genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  67  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20537046--20537116	36	2.0	36	94	0	124	29	23	35	11	1.90
20547642--20547771	41	3.2	41	85	5	192	34	12	29	23	1.91
20551291--20551323	17	1.9	17	88	11	50	15	9	9	66	1.43
20552196--20552384	94	2.0	93	91	6	297	34	10	13	42	1.77
20558688--20558760	3	23.7	3	75	5	65	32	5	5	56	1.45
20562345--20562387	12	3.4	12	84	9	50	0	4	6	88	0.63
20562344--20562386	15	2.8	15	92	3	68	0	4	6	88	0.63
20562748--20562797	25	2.0	26	96	4	93	48	10	22	20	1.79
20566665--20566689	8	3.1	8	100	0	50	52	24	12	12	1.72
20578005--20578106	30	3.4	30	89	1	143	33	23	18	24	1.97
20599494--20599621	58	2.2	59	88	2	188	42	2	2	52	1.27
20599538--20599621	19	4.3	20	70	20	63	44	1	3	51	1.26
20599494--20599646	58	2.6	57	82	10	152	43	1	3	50	1.31
20600120--20600190	23	3.1	22	72	8	61	23	23	14	38	1.92
20600264--20600305	9	4.4	9	88	11	66	38	0	0	61	0.96
20600276--20600316	18	2.3	18	87	4	57	34	0	2	63	1.08
20600403--20600444	22	1.9	22	90	0	66	28	0	0	71	0.86
20605979--20606030	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
20606283--20606336	21	2.6	21	94	5	92	29	12	18	38	1.88
20606633--20606665	6	5.5	6	100	0	66	30	0	0	69	0.88
20606847--20606899	26	2.0	26	100	0	106	22	11	35	30	1.89
20611731--20611764	17	2.0	17	88	0	50	29	2	0	67	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20616109--20616294	46	4.0	46	93	0	309	30	27	7	34	1.85
20618800--20618864	31	2.1	31	88	0	94	43	12	10	33	1.77
20622416--20622456	20	2.0	20	95	0	73	39	19	29	12	1.88
20626303--20626384	39	2.1	39	86	0	110	28	25	28	18	1.98
20626342--20626454	50	2.3	50	80	0	118	26	23	29	21	1.99
20630244--20630436	35	5.4	35	73	6	127	22	20	24	32	1.98
20630246--20630479	74	3.2	73	72	6	242	22	20	23	32	1.98
20630303--20630548	69	3.5	69	73	8	208	21	21	23	32	1.98
20630246--20630548	74	4.2	73	72	8	221	22	21	23	32	1.98
20630246--20630549	143	2.1	143	88	1	448	22	21	23	31	1.98
20643395--20643434	22	1.9	22	90	10	66	25	10	15	50	1.74
20653182--20653220	20	2.0	20	84	0	51	28	23	5	43	1.75
20655259--20655348	45	2.0	45	97	0	171	34	13	21	31	1.92
20666705--20666740	10	3.5	10	88	7	54	2	11	0	86	0.68
20666713--20666739	11	2.5	11	100	0	54	0	7	0	92	0.38
20669902--20670135	90	2.6	90	82	3	258	37	13	26	23	1.91
20669902--20670093	60	3.2	60	72	7	167	39	11	25	23	1.89
20669865--20670063	30	6.7	30	78	5	163	42	11	23	22	1.86
20670052--20670121	30	2.3	30	85	0	95	32	12	30	24	1.93
20673110--20673160	24	2.2	23	86	6	68	52	3	11	31	1.56
20676676--20676722	21	2.2	22	81	11	62	0	14	19	65	1.26
20676693--20676725	15	2.2	15	94	0	57	0	12	24	63	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20676724--20676769	6	7.2	6	88	11	65	2	0	30	67	1.03
20676718--20676769	12	4.1	13	88	11	65	1	0	30	67	1.02
20678137--20678163	5	5.4	5	100	0	54	0	18	0	81	0.69
20678196--20678252	19	2.9	19	69	16	53	38	0	7	54	1.28
20678202--20678267	21	3.2	20	75	10	62	39	0	9	51	1.34
20678260--20678377	56	2.1	56	82	3	139	43	0	5	51	1.23
20678554--20678608	16	3.4	16	82	5	58	30	20	7	41	1.79
20687844--20687890	23	2.0	24	91	4	78	80	6	4	8	1.00
20692345--20692468	29	4.2	29	80	7	142	24	23	15	37	1.93
20692345--20692468	61	2.1	57	85	8	160	24	23	15	37	1.93
20693793--20693959	68	2.5	68	75	5	167	23	22	19	34	1.97
20711050--20711140	35	2.6	35	83	0	110	25	13	17	43	1.85
20712266--20712307	20	2.0	21	86	4	59	76	7	2	14	1.10
20714404--20714829	139	3.1	139	84	2	516	26	22	21	30	1.99
20716872--20716903	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
20717027--20717126	47	2.2	43	81	13	112	33	23	18	26	1.97
20717128--20717208	26	3.2	26	64	28	64	34	29	13	22	1.92
20717122--20717322	51	4.0	51	81	5	246	30	28	16	23	1.96
20717130--20717314	101	1.8	102	90	3	302	31	27	17	23	1.97
20721496--20721813	73	4.4	69	80	9	291	24	20	16	38	1.93
20721487--20721813	109	3.0	107	82	5	374	24	20	16	38	1.93
20721487--20721838	35	9.8	35	77	9	287	24	20	16	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20721496--20721847	182	1.9	181	81	6	417	25	19	16	38	1.93
20723750--20723957	29	7.1	29	73	4	168	39	15	23	22	1.91
20723728--20723942	87	2.5	88	85	5	276	40	14	23	21	1.90
20728204--20728270	29	2.3	29	84	0	80	35	10	29	23	1.89
20728250--20728308	29	2.0	29	90	0	91	40	13	23	22	1.89
20740453--20740555	23	4.5	23	79	2	109	13	14	26	45	1.82
20759173--20759229	20	2.8	19	84	7	60	17	14	14	54	1.71
20760994--20761035	22	1.9	22	95	0	75	21	33	19	26	1.97
20763157--20763226	25	2.8	25	88	0	104	40	17	24	18	1.91
20765740--20765783	21	2.1	21	95	0	79	43	29	15	11	1.82
20772773--20772815	23	2.0	23	81	9	54	65	2	0	32	1.06
20777667--20777903	50	4.6	50	83	7	262	26	23	28	21	1.99
20777715--20777901	100	1.9	101	90	1	304	26	23	29	20	1.99
20780205--20780253	25	2.0	25	91	0	80	36	22	26	14	1.92
20786364--20786432	21	3.3	21	78	8	61	43	15	15	24	1.87
20786381--20786420	21	2.0	21	90	5	64	45	15	12	27	1.82
20793167--20793205	17	2.5	15	81	18	53	25	28	5	41	1.77
20796734--20796766	17	1.9	17	100	0	66	24	27	6	42	1.78
20801205--20801356	53	2.9	53	81	4	191	35	12	25	26	1.92
20801503--20801630	28	4.6	28	70	13	68	36	15	18	28	1.92
20801483--20801630	56	2.6	56	77	6	149	35	15	19	29	1.93
20812784--20812831	21	2.3	21	100	0	96	29	27	8	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20817267--20817311	21	2.2	21	88	7	67	48	20	4	26	1.68
20823408--20823446	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
20823716--20823935	50	4.3	51	81	9	216	22	28	20	27	1.99
20831298--20831492	50	3.9	50	89	2	284	21	30	22	26	1.98
20834752--20834877	60	2.1	62	93	3	220	27	15	11	45	1.81
20838100--20838133	3	11.3	3	93	0	59	70	0	29	0	0.87
20840600--20840672	37	2.0	36	84	7	94	61	2	2	32	1.24
20841008--20841088	38	2.1	39	84	11	105	56	4	1	37	1.29
20841206--20841257	13	4.0	13	74	18	54	32	0	0	67	0.91
20842063--20842148	40	2.2	39	83	6	102	31	3	3	61	1.29
20842090--20842148	20	3.1	18	72	15	55	32	5	1	61	1.28
20845522--20845701	89	2.0	93	82	4	224	37	15	7	40	1.74
20848779--20848816	19	2.1	18	85	14	51	63	2	26	7	1.35
20848848--20848888	16	2.5	16	88	4	55	36	0	36	26	1.57
20853165--20853322	35	4.5	35	88	4	230	18	11	30	39	1.86
20853167--20853322	69	2.2	70	88	3	235	19	11	30	38	1.87
20859346--20859384	19	2.0	21	85	10	55	43	0	10	46	1.37
20864237--20864301	24	2.8	23	80	13	71	70	3	20	6	1.22
20864271--20864328	11	4.8	12	74	18	50	67	0	25	6	1.16
20866700--20866821	44	2.8	43	74	17	126	31	26	17	25	1.97
20868867--20869017	71	2.1	72	91	2	243	30	29	16	23	1.96
20868937--20869159	104	2.2	103	92	2	367	31	31	18	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20869488--20869551	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
20869495--20869551	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
20876492--20876715	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
20877044--20877107	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
20877051--20877107	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
20882067--20882247	84	2.1	85	84	6	242	39	25	14	19	1.90
20882067--20882249	43	4.3	42	74	8	147	39	25	14	19	1.90
20885491--20885543	20	2.8	20	85	5	65	28	13	9	49	1.73
20889659--20889748	35	2.6	35	80	0	99	33	20	27	18	1.96
20895338--20895371	5	7.0	5	86	6	52	58	0	0	41	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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