genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
569642--569676	14	2.5	14	85	0	52	60	0	2	37	1.12
576373--576453	38	2.1	39	84	9	103	75	4	7	12	1.17
577228--577391	85	1.9	85	83	4	215	29	20	20	29	1.97
588013--588037	6	4.2	6	100	0	50	0	20	16	64	1.30
588132--588659	268	2.0	268	97	0	995	36	19	19	23	1.95
595316--595363	23	2.1	23	88	0	69	31	4	2	62	1.26
600935--600991	28	2.0	28	86	6	80	42	7	10	40	1.66
606218--606262	22	2.0	22	100	0	90	35	8	8	46	1.66
606861--606895	3	11.7	3	100	0	70	0	31	0	68	0.90
608952--609007	29	1.9	29	81	0	67	53	7	0	39	1.28
613784--613842	29	2.0	30	86	3	84	28	8	15	47	1.74
613789--613851	29	2.1	29	82	8	74	31	7	12	47	1.70
617107--617271	47	3.5	46	84	4	188	41	15	13	29	1.85
617108--617265	23	6.8	22	71	15	104	41	16	13	27	1.86
617127--617258	25	5.6	24	72	18	107	43	15	14	26	1.86
618208--618310	28	3.7	28	76	11	113	30	27	11	31	1.92
623118--623188	19	3.5	20	74	18	58	66	2	2	28	1.20
623289--623320	15	2.1	16	94	5	57	53	6	0	40	1.26
630550--630589	20	2.0	20	90	0	62	50	10	10	30	1.69
630538--630604	34	1.9	35	84	3	91	46	10	8	34	1.70
633200--633291	3	31.3	3	69	16	50	61	3	4	30	1.31
633244--633308	26	2.5	26	76	14	71	60	1	0	38	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
635625--635684	23	2.7	23	94	2	104	31	13	18	36	1.89
639110--639302	86	2.2	87	86	3	257	38	20	8	32	1.84
639663--639711	19	2.5	20	80	3	55	44	4	0	51	1.20
639678--639715	19	2.0	20	89	5	60	42	2	0	55	1.14
639726--639761	10	3.5	10	88	3	54	33	0	0	66	0.92
639678--639761	22	4.0	21	76	13	68	36	1	0	61	1.04
640573--640672	34	2.9	34	96	0	182	24	8	33	35	1.84
640760--640829	34	2.1	34	94	0	122	34	7	21	37	1.81
644131--644161	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
645326--645363	19	2.0	19	89	0	58	52	0	0	47	1.00
647089--647127	6	6.5	6	93	0	60	76	0	0	23	0.78
647799--647842	20	2.2	20	84	8	54	79	0	13	6	0.92
660912--661258	104	3.3	104	87	2	462	38	25	7	28	1.82
665642--665684	22	2.0	22	86	9	61	37	2	4	55	1.33
665647--665692	22	2.0	23	83	4	58	34	4	4	56	1.39
684397--684422	10	2.6	10	100	0	52	88	0	11	0	0.52
684405--684614	99	2.1	101	84	2	280	40	14	18	26	1.88
684612--685151	103	5.3	101	78	11	519	30	14	12	42	1.84
684808--685221	210	2.0	201	86	10	566	28	15	13	42	1.85
688142--688210	4	17.8	4	83	5	70	21	4	24	49	1.68
693065--693105	19	2.3	17	91	8	64	39	0	2	58	1.11
697797--697863	18	3.7	18	80	4	64	7	46	0	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
697809--697861	15	3.5	15	82	7	54	9	43	0	47	1.36
700435--700515	39	2.1	39	92	0	135	46	16	6	30	1.71
709566--710070	100	5.1	100	83	3	579	37	22	12	26	1.91
709627--710094	200	2.4	200	87	1	665	38	23	12	26	1.90
709627--710160	200	2.7	200	84	3	560	38	22	12	26	1.89
718998--719088	43	2.1	43	91	0	146	41	8	13	36	1.75
719158--719204	16	3.0	15	79	17	51	46	2	2	48	1.25
723768--723852	28	2.7	30	73	20	84	37	1	1	60	1.12
731632--731723	35	2.7	34	72	12	89	29	1	2	67	1.09
733640--733683	21	2.1	21	83	8	54	34	2	6	56	1.38
741167--741197	15	2.0	16	93	6	55	22	6	0	70	1.09
754728--754761	16	2.1	16	89	10	52	58	0	5	35	1.22
754797--754877	31	2.7	30	82	7	92	32	3	13	50	1.59
766088--766123	3	12.3	3	94	5	65	33	0	0	66	0.92
771897--771937	21	2.0	20	86	9	57	26	14	12	46	1.80
772224--772741	151	3.5	148	83	7	616	27	9	25	38	1.86
772491--772741	138	1.8	138	90	1	405	26	8	27	37	1.86
777448--777492	15	3.0	15	80	0	54	22	22	28	26	1.99
777598--777694	23	4.2	23	73	5	88	36	14	23	25	1.93
780614--780675	30	2.1	30	81	6	72	35	14	11	38	1.82
785527--785623	48	2.0	48	93	0	167	28	17	25	27	1.98
787587--787613	12	2.2	12	100	0	54	18	25	33	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
789568--789640	3	24.3	3	71	10	51	31	2	5	60	1.34
789575--789651	25	3.2	25	76	10	63	32	3	9	54	1.50
789881--789917	19	1.9	19	88	0	56	40	2	5	51	1.39
799157--799210	25	2.2	25	82	0	63	29	18	27	24	1.98
799232--799296	24	2.7	24	83	7	78	35	16	26	21	1.95
817035--817067	16	2.0	17	88	5	50	63	3	27	6	1.32
819720--819781	30	2.1	29	82	11	74	37	1	0	61	1.06
825424--825473	17	3.0	16	85	5	64	62	0	2	36	1.07
834124--834158	15	2.4	15	90	4	54	42	0	0	57	0.99
835643--835808	78	2.1	77	89	5	246	23	6	24	45	1.75
839148--839172	13	1.9	13	100	0	50	20	8	16	56	1.65
845719--845749	16	1.9	16	93	0	53	29	16	6	48	1.70
847662--847702	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
852679--852711	16	2.1	15	94	5	57	33	0	0	66	0.92
858806--859039	117	2.0	115	86	8	321	30	14	14	40	1.86
859545--859582	20	1.9	20	94	0	67	39	7	10	42	1.69
862397--862441	23	1.9	24	86	4	65	44	0	4	51	1.21
862472--862498	10	2.7	10	100	0	54	62	0	7	29	1.22
862968--863042	31	2.4	31	78	10	82	42	8	6	42	1.60
864514--865106	218	2.9	197	85	6	733	29	6	18	45	1.75
864711--865395	218	3.1	209	83	10	694	31	6	19	43	1.75
864984--865636	227	2.8	228	83	8	760	33	6	18	41	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
864984--865661	240	2.9	234	81	6	804	33	6	19	41	1.77
869127--869173	4	11.8	4	86	0	58	44	25	6	23	1.77
871370--871553	93	2.0	93	100	0	368	47	3	4	44	1.39
873757--873869	56	2.0	56	98	0	217	30	11	1	56	1.45
874987--875359	158	2.3	158	84	6	444	27	16	14	41	1.87
879295--879339	22	2.0	23	86	4	65	53	0	2	44	1.13
883773--883816	21	2.1	21	87	8	63	4	34	25	36	1.76
883806--883965	46	3.6	45	78	7	125	26	23	21	28	1.99
884105--884710	88	6.9	88	90	2	848	25	24	21	28	1.99
884304--884704	44	9.2	44	66	16	197	25	24	22	27	2.00
886820--886849	8	3.6	8	95	4	51	13	0	13	73	1.10
896953--896982	15	2.0	15	93	0	51	70	3	0	26	1.03
915353--915476	59	2.1	59	89	3	187	37	12	11	37	1.80
921651--921726	35	2.2	35	95	0	134	39	14	9	36	1.78
925028--925054	14	1.9	14	100	0	54	0	11	0	88	0.50
928637--928670	3	11.3	3	93	0	59	38	32	0	29	1.58
930509--930566	29	2.0	28	83	3	71	34	15	6	43	1.74
931681--931710	15	1.9	16	93	6	53	43	10	0	46	1.37
934525--934588	30	2.1	30	100	0	128	31	12	20	35	1.90
938172--938321	72	2.1	74	83	7	191	30	27	9	32	1.88
944515--944589	3	25.3	3	97	2	143	32	0	0	68	0.90
947401--947471	31	2.4	29	78	4	70	45	12	8	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
948556--948792	116	2.1	116	92	0	395	31	24	13	30	1.93
951819--951857	8	4.6	8	84	9	51	71	0	2	25	0.98
956306--956369	23	2.9	22	83	4	92	42	3	3	51	1.33
958171--958198	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
969448--969479	6	5.3	6	100	0	64	81	0	0	18	0.70
974713--975048	123	2.8	122	81	9	407	44	18	16	20	1.87
976553--976578	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
981025--981128	51	2.0	51	83	5	129	42	3	4	49	1.42
987065--987109	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
990825--990869	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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