21	6	28	1.77
51306081--51306149	30	2.3	31	85	12	90	44	20	10	24	1.82
51307904--51308030	21	6.0	21	81	3	121	16	22	17	43	1.88
51308279--51308314	17	2.1	17	90	10	56	50	0	16	33	1.46
51314987--51315283	50	5.8	50	81	5	285	27	20	28	23	1.99
51317503--51317533	6	5.2	6	92	0	53	64	0	19	16	1.29
51326839--51326926	42	2.1	42	93	0	149	23	29	26	20	1.99
51328063--51328138	33	2.3	34	81	4	84	26	23	17	32	1.96
51329697--51329744	3	16.0	3	82	0	60	58	6	0	35	1.23
51329698--51329746	18	2.7	18	93	0	80	55	8	0	36	1.30
51329697--51329744	12	4.0	12	91	0	69	58	6	0	35	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51335884--51335926	21	2.0	21	82	8	52	23	20	4	51	1.66
51336970--51337062	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
51337206--51337273	24	2.7	25	80	13	70	32	25	0	42	1.55
51337416--51337463	3	16.0	3	82	0	60	58	6	0	35	1.23
51337417--51337465	18	2.7	18	93	0	80	55	8	0	36	1.30
51337416--51337463	12	4.0	12	91	0	69	58	6	0	35	1.23
51338116--51338141	11	2.4	11	100	0	52	0	42	7	50	1.31
51338499--51338541	21	2.0	21	81	0	50	58	6	0	34	1.25
51343566--51343608	21	2.0	21	82	8	52	23	20	4	51	1.66
51344652--51344744	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
51344869--51344918	21	2.4	21	80	16	59	38	22	0	40	1.54
51345096--51345140	3	15.0	3	80	0	54	57	6	0	35	1.25
51345096--51345142	18	2.6	18	93	0	76	55	8	0	36	1.31
51345100--51345140	12	3.4	12	93	0	64	56	7	0	36	1.27
51345794--51345819	11	2.4	11	100	0	52	0	42	7	50	1.31
51346177--51346219	21	2.0	21	81	0	50	58	6	0	34	1.25
51346953--51346993	19	2.1	20	95	4	75	46	12	9	31	1.74
51347002--51347036	12	2.9	12	100	0	70	42	17	5	34	1.73
51347140--51347183	21	2.1	21	86	0	61	47	15	20	15	1.82
51348895--51349009	62	1.9	60	80	7	133	34	4	10	50	1.56
51351997--51352515	125	4.1	126	85	1	693	28	15	16	39	1.89
51352612--51352690	32	2.4	33	85	8	99	40	17	3	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51352619--51352698	33	2.5	31	84	10	97	38	16	3	41	1.66
51352673--51352750	28	2.9	28	92	3	133	35	23	0	41	1.55
51355731--51355803	35	2.1	35	100	0	146	41	16	8	34	1.78
51358592--51358644	22	2.5	22	85	14	83	1	5	30	62	1.29
51358557--51358644	11	7.9	11	72	7	70	2	5	31	60	1.33
51358603--51358661	23	2.6	23	84	7	68	3	5	28	62	1.32
51358555--51358661	11	9.5	11	69	12	58	2	5	30	60	1.34
51358557--51358673	56	2.1	56	80	3	128	3	5	29	61	1.36
51360280--51360324	23	2.0	23	100	0	90	37	8	0	53	1.32
51360388--51360462	27	2.8	27	90	8	109	26	26	28	18	1.98
51360562--51360601	11	3.7	11	86	6	64	70	0	30	0	0.88
51360701--51360741	3	13.3	3	84	5	55	31	2	4	60	1.30
51360740--51360768	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
51361552--51361589	18	2.1	18	95	0	67	36	7	44	10	1.68
51366238--51366284	24	2.0	24	95	0	85	53	0	8	38	1.32
51367018--51367078	28	2.2	29	81	16	69	0	31	0	68	0.89
51367046--51367199	40	3.8	40	76	17	151	0	29	0	69	0.93
51367021--51367199	18	9.4	18	67	20	89	0	30	0	69	0.93
51367083--51367204	4	30.0	4	72	22	78	0	31	0	68	0.89
51367073--51367166	43	2.1	43	88	3	134	1	27	0	71	0.93
51367118--51367204	33	2.7	32	79	8	104	0	31	0	68	0.89
51367135--51367213	18	4.2	19	80	15	83	0	35	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51367248--51367344	27	3.6	27	92	2	160	16	27	29	25	1.97
51368090--51368141	25	2.0	26	88	3	79	36	1	0	61	1.07
51368364--51368426	10	6.2	10	77	14	58	28	0	1	69	0.97
51368364--51368426	21	3.0	20	84	11	74	28	0	1	69	0.97
51368382--51368433	10	5.4	9	78	17	52	30	0	1	67	1.02
51368353--51368428	10	7.6	10	72	16	50	34	0	1	64	1.02
51371791--51371826	7	5.1	7	96	0	54	38	19	0	41	1.52
51377220--51377255	16	2.2	16	95	0	63	61	0	0	38	0.96
51377224--51377263	15	2.6	16	84	7	57	60	0	0	40	0.97
51377293--51377318	8	3.2	8	100	0	52	76	0	0	23	0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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