genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  195  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60216077--60216101	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
60216411--60216448	20	1.9	20	84	10	51	31	15	2	50	1.58
60219162--60219194	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
60228989--60229046	23	2.5	23	84	13	75	53	0	6	39	1.28
60229006--60229047	15	2.6	17	78	17	54	50	0	7	42	1.30
60228741--60229952	281	4.3	279	89	5	1692	51	6	11	30	1.63
60232181--60232207	11	2.5	11	100	0	54	37	7	14	40	1.74
60234472--60234514	18	2.4	18	92	0	68	16	48	4	30	1.66
60235159--60235281	64	2.0	63	88	1	176	47	11	4	37	1.59
60235564--60235649	27	3.2	27	79	0	100	19	29	33	17	1.95
60236448--60236490	20	2.2	18	84	12	50	32	6	0	60	1.23
60241125--60241156	17	1.9	17	93	6	57	25	0	6	68	1.12
60241552--60241593	20	2.1	20	86	0	57	14	2	7	76	1.10
60243940--60243996	28	2.0	28	86	6	80	36	10	0	52	1.36
60243954--60244008	26	2.0	28	82	10	69	36	10	1	50	1.48
60244036--60244115	16	4.8	17	72	21	62	41	11	0	47	1.39
60244078--60244124	16	2.9	16	83	0	67	44	12	0	42	1.42
60244134--60244172	13	3.2	12	82	10	53	30	2	0	66	1.05
60245973--60246147	87	2.0	87	92	0	287	36	16	13	33	1.87
60248586--60248650	10	6.3	10	77	18	62	38	1	1	58	1.17
60250148--60250198	24	2.1	25	85	10	70	54	9	5	29	1.56
60250296--60250335	4	9.8	4	84	15	55	75	0	0	25	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60251303--60251509	110	1.9	110	100	0	414	16	22	26	35	1.95
60255251--60255277	7	3.9	7	100	0	54	40	14	0	44	1.46
60255391--60255543	45	3.4	45	88	0	225	42	21	16	18	1.89
60255397--60255570	45	4.2	39	77	15	145	40	21	18	19	1.92
60256927--60256971	9	5.1	9	84	15	67	55	2	0	42	1.12
60259817--60259868	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
60259900--60259936	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
60262590--60262637	23	2.1	23	100	0	96	25	25	12	37	1.91
60262663--60262722	29	2.1	29	87	6	86	58	5	16	20	1.56
60268072--60268157	43	2.0	43	100	0	172	23	30	11	34	1.90
60277585--60277655	29	2.4	29	81	9	83	52	1	1	45	1.18
60278892--60279008	56	2.1	56	98	1	227	24	13	6	54	1.63
60280326--60280370	10	4.5	10	83	8	56	68	2	2	26	1.12
60280326--60280370	19	2.2	21	84	7	58	68	2	2	26	1.12
60280325--60280385	28	2.2	27	80	13	70	63	1	3	31	1.20
60283335--60283379	5	9.6	5	86	13	69	60	0	0	40	0.97
60283335--60283379	13	3.2	15	84	15	69	60	0	0	40	0.97
60283335--60283409	28	2.7	28	78	13	84	56	1	1	41	1.16
60288168--60288669	107	4.7	107	82	5	597	31	16	14	37	1.88
60288168--60288669	215	2.3	210	84	6	625	31	16	14	37	1.88
60300831--60300878	16	2.9	16	90	6	69	50	2	0	47	1.12
60301108--60301160	23	2.3	23	90	0	79	24	16	16	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60301232--60301258	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
60304331--60304407	33	2.3	33	82	8	102	62	0	1	36	1.04
60310154--60310192	18	2.0	20	90	9	64	48	0	0	51	1.00
60330025--60330124	29	3.6	29	71	18	77	54	0	2	44	1.11
60348654--60348704	26	2.0	25	81	11	59	47	0	3	49	1.20
60352425--60352449	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
60353953--60353995	16	2.7	16	88	0	59	51	9	4	34	1.55
60363000--60363037	19	2.1	19	90	5	60	23	10	10	55	1.65
60364454--60364513	30	2.0	30	90	0	93	58	15	3	23	1.52
60364546--60364588	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
60375726--60375789	31	2.1	31	96	0	119	45	9	4	40	1.57
60379845--60379987	57	2.4	60	85	11	188	30	21	25	21	1.98
60382707--60382731	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
60382818--60382862	20	2.2	21	84	11	67	40	8	0	51	1.33
60383168--60383229	16	3.8	16	77	8	61	35	9	3	51	1.51
60384832--60384870	15	2.4	17	87	8	55	48	0	7	43	1.31
60395969--60396005	3	12.3	3	94	0	65	29	0	0	70	0.88
60403063--60403481	151	2.8	150	85	5	546	43	9	19	27	1.82
60406086--60406152	34	2.0	34	96	0	125	29	14	25	29	1.95
60411184--60411223	21	1.9	21	85	10	55	62	7	0	30	1.23
60411399--60411424	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
60415081--60415117	18	2.1	18	89	0	56	27	5	10	56	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60416423--60416609	51	3.7	51	76	3	173	25	16	26	31	1.97
60416606--60416691	45	1.9	45	90	0	136	26	13	24	34	1.93
60418826--60418870	23	1.9	24	86	4	65	31	11	35	22	1.89
60419819--60419885	3	21.7	3	78	6	71	29	5	0	64	1.17
60438619--60438653	19	1.9	17	88	11	52	62	2	0	34	1.10
60441146--60441197	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
60442145--60442194	26	1.9	26	95	0	91	44	16	14	26	1.85
60444919--60445326	47	8.6	47	89	3	600	32	8	29	28	1.87
60444919--60445326	96	4.3	96	92	3	657	32	8	29	28	1.87
60444919--60445326	145	2.9	141	88	3	618	32	8	29	28	1.87
60449981--60450032	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
60462294--60462331	8	4.9	8	83	3	51	68	0	0	31	0.90
60462288--60462331	16	2.8	16	86	3	54	68	0	0	31	0.90
60466654--60466695	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
60470786--60470814	6	4.8	6	100	0	58	31	0	51	17	1.45
60476885--60477019	72	1.9	71	92	1	225	34	19	16	30	1.94
60477636--60477695	25	2.3	26	83	8	70	56	0	8	35	1.29
60477799--60477839	13	3.3	13	83	13	59	65	0	0	34	0.93
60477792--60477833	21	2.0	21	90	9	68	66	0	2	30	1.04
60477803--60477851	9	5.7	9	83	11	50	61	0	2	36	1.08
60479232--60479309	22	3.5	22	74	6	77	61	11	8	17	1.55
60488565--60488625	21	3.0	21	80	2	70	18	22	24	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60490641--60490678	15	2.5	15	87	12	60	71	0	0	28	0.87
60491326--60491418	44	2.1	45	86	6	127	31	5	29	34	1.80
60491575--60491609	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
60491555--60491730	59	3.0	57	68	14	158	48	5	1	44	1.35
60497400--60497429	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
60499253--60499299	20	2.4	19	80	16	51	27	10	19	42	1.84
60499359--60499406	21	2.3	21	85	7	62	66	0	0	33	0.92
60499950--60500017	29	2.3	30	78	12	70	35	5	0	58	1.22
60508200--60508263	22	2.8	23	84	15	71	46	3	0	50	1.17
60514047--60514083	17	2.1	18	90	5	58	72	0	18	8	1.08
60515045--60515080	17	2.3	15	90	9	54	69	0	0	30	0.89
60515689--60516225	282	1.9	283	90	4	870	30	14	11	43	1.81
60517439--60517471	16	2.1	15	94	5	57	72	3	0	24	0.98
60517437--60517486	21	2.3	20	83	10	55	70	6	2	22	1.20
60517732--60517766	18	1.9	18	88	0	52	68	0	2	28	1.04
60518092--60518142	21	2.4	21	93	0	84	13	19	37	29	1.90
60519326--60519703	44	8.5	44	72	13	132	28	22	17	30	1.97
60519326--60519746	41	9.6	41	72	14	224	28	21	18	30	1.97
60519326--60519564	130	1.8	130	90	1	390	28	21	19	30	1.98
60519414--60519895	89	5.4	88	76	12	458	29	22	17	31	1.96
60519451--60519900	92	5.0	89	75	14	410	28	22	17	30	1.97
60519431--60519900	181	2.6	181	92	0	762	28	22	17	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60519575--60519886	44	7.0	44	72	11	222	29	22	16	31	1.96
60522531--60522644	43	2.7	43	78	10	126	28	28	20	23	1.99
60524419--60524464	20	2.4	19	89	10	67	2	19	0	78	0.86
60524455--60524497	20	2.2	20	87	4	61	13	9	0	76	1.01
60525803--60525840	16	2.4	16	95	0	67	13	52	31	2	1.54
60526203--60526267	25	2.7	23	76	21	62	35	6	3	55	1.40
60526902--60527108	107	1.9	107	96	0	378	28	18	18	33	1.95
60532965--60532990	12	2.2	12	100	0	52	7	34	46	11	1.69
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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