genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  192  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59271267--59271401	40	3.4	40	77	7	141	20	23	20	35	1.96
59275117--59275196	8	9.3	9	71	25	50	43	2	7	46	1.45
59278512--59278551	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
59278497--59278563	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
59278491--59278567	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
59279202--59279245	23	2.0	22	86	4	61	50	2	0	47	1.13
59308680--59308708	15	2.0	15	93	6	51	58	0	0	41	0.98
59309041--59309079	15	2.5	15	83	4	51	69	2	0	28	1.02
59320871--59320914	22	2.0	22	91	8	72	29	0	0	70	0.88
59320871--59320912	16	2.7	15	82	14	50	30	0	0	69	0.89
59324033--59324070	20	1.9	19	85	15	51	52	0	0	47	1.00
59325941--59326010	30	2.3	30	95	0	122	58	0	22	18	1.39
59327413--59327473	13	4.5	13	69	18	52	44	0	3	52	1.17
59327511--59327636	45	2.7	46	78	14	132	43	2	10	43	1.51
59328080--59328106	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
59330733--59330758	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
59335346--59335396	24	2.1	24	85	0	66	47	15	5	31	1.70
59341298--59341338	4	10.2	4	89	0	64	26	2	24	46	1.65
59352356--59352384	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
59352470--59352591	23	5.3	23	93	0	208	20	20	27	31	1.98
59399709--59399764	28	2.0	28	100	0	112	50	17	3	28	1.63
59412803--59412840	18	2.1	18	90	0	58	42	21	15	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59413189--59413246	9	6.4	9	86	7	82	25	8	22	43	1.82
59413420--59413934	49	10.4	49	81	6	576	33	22	22	21	1.98
59413423--59413934	150	3.4	148	83	5	588	33	22	22	21	1.98
59413420--59413934	100	5.2	98	81	7	594	33	22	22	21	1.98
59414357--59414382	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
59415365--59415419	23	2.4	23	84	6	67	5	5	16	72	1.22
59423652--59423711	30	2.0	31	86	3	86	43	0	36	20	1.52
59424739--59425521	51	15.9	51	79	8	814	29	16	23	30	1.96
59424739--59425505	97	7.8	97	81	5	805	28	16	23	30	1.96
59424772--59425505	148	5.0	148	81	7	834	29	16	23	30	1.96
59425479--59425960	143	3.4	142	85	2	617	29	18	22	29	1.98
59427031--59427069	18	2.2	19	90	9	64	51	12	15	20	1.76
59435218--59435246	4	7.2	4	100	0	58	51	24	0	24	1.48
59437411--59437450	20	2.0	20	85	0	53	35	2	5	57	1.34
59438291--59438351	32	1.9	32	93	0	104	27	16	9	45	1.79
59440243--59440283	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
59443393--59443431	17	2.3	17	86	0	51	66	12	2	17	1.35
59444083--59444187	38	2.9	38	84	9	141	33	2	0	62	1.16
59444160--59444211	11	5.2	10	75	13	54	44	1	0	53	1.11
59444090--59444197	11	10.5	11	70	16	63	35	2	0	61	1.17
59445347--59445394	24	2.0	24	87	0	69	37	0	2	60	1.09
59461538--59461595	19	3.0	21	72	25	54	34	3	3	58	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59461537--59461669	10	13.7	9	72	14	79	34	3	3	58	1.31
59461633--59461669	17	2.1	19	90	10	60	37	2	0	59	1.12
59461691--59461776	19	4.4	19	69	16	50	34	4	5	54	1.45
59462575--59462607	16	1.9	18	88	11	52	78	3	0	18	0.87
59462824--59462864	17	2.4	18	88	8	59	48	4	0	46	1.23
59463420--59463515	50	1.9	50	84	0	129	31	15	12	40	1.85
59463801--59463855	29	1.9	28	85	10	76	27	10	5	56	1.56
59463800--59463869	29	2.4	29	76	7	70	32	8	5	52	1.55
59464136--59464196	28	2.1	29	84	3	79	50	8	3	37	1.48
59464314--59464353	19	2.3	19	87	12	59	37	0	0	62	0.95
59472474--59472520	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
59473067--59473133	4	16.5	4	74	9	55	1	23	2	71	1.08
59473663--59473699	18	2.0	19	89	5	58	45	0	0	54	1.00
59473650--59473707	19	2.8	20	75	15	57	50	0	0	50	1.00
59477926--59477965	15	2.7	15	85	14	57	67	5	0	27	1.11
59480541--59480597	28	2.0	28	100	0	114	43	17	14	24	1.86
59480624--59480681	24	2.4	24	82	5	73	31	25	25	17	1.97
59480668--59480735	28	2.4	28	87	0	91	41	17	17	23	1.90
59484967--59485022	24	2.3	24	78	6	60	25	1	5	67	1.21
59484985--59485033	15	3.1	15	80	16	55	24	2	6	67	1.24
59491090--59491136	22	2.1	23	88	4	69	61	4	2	31	1.27
59493642--59493871	84	2.7	83	87	2	325	37	15	21	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59499313--59499390	39	2.0	39	97	0	147	20	11	15	52	1.73
59505143--59505334	48	4.0	48	95	1	341	31	13	28	27	1.93
59512745--59513355	116	5.4	115	83	9	693	34	14	17	34	1.90
59514297--59515185	111	8.0	111	80	12	883	29	16	14	40	1.88
59514312--59515186	113	8.0	104	77	14	736	29	16	14	39	1.88
59525520--59525558	16	2.4	16	82	0	60	38	5	28	28	1.78
59525540--59525638	39	2.5	38	85	6	128	31	4	27	37	1.75
59529284--59529580	107	2.8	105	87	2	425	33	20	16	29	1.94
59530223--59530276	26	2.1	26	85	0	72	46	9	12	31	1.74
59531861--59532104	40	5.8	40	72	12	177	23	20	23	32	1.98
59531830--59532060	127	1.8	127	92	3	394	22	19	24	32	1.97
59531865--59532123	127	2.0	127	79	2	279	23	21	22	32	1.98
59532152--59532457	44	7.0	43	68	13	167	27	22	19	30	1.98
59532025--59532457	132	3.3	131	87	3	595	26	22	19	30	1.98
59532694--59533092	44	9.1	43	73	6	318	31	26	14	27	1.95
59532683--59532954	132	2.1	132	94	1	474	30	25	15	27	1.96
59532855--59533080	87	2.6	87	87	2	310	33	27	13	25	1.93
59533072--59533826	87	8.8	87	89	3	1145	25	21	22	30	1.99
59533092--59533828	341	2.1	343	89	4	1153	24	21	22	31	1.99
59535050--59535082	7	4.9	7	85	7	50	12	12	3	72	1.23
59535483--59535541	29	2.2	26	84	9	73	10	10	10	69	1.37
59539915--59540231	106	3.0	105	85	3	429	32	18	18	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59539936--59540237	107	2.8	106	87	1	435	32	19	17	30	1.95
59540428--59540454	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
59540884--59540937	26	2.1	26	85	0	72	46	9	12	31	1.74
59542706--59542731	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
59543142--59543176	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
59544147--59544187	19	2.2	19	100	0	82	9	26	0	63	1.25
59562406--59562473	31	2.2	31	84	7	86	22	11	19	47	1.81
59562496--59562572	31	2.6	30	80	10	86	36	10	12	40	1.78
59562811--59562958	73	2.0	73	94	2	262	47	8	8	35	1.63
59563457--59563508	24	2.2	24	89	0	77	55	9	0	34	1.32
59567517--59567567	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
59567439--59567660	103	2.2	103	93	1	374	18	18	31	31	1.95
59567580--59567730	71	2.1	72	91	2	243	23	16	29	30	1.96
59574941--59574990	25	2.0	25	96	0	91	14	20	36	30	1.91
59574866--59575081	100	2.2	100	92	3	355	18	17	31	32	1.94
59587677--59587728	24	2.1	24	82	3	59	57	9	0	32	1.31
59591715--59591930	102	2.1	101	90	3	337	18	18	30	32	1.95
59591851--59591999	70	2.1	71	90	2	230	23	16	28	31	1.96
59591958--59592009	27	1.9	27	92	0	86	15	23	32	28	1.95
59599124--59599344	104	2.2	102	90	4	347	18	18	31	31	1.95
59599266--59599414	69	2.1	71	88	4	223	23	16	29	30	1.96
59603567--59603620	18	2.9	19	76	12	60	61	1	1	35	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59610050--59610298	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
59610049--59610298	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
59610393--59610424	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
59610636--59610693	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
59612906--59612947	17	2.5	17	80	11	50	64	0	0	35	0.94
59621972--59622069	38	2.5	39	79	12	103	52	4	5	38	1.43
59622038--59622080	16	2.8	16	80	16	54	53	2	2	41	1.26
59622038--59622088	16	3.1	16	76	18	52	49	3	3	43	1.39
59622072--59622138	17	4.5	15	75	18	59	52	4	4	38	1.42
59622063--59622150	46	2.0	46	86	8	128	50	5	3	40	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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