genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1651366--1651468	51	2.0	51	98	0	197	33	29	18	18	1.95
1655058--1655224	17	8.7	17	67	21	64	38	1	0	59	1.08
1655087--1655228	11	13.9	11	71	19	87	39	2	0	58	1.10
1655070--1655243	40	4.3	39	87	9	260	36	2	0	60	1.09
1655098--1655186	30	3.0	29	80	9	83	38	2	0	59	1.10
1655176--1655249	31	2.4	32	80	11	91	39	2	0	58	1.13
1655207--1655249	21	2.0	21	86	9	59	41	2	0	55	1.12
1655217--1655257	21	2.0	21	90	0	64	41	2	0	56	1.13
1657157--1657207	26	2.0	26	88	0	75	19	23	27	29	1.98
1657321--1657347	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
1662259--1662636	189	2.0	190	88	3	557	31	16	21	30	1.95
1662256--1663080	406	2.0	401	81	9	929	32	15	20	31	1.94
1665118--1665162	21	2.1	21	100	0	90	8	11	13	66	1.44
1699825--1699891	4	16.8	4	96	0	125	25	1	23	49	1.59
1705866--1705917	23	2.3	22	87	9	77	30	17	19	32	1.95
1712773--1712797	3	8.3	3	100	0	50	36	0	32	32	1.58
1727911--1727946	17	2.1	17	100	0	72	66	16	5	11	1.40
1732941--1732988	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
1732991--1733080	42	2.1	42	87	4	128	30	2	13	54	1.51
1737623--1737670	19	2.6	19	83	3	62	35	4	14	45	1.64
1748151--1748618	48	9.8	48	80	0	335	29	34	22	13	1.92
1748819--1748913	48	2.0	48	85	0	127	31	34	21	12	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1749052--1749122	33	2.2	33	79	5	81	40	29	18	11	1.85
1749129--1749241	48	2.4	48	76	0	118	29	40	19	10	1.85
1752221--1752286	32	2.1	32	82	5	80	51	27	10	10	1.69
1763379--1763424	22	2.1	21	96	4	83	19	17	4	58	1.55
1765081--1765128	25	2.0	24	87	4	69	4	0	22	72	1.01
1765459--1765543	3	28.3	3	73	17	63	29	3	1	65	1.16
1765462--1765543	24	3.4	23	74	14	76	29	3	1	65	1.17
1765459--1765543	11	7.4	11	74	10	64	29	3	1	65	1.16
1765748--1765806	18	3.2	19	79	13	70	32	0	6	61	1.22
1765748--1765803	17	3.1	18	80	12	62	32	0	7	60	1.24
1778096--1778808	132	5.4	132	94	0	1192	27	16	25	30	1.97
1778881--1779093	46	4.7	46	67	13	134	26	20	24	28	1.99
1778746--1779186	136	3.3	136	97	0	814	26	21	23	28	1.99
1779349--1779500	40	3.8	40	79	3	187	31	21	19	26	1.98
1779347--1779516	82	2.1	83	87	1	252	34	21	17	25	1.95
1779972--1780021	23	2.2	23	85	0	64	14	2	26	58	1.47
1780374--1780458	3	28.3	3	73	17	63	29	3	1	65	1.16
1780377--1780458	24	3.4	23	74	14	76	29	3	1	65	1.17
1780374--1780458	11	7.4	11	74	10	64	29	3	1	65	1.16
1780675--1780716	16	2.6	17	81	11	52	33	0	7	59	1.25
1780804--1780833	12	2.5	12	94	0	51	46	6	0	46	1.29
1785079--1785155	29	2.6	30	76	17	90	33	6	5	54	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1792862--1792902	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
1800589--1800658	30	2.3	30	78	4	79	24	10	5	60	1.51
1801324--1801521	106	1.9	106	86	4	283	31	16	12	39	1.86
1802517--1802541	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1803857--1803914	3	19.3	3	85	0	80	65	1	3	29	1.19
1807237--1807276	22	1.9	22	85	10	57	37	7	2	52	1.43
1807327--1807388	29	2.2	29	80	8	74	32	9	4	53	1.55
1808515--1808544	6	5.0	6	100	0	60	0	33	0	66	0.92
1808515--1808551	18	2.1	18	89	0	56	2	32	2	62	1.23
1812717--1812857	72	2.0	72	81	5	169	39	12	21	26	1.90
1816783--1816814	16	2.0	16	93	0	55	43	15	12	28	1.83
1818610--1818707	44	2.3	42	86	8	135	28	18	22	30	1.97
1821803--1821928	63	2.0	63	98	0	243	30	15	32	20	1.94
1826013--1826077	34	1.9	34	90	0	103	27	21	16	33	1.95
1832974--1833132	72	2.2	72	84	4	205	40	16	18	25	1.90
1842764--1842858	42	2.3	42	92	0	154	41	3	15	40	1.63
1843430--1843493	20	3.0	20	72	18	67	54	0	4	40	1.21
1846690--1846744	21	2.6	21	88	8	85	29	36	10	23	1.89
1848508--1848533	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62
1849232--1849262	3	10.3	3	92	0	53	32	3	0	64	1.09
1849272--1849326	22	2.6	21	82	8	58	34	5	3	56	1.40
1850870--1850913	22	2.0	22	82	8	54	45	9	6	38	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1852968--1852993	13	2.0	13	100	0	52	23	23	23	30	1.99
1854963--1855044	39	2.1	39	100	0	164	25	30	15	28	1.96
1856437--1856585	72	2.1	72	85	0	199	37	16	21	24	1.93
1856473--1856609	72	1.9	71	83	8	179	38	16	18	27	1.91
1864355--1864387	17	1.9	17	88	11	50	60	3	0	36	1.12
1867340--1867419	39	2.1	39	85	0	106	36	20	12	31	1.89
1869269--1869327	9	6.6	9	92	0	91	38	25	11	23	1.89
1869269--1869327	27	2.2	27	96	0	109	38	25	11	23	1.89
1874742--1874780	14	2.8	14	88	0	51	23	2	25	48	1.63
1888695--1888750	19	2.9	19	75	2	58	35	1	0	62	1.06
1890968--1891039	36	2.0	36	97	0	135	29	8	27	34	1.86
1903223--1903267	20	2.2	21	77	18	51	28	6	4	60	1.42
1904934--1905000	21	3.2	21	67	28	54	35	8	11	43	1.73
1905583--1905688	39	2.6	41	83	4	117	21	26	26	25	2.00
1906180--1906225	20	2.4	19	82	7	56	67	2	2	28	1.14
1906359--1906437	22	3.5	23	75	11	56	51	3	1	43	1.27
1906394--1906429	8	4.6	8	86	6	56	52	8	0	38	1.32
1906465--1906548	27	2.9	28	76	20	84	33	1	0	65	1.00
1906477--1906527	20	2.6	19	76	11	50	31	0	0	68	0.90
1911644--1911723	36	2.2	37	80	10	94	11	67	5	16	1.38
1914157--1914202	24	2.0	24	87	8	69	50	8	8	32	1.64
1914332--1914387	21	2.6	22	78	13	64	67	21	5	5	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1915528--1915600	36	2.0	36	91	0	119	35	27	10	26	1.90
1917359--1917404	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
1918148--1918176	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
1918485--1918544	9	6.7	9	81	7	68	45	20	10	25	1.81
1918485--1918551	27	2.5	27	80	4	73	44	19	8	26	1.80
1918485--1918551	18	3.7	18	83	0	71	44	19	8	26	1.80
1918654--1918697	18	2.4	18	85	7	54	18	2	36	43	1.63
1941266--1941312	13	3.6	13	85	5	60	31	0	0	68	0.90
1958740--1958771	16	2.1	15	94	5	55	50	15	21	12	1.77
1958996--1959027	16	2.1	15	94	5	55	50	15	21	12	1.77
1961835--1961863	11	2.7	11	94	5	51	48	0	0	51	1.00
1971703--1971767	28	2.3	28	100	0	130	30	12	26	30	1.92
1973522--1973767	123	2.0	123	98	0	474	39	12	25	23	1.89
1976904--1976945	16	2.7	16	81	3	50	42	2	2	52	1.27
1977286--1977332	19	2.4	21	80	16	57	65	0	8	25	1.20
1982133--1982162	16	1.9	15	93	6	51	30	0	3	66	1.07
1985073--1985251	89	2.0	89	96	0	331	33	17	22	26	1.96
1990560--1990588	15	2.0	15	93	6	51	10	27	13	48	1.75
1993070--1993108	20	2.0	20	84	0	51	53	12	2	30	1.52
1996052--1996183	60	2.2	60	84	2	167	40	15	9	34	1.80
2023143--2023264	58	2.0	60	83	7	151	50	16	6	27	1.70
2028164--2028223	32	1.9	32	86	10	88	36	16	15	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2029071--2029122	25	2.1	25	82	7	61	57	0	1	40	1.10
2029458--2029487	15	1.9	16	93	6	53	36	0	0	63	0.95
2030511--2030566	19	3.0	18	75	15	51	41	0	1	57	1.09
2035038--2035111	3	25.0	3	84	2	87	59	4	1	35	1.25
2035023--2035095	35	2.1	35	94	0	128	52	6	2	38	1.43
2035110--2035137	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2043302--2043444	72	2.0	71	93	4	243	32	21	13	32	1.92
2050093--2050352	129	2.0	128	99	0	511	41	22	11	23	1.87
2051073--2051112	20	2.0	20	85	9	55	70	5	10	15	1.32
2052167--2052211	23	1.9	23	86	4	63	68	4	0	26	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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