genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  82  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25386851--25386927	18	4.5	17	74	11	68	9	18	3	68	1.31
25386821--25386913	6	15.3	6	67	5	53	6	19	3	70	1.22
25387992--25388026	12	2.9	12	86	0	52	14	8	2	74	1.17
25388002--25388052	14	3.5	14	78	17	59	17	5	3	72	1.20
25389404--25389464	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
25389405--25389465	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
25390372--25390621	132	1.9	132	90	0	401	36	24	21	18	1.94
25401436--25401537	50	2.0	50	98	0	195	17	22	22	37	1.94
25405075--25405112	20	1.9	19	85	15	51	13	18	28	39	1.88
25410069--25410165	30	3.2	30	72	8	99	28	16	26	27	1.97
25412341--25412371	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
25412432--25412481	6	8.2	6	81	16	50	2	20	2	76	0.99
25412421--25412491	37	1.9	37	86	11	101	2	18	2	76	1.04
25412417--25412477	16	3.8	16	77	14	63	3	19	1	75	1.03
25413349--25413398	12	4.2	12	78	12	59	18	4	2	76	1.04
25413345--25413393	24	2.0	24	96	0	89	14	4	4	77	1.06
25413345--25413394	23	2.1	24	92	3	84	14	6	4	76	1.13
25415054--25415150	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
25415478--25415543	30	2.2	30	94	0	114	18	25	21	34	1.96
25420185--25420237	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
25425813--25425885	30	2.5	30	86	10	114	31	13	24	30	1.94
25425832--25425897	30	2.2	30	84	10	82	27	15	31	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25429135--25429231	30	3.2	30	72	8	99	28	16	26	27	1.97
25431409--25431439	12	2.6	12	94	0	53	29	16	12	41	1.85
25431500--25431549	6	8.2	6	83	16	59	0	20	2	78	0.86
25431487--25431549	21	3.0	20	79	6	63	1	19	1	77	0.93
25431489--25431559	37	1.9	37	86	11	101	1	18	2	77	0.97
25431487--25431560	27	2.8	26	78	17	89	1	18	2	77	0.97
25431791--25431997	98	2.1	98	96	0	389	27	2	29	40	1.71
25431989--25432045	21	2.7	21	83	2	69	33	3	33	29	1.75
25436296--25436350	17	3.2	17	76	5	56	9	12	3	74	1.18
25436311--25436362	18	2.7	19	85	11	63	5	13	3	76	1.10
25438572--25438623	13	4.0	13	90	7	79	15	7	1	75	1.12
25438886--25438963	21	3.4	23	74	8	70	26	2	30	39	1.70
25438922--25438988	21	3.1	21	82	4	80	29	2	32	34	1.73
25442969--25443065	30	3.2	30	72	8	99	28	16	26	27	1.97
25445238--25445265	11	2.5	11	100	0	56	21	17	17	42	1.89
25446281--25446338	10	5.8	10	78	11	57	8	3	1	86	0.76
25446279--25446338	21	3.0	20	78	9	68	10	3	1	85	0.79
25446280--25446334	22	2.4	23	78	3	67	9	3	1	85	0.79
25447992--25448088	30	3.2	30	72	8	99	28	16	26	27	1.97
25454659--25454805	67	2.1	71	90	5	230	30	29	17	23	1.96
25454817--25454867	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
25454729--25454945	102	2.2	102	90	5	336	31	31	18	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25455274--25455337	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
25455281--25455337	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
25458577--25458637	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
25458578--25458638	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
25460285--25460316	12	2.7	12	95	0	55	18	21	0	59	1.38
25460309--25460356	14	3.6	13	78	15	53	6	16	2	75	1.11
25460322--25460358	15	2.4	16	82	13	51	8	16	0	75	1.02
25460363--25460421	18	3.3	18	80	0	73	5	16	6	71	1.26
25460333--25460425	6	15.3	6	67	5	53	5	19	4	70	1.23
25462590--25462636	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
25469044--25469149	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
25470229--25470253	11	2.3	11	100	0	50	16	0	8	76	1.02
25471753--25471799	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
25472151--25472187	12	3.2	12	85	7	51	16	5	5	72	1.21
25473544--25473604	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
25473545--25473605	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
25475129--25475177	21	2.2	22	85	7	64	6	18	2	73	1.14
25486331--25486366	18	2.0	18	89	10	56	55	13	11	19	1.68
25493323--25493355	16	2.1	16	94	0	57	39	6	33	21	1.78
25493588--25493622	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25493568--25494179	120	5.1	120	93	0	967	50	4	1	43	1.33
25493826--25493862	16	2.2	17	86	13	51	54	0	0	45	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25493918--25493958	13	3.2	12	80	12	55	58	0	0	41	0.98
25493946--25493980	17	2.1	17	100	0	70	65	0	0	34	0.93
25494068--25494102	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
25497453--25497514	23	2.7	23	82	0	79	29	4	27	38	1.77
25506817--25506873	20	2.8	20	78	2	60	26	12	33	28	1.92
25509689--25509724	10	3.8	9	89	10	54	2	8	2	86	0.77
25509680--25509745	22	3.1	21	82	6	71	4	13	3	78	1.02
25517545--25517589	23	2.0	23	86	0	63	28	8	26	35	1.87
25520608--25520646	19	2.0	20	85	10	53	64	7	7	20	1.45
25530350--25530383	6	5.7	6	96	0	50	44	23	0	32	1.54
25530391--25530435	20	2.2	20	84	4	54	8	26	0	64	1.23
25531425--25531461	15	2.5	15	100	0	74	5	5	10	78	1.08
25536781--25536816	10	3.8	9	89	10	54	2	8	2	86	0.77
25536772--25536831	22	2.7	21	82	7	66	5	15	3	76	1.08
25544563--25544606	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
25549896--25549953	10	5.7	10	76	11	64	31	27	12	29	1.92
25552416--25552523	6	17.7	6	68	6	65	70	3	19	6	1.25
25552437--25552545	27	3.9	27	71	13	87	67	2	20	9	1.30
25552420--25552478	18	3.3	18	80	0	73	71	6	16	5	1.26
25552484--25552521	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
25552402--25552521	12	10.0	12	69	19	63	69	3	19	8	1.29
25552527--25552558	12	2.7	12	95	0	55	59	0	21	18	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25554208--25554265	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
25554208--25554268	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
25572793--25572875	42	2.0	42	100	0	166	32	19	9	38	1.84
25574773--25574834	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
25574773--25574835	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
25579129--25579160	15	2.1	16	94	5	57	6	21	0	71	1.07
25580141--25580184	13	3.7	12	85	8	63	13	2	4	79	0.98
25580140--25580184	12	3.6	13	82	8	58	13	2	4	80	0.97
25586239--25586390	74	2.1	72	90	6	236	34	19	23	22	1.96
25589921--25589973	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
25594146--25594203	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
25594146--25594206	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
25596658--25596691	15	2.3	15	89	0	50	82	2	14	0	0.79
25596677--25596763	6	14.0	6	69	7	57	70	2	19	8	1.24
25596677--25596718	18	2.3	18	87	0	66	71	4	16	7	1.26
25596724--25596761	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
25596645--25596761	12	10.0	12	69	22	54	70	2	17	8	1.23
25596767--25596798	12	2.7	12	95	0	55	59	0	21	18	1.38
25598447--25598504	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
25598447--25598507	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
25602258--25602317	13	5.0	12	80	15	70	73	5	5	16	1.19
25602363--25602424	26	2.2	29	86	8	85	74	3	11	11	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25602363--25602424	27	2.2	28	88	8	92	74	3	11	11	1.19
25603278--25603316	15	2.4	15	87	12	51	66	2	20	10	1.33
25615897--25615954	12	4.8	12	82	16	75	15	8	1	74	1.14
25615901--25615954	11	4.6	11	84	13	72	12	7	1	77	1.05
25615897--25615954	25	2.4	23	91	5	89	15	8	1	74	1.14
25618630--25618676	18	2.6	18	86	0	58	12	8	4	74	1.19
25618976--25619041	21	3.0	22	86	4	80	30	4	30	34	1.78
25624064--25624095	10	3.3	10	95	4	57	90	0	9	0	0.45
25624064--25624096	9	3.6	9	92	8	57	87	0	12	0	0.53
25625118--25625167	18	2.8	18	87	0	64	76	6	14	4	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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