genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21568246--21568525	81	3.5	80	83	4	316	43	18	19	18	1.88
21568246--21568527	27	10.5	27	77	10	258	43	18	19	19	1.89
21569412--21569691	81	3.5	80	83	4	316	43	18	19	18	1.88
21569412--21569693	27	10.5	27	77	10	258	43	18	19	19	1.89
21570577--21570856	81	3.5	80	83	4	316	43	18	19	18	1.88
21570577--21570858	27	10.5	27	77	10	258	43	18	19	19	1.89
21571740--21572023	27	10.4	27	76	8	220	43	18	19	19	1.89
21571740--21572023	80	3.5	81	79	8	283	43	18	19	19	1.89
21572910--21573210	27	11.4	27	76	9	198	43	18	18	19	1.88
21572910--21573211	54	5.7	54	71	12	250	43	18	18	19	1.88
21572910--21573181	80	3.5	79	77	12	258	44	17	19	19	1.88
21573083--21573139	23	2.4	24	80	14	64	49	17	10	22	1.77
21573091--21573142	25	2.2	24	86	10	72	46	19	11	23	1.82
21574098--21574378	27	10.4	27	77	6	241	43	18	19	18	1.88
21574098--21574378	81	3.5	80	83	5	309	43	18	19	18	1.88
21575260--21575566	27	11.5	27	75	7	209	43	17	18	20	1.88
21575260--21575564	80	3.8	78	75	7	256	43	17	18	20	1.88
21575289--21575567	54	5.2	54	74	10	234	43	17	18	21	1.88
21576414--21576694	27	10.4	27	77	6	241	43	18	19	18	1.88
21576414--21576694	81	3.5	80	83	5	309	43	18	19	18	1.88
21577577--21577873	27	11.5	27	74	12	180	44	17	18	19	1.88
21577577--21577874	52	5.8	53	73	12	187	43	17	18	19	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21578756--21579034	81	3.5	80	83	5	316	43	17	19	18	1.88
21578756--21579036	27	10.5	27	77	10	258	43	17	19	19	1.88
21579917--21580193	27	10.5	27	75	11	227	43	17	19	19	1.88
21579917--21580192	53	5.2	52	78	8	249	43	17	19	18	1.88
21579917--21580192	79	3.5	78	80	7	308	43	17	19	18	1.88
21579917--21580194	52	5.3	52	76	8	249	43	17	19	19	1.88
21581071--21581399	27	12.5	26	76	8	204	43	16	19	20	1.88
21582274--21582552	81	3.5	79	80	4	310	45	18	17	18	1.86
21582274--21582553	27	10.5	26	78	8	251	45	18	17	18	1.86
21582274--21582554	26	10.5	26	78	7	233	44	18	18	18	1.87
21583438--21583723	26	11.0	26	75	9	176	44	17	17	20	1.86
21583437--21583723	53	5.5	51	73	13	203	44	17	17	20	1.87
21584603--21584720	51	2.3	51	84	12	152	48	14	16	20	1.81
21584699--21584794	28	3.6	27	72	13	72	51	13	17	17	1.77
21584600--21584973	27	14.5	27	74	14	201	46	15	17	20	1.84
21585837--21585981	27	5.5	27	76	8	129	46	17	17	18	1.85
21585936--21586118	79	2.3	79	77	10	185	42	16	18	23	1.89
21585837--21586158	26	12.3	27	72	13	140	44	16	18	21	1.87
21587041--21587341	80	3.8	79	77	8	256	44	17	16	20	1.87
21587028--21587369	53	6.4	53	74	10	272	43	18	17	21	1.88
21587028--21587359	27	12.5	27	78	5	221	43	17	17	20	1.87
21588236--21588539	27	11.4	27	79	7	243	44	16	18	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21588236--21588549	54	5.9	54	77	8	279	43	17	18	20	1.88
21589421--21589756	27	12.5	27	78	6	231	44	16	18	20	1.87
21589424--21589734	81	3.9	81	77	7	278	45	15	18	20	1.85
21589421--21589757	54	6.3	52	76	8	282	44	16	18	20	1.87
21590095--21590154	28	2.1	28	90	0	93	23	26	20	30	1.98
21606416--21606470	27	2.0	28	82	10	69	43	9	1	45	1.46
21624466--21624906	27	16.4	26	79	6	380	42	20	17	19	1.90
21624466--21624906	81	5.5	79	81	2	432	42	20	17	19	1.90
21628777--21631317	854	2.9	854	91	3	4027	21	16	23	38	1.93
21626993--21631317	877	5.0	860	90	4	6418	22	16	23	38	1.93
21632050--21632404	27	13.2	27	75	4	277	39	18	18	23	1.93
21632050--21632394	81	4.3	81	79	4	329	38	19	18	23	1.93
21632425--21632535	24	4.6	24	81	8	109	23	3	23	49	1.66
21632427--21632535	48	2.3	47	80	6	121	23	3	22	49	1.66
21632707--21632863	32	4.9	32	81	3	190	22	21	18	37	1.94
21632869--21632933	22	3.0	21	73	8	58	16	18	18	46	1.85
21632879--21632938	22	2.7	22	82	5	68	18	21	16	43	1.88
21633737--21633769	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
21640621--21640798	27	6.6	27	84	1	196	34	23	21	20	1.97
21644421--21644797	50	7.5	50	86	5	455	22	31	19	25	1.98
21644372--21644797	100	4.3	100	85	5	506	22	30	20	26	1.98
21644413--21644796	150	2.6	149	89	2	556	22	31	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21659715--21659884	86	2.0	86	91	2	279	20	20	22	37	1.95
21661057--21661109	27	1.9	26	85	11	70	32	18	18	30	1.96
21663433--21670725	662	11.0	660	87	2	9915	38	17	10	33	1.85
21670731--21673160	662	3.7	654	85	3	3185	37	17	10	33	1.85
21672778--21673552	386	2.0	386	85	2	1048	38	19	9	33	1.84
21673998--21677228	661	4.9	661	84	4	4178	37	17	10	33	1.84
21679296--21681252	662	3.0	660	90	2	2968	38	17	10	32	1.84
21681252--21682938	665	2.5	660	89	1	2563	38	16	10	34	1.84
21683263--21683315	26	2.1	25	85	3	70	47	3	15	33	1.63
21685152--21685230	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
21685348--21685666	47	6.7	47	97	0	593	29	30	8	31	1.87
21689598--21689671	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
21689656--21689798	43	3.3	43	99	0	277	27	35	14	22	1.93
21691663--21691741	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
21691859--21692222	47	7.7	47	99	0	703	29	30	8	31	1.87
21704152--21704193	22	2.0	21	86	13	59	23	4	0	71	1.05
21717653--21717697	22	2.0	22	100	0	90	33	0	40	26	1.57
21720272--21720326	24	2.3	24	83	0	74	32	29	16	21	1.95
21723918--21724100	77	2.4	77	88	4	264	20	19	27	32	1.97
21724000--21724265	104	2.6	103	93	1	442	19	20	29	29	1.97
21733044--21733141	48	2.0	48	86	3	135	33	4	36	25	1.75
21739971--21740014	22	2.0	22	83	12	56	36	0	11	52	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21739994--21740031	17	2.2	18	85	4	51	42	0	10	47	1.38
21743835--21743908	25	3.0	25	84	4	96	33	22	18	24	1.97
21743846--21743928	25	3.3	25	84	0	103	32	24	20	22	1.98
21751699--21751746	25	1.9	25	86	0	69	35	20	20	22	1.96
21751729--21751785	25	2.3	25	87	6	80	35	24	17	22	1.95
21759068--21759377	33	8.7	33	67	22	157	32	27	19	20	1.97
21759104--21759305	102	2.0	102	92	0	332	31	28	20	19	1.97
21759181--21759381	75	2.8	75	90	6	299	31	28	19	20	1.97
21759069--21759409	177	1.9	177	90	1	540	31	28	19	21	1.97
21766109--21766310	102	2.0	102	91	0	323	32	28	20	19	1.97
21766213--21766349	42	3.5	41	74	17	137	33	27	18	21	1.96
21766211--21766386	75	2.3	75	92	0	289	32	26	19	21	1.97
21766082--21766414	177	1.9	177	95	0	603	32	27	19	20	1.97
21799686--21799720	16	2.2	16	94	0	61	45	5	5	42	1.51
21800898--21800969	26	2.7	27	86	2	101	26	27	18	27	1.98
21805516--21805586	35	2.0	35	91	0	115	47	12	14	25	1.79
21811260--21811445	51	3.7	50	78	4	212	22	17	27	32	1.96
21816449--21816556	28	3.9	28	88	0	144	26	28	24	20	1.99
21816862--21817014	27	5.7	27	85	3	193	18	18	19	43	1.89
21816862--21817014	53	2.8	53	85	5	209	18	18	19	43	1.89
21824040--21824654	47	13.0	47	94	0	1005	31	9	30	28	1.89
21824818--21824896	37	2.1	37	86	4	106	24	17	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21828337--21828432	28	3.4	28	80	5	113	26	26	27	20	1.99
21828551--21828601	26	2.0	26	84	7	68	35	21	27	15	1.94
21828776--21829054	27	10.4	27	72	9	128	20	19	18	41	1.90
21828783--21829054	80	3.4	80	78	6	228	19	19	18	42	1.90
21828932--21829054	53	2.3	54	80	6	144	19	19	17	43	1.88
21834244--21834288	22	2.1	21	84	12	56	55	0	2	42	1.12
21838545--21838623	39	2.0	39	87	0	113	29	26	13	30	1.94
21844667--21844844	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21844668--21844823	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21844664--21844844	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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