genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  73  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22542698--22542773	40	1.9	39	82	12	93	61	0	7	30	1.24
22542664--22542764	29	3.5	28	71	12	78	59	1	7	30	1.37
22543181--22543421	91	2.6	90	78	10	261	35	10	17	36	1.85
22544067--22544148	4	19.2	4	77	20	62	70	7	21	0	1.11
22544903--22545016	37	2.9	39	77	10	124	26	17	23	32	1.97
22546912--22546951	16	2.6	15	88	7	62	60	0	2	37	1.11
22556066--22556123	31	1.9	31	85	3	82	43	6	8	41	1.62
22565733--22566037	41	7.4	41	86	2	400	53	6	20	20	1.67
22570455--22570563	34	3.2	34	65	17	98	11	6	39	42	1.67
22576892--22576927	18	2.0	18	88	0	54	19	47	13	19	1.83
22577153--22577192	21	1.9	20	85	10	53	22	52	17	7	1.69
22580853--22580978	60	2.1	60	82	2	155	29	32	25	12	1.93
22582195--22582264	29	2.3	30	85	4	88	34	7	14	44	1.72
22582216--22582275	29	2.1	29	83	0	75	31	5	13	50	1.63
22582416--22582504	31	3.0	30	80	8	101	41	12	10	35	1.76
22586433--22586463	16	1.9	16	93	0	53	45	0	9	45	1.36
22586680--22586967	101	2.8	101	91	1	443	23	17	27	31	1.97
22586680--22586967	51	5.7	50	79	5	267	23	17	27	31	1.97
22586889--22586969	26	3.2	26	62	22	62	23	14	27	34	1.94
22586989--22587187	43	4.7	43	80	9	239	22	19	25	33	1.97
22586973--22587187	85	2.5	85	95	0	387	22	19	24	33	1.97
22589284--22589410	49	2.7	47	83	2	155	27	14	25	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22591709--22591740	16	2.0	16	93	0	55	40	6	15	37	1.73
22591961--22592248	51	5.7	50	77	5	267	23	17	27	31	1.97
22591963--22592248	101	2.8	101	93	1	466	23	17	26	31	1.97
22592170--22592250	26	3.2	26	66	22	71	22	14	28	34	1.94
22592258--22592469	43	5.0	42	78	10	227	23	17	25	33	1.96
22592254--22592469	85	2.6	85	94	0	380	22	18	25	32	1.97
22594519--22594568	25	2.0	25	84	0	64	18	18	38	26	1.93
22596728--22596759	10	3.2	10	95	0	55	15	0	43	40	1.47
22601089--22601149	14	4.4	14	81	10	63	24	1	0	73	0.92
22601096--22601152	26	2.1	28	83	9	73	22	3	0	73	0.98
22605066--22605109	21	2.0	22	91	4	72	25	4	13	56	1.56
22608433--22608505	26	2.8	25	75	4	65	39	10	16	32	1.83
22616089--22616388	46	6.6	46	83	4	306	21	20	16	41	1.90
22616129--22616436	46	6.8	46	83	5	281	22	20	15	41	1.90
22616324--22616451	45	2.8	45	83	2	159	21	21	16	40	1.91
22621816--22621899	44	1.9	44	92	0	141	33	5	25	35	1.80
22627248--22627290	18	2.4	18	92	0	68	34	6	18	39	1.78
22628827--22628865	15	2.7	15	84	7	55	64	10	2	23	1.37
22638302--22638348	5	9.0	5	83	6	58	19	6	0	74	1.03
22638302--22638348	16	3.0	15	81	9	58	19	6	0	74	1.03
22638309--22638348	21	1.9	21	94	0	71	15	7	0	77	0.98
22641482--22641788	107	2.9	107	88	1	465	30	17	18	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22653409--22653608	44	4.7	43	77	11	209	31	22	22	24	1.98
22653409--22653608	84	2.4	84	93	0	346	31	22	22	24	1.98
22653452--22653616	44	3.8	44	82	9	232	33	20	23	22	1.97
22655639--22655937	107	2.8	107	91	1	483	31	18	18	32	1.95
22656266--22656428	81	2.0	81	98	0	317	28	26	8	35	1.86
22662490--22662611	49	2.5	49	80	7	133	33	16	27	22	1.95
22663249--22663342	30	3.2	30	63	31	76	36	5	15	42	1.70
22663233--22663351	58	2.1	58	100	0	238	37	5	16	40	1.71
22669098--22669131	17	2.0	17	88	0	50	47	17	11	23	1.81
22670527--22670567	21	2.0	21	90	0	64	65	12	12	9	1.46
22670937--22671019	37	2.3	35	80	11	89	61	2	1	34	1.17
22670949--22671029	37	2.1	39	84	8	105	61	2	2	33	1.22
22676415--22676454	18	2.0	20	86	13	57	62	7	0	30	1.23
22676415--22676455	20	2.0	21	86	13	59	60	7	0	31	1.24
22687743--22687857	43	2.7	43	82	5	133	35	24	15	24	1.94
22693668--22693714	24	2.0	24	95	0	85	51	14	17	17	1.77
22695916--22695964	25	2.0	25	84	8	64	28	24	36	10	1.88
22696302--22696384	41	2.0	42	81	6	98	24	20	21	33	1.97
22697161--22697209	14	3.6	14	77	5	55	40	38	0	20	1.53
22698030--22698107	41	1.9	41	83	0	102	17	24	16	41	1.90
22698739--22698778	6	7.2	6	83	16	50	45	0	0	55	0.99
22706764--22706930	90	1.9	90	85	2	237	32	25	10	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22717476--22717533	30	1.9	30	85	0	80	12	34	32	20	1.90
22720830--22720923	45	2.1	45	89	0	143	31	23	18	26	1.97
22720987--22721018	12	2.7	12	95	0	55	34	28	12	25	1.92
22720925--22721063	63	2.2	63	94	2	242	32	28	16	23	1.96
22720999--22721176	51	3.5	50	72	11	157	30	27	16	25	1.97
22720991--22721177	101	1.9	101	84	7	238	31	26	16	25	1.96
22736661--22736686	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
22738738--22738776	20	2.0	20	85	10	53	69	2	7	20	1.26
22742572--22742622	23	2.2	24	80	16	63	56	17	0	25	1.41
22744200--22744243	22	2.0	22	86	0	61	47	4	4	43	1.44
22744272--22744322	16	2.8	19	67	27	56	37	0	11	50	1.39
22744445--22744481	6	6.2	6	93	0	65	18	0	45	35	1.50
22744505--22744577	34	2.2	33	85	2	92	17	1	34	46	1.57
22744592--22744624	15	2.2	15	100	0	66	24	0	27	48	1.51
22744606--22744658	27	2.0	27	96	0	97	20	0	33	45	1.52
22744524--22744704	95	1.9	96	91	1	301	17	1	34	46	1.55
22744622--22744735	53	2.2	51	90	3	174	15	0	37	45	1.53
22744742--22744781	7	5.9	7	83	16	57	52	0	0	47	1.00
22744739--22744781	12	3.3	12	78	15	50	53	0	0	46	1.00
22744948--22744995	21	2.3	21	85	0	60	6	18	39	35	1.76
22746968--22747067	51	2.0	51	84	4	130	46	3	26	25	1.67
22747029--22747089	22	2.8	22	80	14	65	42	3	29	24	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22747048--22747089	11	3.8	11	81	6	50	45	4	28	21	1.72
22752138--22752171	17	2.0	17	88	0	50	50	11	2	35	1.54
22753151--22753214	24	2.6	24	85	5	92	25	0	4	70	1.06
22756149--22756205	15	3.5	15	73	17	60	49	1	0	49	1.11
22757253--22757296	23	1.9	23	100	0	88	34	13	9	43	1.76
22763227--22763260	5	7.0	5	93	6	61	79	0	20	0	0.73
22765212--22765281	33	2.1	33	91	0	113	52	5	4	37	1.45
22767018--22767067	18	2.7	17	84	9	55	52	2	10	36	1.47
22767424--22767457	16	2.1	16	94	0	59	38	11	0	50	1.39
22769412--22769481	25	2.8	25	82	4	79	20	22	28	28	1.98
22772364--22772395	16	1.9	17	93	6	57	53	0	6	40	1.26
22778354--22778492	56	2.5	56	85	4	208	31	6	17	44	1.74
22781316--22781449	70	1.9	71	84	4	182	20	20	26	31	1.98
22783590--22783782	50	3.9	50	87	0	251	27	22	30	20	1.98
22784475--22784527	13	4.1	13	90	0	88	35	24	7	32	1.84
22784720--22784750	16	1.9	16	93	0	53	51	6	22	19	1.69
22784721--22784766	20	2.3	20	84	0	65	56	2	23	17	1.52
22786209--22786302	9	10.4	9	86	4	136	41	22	11	24	1.87
22786334--22786377	14	3.4	13	84	9	54	22	2	9	65	1.32
22789675--22789740	26	2.5	27	85	7	91	40	21	19	18	1.91
22791552--22791612	3	20.7	3	78	9	63	29	3	1	65	1.18
22796449--22796482	13	2.6	13	90	9	52	38	0	11	50	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22796453--22796558	56	1.9	56	90	3	169	32	7	12	48	1.69
22798113--22798160	18	2.6	19	80	6	62	62	0	0	37	0.95
22798273--22798333	20	2.9	21	75	7	61	36	0	1	62	1.05
22798727--22798768	21	2.0	21	90	0	66	28	16	26	28	1.97
22798850--22798897	3	16.0	3	100	0	96	66	0	33	0	0.92
22800795--22800832	20	1.9	20	94	0	67	34	28	13	23	1.92
22802759--22802912	20	7.6	20	69	13	82	40	14	5	40	1.68
22802849--22802913	21	3.1	21	84	4	87	40	13	4	41	1.66
22806558--22806621	20	3.2	20	69	8	58	34	18	29	17	1.94
22806539--22806648	40	2.8	40	90	0	157	38	18	27	16	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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