genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  26  of  211  ( 25274 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7823959--7824008	21	2.4	21	86	0	73	34	14	46	6	1.69
7824325--7824616	43	6.8	43	87	0	381	23	20	25	30	1.98
7825396--7825503	29	3.7	29	74	15	87	57	4	0	37	1.20
7826668--7826710	21	2.0	23	82	17	56	27	32	2	37	1.70
7832733--7832772	18	2.1	20	86	9	57	37	0	5	57	1.21
7839054--7839265	104	2.0	104	89	0	325	42	9	3	43	1.56
7846507--7846545	19	2.1	19	100	0	78	28	5	10	56	1.54
7848522--7848636	44	2.6	44	84	2	142	27	20	22	28	1.99
7863776--7863848	32	2.5	27	78	19	92	26	2	20	50	1.61
7863785--7863855	32	2.2	32	94	0	124	28	2	19	49	1.62
7869072--7869104	16	2.1	16	88	5	50	45	9	0	45	1.35
7869868--7870012	23	6.3	23	84	0	191	29	24	22	24	1.99
7869876--7870011	46	3.0	45	92	2	218	30	24	22	23	1.99
7870464--7870521	30	2.0	29	86	3	80	29	25	5	39	1.77
7871764--7871805	18	2.3	18	88	8	59	50	2	0	47	1.14
7872102--7872141	10	3.9	10	86	3	53	42	0	2	55	1.13
7873273--7873323	20	2.5	21	78	9	61	54	5	1	37	1.36
7873330--7873368	20	2.0	20	85	10	53	58	7	0	33	1.26
7874164--7874188	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
7874409--7874438	15	2.0	15	93	0	51	70	0	3	26	1.03
7875780--7875827	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
7875967--7876063	43	2.3	43	85	0	131	20	19	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7876054--7876302	43	5.8	42	73	9	189	28	28	18	25	1.98
7876054--7876302	130	1.9	130	81	4	297	28	28	18	25	1.98
7876906--7876995	44	2.0	44	100	0	180	42	17	11	28	1.84
7879927--7880114	69	2.7	70	93	4	310	47	5	5	41	1.49
7879947--7880045	21	4.4	21	68	23	58	50	3	5	41	1.39
7881584--7881623	12	3.3	12	83	13	55	57	12	7	22	1.60
7881573--7881634	24	2.7	24	73	14	67	53	14	8	24	1.68
7881672--7881697	12	2.2	12	100	0	52	57	11	7	23	1.59
7882099--7882155	23	2.4	24	91	2	89	21	0	45	33	1.52
7882107--7882155	12	4.3	11	79	7	53	22	0	42	34	1.54
7882466--7882501	16	2.2	17	90	5	56	30	5	2	61	1.33
7882984--7883128	21	6.8	21	71	15	75	40	46	1	11	1.49
7882980--7883071	36	2.6	36	78	3	96	39	44	2	14	1.57
7883049--7883142	7	13.3	7	76	10	75	42	50	0	7	1.30
7883032--7883132	28	3.5	28	83	5	105	44	45	0	9	1.37
7883085--7883191	20	5.3	20	73	9	83	37	46	0	14	1.52
7882992--7883142	28	5.3	28	76	10	103	40	47	1	11	1.48
7884588--7884746	41	3.9	41	70	9	126	36	27	17	18	1.93
7884593--7884769	82	2.2	82	82	5	223	38	25	16	18	1.92
7888798--7888902	51	2.1	50	90	1	165	27	9	20	42	1.82
7894799--7894840	18	2.3	19	79	8	50	23	2	2	71	1.10
7896322--7896402	31	2.7	29	69	14	74	43	8	12	35	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7896672--7896714	23	1.9	23	86	13	63	27	4	0	67	1.10
7896651--7896760	20	5.4	19	72	11	67	30	3	1	64	1.21
7900462--7900514	22	2.4	21	87	12	72	66	3	1	28	1.20
7900462--7900525	11	5.8	11	70	14	51	64	3	1	31	1.19
7900486--7900574	42	2.2	42	90	8	132	65	0	3	31	1.09
7900498--7900569	11	6.6	11	71	24	55	61	0	4	34	1.16
7910667--7910713	20	2.3	20	81	0	58	40	23	12	23	1.89
7910770--7910824	20	2.7	20	94	2	92	41	20	9	29	1.82
7910900--7910937	20	1.9	20	88	0	58	52	13	7	26	1.67
7913236--7913282	19	2.5	19	89	0	76	38	4	0	57	1.18
7921009--7921040	12	2.6	13	85	14	50	56	6	0	37	1.25
7929302--7929538	117	2.0	117	99	0	465	40	13	20	25	1.89
7934096--7934135	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
7934084--7934150	34	1.9	35	87	3	100	47	11	8	31	1.71
7934575--7934661	8	9.7	9	77	13	65	67	0	1	31	0.98
7934574--7934610	10	3.8	10	85	7	58	64	0	0	35	0.94
7934555--7934655	22	4.7	22	67	25	63	66	0	0	31	1.05
7934583--7934693	46	2.5	44	80	11	109	63	1	1	32	1.15
7935060--7935107	22	2.2	22	85	7	62	27	0	8	64	1.22
7935080--7935144	31	2.1	32	85	8	89	23	1	6	69	1.20
7935182--7935238	9	6.1	9	76	15	53	26	5	1	66	1.22
7935204--7935250	19	2.5	19	85	0	67	27	2	4	65	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7936846--7936879	7	4.9	7	88	0	50	14	0	2	82	0.79
7938020--7938374	42	8.4	41	85	6	419	30	21	20	26	1.98
7938020--7938374	85	4.2	84	87	6	450	30	21	20	26	1.98
7938804--7938872	21	3.3	21	89	0	102	2	42	20	34	1.67
7944389--7944476	9	9.8	9	72	14	56	38	1	18	42	1.58
7944389--7944774	18	21.4	18	70	7	176	37	2	13	47	1.55
7944703--7944792	9	10.0	9	73	13	69	34	4	6	54	1.47
7944406--7944777	27	13.4	27	89	5	512	36	1	12	48	1.53
7945368--7945404	13	2.9	13	96	4	67	37	8	0	54	1.30
7948055--7948093	21	1.9	20	89	5	60	46	35	0	17	1.49
7948153--7948672	228	2.3	227	75	8	500	27	22	19	30	1.98
7950089--7950128	20	2.1	18	86	13	53	57	2	15	25	1.50
7951812--7952583	98	7.9	98	92	0	1202	22	20	23	32	1.98
7951810--7952571	50	15.6	48	68	10	351	22	20	24	32	1.98
7964682--7964721	20	2.1	18	86	13	53	57	2	15	25	1.50
7964997--7965055	30	1.9	30	83	13	75	54	1	8	35	1.41
7968227--7968291	20	3.3	19	80	10	69	58	4	0	36	1.19
7968226--7968281	19	2.9	19	81	7	69	60	3	0	35	1.14
7968232--7968340	44	2.7	41	76	19	113	53	4	0	42	1.21
7969749--7969813	31	2.1	31	82	0	76	35	13	9	41	1.77
7973033--7973134	41	2.5	40	85	6	132	28	25	18	27	1.98
7974725--7974749	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7978771--7978911	40	3.6	39	76	7	124	29	23	17	29	1.97
7978802--7978910	37	2.8	40	75	9	107	32	22	16	28	1.96
7981188--7981250	17	3.9	17	71	12	60	65	1	0	33	1.03
7981248--7981333	36	2.3	36	80	6	91	56	16	3	23	1.55
7982171--7982221	23	2.2	23	82	3	57	19	47	0	33	1.50
7982178--7982222	23	2.0	23	90	0	72	17	46	0	35	1.49
7984089--7984131	17	2.5	17	81	7	52	32	0	0	67	0.91
7984090--7984142	26	2.1	26	82	3	63	37	0	0	62	0.96
7985476--7985501	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7987896--7987967	34	2.1	34	97	0	135	40	31	1	26	1.65
7987959--7987988	13	2.3	13	100	0	60	46	30	0	23	1.52
7988246--7988305	25	2.4	25	86	5	77	26	21	21	30	1.99
7988269--7988316	25	1.9	25	91	0	78	29	20	20	29	1.98
7990574--7990673	23	4.2	22	76	17	58	27	23	26	24	2.00
7990592--7990683	23	3.9	23	80	15	98	30	21	26	21	1.99
7997550--7997597	7	6.9	7	100	0	96	58	12	0	29	1.35
8000511--8000712	106	1.9	105	84	3	271	31	14	24	29	1.95
8002923--8002973	27	1.9	26	88	4	75	31	9	11	47	1.73
8006138--8006234	33	2.8	33	84	7	106	37	22	10	29	1.87
8006448--8006685	41	5.8	41	93	3	390	27	22	21	28	1.99
8011828--8011925	33	2.9	33	84	7	108	36	22	10	30	1.87
8012142--8012338	41	4.8	41	91	5	308	27	22	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8021316--8021412	37	2.9	33	83	9	99	37	21	10	30	1.87
8021627--8021863	41	5.8	41	92	4	381	27	22	21	29	1.99
8021627--8021863	81	2.9	82	92	3	381	27	22	21	29	1.99
8027003--8027100	33	2.9	33	84	7	108	36	22	10	30	1.87
8027315--8027511	41	4.8	41	91	5	308	27	22	21	28	1.99
8033660--8033691	15	2.0	17	88	11	50	68	3	21	6	1.26
8034415--8034513	28	3.5	28	84	0	117	32	13	25	29	1.93
8035214--8035801	70	8.3	70	87	4	765	25	15	16	42	1.87
8035214--8035784	282	2.0	282	86	4	803	25	15	15	43	1.86
8035229--8035782	47	11.8	46	70	12	315	25	15	16	42	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211