genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  59  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17909224--17909261	20	2.1	18	85	14	51	57	13	0	28	1.36
17914611--17914664	24	2.3	24	84	9	67	59	3	3	33	1.33
17915067--17915100	17	2.0	17	88	0	50	32	0	11	55	1.36
17921763--17921813	21	2.3	23	83	10	61	60	5	3	29	1.38
17921763--17921812	23	2.2	24	82	7	59	62	6	4	28	1.37
17929240--17929375	50	2.7	51	84	8	188	27	15	25	30	1.96
17929384--17929474	45	2.0	45	93	0	155	23	17	27	31	1.97
17929519--17929562	23	1.9	22	82	17	54	38	0	25	36	1.56
17933072--17933157	45	1.9	44	81	11	104	31	5	1	61	1.27
17933031--17933150	53	2.2	54	81	10	138	31	6	1	60	1.33
17933256--17933480	89	2.6	88	83	4	285	33	10	21	35	1.87
17934769--17935359	277	2.1	274	85	4	780	33	19	7	39	1.79
17934882--17935367	94	5.2	93	73	9	373	32	18	8	40	1.80
17941121--17941162	22	1.9	22	85	0	57	47	0	4	47	1.23
17946558--17946606	24	2.0	24	92	0	80	34	6	18	40	1.75
17957775--17957982	40	5.2	40	89	3	267	24	19	27	28	1.99
17966187--17966397	40	5.3	40	87	4	250	24	19	27	28	1.99
17975362--17975418	17	3.5	17	72	13	66	19	10	26	43	1.83
17975351--17975430	31	2.6	31	93	0	133	21	8	25	45	1.80
17988851--17988914	17	3.5	17	75	19	65	37	28	15	18	1.92
17994838--17994938	40	2.5	40	88	0	139	33	15	19	30	1.94
18013878--18013924	23	2.0	23	100	0	94	34	12	23	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18015838--18015865	8	3.5	8	100	0	56	25	0	0	75	0.81
18020217--18020264	14	3.2	15	76	8	53	29	6	2	62	1.31
18021586--18021611	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
18021545--18021621	29	2.6	28	81	6	91	66	1	0	32	1.00
18025555--18025591	18	2.1	18	100	0	74	37	10	5	45	1.62
18028630--18028677	21	2.3	21	92	0	78	18	35	18	27	1.95
18030553--18030604	26	1.9	28	88	7	81	21	9	13	55	1.66
18035168--18035958	114	6.9	114	92	0	1303	32	15	25	26	1.95
18036717--18036768	25	2.0	26	88	3	79	26	3	21	48	1.67
18039631--18039864	9	25.8	9	76	8	206	48	16	2	32	1.60
18039706--18039865	37	4.4	37	76	10	114	48	18	2	31	1.61
18039679--18039853	91	1.9	91	96	0	323	48	18	2	31	1.61
18045744--18046073	42	7.9	42	93	0	527	23	19	22	34	1.97
18045744--18046073	125	2.6	126	92	0	527	23	19	22	34	1.97
18050605--18050630	4	6.5	4	100	0	52	46	0	0	53	1.00
18050677--18050706	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
18051669--18051846	96	1.9	95	88	4	268	30	25	19	24	1.98
18051743--18052087	132	2.7	130	84	6	407	30	25	18	25	1.98
18051741--18052053	66	4.7	66	72	6	238	31	24	17	25	1.97
18055057--18055139	13	6.3	12	78	9	58	31	22	2	43	1.66
18055057--18055139	26	3.2	26	86	8	98	31	22	2	43	1.66
18067763--18067853	22	4.2	21	72	19	62	54	2	2	40	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18067804--18067922	11	11.4	11	74	17	94	59	0	4	36	1.17
18067826--18067858	17	1.9	17	93	0	57	63	0	3	33	1.10
18067811--18067939	40	3.3	39	84	4	179	59	0	3	37	1.13
18067788--18067939	41	3.7	40	83	7	191	59	0	3	36	1.14
18067906--18067938	16	2.0	17	94	5	59	60	0	0	39	0.97
18067907--18067951	17	2.6	17	82	10	56	60	0	0	40	0.97
18071340--18071368	14	2.0	15	93	6	51	44	20	6	27	1.77
18080520--18080642	25	5.0	24	71	17	83	28	21	24	26	1.99
18085432--18085482	9	5.7	9	92	0	66	23	3	23	49	1.67
18085424--18085481	18	3.2	18	85	0	71	25	5	24	44	1.74
18085424--18085481	27	2.1	27	87	0	80	25	5	24	44	1.74
18087593--18087632	17	2.4	16	84	12	53	35	22	17	25	1.95
18091820--18091848	14	2.1	14	100	0	58	58	20	13	6	1.58
18095033--18095179	46	3.2	45	92	1	233	34	12	23	29	1.92
18102291--18102347	29	1.9	30	92	3	98	36	0	43	19	1.51
18102692--18102737	19	2.3	20	78	17	51	50	0	2	47	1.13
18103548--18103585	15	2.5	15	86	4	58	36	0	2	60	1.11
18103543--18103595	23	2.2	24	80	9	65	41	0	1	56	1.10
18107798--18107846	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
18109197--18109361	49	3.3	49	87	5	235	23	24	20	30	1.98
18109199--18109361	73	2.2	74	80	12	183	23	24	20	30	1.99
18109197--18109361	25	6.7	25	78	14	182	23	24	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18111304--18111432	43	3.0	43	87	0	177	54	2	20	22	1.56
18112694--18112790	49	2.0	49	85	4	133	46	7	21	24	1.76
18119406--18119446	18	2.3	18	100	0	82	31	9	12	46	1.74
18137036--18137071	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
18137895--18137943	21	2.3	21	100	0	98	59	8	32	0	1.27
18145443--18145505	31	2.0	31	100	0	126	38	31	17	12	1.87
18148729--18148768	20	2.1	20	90	9	66	60	7	10	22	1.54
18155522--18155559	16	2.5	15	84	16	51	39	21	5	34	1.76
18157352--18157401	20	2.4	20	86	6	64	60	2	32	6	1.32
18160979--18161007	14	2.1	14	100	0	58	34	34	6	24	1.82
18167639--18167722	30	2.8	30	90	3	125	23	23	14	38	1.92
18167670--18167867	29	6.8	28	84	4	207	24	27	11	36	1.90
18184608--18184645	18	2.1	19	85	5	51	57	0	0	42	0.98
18188196--18188278	26	3.2	26	71	10	69	25	37	16	20	1.93
18188352--18188409	27	2.1	27	100	0	116	20	27	18	32	1.97
18192218--18192268	14	3.6	14	76	7	50	19	3	39	37	1.70
18192824--18192880	24	2.3	25	82	8	73	56	3	0	40	1.17
18193423--18193476	13	4.2	13	80	4	56	12	9	16	61	1.56
18193423--18193476	26	2.1	26	82	6	65	12	9	16	61	1.56
18193825--18193908	37	2.2	37	97	2	159	48	7	16	27	1.72
18195585--18195631	24	2.0	24	84	16	62	57	6	2	34	1.36
18195684--18195781	49	2.0	49	88	7	146	30	7	12	50	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18202284--18202320	19	1.9	19	100	0	74	27	21	18	32	1.97
18213966--18213998	15	2.1	16	88	5	50	48	0	0	51	1.00
18213936--18214004	27	2.5	28	82	17	76	46	0	1	52	1.09
18225962--18226023	32	1.9	32	100	0	124	19	19	25	35	1.95
18233846--18233911	24	2.7	25	88	6	100	31	24	21	22	1.98
18235065--18235091	12	2.2	12	100	0	54	37	40	7	14	1.74
18235798--18235826	14	2.1	14	100	0	58	44	13	0	41	1.44
18239032--18239171	69	2.0	69	84	9	185	49	13	14	22	1.78
18239523--18239580	21	2.7	21	82	12	66	50	3	0	46	1.18
18242368--18242395	9	3.1	9	100	0	56	46	10	10	32	1.73
18244038--18244079	16	2.6	16	82	17	59	69	0	0	30	0.89
18246872--18246990	61	2.0	61	82	0	148	39	12	4	43	1.62
18250582--18250709	63	2.0	63	92	0	211	25	14	8	51	1.71
18264515--18264801	51	5.7	50	79	7	323	28	15	26	29	1.96
18264515--18264806	99	2.9	100	89	3	435	28	15	26	29	1.96
18269946--18270018	32	2.5	27	74	19	83	26	2	17	53	1.57
18269959--18270019	32	1.9	32	93	0	104	27	3	16	52	1.59
18271290--18271327	14	2.7	14	91	0	58	36	13	7	42	1.73
18274834--18274876	22	2.0	22	85	0	59	13	2	44	39	1.57
18288437--18288677	50	4.7	50	78	6	218	28	21	27	23	1.99
18297796--18297829	13	2.6	13	85	0	50	41	38	0	20	1.53
18297945--18298004	9	6.7	9	83	7	52	28	10	21	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18297944--18298013	27	2.6	27	86	4	97	28	8	20	42	1.81
18297944--18298012	36	1.9	36	93	0	120	28	8	20	42	1.82
18297963--18298012	9	5.6	9	90	0	64	30	10	18	42	1.82
18298067--18298126	29	2.1	29	81	3	68	38	5	15	41	1.68
18298183--18298217	1	35.0	1	100	0	70	100	0	0	0	0.00
18304099--18304152	27	2.0	27	82	17	67	59	7	7	25	1.51
18310160--18310189	14	2.1	14	93	0	51	66	3	23	6	1.30
18311307--18311418	37	3.1	37	97	1	208	34	3	16	44	1.66
18313280--18313349	16	4.4	16	88	0	104	32	1	35	30	1.67
18313280--18313349	32	2.2	32	94	0	122	32	1	35	30	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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