genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  83  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25625114--25625167	6	9.2	6	77	2	56	75	5	14	3	1.12
25625206--25625240	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
25629462--25629515	17	3.2	17	81	0	63	7	12	3	75	1.14
25631163--25631222	24	2.5	24	97	2	113	15	16	16	51	1.76
25639164--25639210	18	2.6	18	86	0	58	12	4	4	78	1.04
25639511--25639576	21	3.0	22	86	4	80	30	4	30	34	1.78
25646131--25646187	10	5.7	10	72	15	55	28	28	14	29	1.95
25649753--25649785	13	2.5	13	90	9	50	39	0	12	48	1.40
25659138--25659171	13	2.7	12	90	9	50	41	0	11	47	1.40
25661698--25661794	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
25663497--25663534	12	3.1	12	92	3	58	76	7	2	13	1.11
25664461--25664528	36	1.9	36	88	8	104	75	2	19	2	1.07
25664461--25664533	35	2.1	34	85	12	96	72	2	21	2	1.10
25664578--25664607	12	2.5	12	100	0	60	43	13	16	26	1.85
25664610--25664642	12	2.8	12	90	0	57	75	0	18	6	1.00
25665710--25665752	22	1.9	23	85	4	61	39	32	2	25	1.69
25665735--25665775	20	2.0	20	90	0	64	31	29	4	34	1.79
25668154--25668186	11	3.1	11	91	8	59	33	0	39	27	1.57
25672509--25672610	24	4.4	23	79	10	93	28	3	31	36	1.75
25672549--25672615	22	2.9	22	86	6	80	28	4	32	34	1.77
25678918--25678950	13	2.5	13	100	0	66	81	6	0	12	0.85
25686089--25686155	31	2.1	32	81	13	77	31	29	11	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25688373--25688419	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
25702951--25703011	20	3.1	19	81	13	61	27	24	13	34	1.93
25702950--25703007	10	5.7	10	72	11	55	27	27	13	31	1.94
25709664--25709717	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
25709684--25709757	10	7.4	10	69	11	53	22	17	16	43	1.88
25709684--25709767	30	2.8	30	98	0	159	21	17	17	42	1.89
25709670--25709768	20	4.9	20	72	11	69	22	18	17	42	1.89
25712426--25712455	11	2.7	11	94	0	51	80	6	13	0	0.91
25712426--25712531	6	17.7	6	66	10	56	71	3	17	6	1.23
25712429--25712485	17	3.3	17	85	4	78	71	7	15	5	1.25
25712481--25712543	14	4.3	15	76	19	53	71	1	20	6	1.16
25714382--25714435	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
25714382--25714455	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
25714382--25714446	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
25715931--25716038	6	17.7	6	68	6	65	70	3	19	6	1.25
25715935--25715993	18	3.3	18	80	0	73	71	6	16	5	1.26
25715999--25716036	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
25717714--25717756	20	2.2	20	82	0	50	20	32	16	30	1.95
25717722--25717782	20	3.1	19	81	13	61	27	24	13	34	1.93
25717721--25717778	10	5.7	10	72	11	55	27	27	13	31	1.94
25724846--25724893	13	3.4	14	76	18	55	72	4	4	18	1.17
25724934--25724989	27	2.1	27	86	6	78	75	3	8	12	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25725798--25725843	20	2.2	20	84	3	56	65	0	26	8	1.21
25725850--25725885	6	6.0	6	93	0	54	33	0	27	38	1.57
25737470--25737514	18	2.5	19	79	17	51	73	0	20	6	1.05
25737554--25737611	29	2.0	30	86	10	84	62	1	24	12	1.39
25737630--25737706	37	2.0	39	90	9	124	42	16	23	16	1.88
25748389--25748420	12	2.8	12	95	4	57	18	9	0	71	1.12
25757691--25757760	30	2.3	30	100	0	140	17	31	21	30	1.96
25761144--25761226	42	2.0	42	97	0	157	39	9	18	32	1.83
25768636--25768667	12	2.8	12	95	4	57	6	6	6	81	0.99
25775937--25775971	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
25775959--25776063	6	17.2	6	66	9	52	7	17	3	71	1.25
25776010--25776063	6	9.2	6	75	4	56	3	14	5	75	1.12
25777083--25777115	10	3.3	10	100	0	66	0	9	0	90	0.44
25777139--25777167	11	2.6	11	100	0	58	6	0	0	93	0.36
25781538--25781581	21	2.1	21	91	0	70	29	34	2	34	1.70
25785310--25785364	15	3.8	14	80	7	65	74	1	21	1	1.01
25790432--25790512	42	1.9	42	97	0	153	40	8	17	33	1.80
25809733--25809770	17	2.2	18	85	4	51	63	2	23	10	1.39
25809752--25809806	12	4.6	12	73	15	51	63	0	23	12	1.29
25818851--25818915	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
25821911--25821968	30	1.9	29	83	13	73	6	17	5	70	1.28
25821930--25822022	11	7.7	11	73	20	55	15	9	3	72	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25832338--25832377	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
25832450--25832510	18	3.4	17	80	11	59	8	19	3	68	1.29
25838046--25838089	11	3.9	11	90	3	70	72	6	2	18	1.17
25838046--25838087	12	3.6	12	87	6	68	76	7	2	14	1.10
25839078--25839129	15	3.7	14	75	14	54	73	1	17	7	1.16
25839162--25839237	12	6.3	12	72	17	59	63	1	23	11	1.36
25840349--25840398	10	5.1	10	76	11	50	26	30	16	28	1.96
25840350--25840396	19	2.4	20	89	3	69	25	31	17	25	1.97
25843687--25843733	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
25846341--25846446	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
25848115--25848161	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
25849732--25849771	21	1.9	21	85	10	55	10	20	2	67	1.31
25857440--25857496	30	1.9	30	82	7	71	42	15	10	31	1.81
25858775--25858823	20	2.5	20	86	0	71	22	34	16	26	1.95
25860244--25860466	40	5.6	39	82	5	216	24	27	21	26	1.99
25860242--25860466	80	2.8	80	81	4	249	24	27	21	26	1.99
25860398--25860475	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
25867556--25867777	40	5.6	39	82	6	216	24	27	21	26	1.99
25867554--25867777	79	2.8	78	80	6	254	25	27	20	26	1.99
25867709--25867786	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
25880344--25880405	23	2.7	23	82	0	79	29	4	27	38	1.77
25892780--25892876	30	3.2	30	75	2	106	27	26	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25894570--25894623	24	2.2	25	93	3	92	74	5	5	14	1.19
25894573--25894617	12	3.8	12	87	0	63	82	2	2	13	0.86
25895523--25895593	37	1.9	37	86	11	101	76	2	18	2	1.04
25895533--25895582	6	8.2	6	83	14	50	76	2	20	2	0.99
25895643--25895673	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
25897815--25897911	30	3.2	30	75	2	106	27	26	16	28	1.97
25921329--25921355	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
25923075--25923164	20	4.3	19	69	22	56	27	5	3	63	1.33
25923443--25923504	23	2.7	23	87	0	88	29	6	27	37	1.82
25927668--25927872	101	2.0	101	100	0	410	32	12	17	37	1.88
25941430--25941470	20	2.0	20	100	0	82	24	29	17	29	1.97
25942532--25942756	40	5.7	40	85	6	262	25	27	21	25	2.00
25942534--25942756	119	1.9	120	83	6	292	25	26	21	25	2.00
25945143--25945196	15	3.7	15	75	7	58	70	1	24	3	1.13
25954928--25954990	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
25959707--25959740	4	9.0	4	93	6	54	20	0	0	79	0.73
25964598--25964782	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
25964579--25964782	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
25972553--25972644	39	2.3	39	88	5	132	25	26	22	26	2.00
25972536--25972693	40	4.0	40	78	13	139	24	25	22	27	2.00
25978118--25978158	15	2.7	16	74	11	50	7	26	0	65	1.18
25978315--25978353	15	2.4	15	87	12	51	10	20	2	66	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25979247--25979325	30	2.5	32	81	8	99	11	13	2	72	1.23
25979247--25979325	31	2.5	32	82	15	110	11	13	2	72	1.23
25979363--25979406	12	3.7	12	100	0	88	13	0	6	79	0.92
25979363--25979416	24	2.3	24	87	6	76	11	3	5	79	1.02
25990211--25990258	25	1.9	25	87	8	71	16	20	14	47	1.82
25997056--25997093	10	3.8	10	83	13	51	21	18	31	28	1.97
25997033--25997093	20	3.0	20	83	9	63	27	14	27	29	1.95
25997057--25997094	20	1.9	20	94	0	67	18	18	34	28	1.95
26001115--26001165	10	5.1	10	81	6	50	31	13	23	31	1.93
26001138--26001175	10	3.8	10	83	13	51	21	18	31	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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