genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  76  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23630041--23630196	52	3.1	48	78	14	140	31	4	7	56	1.48
23635970--23636024	27	2.0	27	100	0	110	34	29	7	29	1.84
23636050--23636089	10	3.7	10	81	18	53	65	5	0	30	1.14
23636096--23636131	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
23637070--23637146	38	2.0	38	94	0	136	31	40	0	28	1.57
23639213--23639258	16	2.9	15	81	12	56	71	8	19	0	1.11
23640275--23640393	24	4.9	25	75	3	82	18	26	21	32	1.97
23645186--23645341	38	4.0	40	81	9	130	44	12	10	33	1.76
23645234--23645341	38	2.8	38	85	2	135	42	12	9	36	1.74
23646945--23647002	26	2.2	26	93	0	98	46	15	13	24	1.82
23646953--23647005	26	2.0	26	100	0	106	41	18	15	24	1.89
23648119--23648160	21	2.0	21	95	0	75	21	14	45	19	1.85
23654010--23654104	22	4.3	22	86	0	136	48	16	18	15	1.81
23654010--23654104	11	8.6	11	69	16	63	48	16	18	15	1.81
23654709--23654830	63	1.9	63	83	0	154	30	30	18	21	1.97
23654779--23654886	50	2.2	50	86	0	144	30	29	21	18	1.97
23661180--23661241	22	2.8	22	78	9	63	45	16	16	22	1.85
23661800--23662384	63	9.3	63	84	0	443	27	30	20	21	1.98
23661898--23662383	126	3.9	125	84	3	566	27	30	20	21	1.98
23661887--23662383	189	2.6	189	84	2	617	27	30	20	21	1.98
23664721--23664765	23	2.0	23	95	0	81	22	15	17	44	1.86
23668503--23668614	59	1.9	59	83	0	143	30	5	15	49	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23668722--23668751	16	1.9	15	93	6	51	23	10	20	46	1.80
23669322--23669425	17	5.8	17	65	23	52	30	3	21	44	1.70
23672550--23672605	19	2.9	19	74	10	51	76	5	0	17	0.96
23673803--23673884	40	2.0	40	97	0	155	37	7	17	37	1.77
23674668--23674766	37	2.7	38	79	16	118	41	3	4	51	1.36
23682142--23682166	9	2.8	9	100	0	50	0	12	12	76	1.04
23688193--23688232	3	13.3	3	94	0	71	35	0	30	35	1.58
23689432--23689471	21	1.9	21	85	10	55	17	22	7	52	1.69
23694706--23694817	17	6.5	17	69	4	71	44	17	9	27	1.80
23695471--23695540	36	1.9	36	85	0	95	41	22	8	27	1.83
23695778--23695914	25	5.1	25	77	14	116	50	18	2	28	1.59
23695778--23695938	29	5.8	27	77	13	134	49	16	3	30	1.61
23699179--23699354	87	2.0	87	96	0	325	41	4	19	34	1.72
23702667--23702700	17	1.9	18	94	5	61	38	2	5	52	1.41
23707692--23707731	6	6.7	6	91	0	53	67	10	7	15	1.41
23708615--23708667	16	3.6	14	75	14	54	66	1	18	13	1.34
23718011--23718079	26	2.8	24	77	20	72	24	24	18	31	1.98
23718018--23718079	23	2.5	26	82	15	78	25	24	17	32	1.97
23720865--23720940	40	1.9	40	91	0	125	30	10	18	40	1.84
23725095--23725165	37	1.9	37	82	5	90	29	1	4	64	1.20
23733234--23733283	24	2.0	25	88	3	75	28	18	4	50	1.65
23735023--23735253	108	2.1	108	93	0	390	36	16	20	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23742802--23743081	85	3.3	84	83	4	305	22	18	24	34	1.96
23742802--23743081	42	6.6	42	78	10	232	22	18	24	34	1.96
23746851--23746935	24	3.6	23	73	7	71	35	23	25	15	1.94
23754831--23754861	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
23754912--23754948	9	4.1	9	85	0	56	45	10	10	32	1.74
23755479--23755525	17	2.8	17	79	20	62	36	2	6	55	1.37
23758371--23758437	16	4.2	16	71	3	55	43	2	25	28	1.69
23758416--23758503	46	2.0	42	86	8	122	35	2	21	40	1.66
23759740--23759818	42	1.9	41	87	5	115	44	3	3	48	1.39
23765375--23765424	25	2.0	25	100	0	100	44	8	8	40	1.63
23768938--23768985	18	2.7	18	71	9	53	39	4	16	39	1.68
23780680--23780711	16	2.0	16	93	0	55	59	0	0	40	0.97
23782373--23782433	20	3.0	20	85	2	77	29	8	27	34	1.86
23782382--23782446	21	3.1	21	91	2	96	30	12	24	32	1.92
23782782--23782830	19	2.6	19	78	18	50	59	6	10	24	1.53
23785851--23785907	27	2.1	27	83	6	71	45	0	0	54	0.99
23793744--23793839	25	3.7	26	81	5	97	28	27	19	25	1.99
23799393--23799494	41	2.5	41	81	0	123	26	23	20	29	1.99
23803490--23803525	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
23803506--23803596	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
23803760--23803794	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23803769--23803965	61	3.3	60	68	13	152	48	6	2	43	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23803738--23804004	120	2.2	120	92	0	435	49	5	2	43	1.37
23806446--23806480	18	1.9	18	100	0	70	60	0	28	11	1.32
23807576--23808263	217	3.2	216	92	1	1092	27	26	18	27	1.98
23807576--23808262	44	15.8	44	70	8	336	27	26	18	27	1.98
23809469--23809525	7	7.5	8	86	6	50	10	5	1	82	0.90
23809477--23809531	7	7.7	7	85	4	65	9	3	3	83	0.88
23809467--23809524	29	2.0	29	87	12	84	12	6	1	79	1.00
23809469--23809531	15	4.2	15	80	10	67	9	4	3	82	0.92
23810336--23810375	17	2.3	17	86	4	53	0	12	2	85	0.71
23810336--23810375	6	6.8	6	88	5	55	0	12	2	85	0.71
23824650--23824689	14	2.8	15	88	7	57	35	20	22	22	1.96
23828326--23828359	12	3.0	12	91	8	54	8	23	8	58	1.56
23830976--23831010	17	2.1	16	89	5	52	22	20	0	57	1.41
23841022--23841193	89	1.9	88	96	1	317	41	9	15	33	1.80
23844950--23845087	25	5.6	25	83	7	147	21	25	24	28	1.99
23854640--23854685	19	2.5	19	86	10	60	71	8	6	13	1.29
23859788--23859852	32	2.0	32	93	0	112	49	10	12	27	1.73
23860877--23860905	10	2.9	10	100	0	58	37	0	0	62	0.96
23863709--23863752	6	7.0	6	80	10	52	75	0	0	25	0.81
23863710--23863753	20	2.3	19	88	7	70	77	0	0	22	0.77
23863722--23863755	14	2.4	14	85	0	50	79	0	0	20	0.73
23868936--23869091	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23868935--23869088	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
23868936--23869091	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
23868928--23869112	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
23868905--23869112	82	2.5	82	76	4	213	26	16	28	28	1.97
23877037--23877192	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
23877036--23877189	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
23877037--23877192	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
23877029--23877213	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
23877029--23877213	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
23879577--23879628	24	2.2	24	89	0	77	51	9	3	34	1.53
23887510--23887554	24	1.9	24	90	4	74	48	11	15	24	1.77
23888684--23888722	14	3.0	13	85	10	53	61	7	0	30	1.24
23890899--23890966	35	2.0	35	82	8	86	23	10	14	51	1.73
23891050--23891156	50	2.1	52	86	5	148	28	12	12	47	1.76
23895866--23895903	18	2.1	18	100	0	76	23	15	10	50	1.75
23900169--23900199	6	5.0	6	96	4	53	67	16	0	16	1.23
23908002--23908032	6	5.2	6	100	0	62	32	48	19	0	1.49
23907996--23908042	18	2.6	18	79	0	58	25	44	23	6	1.77
23909557--23910034	173	2.8	171	86	3	638	35	9	19	36	1.83
23909557--23910105	173	3.2	168	83	6	531	34	9	19	36	1.84
23917735--23917896	74	2.2	73	90	3	252	51	14	7	25	1.68
23918057--23918172	33	3.5	33	85	0	151	25	11	45	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23922334--23922374	15	2.9	14	82	10	57	73	7	0	19	1.07
23922371--23922408	17	2.2	18	95	4	69	65	7	0	26	1.19
23922386--23922894	105	4.8	105	88	5	683	55	13	0	30	1.43
23922884--23922908	12	2.1	12	100	0	50	64	8	0	28	1.22
23922816--23922988	92	1.9	93	92	1	294	54	17	0	27	1.47
23922825--23923009	92	2.0	93	88	2	257	57	15	0	26	1.42
23923147--23923186	12	3.1	13	82	10	55	0	27	0	72	0.85
23923146--23923190	14	3.4	14	81	6	58	0	28	0	71	0.87
23923948--23924008	24	2.4	25	83	8	79	24	1	1	72	1.03
23923948--23924008	25	2.5	24	81	5	68	24	1	1	72	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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